genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  66  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21240602--21240776	60	2.9	59	81	6	196	40	1	23	34	1.65
21242281--21242344	27	2.4	27	92	2	103	43	7	12	35	1.71
21242281--21242359	27	3.0	26	82	12	92	44	6	13	35	1.70
21243686--21243764	35	2.2	37	86	4	108	34	11	26	27	1.91
21250612--21250648	19	2.0	19	89	5	58	35	29	0	35	1.58
21255254--21255467	33	6.4	32	76	7	194	28	15	26	29	1.96
21255218--21255418	33	5.8	35	70	14	114	27	16	27	28	1.97
21255210--21255422	102	2.1	102	93	1	365	27	16	27	28	1.97
21255670--21255750	33	2.4	32	84	8	92	32	12	22	33	1.91
21255383--21255953	283	2.0	283	94	0	989	31	17	20	30	1.96
21258807--21258854	21	2.3	21	85	0	60	25	16	27	31	1.97
21261983--21262628	327	2.0	327	99	0	1283	32	17	21	28	1.96
21269243--21269300	31	1.9	31	86	10	84	32	5	6	55	1.49
21269622--21269656	16	2.1	17	89	5	54	71	5	0	22	1.07
21277048--21277119	20	3.5	21	81	12	96	31	25	34	8	1.85
21282035--21282137	28	3.5	29	76	12	104	63	3	5	27	1.35
21282033--21282162	20	6.7	19	68	15	63	63	3	5	26	1.33
21282532--21282691	87	1.8	88	81	6	200	28	6	20	43	1.77
21289809--21289846	16	2.4	16	90	0	58	26	28	7	36	1.84
21290452--21290507	23	2.5	22	82	5	76	44	5	14	35	1.68
21298171--21298230	25	2.4	25	85	0	75	33	20	18	28	1.96
21302469--21302523	28	2.0	28	89	7	85	25	29	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21305366--21305449	34	2.4	34	80	9	98	55	1	15	27	1.47
21305582--21305619	18	2.1	18	90	9	60	26	5	13	55	1.59
21305680--21305706	14	1.9	14	100	0	54	37	14	14	33	1.88
21318913--21318969	29	2.1	27	84	15	73	50	0	3	45	1.18
21322317--21322393	23	3.4	23	83	1	84	49	9	18	23	1.75
21323112--21323198	44	2.0	44	83	0	111	48	3	6	41	1.47
21325494--21326149	326	2.0	326	100	0	1312	34	19	14	31	1.92
21332281--21332312	15	2.1	15	94	0	55	37	21	9	31	1.85
21339063--21340248	604	2.0	603	92	0	1980	38	13	19	29	1.90
21340839--21340864	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
21340864--21340913	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
21342642--21342693	19	2.8	17	77	16	50	9	19	5	65	1.42
21346990--21347021	11	2.9	11	90	0	55	65	3	0	31	1.08
21346988--21347022	17	2.1	17	89	10	54	65	5	0	28	1.15
21347331--21347376	22	2.1	21	88	4	65	17	17	30	34	1.93
21349864--21349943	36	2.2	36	95	4	144	28	2	5	63	1.28
21350010--21350042	11	2.8	12	86	9	50	18	0	3	78	0.87
21349992--21350053	23	2.6	25	73	16	60	22	0	6	70	1.09
21351819--21352008	43	4.4	43	85	5	233	37	8	22	31	1.84
21353112--21353148	17	2.2	17	100	0	74	24	0	35	40	1.55
21354772--21355020	1	249.0	1	68	0	138	83	2	10	3	0.84
21354809--21355002	7	27.6	7	78	18	167	84	2	12	0	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21355033--21355057	10	2.5	10	100	0	50	16	0	8	76	1.02
21355031--21355066	18	1.9	19	88	5	56	19	2	5	72	1.17
21358863--21358902	21	1.9	21	89	0	62	30	15	20	35	1.93
21358884--21359148	116	2.3	116	86	3	363	32	9	26	31	1.89
21359192--21359246	21	2.6	21	88	0	74	29	14	27	29	1.95
21361162--21361397	52	4.5	52	88	0	328	34	24	13	27	1.93
21365981--21366031	25	2.0	25	85	11	68	74	0	3	21	0.98
21367979--21368017	19	2.1	19	90	0	60	35	12	7	43	1.72
21368014--21368184	24	7.2	24	91	0	227	21	22	15	40	1.90
21387129--21387162	7	4.9	7	85	0	50	17	26	0	55	1.42
21387570--21387607	20	1.9	20	89	10	60	65	7	5	21	1.38
21387969--21388016	16	2.8	17	84	6	62	2	20	2	75	1.02
21388600--21388639	18	2.3	18	86	4	55	60	12	10	17	1.59
21390933--21390972	21	2.0	21	90	5	64	62	7	12	17	1.52
21399659--21399687	13	2.2	13	100	0	58	24	31	0	44	1.54
21418023--21418125	24	4.3	24	81	0	107	28	20	11	39	1.87
