genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  83  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27456610--27456663	25	2.1	27	83	13	69	44	29	0	25	1.54
27456694--27456728	15	2.2	16	90	5	54	48	34	8	8	1.64
27456751--27456846	11	8.7	11	68	13	54	18	25	27	29	1.98
27456751--27456835	33	2.6	33	81	3	82	18	25	27	28	1.98
27456797--27456849	22	2.4	22	87	0	70	15	20	30	33	1.93
27483215--27483255	20	2.0	20	95	0	73	14	9	7	68	1.39
27487398--27487653	128	2.0	127	89	0	395	39	19	14	26	1.90
27494694--27495010	59	5.4	60	83	6	382	34	3	29	32	1.75
27494701--27494921	29	7.4	29	69	11	110	36	3	27	33	1.74
27494724--27494936	30	7.2	29	68	14	112	36	3	28	31	1.75
27494701--27495008	119	2.6	115	85	6	386	35	3	28	32	1.73
27494987--27495088	30	3.4	29	85	5	134	33	1	26	38	1.68
27494966--27495096	59	2.3	58	82	7	151	34	1	26	37	1.66
27496349--27496387	3	13.0	3	88	0	60	33	0	2	64	1.08
27497091--27497182	17	5.5	17	78	11	93	50	4	1	44	1.29
27497091--27497182	6	15.5	6	71	10	73	50	4	1	44	1.29
27503259--27503301	19	2.2	19	83	4	50	34	9	2	53	1.46
27503946--27503975	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
27504510--27504583	33	2.2	35	85	11	109	51	10	2	35	1.51
27507267--27507307	20	2.0	20	100	0	82	53	4	14	26	1.61
27508792--27508917	29	4.4	29	82	5	139	21	13	22	42	1.87
27508991--27509088	28	3.5	28	74	14	94	14	17	22	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27516296--27518386	615	3.3	635	85	4	2755	22	25	11	39	1.88
27523103--27523291	84	2.3	82	80	8	204	39	15	17	28	1.90
27523131--27523291	84	1.9	84	83	5	209	36	16	17	29	1.92
27526700--27526839	41	3.4	41	82	1	163	25	22	11	41	1.87
27532112--27532244	40	3.3	39	82	8	142	22	23	11	42	1.85
27538001--27538202	78	2.6	78	75	9	189	42	9	11	36	1.75
27544386--27544450	30	2.2	30	86	2	87	53	9	0	36	1.33
27545715--27545747	17	1.9	17	93	0	57	30	6	12	51	1.63
27549864--27549914	13	4.0	13	76	2	50	17	13	1	66	1.34
27552995--27553113	61	1.9	62	80	10	136	32	21	15	31	1.94
27556646--27556670	5	5.0	5	100	0	50	40	0	60	0	0.97
27559150--27559308	54	2.9	54	90	0	228	31	21	17	29	1.96
27565950--27565977	13	2.2	13	100	0	56	50	10	7	32	1.64
27567348--27567383	16	2.2	17	90	9	58	16	36	27	19	1.93
27567417--27567481	18	3.5	18	79	6	67	16	44	16	21	1.86
27569174--27569331	41	3.8	41	84	4	183	27	23	10	38	1.88
27570718--27571092	186	2.0	187	98	0	734	30	26	14	29	1.95
27583610--27583805	60	3.2	60	81	8	195	36	20	3	39	1.70
27583619--27583783	30	5.5	30	78	3	156	34	23	3	39	1.70
27599643--27599674	15	2.1	15	94	0	55	65	0	3	31	1.08
27600657--27600761	25	4.2	25	78	6	95	28	20	21	29	1.98
27617883--27617917	16	2.1	17	89	5	54	62	5	0	31	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27630333--27630378	23	2.0	22	83	4	56	41	2	2	54	1.25
27630442--27630480	6	6.2	6	85	11	51	38	0	0	61	0.96
27630442--27630484	14	3.2	13	87	12	61	39	0	0	60	0.97
27630439--27630487	20	2.4	22	86	13	77	40	0	0	59	0.98
27631774--27631838	28	2.4	26	78	12	67	41	1	1	55	1.18
27633461--27633517	29	1.9	30	85	3	80	28	26	14	31	1.94
27635675--27635967	37	7.9	37	82	1	318	13	19	29	37	1.91
27635675--27635951	111	2.5	110	85	3	351	14	19	28	37	1.91
27637506--27637567	19	3.2	19	65	13	54	25	14	17	41	1.88
27637501--27637582	39	2.1	39	95	0	146	26	12	19	41	1.87
27639082--27640973	630	3.0	630	99	0	3732	39	13	12	34	1.82
27641543--27641588	20	2.3	20	96	0	83	30	19	19	30	1.97
27644044--27644111	14	4.9	14	80	3	66	32	17	22	27	1.96
27644044--27644111	21	3.2	21	76	12	77	32	17	22	27	1.96
27644044--27644115	7	10.3	7	71	5	56	30	16	23	29	1.96
27648273--27648314	3	14.3	3	95	5	77	33	0	0	66	0.92
