genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  25  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8192002--8192653	38	17.2	37	65	20	154	32	18	16	33	1.93
8191788--8192676	152	5.9	152	89	2	1221	32	17	16	33	1.93
8191788--8192676	228	3.9	228	87	3	1219	32	17	16	33	1.93
8194470--8194500	11	2.8	11	100	0	62	25	6	19	48	1.72
8199342--8199409	34	2.0	34	100	0	136	47	17	2	32	1.63
8199477--8199759	41	6.9	40	81	5	298	22	25	24	27	2.00
8199457--8199768	82	3.8	81	82	8	330	24	25	25	25	2.00
8199478--8199759	123	2.3	124	86	3	381	22	25	24	27	2.00
8200828--8200865	12	3.2	12	100	0	76	15	23	0	60	1.35
8201627--8201656	14	2.1	14	100	0	60	40	0	23	36	1.55
8201906--8202172	18	15.3	18	66	18	100	46	1	4	47	1.32
8201990--8202071	26	3.3	26	67	20	75	48	0	6	45	1.27
8202002--8202151	49	3.1	49	94	0	257	48	0	5	46	1.25
8202019--8202150	31	4.1	31	69	12	97	47	0	4	47	1.22
8202092--8202189	35	2.9	34	76	15	98	46	2	2	48	1.25
8202201--8202294	8	11.8	8	71	22	65	43	1	3	52	1.24
8202224--8202294	30	2.4	30	88	9	101	43	0	2	53	1.15
8207534--8207690	66	2.4	66	91	0	251	43	16	24	15	1.87
8207676--8207717	21	2.0	21	95	0	75	30	23	45	0	1.53
8207682--8207728	21	2.2	21	84	0	58	38	21	40	0	1.53
8208011--8208344	43	7.8	44	89	4	504	26	21	32	19	1.97
8237646--8237707	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8242272--8242326	26	2.1	26	96	0	101	32	27	14	25	1.95
8245693--8245736	23	2.0	23	95	4	81	65	13	6	13	1.44
8247115--8247163	23	2.1	24	92	3	82	69	12	4	14	1.33
8248821--8248922	53	1.9	53	91	0	168	16	13	17	51	1.76
8249217--8249257	20	2.0	20	95	0	73	39	7	14	39	1.74
8264869--8265054	52	3.6	52	90	0	282	36	23	13	26	1.92
8265039--8265070	16	2.0	16	93	0	55	34	18	21	25	1.96
8264987--8265122	68	2.0	68	89	0	209	33	22	17	25	1.96
8264901--8265226	172	1.9	172	91	0	535	35	23	15	25	1.94
8265076--8265157	26	3.2	26	60	13	60	35	24	13	26	1.92
8264935--8265174	120	2.0	120	90	0	372	35	23	15	25	1.95
8265056--8265233	52	3.4	52	94	0	293	35	25	15	24	1.94
8269145--8269199	28	2.0	28	82	7	67	45	5	3	45	1.44
8269249--8269353	20	5.0	21	73	10	79	40	3	1	53	1.30
8269263--8269353	44	2.1	43	88	6	132	39	4	1	54	1.27
8269628--8269668	10	3.5	12	80	16	50	63	0	0	36	0.95
8269639--8269690	20	2.7	20	85	11	65	63	0	1	34	1.06
8269639--8269674	10	3.6	10	96	0	63	66	0	0	33	0.92
8270313--8270401	31	2.8	31	84	1	115	41	2	1	55	1.20
8274124--8274186	24	2.6	24	85	9	92	50	12	14	22	1.76
8277820--8277865	15	3.1	15	77	22	53	54	13	0	32	1.39
8277820--8277852	13	2.4	14	90	10	50	54	12	0	33	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8289665--8289730	25	2.6	25	72	9	71	43	1	1	53	1.19
8291668--8291708	22	2.0	20	85	9	55	34	2	2	60	1.23
8293663--8293720	24	2.4	24	94	0	98	53	8	12	25	1.66
8300327--8300362	7	5.1	7	100	0	72	27	0	0	72	0.85
8300625--8300673	15	2.9	16	75	19	55	44	0	2	53	1.12
8300709--8300744	15	2.3	16	85	9	56	38	0	0	61	0.96
8300816--8300869	23	2.2	26	77	16	60	55	0	1	42	1.10
8302104--8302128	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
8302190--8302232	20	2.2	20	87	4	61	72	2	9	16	1.21
8305534--8305574	21	1.9	22	90	5	66	46	0	2	51	1.14
8311092--8311164	30	2.4	31	77	6	78	49	1	6	42	1.38
8313047--8313093	14	3.3	14	80	14	51	65	4	4	25	1.29
8320293--8320971	344	2.0	346	97	0	1290	34	18	24	22	1.97
8321525--8321613	22	3.9	23	82	8	74	50	0	2	47	1.13
8321544--8321611	2	34.5	2	92	2	111	48	0	1	50	1.10
8321891--8321938	20	2.3	21	71	3	53	66	0	0	33	0.92
8328785--8328813	8	3.6	8	100	0	58	27	0	10	62	1.28
