genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  68  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21861371--21861425	26	2.3	23	77	17	67	70	0	5	23	1.07
21861381--21861422	17	2.5	17	80	0	57	76	0	4	19	0.96
21861627--21861669	21	2.2	20	91	8	70	74	0	6	18	1.04
21863222--21863834	50	12.2	50	66	12	243	25	17	19	37	1.93
21863322--21863481	51	3.2	50	71	5	142	25	16	19	38	1.92
21863236--21863924	101	6.8	100	76	6	480	25	17	19	37	1.93
21863492--21863601	51	2.2	50	79	8	116	25	19	19	36	1.95
21863333--21863916	202	2.9	200	80	3	627	26	17	19	36	1.94
21863258--21863853	303	2.0	303	80	5	677	25	17	19	37	1.93
21870289--21870430	37	3.8	37	75	6	135	16	19	29	35	1.93
21871958--21871993	18	1.9	18	88	5	54	2	16	0	80	0.83
21872548--21872613	34	1.9	34	81	6	80	46	12	19	21	1.82
21875070--21875389	50	6.4	50	69	11	161	27	18	18	35	1.94
21875192--21875863	101	6.7	99	75	8	532	27	16	18	37	1.92
21875480--21875738	51	5.1	50	66	12	143	29	20	16	33	1.94
21875227--21875817	202	2.9	200	82	4	659	27	17	18	36	1.93
21875492--21875755	50	5.2	49	69	11	167	28	19	17	34	1.94
21900872--21900905	18	1.9	17	88	5	50	23	11	8	55	1.63
21906436--21906483	24	2.0	25	84	12	64	16	8	4	70	1.27
21908193--21908231	19	2.0	20	90	10	62	69	0	30	0	0.89
21913451--21913638	52	3.6	52	91	1	288	25	15	24	34	1.95
21915561--21915610	21	2.4	21	80	6	57	32	28	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21919205--21919258	24	2.2	25	83	9	67	77	1	5	14	1.03
21923395--21923467	23	3.1	25	73	11	73	69	0	2	27	1.02
21923399--21923470	8	9.1	8	78	13	69	69	0	2	27	1.02
21923679--21923722	21	2.1	21	88	12	65	72	0	9	18	1.10
21928062--21928136	25	3.0	24	75	14	73	66	1	5	26	1.21
21928341--21928385	22	2.1	21	88	8	65	73	0	6	20	1.05
21936954--21937009	24	2.3	24	100	0	112	30	17	19	32	1.95
21937480--21937553	29	2.6	28	76	18	71	39	1	5	54	1.32
21947760--21947812	21	2.5	21	93	0	97	45	32	0	22	1.53
21947800--21947866	20	3.3	20	93	0	116	49	34	1	14	1.53
21947795--21947824	15	2.0	15	100	0	60	46	33	0	20	1.51
21947841--21947875	14	2.4	15	90	4	54	48	31	5	14	1.67
21947921--21947957	11	3.5	11	88	3	58	18	29	27	24	1.98
21947959--21948033	13	5.6	13	79	4	87	16	20	22	41	1.90
21947948--21948030	20	4.2	20	79	11	98	16	21	24	37	1.94
21947967--21948033	27	2.5	26	82	2	80	16	20	22	40	1.91
21947954--21948030	40	1.9	40	89	5	120	16	20	23	38	1.92
21949079--21949124	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
21951687--21951739	20	2.7	20	69	0	52	5	3	60	30	1.37
21951762--21951889	20	6.4	20	77	6	107	17	32	14	35	1.89
21967449--21967491	15	2.6	16	82	14	52	6	13	0	79	0.93
21967451--21967519	33	2.1	33	86	5	95	10	18	0	71	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21968446--21968577	69	1.9	67	87	3	192	44	9	12	34	1.73
21969075--21973244	216	19.4	216	80	4	4323	28	16	14	40	1.88
21969075--21985426	430	38.2	431	78	6	15580	28	16	14	40	1.88
21973052--21973419	191	1.9	193	80	6	426	29	18	12	38	1.88
21973245--21985426	216	56.8	216	79	6	11573	28	16	14	40	1.88
21989636--21990716	50	21.6	50	69	13	487	35	17	19	27	1.94
21989635--21990757	101	11.2	100	82	4	1169	35	17	19	28	1.94
21989635--21990675	400	2.6	399	83	5	1316	35	17	19	27	1.94
21989635--21990659	151	6.8	150	69	11	504	35	16	19	27	1.94
21992094--21992141	23	2.1	23	100	0	96	14	33	4	47	1.63
21993635--21993701	29	2.3	29	80	12	77	20	7	4	67	1.34
21993714--21993752	13	2.9	13	85	14	53	20	0	5	74	1.01
21997850--21997970	30	4.1	31	87	5	101	31	2	31	34	1.71
21997865--21997999	30	4.6	29	87	7	166	28	2	30	37	1.72
21997873--21998000	59	2.2	59	86	8	172	28	3	31	36	1.73
21999003--21999034	4	8.2	4	93	6	57	25	0	0	75	0.81
21999004--21999034	15	2.1	15	100	0	62	25	0	0	74	0.82