27650656--27650693	20	1.9	20	100	0	76	47	26	15	10	1.78
27650681--27650757	7	11.0	7	77	0	64	33	23	20	22	1.97
27650681--27650757	21	3.7	21	80	3	93	33	23	20	22	1.97
27657786--27657817	15	2.1	15	94	0	55	53	0	0	46	1.00
27657811--27657912	12	8.6	12	74	20	65	48	0	1	49	1.19
27657814--27657890	23	3.4	21	79	13	82	48	0	2	49	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27663550--27663596	21	2.2	22	85	11	62	34	10	2	53	1.48
27673786--27673822	15	2.6	15	87	8	51	37	0	16	45	1.47
27674676--27674707	14	2.2	15	94	5	57	71	0	0	28	0.86
27678346--27678377	16	2.1	16	94	5	57	28	0	0	71	0.86
27681181--27681314	50	2.7	50	86	6	175	55	6	2	34	1.41
27694090--27694131	20	2.2	20	91	4	68	47	2	0	50	1.14
27698923--27698968	3	16.3	3	82	17	55	0	26	0	73	0.83
27730263--27730287	12	2.1	12	100	0	50	0	40	0	60	0.97
27734666--27734725	6	9.3	6	77	12	57	23	3	0	73	0.98
27738934--27739453	51	10.5	51	67	16	220	43	2	9	44	1.51
27738934--27739505	151	3.8	149	89	5	856	44	2	9	43	1.50
27738934--27739505	149	3.8	150	89	4	867	44	2	9	43	1.50
27743293--27743327	2	18.5	2	88	11	56	48	0	0	51	1.00
27743293--27743327	7	4.6	8	86	13	56	48	0	0	51	1.00
27745839--27745872	6	5.7	6	93	6	52	17	0	0	82	0.67
27745839--27745877	12	3.5	11	86	10	53	17	0	0	82	0.68
27751205--27751281	2	39.0	2	81	2	75	44	6	2	46	1.43
27751361--27751411	21	2.4	21	93	0	84	19	23	25	31	1.98
27751921--27752071	30	5.1	30	79	11	143	37	23	5	33	1.79
27767595--27767635	21	2.0	21	95	0	73	14	7	4	73	1.22
27773192--27773246	8	6.6	8	83	8	65	16	3	0	80	0.86
27773188--27773244	4	14.2	4	79	17	57	17	3	0	78	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27774780--27774824	19	2.4	19	81	7	56	40	0	2	57	1.11
27775641--27775681	21	2.0	21	90	4	66	14	9	2	73	1.19
27782779--27782819	19	2.2	19	100	0	82	31	43	14	9	1.78
27786273--27786299	10	2.7	10	100	0	54	18	18	0	62	1.32
27787042--27787180	48	2.9	48	81	4	163	40	14	23	22	1.90
27786960--27787302	172	2.0	172	85	3	467	38	16	21	22	1.93
27787094--27787627	249	2.1	248	83	1	692	40	17	20	22	1.92
27787460--27787551	48	1.9	48	84	0	121	43	13	20	22	1.86
27787094--27787621	124	4.2	124	85	1	689	39	17	20	21	1.92
27787508--27787684	76	2.3	76	85	0	237	39	20	18	22	1.92
27787387--27787809	201	2.1	201	86	0	578	41	17	19	21	1.90
27787260--27787948	325	2.1	327	88	1	1006	41	16	20	22	1.90
27787588--27788059	125	3.8	125	90	2	714	40	16	20	22	1.91
27787135--27788523	451	3.1	446	88	2	1919	39	17	20	22	1.92
27787910--27788002	48	1.9	48	91	0	150	38	16	22	22	1.92
27787838--27788279	201	2.2	201	89	3	687	38	17	21	22	1.93
27787960--27788155	77	2.6	76	88	0	275	40	18	20	20	1.92
27788113--27788202	47	1.9	47	86	0	126	41	11	21	26	1.86
27788035--27788509	123	3.9	121	85	5	562	38	17	21	22	1.93
27788236--27788327	48	2.0	46	82	4	112	38	17	23	20	1.93
27788358--27788451	48	2.0	48	91	0	152	38	14	24	22	1.92
27788035--27788523	246	2.0	246	85	5	659	39	17	21	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27788977--27789019	16	2.7	16	85	0	50	44	34	2	18	1.63
27790087--27790165	29	2.8	28	77	11	81	36	17	6	39	1.75
27790139--27790241	30	3.4	30	87	2	136	33	22	9	33	1.87
27790158--27790252	30	3.1	30	89	4	111	32	23	9	34	1.87
27794140--27794199	27	2.2	27	82	5	68	46	1	1	50	1.21
27798447--27798507	24	2.7	24	83	14	76	22	8	27	40	1.82
27798462--27798507	24	1.9	25	91	8	78	21	8	28	41	1.83
27798444--27798522	21	3.6	21	77	14	79	21	8	27	41	1.83
27800190--27800370	71	2.6	70	92	1	299	56	15	3	24	1.54
27807773--27807992	51	4.5	51	71	12	188	45	8	2	44	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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