genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  190  of  193  ( 23090 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59425840--59425954	62	1.9	59	87	5	167	50	3	4	41	1.39
59426400--59427124	363	2.0	363	94	0	1263	31	21	12	34	1.91
59428806--59428862	11	5.2	11	77	8	53	43	0	1	54	1.10
59429006--59429039	9	3.7	9	88	7	50	32	0	2	64	1.08
59433068--59433152	23	3.7	23	71	3	82	61	4	25	8	1.44
59433069--59433155	45	1.9	45	95	0	156	58	4	27	9	1.49
59434778--59434864	32	2.8	31	82	5	106	19	3	26	50	1.63
59435807--59435868	31	2.1	29	87	6	88	48	1	0	50	1.10
59435841--59435900	19	3.0	20	87	7	95	53	0	0	46	1.00
59436634--59436929	159	1.8	161	85	5	420	44	7	4	44	1.51
59438920--59438956	6	6.2	6	96	0	56	27	5	35	32	1.79
59443983--59444020	3	12.7	3	88	0	58	34	5	0	60	1.19
59445485--59445518	16	2.1	16	88	0	50	26	0	5	67	1.13
59459513--59459557	23	2.0	23	81	0	54	17	17	24	40	1.91
59460332--59460379	16	2.9	17	72	12	55	10	8	10	70	1.33
59460540--59460583	22	2.0	21	82	4	52	15	15	6	61	1.54
59461535--59461559	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
59466701--59466814	56	2.0	56	84	3	149	31	14	14	40	1.85
59476248--59476308	25	2.3	27	86	13	83	54	6	1	37	1.37
59480176--59480241	13	5.4	12	77	13	55	53	1	0	45	1.09
59480913--59480939	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
59481421--59481546	29	4.3	30	71	16	95	28	33	2	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59481384--59481549	58	2.9	58	84	3	192	31	30	3	34	1.75
59481384--59481487	29	3.7	27	73	16	86	31	27	3	36	1.75
59481409--59481502	29	3.2	29	71	16	95	31	31	3	32	1.74
59481479--59481549	30	2.4	30	76	9	74	28	36	2	32	1.72
59490097--59490205	29	3.7	30	73	19	95	44	0	0	55	1.06
59490084--59490171	30	3.1	27	73	19	81	46	0	1	52	1.08
59490062--59490225	58	2.8	58	84	8	208	43	1	1	53	1.16
59490131--59490221	32	3.0	31	67	19	77	42	1	1	54	1.14
59494104--59494178	29	2.7	28	83	4	89	41	0	4	54	1.19
59507237--59507270	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
59512911--59513019	48	2.3	47	77	13	116	44	2	1	50	1.26
59513393--59513442	23	2.2	23	92	0	82	38	14	6	42	1.70
59527268--59527294	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
59530288--59530339	20	2.7	19	77	8	52	48	1	0	50	1.12
59530325--59530383	24	2.5	23	75	8	64	52	1	1	44	1.21
59542875--59542910	17	2.1	17	90	10	56	41	2	11	44	1.54
59554456--59554506	21	2.4	21	87	12	70	33	25	13	27	1.94
59556360--59556418	30	2.0	30	89	0	91	45	0	32	22	1.52
59557435--59557473	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
59557430--59557587	83	1.9	83	82	3	201	46	1	2	48	1.26
59557607--59557631	13	1.9	13	100	0	50	24	8	16	52	1.70
59557859--59557888	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59563079--59563123	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
59563932--59563962	16	1.9	16	93	0	53	12	6	3	77	1.08
59564721--59564804	40	2.1	40	82	8	100	61	1	2	34	1.16
59566892--59566933	11	3.9	11	81	3	50	40	0	4	54	1.21
59566894--59566955	17	3.8	17	80	6	74	40	0	4	54	1.22
59566892--59566933	22	2.0	22	85	4	59	40	0	4	54	1.21
59566898--59566989	27	3.3	27	75	3	85	44	2	4	48	1.34
59566911--59566964	16	3.3	16	79	5	54	42	1	1	53	1.22
59567731--59567796	19	3.5	18	89	8	96	51	1	4	42	1.31
59568119--59568173	28	2.0	28	85	0	74	74	1	18	5	1.10
59568942--59569220	29	9.7	29	68	17	170	32	28	2	35	1.72
59568912--59569147	29	8.2	29	71	13	114	36	26	2	34	1.69
59568941--59569304	59	6.3	58	77	9	345	33	26	2	37	1.71
59577980--59578011	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
59579104--59579172	29	2.3	29	87	5	93	46	14	15	23	1.83
