genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  71  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22777197--22777391	42	4.6	42	88	4	218	33	10	27	28	1.89
22784079--22784111	17	1.9	17	100	0	66	24	30	27	18	1.98
22788319--22788561	120	2.0	120	97	0	459	30	15	27	26	1.96
22795540--22795707	25	6.7	25	81	7	171	30	25	19	24	1.98
22795514--22795705	75	2.5	75	82	4	215	31	25	19	23	1.98
22795540--22795705	50	3.3	50	82	5	201	31	24	19	24	1.98
22806111--22806150	15	2.7	14	85	11	53	32	2	0	65	1.06
22806759--22806798	17	2.3	18	80	20	50	52	12	12	22	1.72
22816507--22816586	35	2.3	35	91	0	124	16	32	10	41	1.81
22832050--22832106	20	2.8	19	77	12	60	21	15	24	38	1.92
22841345--22841373	14	2.1	14	100	0	58	44	13	20	20	1.85
22842851--22842905	27	2.0	27	82	0	65	29	30	14	25	1.95
22850179--22850232	21	2.6	21	85	5	65	62	1	31	3	1.23
22850646--22850678	17	1.9	18	88	11	52	12	9	12	66	1.44
22865211--22865256	20	2.3	20	76	0	56	10	19	34	34	1.87
22867350--22867399	25	2.0	24	84	7	64	42	12	6	40	1.67
22867565--22867661	17	5.7	17	70	22	78	53	1	3	42	1.23
22867564--22867666	12	8.8	12	71	20	60	54	0	2	41	1.22
22867565--22867617	20	2.8	19	81	18	67	54	0	1	43	1.11
22868088--22868118	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
22872932--22873227	98	3.0	97	90	2	459	46	10	11	30	1.75
22873468--22873501	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22880998--22881037	19	2.1	19	86	9	55	5	10	0	85	0.75
22881705--22881839	31	4.5	31	74	11	109	45	11	15	26	1.81
22882961--22883004	22	1.9	24	86	9	65	45	0	9	45	1.35
22883097--22883152	20	2.8	20	86	0	67	44	14	10	30	1.79
22889739--22889772	18	1.9	17	88	5	50	79	11	2	5	1.02
22889798--22889888	6	15.0	6	86	6	94	75	0	8	15	1.03
22891943--22891986	20	2.2	20	88	4	63	70	4	0	25	1.06
22893044--22893102	31	1.9	31	85	0	82	11	32	28	27	1.92
22896569--22896643	37	2.0	37	89	5	116	32	9	14	44	1.77
22897111--22897205	20	4.7	20	75	9	77	45	13	7	33	1.72
22897251--22897292	18	2.3	18	84	8	50	40	19	11	28	1.87
22912503--22912566	25	2.5	24	78	12	65	35	25	20	18	1.95
22912513--22912578	25	2.6	25	83	7	71	34	25	21	18	1.96
22918956--22918988	15	2.2	15	89	10	50	60	3	12	24	1.46
22922030--22922072	22	2.0	22	81	9	52	44	9	6	39	1.64
22929347--22929549	53	3.9	53	85	7	256	24	14	25	35	1.93
22934037--22934086	25	2.0	25	88	7	75	36	18	20	26	1.95
22939265--22939302	18	2.1	18	90	5	58	63	0	21	15	1.31
22941778--22941828	3	16.7	3	78	11	50	62	0	0	37	0.95
22941777--22941821	22	2.0	22	87	8	65	57	0	0	42	0.98
22942156--22942236	34	2.4	34	91	0	126	27	14	43	14	1.85
22942964--22943275	29	10.7	28	68	20	153	34	29	1	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22942962--22943387	59	7.3	58	84	6	522	35	29	1	33	1.69
22943136--22943363	29	7.8	28	69	17	106	35	30	0	33	1.62
22942962--22943421	30	15.7	29	67	23	159	35	30	2	32	1.70
22942993--22943387	30	13.4	29	67	20	171	35	29	1	33	1.68
22944683--22944835	60	2.7	54	83	14	202	50	4	0	45	1.22
22944704--22944840	60	2.3	60	90	7	215	54	3	0	41	1.18
22945351--22945699	40	8.8	39	73	7	256	24	19	26	29	1.98
22945350--22945699	79	4.4	79	90	0	511	24	19	26	29	1.98
22945736--22945863	50	2.6	50	86	2	168	21	24	17	36	1.94
22946754--22946834	37	2.2	37	86	2	108	16	22	13	48	1.80
22950647--22950726	31	2.6	31	90	3	119	42	11	16	30	1.83
22952797--22952822	11	2.4	11	100	0	52	46	0	42	11	1.40
22954954--22954981	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
22956845--22956877	17	1.9	17	93	0	57	33	6	15	45	1.70
22958223--22958278	10	5.8	10	81	6	62	28	35	1	33	1.68
22962578--22962663	36	2.4	36	94	0	145	44	13	12	29	1.81
