genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  21  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7212543--7212792	131	1.9	131	86	3	360	24	28	28	19	1.98
7212674--7212909	41	5.8	41	81	4	208	23	24	27	24	2.00
7213036--7213181	44	3.3	43	84	3	168	13	47	8	29	1.73
7215772--7215818	18	2.6	18	75	0	58	48	2	2	46	1.25
7215756--7217100	49	26.1	49	74	17	995	46	1	4	46	1.35
7215713--7217109	161	9.0	156	81	11	1258	46	2	5	46	1.36
7215866--7217049	258	4.5	259	86	8	1679	46	1	4	46	1.35
7216343--7216569	31	7.0	32	67	18	128	48	0	4	45	1.27
7215866--7216939	209	5.2	210	85	10	1118	47	1	4	46	1.34
7215713--7217100	565	2.4	564	87	7	1955	46	2	5	46	1.36
7217151--7217222	8	8.8	8	78	20	69	43	1	1	54	1.17
7217151--7217222	18	4.3	18	69	25	68	43	1	1	54	1.17
7216431--7217211	370	2.1	368	86	6	1128	46	2	4	46	1.35
7217178--7217223	22	2.2	20	88	7	65	45	0	0	54	0.99
7222629--7222785	66	2.4	66	85	0	224	43	16	25	14	1.86
7223023--7223051	15	1.9	15	100	0	58	13	3	34	48	1.60
7223120--7223303	43	4.3	43	91	0	287	25	24	29	20	1.99
7223352--7223408	29	1.9	30	82	10	73	24	24	22	28	2.00
7227552--7227597	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
7228117--7228178	25	2.4	25	81	5	70	33	0	0	66	0.92
7228144--7228209	28	2.4	27	80	9	64	30	1	0	68	0.99
7229860--7229897	20	1.9	20	88	0	58	26	2	5	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7229860--7229902	20	2.2	20	83	4	52	25	2	4	67	1.22
7232780--7232820	16	2.5	17	84	11	50	39	0	0	60	0.96
7232772--7232810	12	3.1	12	82	13	51	38	0	2	58	1.12
7237848--7237888	3	14.0	3	94	5	75	34	0	0	65	0.93
7237954--7237999	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
7239058--7239122	27	2.4	27	82	5	78	20	3	1	75	1.02
7239511--7239791	87	3.2	87	92	2	476	34	18	15	30	1.92
7250890--7250922	10	3.3	10	95	0	57	72	6	3	18	1.18
7250890--7250932	17	2.3	18	84	11	52	72	4	2	20	1.14
7250939--7250988	6	8.3	6	78	8	57	20	2	0	78	0.86
7250951--7250989	17	2.3	17	90	0	60	23	0	0	76	0.78
7251930--7251982	21	2.5	22	87	12	83	75	0	16	7	1.02
7251913--7251990	32	2.4	32	82	6	86	75	2	15	6	1.11
7251944--7251990	11	4.5	10	80	17	51	78	2	14	4	0.99
7251943--7251990	23	2.2	21	82	10	53	79	2	14	4	0.98
7253035--7253080	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
7257235--7257269	18	1.9	18	88	11	54	57	5	0	37	1.23
7257284--7257319	18	2.1	17	89	5	54	55	0	0	44	0.99
7263149--7263261	32	3.4	32	81	10	95	9	6	16	67	1.39
7263183--7263290	21	5.0	21	71	24	71	10	4	14	70	1.31
7263230--7263337	12	9.6	12	68	17	79	8	2	18	70	1.25
7263215--7263330	56	2.1	55	84	9	146	9	4	15	70	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7267821--7267873	25	2.2	25	86	3	72	58	5	5	30	1.44
7288214--7288261	20	2.4	20	78	0	51	62	0	6	31	1.20
7294471--7294498	13	2.2	13	100	0	56	35	0	14	50	1.43
7304360--7304425	27	2.5	26	83	9	73	69	3	1	25	1.11
7317455--7317489	13	2.6	14	86	9	54	37	11	5	45	1.64
7323229--7323336	57	1.9	56	81	11	130	51	4	1	41	1.33
7324217--7324248	8	3.9	8	95	4	55	46	3	0	50	1.17
7324217--7324248	17	1.9	16	93	6	55	46	3	0	50	1.17
7324282--7324320	19	2.2	19	86	13	57	33	2	0	64	1.08
7324278--7324384	9	12.0	9	70	18	64	33	1	1	62	1.17
7324248--7324331	27	3.1	25	76	11	78	39	1	3	55	1.25
7324338--7324383	8	5.3	9	82	17	62	30	0	0	69	0.89
7324279--7324384	17	6.0	16	78	16	70	33	1	1	63	1.16
7328956--7328998	21	2.0	21	90	4	68	13	6	4	74	1.19
7332707--7332736	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
7337782--7338011	58	3.9	58	82	5	178	36	4	28	30	1.78
