genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  69  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22245240--22245305	28	2.4	28	80	14	82	18	0	7	74	1.05
22245266--22245323	21	2.6	23	76	15	59	18	1	8	70	1.21
22253133--22253180	18	2.7	18	90	0	78	68	14	14	2	1.30
22256640--22256700	23	2.6	22	84	10	68	36	3	1	59	1.24
22257749--22258104	30	12.1	29	73	13	159	37	25	3	33	1.73
22257988--22258085	29	3.5	28	81	4	108	37	30	2	29	1.69
22257788--22258038	59	4.3	59	75	11	160	34	26	3	34	1.75
22258092--22258148	29	2.0	29	82	6	71	36	15	5	42	1.70
22270231--22270317	38	2.3	39	89	2	131	25	34	14	25	1.94
22270231--22270334	38	2.7	39	84	3	120	24	30	19	25	1.98
22270308--22270395	39	2.3	39	81	0	104	21	25	20	32	1.97
22270408--22270519	55	2.0	55	91	3	181	32	33	15	18	1.92
22271004--22271039	18	2.0	18	88	0	54	38	0	0	61	0.96
22271713--22271777	22	3.1	21	75	16	62	38	1	1	58	1.17
22271709--22271788	8	10.6	8	78	7	71	36	1	2	60	1.18
22271738--22271790	11	4.8	11	78	15	56	32	0	3	64	1.12
22272749--22272953	30	6.7	30	76	13	184	38	25	3	32	1.74
22272749--22273057	60	5.2	60	81	8	285	38	26	4	30	1.76
22272786--22272974	65	3.0	65	90	5	291	35	26	5	31	1.79
22272750--22273010	30	8.6	29	73	16	183	36	26	4	32	1.77
22278964--22279016	24	2.2	24	96	3	99	47	18	30	3	1.67
22279324--22279378	23	2.2	24	84	9	67	50	10	10	27	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22281979--22282024	21	2.2	21	84	7	58	0	36	0	63	0.95
22289942--22289997	21	2.7	20	81	15	60	66	0	33	0	0.92
22306292--22306337	23	2.0	23	83	12	58	54	21	6	17	1.65
22310021--22310077	24	2.4	24	81	0	69	52	10	14	22	1.71
22310033--22310083	24	2.1	24	92	0	84	58	7	11	21	1.58
22311995--22312057	24	2.6	24	87	0	90	49	7	12	30	1.69
22315139--22315219	40	2.0	40	100	0	162	34	17	19	28	1.95
22318188--22318314	43	3.0	42	86	4	148	22	16	20	40	1.91
22318218--22318352	43	3.1	43	84	0	162	20	16	20	42	1.89
22322343--22322399	26	2.2	26	83	3	69	24	5	0	70	1.08
22322740--22322875	31	4.6	30	74	11	100	29	8	7	55	1.56
22322761--22322814	27	2.0	26	89	3	81	29	7	1	61	1.34
22324235--22324272	20	1.9	19	89	5	58	26	2	13	57	1.49
22329797--22329821	11	2.3	11	100	0	50	0	28	0	72	0.86
22337322--22337381	20	3.0	20	78	4	68	36	23	23	16	1.94
22337332--22337381	13	3.8	13	73	5	55	34	24	24	18	1.96
22337443--22337477	15	2.4	15	90	4	54	14	5	31	48	1.67
22337452--22337520	21	3.3	21	91	2	113	14	1	33	50	1.52
22337495--22337525	15	2.0	16	93	6	55	19	0	32	48	1.49
22338006--22338040	17	2.1	17	100	0	70	80	0	20	0	0.72
22345403--22345447	15	3.0	16	84	12	60	44	13	15	26	1.83
22362277--22362317	15	2.7	15	82	17	57	58	2	0	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22362279--22362316	16	2.4	16	86	8	51	60	2	0	36	1.11
22368128--22368162	17	2.0	18	88	5	54	57	2	20	20	1.54
22368962--22369024	30	2.1	30	93	0	108	26	4	12	55	1.57
22369727--22369776	18	2.8	18	93	3	84	32	0	6	62	1.20
22369840--22369908	27	2.5	28	73	15	72	62	2	2	31	1.25
22369871--22369938	32	2.1	33	81	8	77	67	0	1	30	0.99
22377929--22377953	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
22378837--22378869	16	2.0	17	88	5	50	42	0	0	57	0.98
22382227--22382272	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
22385199--22385414	111	1.9	112	95	0	389	21	27	12	38	1.90
22386250--22386277	13	2.2	13	100	0	56	64	0	7	28	1.20
22390944--22391242	80	3.7	80	84	2	361	22	20	26	30	1.98
22392692--22392751	21	2.8	22	78	19	72	25	18	26	30	1.98
22396345--22396399	26	2.1	26	83	6	67	45	0	3	50	1.19
22396376--22396412	19	2.0	19	89	5	58	35	0	8	56	1.29
22396366--22396423	24	2.8	21	77	17	59	41	0	5	53	1.23
