genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  192  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60075338--60075365	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
60076178--60076307	17	7.1	17	72	20	93	53	3	1	41	1.28
60076191--60076307	6	20.0	6	73	13	84	52	4	1	41	1.31
60076192--60076307	11	10.0	11	71	14	74	53	4	1	40	1.31
60076861--60076925	17	3.8	17	85	4	69	52	1	1	44	1.19
60077367--60077406	20	2.0	21	95	5	73	20	12	25	42	1.86
60077366--60077415	21	2.5	20	83	3	55	26	10	24	40	1.86
60077822--60077868	22	2.0	24	84	12	62	40	0	2	57	1.11
60077814--60077868	22	2.5	21	78	16	58	38	0	3	58	1.16
60078870--60079160	102	2.9	102	82	0	348	31	18	31	18	1.95
60081559--60081604	24	2.0	23	86	4	65	58	4	0	36	1.18
60087029--60087072	18	2.4	18	88	3	70	59	4	20	15	1.54
60092474--60092548	8	8.5	8	71	23	53	66	2	1	29	1.13
60092478--60092548	19	3.8	19	70	17	60	64	2	1	30	1.16
60092478--60092548	28	2.6	27	79	20	85	64	2	1	30	1.16
60092834--60092961	61	2.1	61	82	2	150	39	3	14	42	1.65
60097636--60097673	20	1.9	19	85	15	51	44	0	39	15	1.47
60099091--60099164	35	2.1	36	89	2	114	39	13	17	29	1.88
60101020--60101067	19	2.5	18	77	12	51	60	6	2	31	1.33
60101207--60101348	10	14.7	10	68	12	91	64	3	4	26	1.30
60101184--60101349	10	17.4	9	68	19	61	65	4	4	25	1.31
60101973--60102010	15	2.5	15	95	4	67	21	39	13	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60104273--60104370	6	17.0	6	71	19	75	41	2	1	55	1.18
60104279--60104370	17	5.7	16	83	11	116	41	2	1	55	1.19
60104273--60104370	11	8.5	11	72	14	65	41	2	1	55	1.18
60104510--60104548	18	2.2	18	85	0	51	46	23	0	30	1.53
60105079--60105108	15	2.0	15	93	0	51	60	3	0	36	1.14
60105101--60105187	16	5.7	15	72	13	61	55	2	2	40	1.25
60105111--60105171	19	3.2	19	71	17	54	52	0	3	44	1.17
60106278--60106563	30	9.4	30	80	6	256	39	20	2	37	1.67
60106273--60106590	60	5.3	59	80	5	246	37	21	3	38	1.69
60106278--60106534	90	2.8	91	84	4	324	38	20	2	37	1.67
60106278--60106563	90	3.1	89	82	5	306	39	20	2	37	1.67
60110065--60110093	4	7.2	4	100	0	58	24	27	0	48	1.51
60110644--60110685	21	2.0	22	85	4	59	45	7	30	16	1.74
60115026--60115050	12	2.1	12	100	0	50	8	8	44	40	1.63
60118073--60118469	68	5.9	67	91	3	600	33	16	20	29	1.94
60117995--60118469	201	2.3	206	86	7	667	34	16	20	29	1.94
60118409--60118551	40	3.5	41	69	18	134	36	18	17	27	1.94
60118400--60118576	84	2.1	84	97	0	336	37	18	16	26	1.92
60118883--60118974	6	15.8	6	74	17	70	40	2	1	56	1.18
60118883--60118974	17	5.7	15	81	18	105	40	2	1	56	1.18
60118876--60118974	11	9.0	11	71	23	75	40	2	1	56	1.17
60119690--60119788	16	6.7	15	73	13	71	55	1	2	41	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60119714--60119774	19	3.2	19	71	17	54	52	0	3	44	1.17
60120364--60120388	13	1.9	13	100	0	50	76	0	24	0	0.80
60120873--60121096	30	7.4	30	80	8	213	38	21	3	36	1.70
60120873--60121097	89	2.5	90	83	4	274	38	21	3	36	1.70
60124371--60124428	30	1.9	30	82	6	73	25	13	8	51	1.70
60128168--60128202	17	2.1	17	88	0	52	68	2	0	28	1.04
60128754--60128827	31	2.4	31	86	10	100	44	18	13	22	1.85
60128948--60129015	6	11.7	6	71	12	52	58	19	2	19	1.51
60128948--60129080	47	2.8	46	81	7	126	58	18	3	19	1.54
60132660--60132992	58	5.7	58	75	16	228	37	2	26	33	1.71
60132677--60133025	59	6.0	57	80	9	346	36	2	27	32	1.72
60132683--60133000	29	10.9	29	66	20	130	36	2	27	33	1.69
60134798--60134867	27	2.6	27	90	4	106	18	17	24	40	1.91
60134933--60134973	17	2.3	18	91	4	66	53	0	2	43	1.13
60135515--60136505	200	5.0	200	93	0	1547	22	22	19	36	1.95
60135315--60136505	600	2.0	585	87	4	1690	21	22	19	36	1.95