7337782--7338045	29	9.0	28	72	13	158	35	4	29	30	1.77
7337814--7338010	59	3.4	58	87	4	279	36	4	27	31	1.76
7338198--7338508	160	1.9	161	91	1	509	45	12	16	25	1.83
7340246--7340309	6	11.0	6	78	6	69	54	1	0	43	1.09
7340254--7340315	11	5.5	11	75	11	54	58	1	0	40	1.08
7340248--7340305	17	3.4	17	92	0	98	55	1	0	43	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7340416--7340453	18	2.1	18	95	0	67	47	0	28	23	1.52
7340416--7340464	18	2.7	18	87	0	53	44	2	28	24	1.65
7340569--7340601	17	1.9	17	100	0	66	30	12	15	42	1.83
7347525--7347562	18	2.1	18	95	0	67	47	0	28	23	1.52
7347525--7347573	18	2.7	18	87	0	53	44	2	28	24	1.65
7347678--7347710	17	1.9	17	93	0	57	30	9	15	45	1.77
7350217--7350245	10	2.7	11	94	5	51	37	0	10	51	1.36
7352701--7352731	14	2.2	14	94	0	53	45	0	0	54	0.99
7354310--7354407	45	2.3	41	84	7	124	29	35	14	20	1.92
7366954--7366982	15	1.9	15	100	0	58	20	41	10	27	1.85
7366973--7367036	6	10.7	6	84	0	65	12	48	3	35	1.57
7366958--7367045	21	4.2	21	75	5	79	14	45	4	35	1.66
7366960--7367015	27	2.1	27	86	0	76	10	46	7	35	1.66
7366958--7367045	15	6.1	15	77	7	74	14	45	4	35	1.66
7369971--7370011	20	2.0	20	100	0	82	29	14	17	39	1.89
7370000--7371173	271	4.2	274	81	8	1217	38	7	12	41	1.72
7374217--7374281	23	2.9	22	76	4	58	23	16	16	43	1.88
7374229--7374282	11	4.7	12	86	4	67	25	16	14	42	1.87
7375974--7376013	11	3.5	11	83	6	53	52	12	12	22	1.72
7375912--7376080	23	7.3	23	78	6	137	42	19	17	20	1.89
7376236--7376276	20	2.0	20	86	9	57	9	43	2	43	1.50
7380582--7380624	7	6.3	7	86	5	61	30	23	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7380579--7380620	20	2.1	20	95	0	75	38	21	23	16	1.93
7380589--7380624	13	2.6	14	91	4	56	30	25	27	16	1.97
7380614--7380672	21	2.9	21	84	2	66	27	27	25	20	1.99
7380709--7380738	15	2.0	15	93	0	51	20	3	33	43	1.68
7380722--7380789	21	3.2	21	91	2	109	22	0	33	44	1.53
7381160--7381234	11	6.5	11	71	14	53	68	0	26	5	1.11
7383088--7383127	21	1.9	21	89	0	62	30	20	20	30	1.97
7383809--7384024	45	4.8	45	75	10	165	42	19	6	31	1.76
7383823--7384035	90	2.4	90	80	3	232	44	18	6	31	1.74
7395358--7395418	21	2.9	21	95	0	104	16	18	22	42	1.89
7396302--7396435	61	2.2	61	84	5	166	26	17	11	44	1.83
7396302--7396405	28	3.4	30	76	9	104	26	19	10	43	1.83
7396880--7396961	31	2.6	31	86	3	94	45	6	17	31	1.72
7396825--7397017	90	2.1	90	79	1	208	48	9	15	27	1.75
7400394--7400436	18	2.4	18	80	7	52	48	0	4	46	1.22
7404520--7404586	31	2.3	27	71	14	62	40	2	7	49	1.46
7417160--7417206	18	2.6	17	83	9	58	34	8	31	25	1.86
7417177--7417210	18	1.9	17	94	5	59	35	5	29	29	1.81
7422112--7422182	31	2.4	29	88	4	97	39	4	0	56	1.19
7422110--7422180	11	6.5	11	73	15	58	39	4	0	56	1.19
7422232--7422301	28	2.5	28	93	2	115	45	27	14	12	1.81
7423659--7423968	161	1.9	162	86	2	435	26	16	13	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7424066--7424378	118	2.7	120	83	6	363	37	25	2	35	1.68
7424066--7424379	30	10.6	30	80	6	284	37	25	2	35	1.69
7424066--7424353	88	3.2	87	82	4	308	38	24	2	34	1.69
7424133--7424379	58	4.2	55	74	17	160	36	27	2	34	1.69
7424330--7424525	59	3.4	56	75	6	203	29	29	4	37	1.76
7428877--7429121	122	2.0	122	97	1	465	31	24	7	37	1.84
7430333--7430370	19	2.0	19	85	10	51	23	5	0	71	1.07
7430787--7430833	20	2.3	22	85	10	64	57	0	0	42	0.98
7434784--7434822	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
7435237--7435371	67	2.0	67	97	0	252	33	9	9	47	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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