22396389--22396431	19	2.3	18	80	4	50	37	0	4	58	1.19
22396512--22396549	9	4.2	9	89	0	58	28	2	13	55	1.51
22398198--22398244	22	2.1	23	84	7	62	34	0	0	65	0.93
22398929--22398990	15	4.1	15	87	0	88	24	3	17	54	1.57
22398893--22398990	45	2.2	44	82	10	110	23	6	19	51	1.69
22400838--22400984	72	2.0	72	94	0	258	32	9	24	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22400914--22401040	59	2.1	60	95	2	229	32	12	23	31	1.92
22401048--22401095	25	1.9	25	100	0	96	45	18	22	12	1.83
22403505--22403548	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
22403509--22403551	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
22403927--22403953	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
22405944--22405968	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
22406956--22406990	14	2.5	14	90	0	52	51	11	8	28	1.67
22409653--22409685	17	1.9	17	93	0	57	21	27	0	51	1.48
22409980--22410032	23	2.2	24	83	3	72	24	22	0	52	1.47
22411966--22412008	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
22413581--22413620	13	3.0	13	85	3	53	20	2	25	52	1.59
22413570--22413666	45	2.2	45	92	0	158	19	4	26	49	1.66
22413752--22413777	13	2.0	13	100	0	52	53	23	0	23	1.46
22413909--22413940	16	2.1	16	88	11	50	21	21	6	50	1.71
22418173--22418211	20	1.9	21	94	5	71	30	0	23	46	1.53
22418175--22418219	20	2.2	21	88	4	65	35	0	17	46	1.49
22418163--22418260	28	3.5	28	73	13	94	33	1	20	44	1.58
22418188--22418255	35	2.0	34	88	2	100	35	0	19	45	1.50
22418230--22418274	21	2.1	21	83	0	54	33	4	17	44	1.69
22420836--22420868	16	2.1	17	88	11	52	69	0	30	0	0.88
22421288--22421344	17	3.4	16	76	11	60	14	22	12	50	1.75
22431651--22432098	195	2.3	195	83	3	555	27	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22441823--22441873	3	17.3	3	77	18	54	1	31	0	66	1.03
22441823--22441873	11	4.6	11	79	18	61	1	31	0	66	1.03
22441826--22441873	20	2.3	20	85	3	60	2	31	0	66	1.03
22441823--22441872	24	2.0	25	85	11	68	2	32	0	66	1.03
22443639--22443687	24	2.0	24	84	11	64	71	6	8	14	1.29
22451973--22452001	15	1.9	15	100	0	58	41	20	10	27	1.85
22456102--22456192	11	8.1	11	76	9	94	42	2	2	52	1.25
22456102--22456192	6	16.0	6	75	15	86	42	2	2	52	1.25
22456102--22456192	17	5.4	17	84	9	105	42	2	2	52	1.25
22456929--22456984	10	5.9	10	76	15	57	51	0	1	46	1.11
22457299--22457346	26	2.0	23	84	12	60	45	0	14	39	1.45
22458072--22458242	29	5.8	30	83	7	190	35	25	3	35	1.73
22458072--22458243	59	2.9	59	84	7	199	36	25	3	34	1.73
22458072--22458289	29	7.4	29	77	11	169	35	27	4	33	1.77
22465177--22465209	12	2.6	13	90	4	50	87	0	12	0	0.53
22465177--22465209	14	2.3	14	94	5	57	87	0	12	0	0.53
22466738--22466781	21	2.1	21	100	0	88	20	13	31	34	1.92
22466788--22467480	92	7.5	92	96	0	1224	32	15	19	32	1.93
22467751--22467805	11	4.9	11	88	4	83	43	0	1	54	1.10
22467732--22467805	17	4.4	17	81	11	80	41	1	2	54	1.23
22467751--22467805	6	9.7	6	82	11	71	43	0	1	54	1.10
22468543--22468596	10	6.1	9	74	18	51	51	0	1	46	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22468908--22468951	22	2.0	22	86	0	61	45	0	13	40	1.44
22469737--22469928	29	6.6	29	76	11	128	34	26	3	35	1.74
22469696--22469928	30	7.9	30	76	13	148	35	26	4	34	1.76
22469760--22469928	58	2.9	58	83	7	182	34	26	3	35	1.74
22475674--22475714	17	2.4	17	83	0	55	56	12	17	14	1.68
22486655--22486679	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
22486637--22486683	16	2.9	16	82	14	53	34	6	0	59	1.23
22488226--22488298	36	2.0	35	87	10	103	56	2	2	38	1.28
22488710--22488739	9	3.3	9	90	0	51	40	0	3	56	1.16
22492411--22492539	36	3.4	36	70	10	105	31	24	19	24	1.98

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