genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  72  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23100517--23100682	69	2.4	69	84	3	217	39	17	4	38	1.71
23100612--23100670	23	2.4	25	86	8	77	42	18	5	33	1.72
23100407--23100675	128	2.1	127	86	2	380	39	18	4	37	1.72
23101145--23101396	36	7.1	36	87	6	354	37	25	9	28	1.86
23103646--23103743	33	3.0	33	71	5	81	32	15	20	31	1.93
23103712--23104051	32	10.6	32	81	2	342	36	16	16	30	1.92
23103713--23104051	64	5.3	64	83	2	387	35	16	16	30	1.92
23103719--23104041	96	3.4	96	84	4	411	36	17	16	30	1.91
23115763--23116042	32	8.8	32	84	1	373	35	16	17	30	1.92
23115763--23116042	96	2.9	96	88	0	416	35	16	17	30	1.92
23124698--23124772	14	5.3	14	80	7	89	41	29	0	29	1.56
23124703--23124772	28	2.5	29	88	6	108	42	28	0	28	1.56
23125184--23125251	32	2.1	32	83	8	84	51	5	1	41	1.35
23136283--23136356	23	3.3	22	90	3	94	58	22	8	10	1.58
23136268--23136402	12	11.8	12	65	9	66	55	26	7	10	1.60
23136305--23136404	23	4.4	23	87	1	112	56	29	6	9	1.54
23136544--23136587	18	2.4	18	80	0	52	20	36	4	38	1.73
23141112--23141156	21	2.2	21	84	4	56	48	2	6	42	1.41
23141259--23141301	21	2.0	21	91	8	70	51	0	2	46	1.13
23141295--23141525	50	4.7	50	71	13	149	41	3	7	48	1.48
23141051--23141628	145	4.0	145	87	7	800	43	3	7	45	1.49
23142297--23142771	241	2.0	239	92	3	785	36	6	14	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23146068--23146109	4	10.5	4	89	0	66	23	28	0	47	1.52
23154081--23154112	15	2.1	15	94	0	55	90	0	9	0	0.45
23154366--23154414	17	2.9	16	84	9	62	77	0	20	2	0.87
23154809--23155992	42	28.4	42	85	3	1453	20	18	24	36	1.95
23155589--23155657	35	2.0	35	97	0	129	20	18	23	37	1.94
23156181--23156220	21	2.0	21	85	5	55	25	10	5	60	1.49
23156737--23157216	241	2.0	238	90	3	757	36	5	15	42	1.71
23157770--23157837	12	6.2	12	70	26	53	45	2	1	50	1.26
23157756--23157837	42	2.0	42	100	0	164	42	4	2	50	1.37
23160661--23160860	62	3.0	67	72	20	202	42	3	5	49	1.43
23161987--23162024	20	2.0	20	84	5	51	31	23	15	28	1.96
23173551--23173678	23	5.5	23	86	0	166	25	23	17	33	1.96
23176487--23176517	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
23186257--23186304	19	2.5	20	75	21	50	45	0	0	54	0.99
23186334--23186368	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
23194988--23195047	21	2.9	21	85	7	77	35	20	8	36	1.82
23195632--23195845	51	4.2	52	82	6	149	28	25	15	31	1.96
23195662--23195848	51	3.7	51	86	2	265	28	24	14	32	1.94
23195615--23195848	98	2.3	102	85	5	298	28	24	14	32	1.95
23200655--23200734	41	2.0	41	89	0	124	36	32	16	15	1.89
23201857--23202726	293	3.0	292	77	9	772	33	14	11	41	1.81
23203342--23203399	24	2.4	24	97	0	107	48	12	13	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23209778--23209828	24	2.1	24	92	0	84	15	27	29	27	1.96
23213947--23214053	28	3.7	28	72	17	67	37	3	26	32	1.74
23213886--23214048	87	1.9	87	92	0	272	33	4	26	35	1.76
23215872--23215934	16	3.8	17	75	6	67	55	4	0	39	1.21
23215856--23215927	27	2.7	27	77	0	72	52	4	1	41	1.29
23216269--23216884	196	3.1	196	91	2	955	19	23	21	35	1.96
23228909--23229131	29	7.7	29	68	15	95	35	4	27	32	1.77
23228887--23229131	87	2.8	87	91	0	393	36	4	25	33	1.76
23230956--23231018	16	3.8	17	75	6	67	55	4	0	39	1.21
23230940--23231011	27	2.7	27	77	0	72	52	4	1	41	1.29
23237958--23237993	17	2.1	17	89	0	54	41	0	2	55	1.14
23238828--23238872	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
23241276--23241325	21	2.4	21	82	0	55	44	16	14	26	1.85
23241287--23241326	21	1.9	21	89	0	62	42	15	17	25	1.88
23245869--23246058	103	1.9	102	86	5	276	36	12	24	26	1.91
23246583--23246611	9	3.0	10	90	10	51	10	0	0	89	0.48
