genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  7  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2487480--2487559	36	2.2	36	77	4	90	43	32	7	16	1.76
2492501--2492566	35	2.0	32	82	8	78	69	16	4	9	1.31
2494387--2494419	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2504823--2504884	30	2.0	31	93	3	108	33	6	14	45	1.71
2516292--2516351	31	2.1	28	81	12	68	53	6	3	36	1.44
2520440--2520476	10	4.0	10	83	16	53	56	0	0	43	0.99
2525218--2525325	6	18.0	6	74	14	80	48	0	2	48	1.22
2525233--2525295	31	2.0	31	87	0	90	46	0	3	50	1.17
2525208--2525294	11	7.5	11	71	18	52	42	0	4	52	1.21
2525218--2525324	48	2.2	48	83	6	128	47	0	2	48	1.22
2525245--2525325	31	2.6	30	80	9	83	53	1	1	44	1.16
2525348--2525379	14	2.3	14	94	0	55	34	31	18	15	1.93
2526820--2527127	162	1.9	163	87	2	451	23	14	14	46	1.82
2526855--2527173	162	2.0	160	83	4	383	24	15	13	45	1.83
2527267--2527670	59	6.8	59	90	0	601	30	27	5	36	1.80
2527267--2527670	177	2.3	178	92	1	668	30	27	5	36	1.80
2527267--2527716	118	3.8	116	85	4	585	29	28	6	36	1.82
2529954--2529984	6	5.2	6	100	0	62	32	0	16	51	1.44
2530656--2530718	24	2.6	24	84	0	81	25	14	11	49	1.76
2532649--2532699	24	2.1	24	92	0	84	23	11	7	56	1.61
2532657--2532711	24	2.3	24	87	0	74	27	14	9	49	1.73
2542650--2542682	15	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2544531--2544585	23	2.4	22	76	8	56	56	0	3	40	1.17
2544550--2544621	31	2.3	31	83	9	85	54	2	1	41	1.23
2545013--2545040	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2549600--2549660	31	2.0	31	87	6	88	34	4	6	54	1.48
2550699--2550741	20	2.1	21	95	4	79	55	0	9	34	1.32
2555045--2555101	21	2.7	21	100	0	114	73	5	0	21	1.02
2555045--2555101	7	8.1	7	74	0	51	73	5	0	21	1.02
2562338--2562372	6	5.8	6	100	0	70	17	0	68	14	1.21
2562938--2562978	6	6.8	6	100	0	82	48	34	0	17	1.47
2564217--2564275	25	2.4	25	80	8	68	54	3	5	37	1.39
2567982--2568018	17	2.1	18	90	5	58	5	10	24	59	1.52
2568398--2568424	11	2.5	11	100	0	54	0	0	7	92	0.38
2573207--2573246	22	1.9	21	85	10	55	47	2	0	50	1.14
2577961--2578012	16	3.3	16	78	5	61	51	0	30	17	1.45
2589939--2589977	17	2.3	17	90	0	60	15	7	25	51	1.70
2589969--2590059	41	2.2	41	84	0	119	30	6	24	38	1.81
2592538--2592680	77	1.9	77	96	0	268	39	9	18	32	1.83
2592726--2592773	17	2.7	19	75	15	57	22	4	4	68	1.24
2608134--2608234	28	3.5	29	78	11	84	32	5	4	56	1.45
2608163--2608224	30	2.0	31	81	9	74	32	4	4	58	1.40
2608961--2608994	12	2.8	12	86	4	50	35	0	0	64	0.94
2609553--2609723	60	2.9	59	86	3	247	24	17	11	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2609967--2610027	31	2.0	31	86	0	86	49	6	14	29	1.69
2609977--2610041	31	2.1	31	82	2	76	55	4	10	29	1.54
2610012--2610074	26	2.5	25	87	5	83	61	7	3	26	1.39
2628908--2629003	6	16.0	6	72	18	67	48	1	2	47	1.20
2628912--2628962	17	3.1	15	84	15	66	41	0	3	54	1.19
2628898--2628962	11	5.9	11	77	13	55	40	0	4	55	1.21
2628955--2629003	20	2.5	19	80	9	53	61	2	0	36	1.08
2629167--2629225	20	2.9	20	75	12	57	15	44	18	22	1.87
2629704--2629739	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
2630812--2630980	30	5.6	30	88	2	241	36	23	4	35	1.74
2630812--2630980	61	2.8	60	84	2	241	36	23	4	35	1.74
2630962--2631190	30	7.7	30	69	13	152	31	28	5	33	1.81
2630962--2631247	59	4.9	59	90	2	400	31	28	5	34	1.80
2630960--2631240	29	9.6	29	66	18	152	31	28	4	35	1.79
2633196--2633284	23	3.9	22	80	5	97	13	20	24	41	1.88
2634984--2635034	15	3.5	14	78	17	59	29	0	1	68	1.00