8329025--8329079	24	2.3	24	96	0	101	25	18	25	30	1.98
8329038--8329098	24	2.5	24	86	0	77	34	16	24	24	1.95
8332139--8332197	24	2.5	24	91	0	91	49	10	13	27	1.74
8332151--8332201	24	2.1	24	96	0	93	56	9	11	21	1.63
8335524--8335629	31	3.4	31	81	2	115	46	5	11	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8336431--8336471	15	2.7	15	82	17	57	41	2	2	53	1.27
8340754--8340782	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
8342851--8342895	23	2.0	22	87	12	65	62	2	4	31	1.27
8346279--8346406	62	2.1	61	79	8	134	50	2	4	42	1.36
8350780--8350845	30	2.2	29	81	10	80	24	7	19	48	1.75
8351219--8351287	22	3.0	23	69	21	63	27	1	5	65	1.24
8362878--8362908	5	6.2	5	100	0	62	19	19	19	41	1.90
8364668--8364706	18	2.2	18	86	4	53	48	10	15	25	1.76
8390782--8390834	22	2.4	23	81	15	67	39	0	0	60	0.97
8390793--8390826	14	2.4	14	90	0	50	35	0	0	64	0.94
8394310--8394341	16	2.0	16	100	0	64	37	6	18	37	1.76
8395470--8395700	103	2.2	103	93	1	392	36	12	10	40	1.77
8410493--8410527	6	5.5	6	87	12	52	14	20	0	65	1.26
8410454--8410576	63	1.9	63	82	11	153	26	17	7	49	1.72
8412283--8412319	19	1.9	19	100	0	74	35	0	10	54	1.36
8416711--8416760	21	2.4	21	82	0	55	44	16	14	26	1.85
8416722--8416761	21	1.9	21	89	0	62	42	15	17	25	1.88
8420805--8420866	26	2.5	25	82	14	83	17	3	0	79	0.87
8420805--8420865	4	14.8	4	80	13	70	18	3	0	78	0.88
8421554--8421744	102	1.9	103	88	3	296	35	13	25	25	1.93
8422302--8422346	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
8430670--8430700	5	6.2	5	92	0	53	19	16	19	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8436735--8436768	8	4.2	8	88	0	50	17	0	0	82	0.67
8437056--8437099	22	2.0	22	86	4	63	56	13	0	29	1.38
8446911--8446970	21	2.6	23	82	15	63	36	5	0	58	1.20
8446944--8447089	58	2.5	58	85	11	192	47	2	0	50	1.18
8447008--8447089	32	2.9	26	69	19	74	50	0	1	48	1.08
8447259--8447330	16	4.5	16	87	0	108	26	27	6	38	1.82
8467047--8467094	6	8.7	6	82	17	68	37	0	12	50	1.41
8467045--8467094	10	5.2	10	80	9	68	38	0	12	50	1.40
8472186--8472228	20	2.2	20	91	0	68	48	16	2	32	1.58
8480550--8480597	22	2.1	23	84	3	62	45	22	2	29	1.64
8489223--8489294	16	4.5	16	92	0	126	37	5	30	26	1.79
8489276--8489369	44	2.1	44	86	7	127	30	5	26	37	1.79
8489463--8489608	58	2.5	55	80	13	159	50	1	2	45	1.24
8489511--8489590	29	2.8	28	73	14	81	50	2	1	46	1.23
8491714--8491792	31	2.6	31	86	7	101	51	7	2	37	1.44
8492414--8492450	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
8493918--8494637	360	2.0	360	99	0	1431	45	12	14	27	1.80
8497569--8497781	20	9.6	20	74	18	156	39	15	36	8	1.77
8497608--8498037	25	17.6	25	88	4	475	33	20	35	10	1.87
8497640--8497776	65	2.1	64	85	5	177	39	14	36	9	1.79
8499243--8499306	34	1.9	33	87	3	92	37	14	10	37	1.81
8500571--8500619	25	2.0	25	100	0	98	42	4	16	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8511650--8511695	23	2.0	23	86	4	65	21	8	21	47	1.77
8513059--8513107	23	2.1	24	88	3	73	30	0	0	69	0.89
8523446--8523520	30	2.3	33	82	11	93	56	8	1	34	1.37
8523565--8523613	24	2.0	23	100	0	80	28	8	16	46	1.75
8533750--8533793	21	2.1	21	95	0	79	25	15	27	31	1.96
8536929--8536955	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
8541779--8541828	24	2.1	24	85	10	68	10	6	2	82	0.92
8541819--8541859	13	2.9	15	75	14	50	4	19	2	73	1.13
8544153--8544179	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
8552025--8552052	14	2.0	14	100	0	56	42	7	35	14	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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