genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  86  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28359918--28360065	39	3.8	39	77	5	147	38	18	18	24	1.93
28371648--28371875	123	1.9	121	86	3	323	39	19	18	22	1.92
28386291--28386343	13	4.1	13	76	9	54	43	16	3	35	1.67
28386534--28386573	19	2.1	19	90	0	62	52	5	10	32	1.56
28388792--28388818	13	2.1	13	100	0	54	51	7	0	40	1.30
28391355--28391419	30	2.2	30	85	0	85	24	3	16	55	1.56
28393759--28393802	23	1.9	23	85	0	61	38	15	27	18	1.91
28396770--28396812	13	3.3	13	84	15	54	72	2	11	13	1.22
28396761--28396812	27	2.0	25	82	14	61	71	3	9	15	1.27
28396918--28397268	87	4.1	86	78	9	338	35	1	26	35	1.68
28396919--28397333	58	7.1	58	80	7	351	35	2	26	35	1.71
28396919--28397333	29	14.3	28	77	8	291	35	2	26	35	1.71
28398479--28398527	21	2.5	19	81	18	57	59	0	8	32	1.27
28399128--28399210	6	14.3	6	77	16	86	55	1	2	40	1.21
28399128--28399239	17	6.5	17	86	4	152	57	3	1	37	1.27
28399128--28399239	35	3.2	33	86	7	143	57	3	1	37	1.27
28399129--28399228	23	4.3	23	74	13	71	56	3	2	39	1.26
28399128--28399239	52	2.2	52	91	0	179	57	3	1	37	1.27
28399673--28400258	39	15.3	39	67	14	211	25	20	29	24	1.99
28399646--28399794	78	1.9	78	80	2	174	27	20	25	26	1.99
28399734--28399957	111	2.0	111	83	0	277	25	20	28	25	1.99
28399845--28400179	78	4.3	78	91	0	492	25	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28399845--28400179	155	2.2	156	88	1	501	25	21	28	24	1.99
28400116--28400216	37	2.7	37	93	3	166	24	28	30	15	1.96
28402525--28402566	3	14.0	3	84	0	57	0	26	0	73	0.83
28402523--28402565	15	2.8	15	92	3	68	0	25	0	74	0.82
28411966--28412013	15	3.3	14	77	16	53	70	4	6	18	1.25
28412186--28412455	29	9.2	28	75	10	141	32	3	25	38	1.72
28412184--28412484	115	2.6	118	77	13	286	32	3	25	38	1.72
28412236--28412484	29	8.7	28	73	11	114	31	4	25	38	1.75
28413641--28413689	21	2.5	19	81	18	57	59	0	8	32	1.27
28416780--28417019	52	4.6	52	90	0	345	25	15	25	33	1.95
28426334--28426373	10	3.9	10	81	18	55	77	0	22	0	0.77
28428522--28428573	24	2.2	22	83	12	68	26	13	7	51	1.67
28431629--28431692	32	2.0	32	100	0	128	12	25	12	50	1.75
28441948--28441986	21	1.9	21	84	5	53	15	12	5	66	1.41
28442595--28442648	28	1.9	28	88	0	81	24	14	27	33	1.94
28442600--28442659	28	2.1	28	81	0	66	23	18	23	35	1.96
28450743--28450771	4	7.2	4	100	0	58	24	24	0	51	1.48
28451167--28451206	21	1.9	21	89	0	62	20	0	5	75	0.99
28463895--28464025	69	1.9	69	87	0	190	32	14	25	27	1.95
28467135--28467283	69	2.2	69	96	1	273	20	15	31	32	1.94
28475780--28475813	17	2.0	17	94	0	59	29	32	0	38	1.58
28481364--28481397	17	2.0	17	100	0	68	29	35	0	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28489570--28489596	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
28498590--28498655	20	3.3	20	76	4	80	27	0	18	54	1.44
28498591--28498651	19	3.2	19	76	2	68	27	0	19	52	1.46
28500401--28500459	17	3.5	17	69	17	52	52	0	1	45	1.10
28500404--28500468	31	2.0	33	88	11	100	50	0	1	47	1.10
28503756--28503951	61	3.3	59	81	7	173	33	2	23	39	1.69
28503807--28503955	59	2.5	59	82	7	178	35	1	23	39	1.63
28503810--28503951	30	4.8	29	74	14	128	35	1	22	40	1.63
28504673--28504709	19	1.9	20	88	5	58	32	18	0	48	1.49
28505024--28505120	3	32.7	3	79	6	99	30	2	5	61	1.29
28506125--28506267	39	3.7	39	88	5	220	56	0	13	30	1.37
28506124--28506284	76	2.1	77	87	8	238	55	0	12	31	1.41
28506125--28506284	39	4.2	38	84	9	184	56	0	12	30	1.41
28506589--28506637	23	2.2	23	85	3	64	48	4	14	32	1.62
28506967--28507000	16	2.1	16	88	5	50	55	0	8	35	1.31
28507026--28507067	16	2.7	15	86	13	59	61	2	2	33	1.21
28508246--28508296	20	2.4	22	75	24	56	35	5	3	54	1.43
