genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  84  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27807661--27808378	146	5.0	145	81	11	738	44	9	3	42	1.53
27807759--27808378	281	2.2	277	85	6	820	45	9	3	41	1.54
27809210--27809743	41	12.5	41	78	11	484	35	24	19	20	1.96
27809211--27809721	83	6.0	81	76	13	427	35	24	19	20	1.96
27809220--27809743	129	4.1	126	78	11	426	35	24	19	20	1.96
27809500--27809524	13	1.9	13	100	0	50	24	36	24	16	1.94
27810006--27810262	129	2.0	129	93	3	446	24	19	14	41	1.89
27810266--27810300	16	2.1	16	89	10	52	2	20	0	77	0.90
27818235--27818298	4	16.0	4	90	0	83	42	0	32	25	1.55
27818235--27818298	12	5.3	12	88	0	92	42	0	32	25	1.55
27818232--27818298	24	2.8	24	95	0	125	41	0	34	23	1.55
27822797--27822962	84	2.0	84	95	4	300	40	6	13	40	1.69
27823116--27823756	148	4.4	147	83	7	685	44	10	3	42	1.54
27825847--27825971	41	3.1	39	81	5	142	32	20	28	19	1.97
27826072--27826148	26	3.0	26	70	0	73	61	6	0	32	1.22
27826087--27826125	17	2.2	17	90	4	60	64	2	0	33	1.08
27826070--27826151	25	3.2	25	67	6	74	60	6	0	32	1.21
27830090--27830425	44	7.9	42	83	5	318	27	17	28	26	1.98
27830116--27830432	86	3.8	84	80	4	343	27	18	27	27	1.98
27830089--27830425	127	2.6	125	78	6	320	27	17	28	26	1.98
27834323--27834370	17	2.8	17	83	0	69	18	18	12	50	1.78
27839175--27839439	40	6.7	40	83	0	298	26	18	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27839178--27839439	80	3.3	80	85	0	337	26	18	19	35	1.95
27839175--27839439	120	2.2	119	84	0	341	26	18	20	35	1.95
27846201--27846285	39	2.2	40	84	2	109	25	17	20	36	1.94
27856799--27856841	17	2.6	16	82	17	52	20	11	13	53	1.71
27859791--27859838	25	1.9	25	87	8	71	45	0	25	29	1.53
27859793--27859844	25	2.1	25	82	7	61	46	0	26	26	1.53
27862051--27862128	40	2.0	40	94	0	138	32	8	15	43	1.78
27862208--27862292	21	4.2	20	72	14	66	20	11	16	51	1.75
27862223--27862333	20	5.4	20	79	3	96	21	12	14	51	1.75
27862212--27862292	42	2.0	41	85	2	108	19	12	16	51	1.75
27862216--27862334	40	2.9	42	78	5	109	21	12	14	52	1.74
27863468--27863507	2	20.5	2	84	5	55	42	0	2	55	1.13
27863470--27863508	19	2.1	19	90	0	60	41	0	2	56	1.13
27870535--27870582	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
27872303--27872342	21	1.9	21	84	0	53	50	0	2	47	1.14
27882425--27882497	29	2.4	29	84	4	83	49	17	15	17	1.80
27889194--27889728	267	2.0	267	98	0	1025	26	10	25	37	1.88
27890870--27890934	7	9.3	7	73	18	55	52	1	15	30	1.52
27891344--27891420	30	2.5	30	79	14	77	54	3	7	33	1.48
27899594--27899641	25	1.9	25	87	8	71	45	2	4	47	1.33
27899624--27899655	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
27900440--27900530	36	2.5	37	71	5	96	45	10	17	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27901085--27901164	23	3.4	23	79	5	72	30	12	18	38	1.88
27901084--27901148	23	2.8	23	80	2	76	27	13	20	38	1.90
27901487--27901524	17	2.3	17	86	4	51	44	7	18	28	1.78
27901629--27901668	18	2.2	18	95	0	71	27	10	7	55	1.60
27902341--27902395	19	2.8	19	83	8	67	67	1	1	29	1.11
27902706--27902744	20	1.9	21	84	5	53	30	5	2	61	1.31
27902760--27902811	22	2.3	23	75	15	56	23	5	3	67	1.29
27905785--27905826	16	2.6	16	84	0	57	78	14	0	7	0.95
27906988--27907086	29	3.4	29	79	10	87	26	13	2	58	1.46
27907093--27907158	5	12.2	5	77	19	53	22	1	0	75	0.88
27911158--27911201	23	1.9	23	90	0	70	36	4	4	54	1.41
27930536--27930579	21	2.1	21	91	8	72	29	0	0	70	0.88
27933468--27933513	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
27935548--27935593	18	2.6	18	86	3	67	28	0	4	67	1.10
27935548--27935599	8	6.1	8	78	12	50	25	0	3	71	1.03
27935550--27935606	18	3.4	17	81	9	64	21	0	3	75	0.95
27935577--27935606	16	1.9	16	93	6	53	10	0	3	86	0.67