2635544--2635571	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2635919--2635964	6	7.3	6	81	18	58	80	15	2	2	0.91
2637488--2637512	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
2645145--2645207	31	2.1	29	82	5	72	50	3	0	46	1.17
2645096--2645251	85	1.9	81	80	10	181	47	4	0	47	1.27
2646533--2646574	16	2.7	15	85	7	57	54	0	4	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2651160--2651206	15	3.1	15	87	3	58	34	0	10	55	1.35
2652430--2652481	27	1.9	28	84	7	72	11	5	13	69	1.35
2660727--2660883	67	2.3	67	86	1	206	32	20	14	32	1.93
2667260--2667326	34	2.0	34	87	0	98	53	11	5	28	1.61
2672263--2672297	13	2.6	13	90	4	52	22	8	22	45	1.79
2677876--2677902	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
2680343--2680383	17	2.5	17	84	4	57	70	0	9	19	1.14
2682341--2683132	395	2.0	395	95	0	1431	24	11	29	34	1.91
2688893--2688955	26	2.4	26	84	5	83	41	6	3	49	1.44
2689065--2689142	33	2.4	33	82	4	95	44	7	17	29	1.77
2697594--2697697	47	2.2	47	96	0	190	34	20	8	36	1.83
2697621--2697689	22	3.0	22	69	10	66	39	17	7	36	1.77
2698460--2698534	28	2.6	28	75	10	71	36	2	0	61	1.10
2700054--2700175	60	2.0	60	100	0	244	27	18	24	29	1.98
2711980--2712203	29	7.7	30	70	19	149	34	3	27	34	1.73
2711980--2712168	59	3.2	58	89	3	281	35	3	28	33	1.73
2711977--2712147	59	2.9	59	92	2	283	35	4	28	32	1.76
2714012--2714105	35	2.7	35	81	5	100	53	4	2	40	1.32
2714012--2714123	18	6.4	17	77	9	91	52	4	2	40	1.36
2714045--2714095	6	8.5	6	82	6	59	56	3	0	39	1.18
2714012--2714123	53	2.1	52	85	8	147	52	4	2	40	1.36
2714024--2714123	35	2.8	35	80	3	60	54	5	3	38	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2715126--2715186	22	2.8	22	90	7	90	72	0	11	16	1.13
2715152--2715181	15	1.9	16	93	6	53	70	0	13	16	1.18
2721258--2721327	35	2.0	35	82	0	86	40	11	14	34	1.82
2725488--2725535	22	2.2	21	77	3	51	35	4	0	60	1.16
2728598--2728651	23	2.3	24	75	9	58	46	1	5	46	1.37
2728598--2728651	22	2.3	24	76	17	60	46	1	5	46	1.37
2730014--2730076	32	1.9	33	93	3	110	49	11	9	30	1.70
2747993--2748060	34	2.0	34	88	5	102	38	22	1	38	1.63
2751244--2751277	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
2752376--2752410	15	2.2	16	90	5	54	40	2	5	51	1.40
2754167--2754214	23	2.0	24	84	11	64	58	12	2	27	1.46
2760144--2760203	30	2.0	29	83	3	75	50	8	8	33	1.63
2762335--2762370	17	2.1	18	89	5	56	66	2	0	30	1.06
2762336--2762386	19	2.7	19	80	14	52	62	1	1	33	1.17
2763115--2763150	12	2.8	13	87	8	56	38	5	5	50	1.49
2764446--2764481	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2771343--2771409	29	2.3	30	73	14	68	56	2	0	40	1.14
2794695--2794757	25	2.5	25	75	10	65	36	6	20	36	1.78
2794943--2795039	33	2.8	35	72	20	89	50	1	2	46	1.20
2796130--2796178	22	2.2	22	85	0	62	30	12	12	44	1.78
2796784--2796911	63	2.0	63	96	0	238	45	11	12	30	1.78
2815201--2815228	5	5.6	5	100	0	56	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2828015--2828071	24	2.5	22	80	11	60	57	3	3	35	1.33
2828800--2828878	37	2.2	37	86	2	106	12	10	25	51	1.70
2842786--2842852	31	2.3	27	76	14	62	41	10	8	38	1.71
2848802--2848864	30	2.0	32	81	6	76	50	4	12	31	1.61
2869271--2869318	23	2.1	23	88	7	71	45	0	4	50	1.21
2870861--2870959	24	4.0	24	82	3	99	36	25	17	21	1.94
2878067--2878094	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
2882865--2882894	16	1.9	15	93	6	51	43	6	20	30	1.77
2888177--2888406	113	2.0	113	91	1	372	30	19	7	42	1.79
2890740--2890764	12	2.1	12	100	0	50	44	32	0	24	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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