28510300--28510337	18	2.1	19	85	9	53	28	0	0	71	0.87
28510444--28510495	19	2.8	19	86	11	72	28	3	1	65	1.21
28510441--28510548	8	10.5	11	66	28	51	30	3	1	63	1.22
28510616--28510640	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
28512102--28512220	30	4.1	30	88	8	165	28	5	4	61	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28513089--28513709	55	10.9	56	77	11	475	38	15	16	30	1.89
28513061--28513571	55	8.8	59	83	10	542	40	14	15	29	1.87
28513081--28513657	118	5.0	112	82	8	433	39	14	15	30	1.88
28517006--28517041	17	2.1	17	89	0	54	52	0	2	44	1.15
28519450--28519550	23	4.4	22	82	3	121	12	14	23	48	1.79
28519450--28519550	46	2.2	46	92	0	166	12	14	23	48	1.79
28528072--28528439	182	2.0	183	95	0	657	41	7	16	34	1.77
28528554--28528610	23	2.5	23	97	0	105	21	17	17	43	1.88
28528577--28528744	46	3.4	46	67	15	120	17	19	22	40	1.91
28528671--28528756	23	3.8	23	80	3	95	13	18	25	41	1.88
28528512--28528749	125	1.9	125	89	1	370	19	18	22	39	1.92
28528671--28528756	46	1.9	45	85	4	120	13	18	25	41	1.88
28530786--28530943	76	2.1	75	85	4	219	53	10	8	26	1.65
28530863--28531150	90	3.2	88	83	8	357	54	11	7	26	1.63
28533270--28533350	30	2.7	30	92	0	126	29	3	3	62	1.29
28534211--28534488	58	4.8	59	74	13	229	41	15	14	28	1.87
28534211--28534488	57	4.8	57	74	14	246	41	15	14	28	1.87
28534211--28534498	117	2.4	119	80	7	356	40	15	14	28	1.88
28534295--28534639	55	6.2	54	74	11	230	37	16	15	31	1.90
28545612--28545663	21	2.4	22	78	12	54	44	3	0	51	1.19
28545819--28545852	16	2.2	16	90	10	54	44	0	5	50	1.26
28555866--28555907	18	2.3	18	87	0	66	21	21	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28558155--28558202	17	2.8	17	87	6	62	45	2	0	52	1.12
28561574--28561613	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
28565057--28565386	171	1.9	171	92	0	552	26	27	15	29	1.96
28567790--28567833	13	3.4	13	83	0	61	75	2	0	22	0.92
28572767--28572992	109	2.1	110	91	0	364	22	13	16	47	1.81
28573389--28573449	21	2.7	23	80	17	74	39	29	4	26	1.77
28574046--28574217	52	3.3	52	88	3	249	31	23	15	28	1.95
28576508--28576532	13	1.9	13	100	0	50	56	0	40	4	1.18
28577222--28577262	21	2.0	21	90	0	64	39	9	9	41	1.71
28583073--28583120	24	2.0	25	87	4	71	12	18	2	66	1.33
28583090--28583146	28	2.0	29	83	10	73	10	15	0	73	1.09
28583509--28583580	21	3.4	22	84	7	96	33	25	12	29	1.92
28591555--28591595	17	2.3	18	91	4	66	65	2	0	31	1.05
28592520--28592548	9	3.3	9	95	4	51	31	0	0	68	0.89
28592563--28592706	19	7.9	19	71	18	85	33	3	1	61	1.21
28592563--28592641	9	8.4	9	76	20	74	31	3	0	64	1.11
28592526--28592595	37	1.9	36	82	2	86	28	2	2	65	1.21
28594911--28594949	19	2.1	19	95	0	69	51	5	17	25	1.66
28595282--28595357	4	19.5	4	87	5	111	21	1	27	50	1.57
28596639--28596805	18	9.2	18	72	6	106	35	19	12	31	1.89
28596633--28596770	36	3.8	36	80	3	154	35	20	11	32	1.88
28596765--28596803	19	2.1	19	85	0	51	38	17	15	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28599401--28599577	68	2.6	68	81	3	178	41	7	22	28	1.82
28602187--28602245	21	2.8	21	78	0	73	38	23	30	6	1.81
28602552--28602597	23	2.0	23	100	0	92	52	4	13	30	1.59
28607704--28607803	48	2.1	49	83	5	123	35	31	0	34	1.58
28624694--28624769	39	1.9	39	91	0	125	40	11	13	34	1.81
28630019--28630059	9	4.4	9	87	3	55	26	0	4	68	1.10
28630012--28630061	18	2.8	17	79	8	55	30	0	4	66	1.10
28632655--28632738	36	2.3	38	83	6	102	46	1	0	52	1.08
28633519--28633565	23	2.0	23	87	0	67	29	21	14	34	1.93
28635647--28635700	23	2.4	22	78	9	54	64	3	20	11	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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