22962600--22962660	19	3.3	19	73	17	74	50	13	9	26	1.72
22981096--22981158	24	2.7	23	85	4	90	52	23	0	23	1.47
22982049--22982096	24	2.0	24	84	11	64	18	10	10	60	1.57
22982608--22982644	18	2.0	19	89	5	58	16	8	5	70	1.30
22982982--22983034	15	3.5	15	73	14	54	58	5	7	28	1.48
22982976--22983035	31	1.9	31	96	0	111	56	6	8	28	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22985328--22985448	62	2.0	62	82	9	151	51	4	3	41	1.37
22991010--22991520	209	2.5	207	89	1	772	22	21	17	38	1.93
22991524--22991905	41	9.1	41	82	4	381	28	17	19	34	1.95
22991533--22991904	127	3.0	125	87	3	502	28	16	19	34	1.94
22992775--22992836	18	3.5	17	75	12	63	0	14	6	79	0.93
22992775--22992828	12	4.7	11	77	22	58	0	14	5	79	0.90
22992784--22992835	6	8.5	6	75	12	52	0	15	3	80	0.85
22993574--22993606	10	3.4	10	87	4	50	0	18	0	81	0.68
22993648--22993691	16	2.8	16	83	16	56	4	11	2	81	0.92
23000306--23000374	25	2.8	25	90	0	111	21	17	27	33	1.96
23005005--23005097	24	3.8	24	84	1	105	30	25	20	23	1.99
23013962--23014031	33	2.1	34	84	12	92	55	1	1	41	1.17
23014220--23014262	22	2.0	22	86	4	61	16	0	20	62	1.32
23015033--23015065	17	1.9	17	88	11	50	69	0	3	27	1.03
23015059--23015097	18	2.1	19	86	13	55	56	0	2	41	1.13
23019578--23019639	25	2.3	27	89	8	92	41	0	0	58	0.98
23019585--23019662	24	3.2	23	80	8	75	41	1	0	57	1.07
23023504--23023549	23	2.0	23	83	8	58	47	2	0	50	1.13
23023598--23023662	6	11.3	6	83	6	82	36	1	0	61	1.05
23023590--23023668	11	7.0	11	80	5	61	36	1	0	62	1.04
23023590--23023679	17	5.3	17	80	6	94	40	1	0	58	1.05
23023581--23023662	23	3.6	23	80	11	71	37	1	1	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23023581--23023653	11	6.4	11	78	7	65	36	1	1	60	1.14
23024346--23024383	13	3.0	13	84	3	51	55	0	2	42	1.14
23025657--23025764	30	3.9	27	82	12	130	38	23	1	36	1.66
23025657--23025765	28	3.8	30	80	10	113	38	22	2	35	1.69
23025781--23026089	147	2.1	146	87	5	439	29	27	6	36	1.83
23026044--23026101	28	2.1	28	87	9	84	32	27	12	27	1.92
23026966--23027008	19	2.3	18	88	4	59	41	0	2	55	1.12
23026980--23027025	20	2.2	22	85	14	62	34	2	0	63	1.07
23029039--23029084	23	2.0	24	87	12	69	39	8	30	21	1.84
23030072--23030118	23	2.0	23	95	0	85	42	4	6	46	1.48
23030738--23030775	19	2.0	20	84	5	51	23	0	5	71	1.07
23037054--23037130	38	2.1	36	83	9	93	62	7	0	29	1.23
23037295--23037344	21	2.4	21	90	6	75	76	10	6	8	1.17
23037369--23037437	22	3.1	23	76	15	74	71	14	7	7	1.30
23043715--23043747	16	2.1	16	100	0	66	30	12	27	30	1.92
23043719--23043754	16	2.2	16	90	0	54	33	16	19	30	1.94
23045211--23045369	76	2.1	76	100	0	318	38	22	14	24	1.92
23045655--23045705	25	2.0	25	85	11	68	45	21	19	13	1.85
23046283--23046325	3	14.3	3	95	0	77	65	0	2	32	1.06
23046672--23046718	15	2.9	16	81	9	60	68	2	0	29	1.02
23049392--23049525	72	1.9	72	81	6	164	47	5	4	42	1.46
23063246--23063278	12	2.8	12	95	0	57	21	3	6	69	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23092339--23092394	21	2.7	21	82	0	76	39	30	16	14	1.88
23097657--23097706	18	2.8	19	88	8	70	20	20	10	50	1.76
23099894--23099954	19	3.2	19	84	13	72	37	22	3	36	1.71
23099908--23100020	10	10.4	10	70	16	66	37	20	4	38	1.73
23099858--23100036	68	2.5	71	86	5	247	38	20	4	36	1.73
23100016--23100324	23	13.3	23	84	2	359	47	13	3	35	1.61
23100341--23100408	10	6.9	10	79	3	75	44	17	1	36	1.58
23100346--23100408	29	2.1	30	91	2	101	42	17	1	38	1.59
23100447--23100621	10	16.7	10	65	24	69	38	19	4	37	1.71
23100460--23100608	59	2.6	59	91	2	230	38	20	4	36	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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