23246632--23246676	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
23251512--23251587	17	4.5	17	78	4	91	53	2	3	39	1.33
23254615--23254654	21	1.9	21	84	0	53	50	7	20	22	1.73
23257927--23258100	55	3.1	55	66	21	158	37	11	20	30	1.88
23257927--23258144	116	1.9	116	100	0	436	37	12	18	30	1.89
23266105--23266238	60	2.2	60	87	0	187	35	22	1	41	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23266109--23266238	30	4.4	30	76	10	124	34	22	1	41	1.63
23266105--23266254	30	5.1	31	72	12	111	34	24	1	40	1.64
23271566--23271629	17	3.8	16	80	15	67	81	0	12	6	0.87
23271566--23271616	21	2.4	22	83	12	70	84	0	9	5	0.78
23271579--23271623	11	4.2	11	81	18	51	84	0	13	2	0.72
23271626--23271724	45	2.2	45	92	0	162	44	15	27	13	1.83
23273226--23273404	42	4.3	42	76	10	163	30	29	16	24	1.96
23273219--23273404	84	2.2	84	83	5	218	30	29	16	24	1.96
23273376--23273785	91	4.5	90	86	3	497	31	23	19	25	1.98
23273373--23273785	46	9.2	44	82	5	445	31	23	19	25	1.98
23273371--23273785	137	3.1	135	82	9	474	31	23	19	25	1.98
23274002--23274211	48	4.6	48	70	14	165	36	16	21	24	1.94
23274190--23274284	37	2.6	37	87	0	136	36	17	22	23	1.95
23274002--23274246	133	1.8	133	89	1	384	36	17	21	24	1.94
23274386--23274550	85	1.9	85	84	4	217	38	14	20	26	1.91
23274223--23274760	209	2.6	209	86	3	753	38	17	19	24	1.93
23274642--23274712	37	1.9	37	91	0	115	35	15	23	25	1.94
23274594--23274845	85	3.0	85	84	3	319	38	16	19	24	1.92
23274747--23275256	201	2.5	202	84	7	618	38	15	20	25	1.92
23274223--23276761	501	5.1	498	74	10	1469	38	16	20	24	1.93
23275093--23275425	85	3.9	84	84	2	380	38	16	21	23	1.93
23275341--23275434	48	2.0	48	85	4	127	39	19	20	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23275252--23276049	208	3.8	208	85	3	1040	38	17	20	23	1.93
23275459--23275632	85	2.0	85	86	4	244	39	16	18	24	1.91
23275260--23276048	417	1.9	415	86	4	1142	38	17	20	24	1.93
23275675--23275842	85	2.0	85	87	0	246	36	16	22	24	1.94
23275230--23276761	709	2.2	711	87	2	2168	37	16	20	24	1.93
23275884--23276133	85	3.0	85	82	5	267	38	16	20	25	1.93
23276175--23276342	85	2.0	85	85	0	228	35	15	22	27	1.94
23275675--23276342	292	2.3	293	85	3	898	37	16	21	25	1.93
23276593--23276760	85	2.0	85	82	4	205	37	14	22	25	1.92
23275970--23276882	419	2.2	415	84	5	1194	38	15	20	25	1.92
23277459--23277604	66	2.2	68	79	9	158	34	10	2	52	1.47
23277725--23277771	24	1.9	24	82	4	58	53	6	4	36	1.46
23278213--23278353	29	4.8	29	81	7	169	36	21	1	40	1.62
23278213--23278360	58	2.5	58	85	8	194	37	21	1	39	1.62
23281850--23281884	18	1.9	18	88	0	52	40	25	14	20	1.90
23285739--23285809	36	2.0	36	97	0	133	23	18	14	43	1.86
23288045--23288082	14	2.9	14	84	11	53	73	0	26	0	0.83
23289199--23289261	31	2.0	31	100	0	126	25	17	19	38	1.93
23292375--23292418	18	2.5	17	78	10	52	43	0	52	4	1.22
23292772--23292797	11	2.4	11	100	0	52	7	7	0	84	0.77
23292771--23292829	21	2.8	21	74	5	57	10	6	8	74	1.22
23293790--23293823	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23294499--23294545	20	2.3	20	85	3	58	40	2	6	51	1.39
23294229--23294738	148	3.4	147	83	8	599	42	3	10	43	1.56
23294702--23294767	23	2.8	23	68	19	55	39	1	15	43	1.55
23295612--23295643	13	2.5	13	94	0	55	62	0	21	15	1.32
23297967--23297998	16	2.0	16	93	0	55	78	0	9	12	0.97
23308252--23308297	23	2.0	23	86	4	65	23	4	15	56	1.57
23311714--23311941	113	2.0	113	96	0	420	32	24	18	24	1.97
23326029--23326585	42	13.1	42	84	4	679	22	19	23	34	1.96
23336789--23336839	15	3.4	15	76	15	52	54	1	39	3	1.30
23337875--23337922	18	2.6	19	84	15	66	75	4	18	2	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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