21999592--21999668	34	2.3	34	88	2	111	59	5	1	33	1.28
21999585--21999668	17	5.1	16	75	12	80	58	4	1	35	1.27
22000906--22000938	17	1.9	17	93	0	57	21	30	0	48	1.50
22023435--22023478	18	2.5	18	88	3	63	59	13	11	15	1.62
22023437--22023487	18	2.6	19	78	12	59	58	11	11	17	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22034138--22034182	21	2.1	21	95	0	81	35	22	22	20	1.96
22043925--22043967	17	2.5	17	88	3	59	25	13	9	51	1.71
22045798--22045837	19	2.0	21	85	9	57	27	15	0	57	1.38
22049488--22049521	18	1.9	17	88	5	50	23	11	8	55	1.63
22072373--22072424	12	4.3	12	77	15	54	76	0	19	3	0.93
22075632--22075658	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
22079049--22079109	16	3.8	16	74	6	61	47	11	11	29	1.75
22081516--22081551	18	2.0	18	94	0	63	30	0	27	41	1.56
22083735--22083807	22	3.3	22	84	3	94	24	10	21	42	1.85
22092680--22092758	37	2.1	37	88	4	115	30	31	17	20	1.96
22092732--22092868	37	3.7	37	75	14	115	31	24	14	29	1.95
22092854--22092911	26	2.3	26	93	3	100	27	17	25	29	1.97
22093714--22093744	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
22096029--22096061	17	1.9	17	93	0	57	15	21	12	51	1.75
22097141--22097219	38	2.1	38	86	6	108	27	25	15	31	1.95
22097153--22097238	37	2.3	38	85	2	111	26	22	16	34	1.95
22098085--22098115	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
22103420--22103539	18	6.7	18	81	3	134	20	20	27	31	1.97
22103420--22103539	54	2.2	54	85	4	161	20	20	27	31	1.97
22106891--22106943	21	2.5	21	100	0	106	41	33	13	11	1.80
22112389--22112418	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
22118788--22118842	22	2.7	19	71	15	56	34	25	29	10	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22126548--22126591	23	2.0	22	86	4	61	43	15	2	38	1.60
22135617--22135646	13	2.2	14	94	5	53	33	20	10	36	1.86
22139699--22139742	11	3.9	11	85	5	52	4	20	0	75	0.98
22139699--22139742	17	2.6	18	78	10	56	4	20	0	75	0.98
22140908--22140943	14	2.5	14	95	4	63	38	8	30	22	1.83
22150397--22150444	18	2.7	18	83	6	53	10	16	33	39	1.83
22155896--22155959	31	2.1	31	100	0	128	39	15	25	20	1.92
22162191--22162254	3	22.3	3	73	20	57	67	0	32	0	0.91
22162193--22162252	30	2.0	29	84	9	77	68	0	31	0	0.90
22179627--22179867	42	5.8	41	90	3	331	20	18	24	36	1.95
22179572--22179704	70	1.9	70	89	3	205	20	21	21	37	1.94
22179627--22179870	126	1.9	126	89	1	373	20	19	24	36	1.95
22180272--22180299	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
22180834--22181332	52	10.0	52	65	15	212	43	2	8	46	1.46
22180892--22180980	21	4.0	21	71	21	74	48	1	5	44	1.33
22180936--22180980	22	2.0	22	87	8	65	53	0	2	44	1.13
22180985--22181031	20	2.2	22	81	11	53	44	2	4	48	1.34
22180717--22181397	150	4.5	148	85	3	855	42	2	9	45	1.50
22182416--22182883	238	2.0	237	91	2	769	36	7	15	40	1.75
22209098--22209140	18	2.5	17	88	3	59	0	27	2	69	1.00
22219300--22219350	18	2.8	18	87	0	75	21	23	25	29	1.99
22219300--22219358	18	3.3	18	81	9	66	25	22	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22227579--22227621	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
22230344--22230440	48	2.0	48	85	0	131	29	23	17	28	1.97
22230636--22230681	17	2.6	18	86	10	60	56	2	2	39	1.24
22230657--22230708	27	2.0	26	85	11	70	57	0	1	40	1.10
22237974--22238016	21	2.0	21	86	0	59	30	30	13	25	1.94
22244745--22244790	19	2.4	19	82	7	58	52	0	2	45	1.13
22244756--22244792	18	2.1	18	90	10	58	45	0	5	48	1.25
22244783--22244840	11	4.9	11	73	22	55	67	1	6	24	1.25
22244787--22244820	16	2.1	17	89	10	54	61	0	8	29	1.26
22245234--22245302	16	4.6	15	72	17	54	18	1	7	72	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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