60148490--60148582	29	3.2	29	68	22	77	37	2	29	31	1.69
60148563--60148645	28	3.0	28	67	13	71	34	1	34	28	1.65
60148483--60148765	59	4.9	57	81	6	295	35	1	29	33	1.68
60148739--60148803	29	2.2	29	83	5	78	41	4	15	38	1.68
60148478--60148803	58	5.6	56	75	13	250	36	2	26	34	1.69
60150621--60150688	13	5.0	13	71	18	50	16	19	26	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60150619--60150688	27	2.6	27	90	4	106	17	18	25	38	1.92
60150754--60150794	18	2.4	17	95	4	73	56	0	0	43	0.99
60150998--60151044	23	2.0	23	83	0	58	51	6	10	31	1.62
60153293--60153427	39	3.5	39	78	0	126	23	16	18	41	1.90
60153571--60153765	74	2.6	74	88	0	293	28	27	17	26	1.98
60159218--60159269	25	2.1	25	85	7	70	50	0	0	50	1.00
60159433--60159692	131	2.0	131	93	0	439	30	18	12	38	1.88
60162522--60162600	11	7.6	11	68	18	62	53	1	1	44	1.16
60172927--60172978	18	2.9	20	76	21	53	38	0	1	59	1.08
60173286--60173321	15	2.4	15	85	0	54	36	52	5	5	1.48
60174245--60174313	35	2.0	35	97	0	129	36	8	7	47	1.62
60174812--60174843	15	2.1	15	94	0	55	21	12	9	56	1.64
60175296--60175358	28	2.2	27	78	10	72	7	6	14	71	1.29
60175264--60175346	18	4.3	19	81	7	96	4	6	18	71	1.25
60175264--60175338	38	1.9	40	86	5	109	4	6	18	70	1.25
60176080--60176132	25	2.0	25	85	14	70	49	0	0	50	1.00
60178016--60178056	21	2.0	21	85	9	57	21	29	19	29	1.98
60181324--60181445	41	3.0	41	80	15	144	26	19	22	31	1.98
60181323--60181439	40	2.9	39	82	13	139	25	19	21	33	1.97
60182320--60182355	3	12.0	3	87	0	54	33	0	33	33	1.58
60185842--60185886	19	2.3	20	84	3	56	35	0	2	62	1.08
60186016--60186290	90	3.1	89	84	4	338	31	9	20	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60186478--60186542	30	2.1	31	82	5	78	30	16	16	35	1.92
60186489--60186552	30	2.1	32	88	5	96	26	14	17	42	1.87
60187835--60187872	19	2.0	19	100	0	76	10	31	21	36	1.87
60188759--60188847	17	5.2	17	79	5	90	38	4	4	52	1.42
60188770--60188836	34	2.0	34	88	5	100	34	4	5	55	1.45
60189559--60189605	10	4.9	10	82	7	53	53	0	0	46	1.00
60190714--60191060	29	12.0	28	74	16	228	35	25	5	32	1.80
60190724--60191061	86	3.9	86	78	11	294	36	25	5	33	1.79
60204031--60204060	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
60204217--60204278	21	3.0	20	74	23	65	48	3	0	48	1.17
60207022--60207115	17	5.4	17	77	7	82	39	0	6	54	1.26
60207041--60207130	6	15.7	6	70	13	55	38	1	5	54	1.31
60207021--60207130	35	3.2	33	78	10	103	39	0	6	53	1.33
60208739--60208856	30	3.9	30	71	14	100	40	16	2	39	1.63
60208830--60209169	58	5.8	58	73	18	258	32	26	2	38	1.71
60208886--60209167	29	9.5	28	67	23	109	32	27	2	37	1.70
60208831--60208958	29	4.4	30	68	21	87	32	25	2	39	1.68
60208892--60209027	65	2.1	65	89	6	204	30	27	2	38	1.69
60208957--60209202	57	4.3	57	71	13	175	31	28	4	36	1.76
60214081--60214227	30	5.0	29	79	9	145	39	23	3	33	1.72
60214081--60214229	60	2.5	60	80	5	160	38	24	3	32	1.72
60214183--60214293	29	3.8	29	72	9	82	32	30	2	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60214202--60214337	58	2.4	57	86	2	191	30	33	2	33	1.73
60215272--60215347	13	5.6	13	70	20	57	43	1	6	48	1.37
60219747--60219962	28	7.5	28	71	10	130	35	4	28	32	1.76
60219712--60219933	57	3.8	57	78	5	214	35	4	28	31	1.76
60219806--60219946	56	2.5	57	78	13	155	33	4	31	29	1.79
60219944--60220305	60	6.1	60	81	4	392	35	3	23	38	1.71
60219945--60220282	119	2.8	119	84	3	428	36	2	23	37	1.70
60219944--60220282	30	11.3	30	69	15	211	35	2	23	37	1.70
60232577--60232706	60	2.1	61	80	6	149	45	0	7	46	1.37
60232591--60232695	29	3.6	28	73	15	79	45	0	9	43	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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