21432183--21432356	95	1.8	95	86	2	251	22	13	5	58	1.57
21432366--21432399	15	2.3	15	89	0	50	23	5	0	70	1.09
21432366--21432426	4	15.5	4	76	10	63	21	3	1	73	1.06
21433617--21433795	72	2.5	72	76	4	180	27	15	30	26	1.96
21433904--21434084	39	4.7	39	86	0	220	41	20	16	21	1.90
21433913--21434124	78	2.7	77	86	3	266	40	20	16	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21441253--21441361	30	3.6	31	87	6	143	34	23	2	38	1.70
21441372--21441400	14	2.0	15	93	6	51	27	20	0	51	1.47
21442809--21442946	39	3.6	39	88	3	199	38	19	19	22	1.94
21442883--21442978	39	2.5	39	85	0	120	40	21	15	21	1.91
21450818--21450874	27	2.1	27	81	12	64	38	3	7	50	1.46
21454363--21454718	41	8.7	41	93	0	595	27	25	12	34	1.92
21458881--21459019	41	3.4	41	94	1	233	26	25	11	36	1.90
21463507--21463731	41	5.4	41	88	1	342	29	25	10	34	1.90
21463497--21463731	83	2.8	83	92	3	384	29	25	11	34	1.90
21463507--21463731	124	1.8	124	89	1	353	29	25	10	34	1.90
21468147--21468421	41	6.7	41	90	0	390	28	24	10	35	1.89
21471599--21471839	52	4.6	51	88	3	347	36	23	13	26	1.92
21471599--21471839	104	2.3	104	90	2	394	36	23	13	26	1.92
21482843--21482885	18	2.4	18	88	0	59	30	25	18	25	1.98
21487092--21487137	5	9.6	5	80	17	53	80	0	19	0	0.71
21487091--21487137	23	2.0	23	88	8	69	80	0	19	0	0.70
21487082--21487133	18	2.8	18	75	16	52	80	0	19	0	0.71
21487423--21487874	102	4.4	101	84	5	566	35	20	18	25	1.95
21489725--21489754	15	1.9	15	93	6	51	26	0	0	73	0.84
21489732--21489910	98	1.8	97	87	8	265	21	12	5	60	1.50
21489946--21489984	15	2.5	15	87	4	51	20	0	2	76	0.90
21489949--21489986	4	9.8	4	82	5	51	21	0	2	76	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21491454--21491487	14	2.5	14	90	4	52	58	0	41	0	0.98
21491928--21491987	25	2.5	24	81	7	68	28	0	5	66	1.12
21495538--21495571	5	6.8	5	86	0	50	38	20	2	38	1.68
21495534--21495571	15	2.6	15	87	4	51	39	21	2	36	1.67
21496805--21496855	16	3.2	16	94	0	84	54	13	9	21	1.67
21496812--21496871	16	4.0	15	81	14	63	58	11	8	21	1.59
21500878--21500938	21	2.7	23	80	17	74	39	29	4	26	1.77
21501506--21501640	52	2.6	52	84	2	182	31	23	17	27	1.96
21511054--21511099	15	3.0	15	84	12	58	78	0	19	2	0.86
21511685--21511741	24	2.6	21	76	17	62	29	10	24	35	1.89
21511818--21511865	21	2.3	21	78	7	53	20	14	20	43	1.87
21513155--21513190	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
21515898--21515997	36	2.8	36	90	0	155	35	16	25	24	1.95
21518138--21518231	31	2.8	32	75	17	93	45	6	0	47	1.28
21518139--21518220	36	2.3	35	87	6	112	43	6	0	50	1.27
21518180--21518229	25	2.0	26	84	11	68	46	6	0	48	1.27
21519092--21519129	20	1.9	20	88	0	58	31	18	15	34	1.92
21519204--21519330	9	13.7	9	74	14	98	64	2	1	31	1.15
21519234--21519330	19	5.3	19	75	10	67	64	2	2	30	1.16
21519327--21519351	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
21519617--21519706	17	4.9	18	79	16	96	33	3	0	63	1.11
21519609--21519760	9	16.7	9	72	15	98	30	2	1	65	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21519601--21519760	17	8.7	18	68	19	57	31	2	1	65	1.14
21519670--21519737	28	2.4	29	80	9	77	36	1	1	60	1.15
21519857--21520093	91	2.6	90	79	7	241	39	9	18	33	1.82
21519905--21520115	91	2.3	93	77	8	211	38	9	18	33	1.82
21520587--21520636	9	5.9	9	76	19	54	52	0	0	48	1.00
21520587--21520662	33	2.3	34	88	8	113	51	0	1	47	1.09
21521896--21521969	9	9.6	9	66	31	55	45	0	0	54	1.00
21521930--21521971	20	2.0	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
21521896--21521968	29	2.4	31	95	4	132	45	0	0	54	0.99
21521920--21521977	20	3.0	20	75	22	61	46	1	0	51	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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