59589665--59589692	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
59592982--59593179	87	2.3	88	88	4	285	34	3	24	37	1.73
59592982--59593188	30	7.1	29	81	6	204	33	3	24	38	1.72
59594957--59595005	19	2.6	19	80	3	55	20	12	26	40	1.87
59595444--59596371	201	4.6	201	88	2	1356	22	22	19	34	1.96
59595444--59596371	407	2.3	405	88	2	1404	22	22	19	34	1.96
59596308--59596429	61	2.0	61	100	0	244	21	26	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59596761--59596998	49	4.9	49	87	0	305	14	26	21	37	1.92
59596780--59597032	98	2.6	98	81	3	233	15	25	20	39	1.91
59596780--59597120	147	2.3	148	79	3	337	14	24	21	39	1.91
59597656--59597864	106	2.0	107	88	2	314	43	10	22	24	1.83
59598129--59598182	6	8.8	6	93	4	90	0	1	12	85	0.69
59598136--59598182	6	7.8	6	100	0	94	0	0	14	85	0.61
59598129--59598193	18	3.6	18	89	6	87	0	4	10	84	0.75
59603879--59604092	29	7.7	29	73	16	116	36	1	22	39	1.63
59603925--59603976	20	2.5	20	90	3	77	36	1	23	38	1.66
59603908--59604002	48	2.0	48	87	6	138	37	2	22	37	1.66
59603978--59604104	59	2.2	58	84	9	168	36	0	22	40	1.60
59603953--59604104	29	5.2	28	81	10	155	36	1	21	40	1.62
59606528--59606569	18	2.4	18	88	4	59	52	16	7	23	1.68
59606956--59607017	13	4.8	13	70	7	54	40	12	4	41	1.65
59618103--59618143	5	8.2	5	100	0	82	21	39	19	19	1.93
59620892--59621049	84	1.9	83	84	6	212	37	20	14	27	1.92
59622921--59622993	34	2.1	34	97	0	137	28	16	0	54	1.42
59625299--59625346	18	2.8	18	81	6	55	41	6	2	50	1.39
59625421--59625455	6	5.8	6	100	0	70	31	17	51	0	1.45
59627299--59627329	1	31.0	1	100	0	62	0	100	0	0	0.00
59641401--59641436	15	2.4	15	90	0	54	52	8	0	38	1.32
59645626--59645725	37	2.7	38	90	3	125	57	8	6	29	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59645744--59645799	16	3.5	16	85	0	76	39	5	26	28	1.78
59645781--59645874	44	2.1	44	86	7	127	30	5	26	37	1.79
59646007--59646093	26	3.2	26	71	15	84	48	1	1	49	1.16
59645968--59646112	57	2.5	58	85	7	197	50	0	2	46	1.18
59652507--59652560	22	2.5	22	100	0	108	46	12	24	16	1.82
59653629--59653658	7	4.3	7	100	0	60	13	56	0	30	1.37
59657149--59657229	41	2.0	41	92	0	135	49	11	2	37	1.52
59673184--59673226	21	2.0	21	95	0	77	34	0	13	51	1.42
59673465--59673498	10	3.3	10	91	4	50	38	0	5	55	1.24
59674497--59674534	19	1.9	19	89	5	58	57	0	0	42	0.98
59677709--59677741	11	3.0	11	83	16	50	54	0	0	45	0.99
59679545--59679604	29	2.1	29	81	12	70	40	1	0	58	1.08
59689559--59689619	22	2.9	21	75	4	68	9	6	18	65	1.43
59692421--59694350	43	45.1	43	74	7	915	35	22	17	23	1.95
59692601--59692666	20	3.2	20	72	16	71	43	21	15	19	1.87
59692551--59692974	121	3.4	127	73	9	293	38	23	15	22	1.92
59692841--59693005	84	2.0	84	81	0	195	40	25	14	20	1.90
59692731--59694319	86	18.5	86	76	4	1175	35	22	18	23	1.96
59694366--59694426	8	7.6	8	78	12	54	32	8	0	59	1.27
59694366--59694430	24	2.8	22	77	11	67	32	7	0	60	1.25
59697902--59698117	120	1.8	120	96	0	405	19	20	26	32	1.97
59698527--59698551	12	2.1	12	100	0	50	0	44	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59704717--59704755	18	2.1	19	85	4	53	51	5	0	43	1.24
59705248--59705344	18	5.5	17	75	20	85	65	1	0	32	0.99
59705250--59705344	19	5.4	18	73	14	83	66	1	0	32	0.99
59705270--59705336	34	2.0	34	88	5	100	70	0	0	29	0.88
59706694--59706817	42	3.0	42	79	8	128	28	12	19	40	1.87
59709481--59709512	16	2.0	16	93	0	55	53	0	18	28	1.45
59709963--59710060	47	2.1	47	81	11	112	27	19	24	28	1.98
59709963--59710072	23	4.7	23	81	8	107	28	18	24	29	1.98
59717636--59717690	6	9.2	6	87	0	65	43	47	5	3	1.44
59720935--59720999	31	2.1	31	82	5	78	53	10	6	29	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193