27941592--27941637	23	1.9	23	86	8	65	58	4	2	34	1.30
27957709--27957780	34	2.1	34	94	0	126	54	0	16	29	1.43
27960235--27960343	55	2.0	56	85	1	148	29	23	12	33	1.92
27960251--27960452	29	7.2	28	74	10	171	30	28	11	29	1.92
27960253--27960452	84	2.4	84	83	0	256	31	28	11	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27960306--27960449	55	2.5	57	81	8	177	30	28	11	29	1.92
27963125--27963168	22	2.0	21	83	16	54	43	27	4	25	1.74
27971046--27971080	16	2.2	16	94	0	61	62	2	0	34	1.10
27972602--27972664	31	2.0	31	96	0	117	44	19	6	30	1.75
27982878--27982921	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
27983836--27983930	31	3.1	31	84	0	127	43	13	8	34	1.75
27986023--27986089	23	2.9	23	82	4	82	17	20	23	37	1.94
27996243--27996288	2	23.0	2	90	0	74	47	2	50	0	1.13
28003783--28003815	7	4.7	7	100	0	66	12	0	57	30	1.35
28009460--28009640	96	1.9	96	92	0	308	24	19	23	32	1.97
28010652--28010698	21	2.2	21	85	7	60	34	21	10	34	1.88
28019852--28020037	52	3.6	52	91	0	309	25	13	24	36	1.92
28028369--28028393	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
28030697--28030740	22	2.0	23	90	4	72	59	0	0	40	0.98
28030753--28030799	24	2.0	24	83	4	60	46	2	4	46	1.34
28038940--28038982	18	2.4	18	85	14	54	58	2	2	37	1.24
28041828--28041870	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
28043373--28043420	13	3.2	16	83	16	59	77	0	6	16	0.97
28043373--28043424	18	3.1	17	76	23	56	76	0	5	17	0.97
28044593--28044633	21	2.0	21	100	0	82	24	14	17	43	1.86
28044597--28044643	21	2.2	21	88	0	67	25	12	17	44	1.84
28051224--28051299	40	1.9	40	94	0	134	26	25	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28058819--28058858	21	1.9	21	85	10	55	67	5	25	2	1.23
28058828--28058866	18	2.1	19	85	4	53	69	7	23	0	1.14
28058966--28059010	17	2.7	16	83	10	54	15	13	11	60	1.60
28062492--28062530	21	1.9	20	84	5	51	48	15	12	23	1.79
28077270--28077749	240	2.0	238	93	3	820	42	15	6	36	1.72
28078787--28078965	96	1.9	96	88	2	270	43	11	5	40	1.62
28078872--28079403	156	3.4	154	81	7	596	43	9	4	41	1.59
28079817--28079870	3	18.0	3	88	0	72	62	1	5	29	1.28
28079889--28079913	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
28080236--28080511	42	6.6	42	89	2	403	35	23	20	20	1.96
28080236--28080830	126	4.8	126	85	5	757	33	24	21	21	1.97
28080439--28080583	72	2.0	72	90	2	229	32	22	23	21	1.98
28080511--28080830	42	7.6	42	88	0	433	31	24	21	22	1.98
28080271--28080722	240	1.9	240	90	0	717	33	24	21	21	1.97
28089293--28089339	4	11.8	4	86	0	67	44	0	29	25	1.54
28095453--28095924	234	2.0	237	87	7	688	42	14	7	36	1.73
28096315--28096367	16	3.2	17	76	7	56	66	3	7	22	1.34
28096944--28097301	151	2.4	147	85	5	459	44	10	3	41	1.56
28097162--28097443	133	2.1	135	85	7	382	41	9	4	43	1.58
28097295--28097596	153	2.0	152	82	7	371	44	9	4	42	1.56
28099226--28099275	23	2.1	24	92	3	84	12	6	4	78	1.08
28108297--28108354	22	2.7	22	89	2	82	13	8	3	74	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28115367--28115418	18	2.9	18	83	11	70	42	7	9	40	1.66
28115972--28116109	72	1.9	72	90	0	222	24	5	13	57	1.56
28117103--28117134	3	10.7	3	100	0	64	31	0	34	34	1.58
28118377--28118469	40	2.3	41	83	9	120	51	4	21	22	1.65
28119214--28119271	13	4.5	13	77	0	62	34	5	25	34	1.78
28122058--28122138	44	1.9	43	82	12	105	33	3	3	59	1.33
28132206--28132251	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
28137574--28137646	21	3.6	19	81	7	83	35	27	12	24	1.91
28150247--28150279	15	2.1	16	94	5	59	72	0	0	27	0.85
28150332--28150385	22	2.3	25	78	15	62	68	5	3	22	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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