genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  75  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24040518--24040574	24	2.4	24	90	0	87	22	15	10	50	1.74
24044336--24044414	40	2.0	41	87	2	115	36	15	21	26	1.93
24044410--24044753	41	8.4	41	81	2	350	32	16	26	24	1.96
24044411--24044732	82	3.9	82	85	2	405	31	17	25	25	1.97
24044410--24044739	122	2.7	122	83	1	401	32	16	26	24	1.96
24044339--24044789	204	2.2	203	76	6	453	32	16	24	26	1.96
24045911--24045976	30	2.2	30	78	10	73	37	3	4	54	1.36
24046119--24046150	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24046673--24046819	40	3.7	40	80	1	168	38	14	21	26	1.91
24046654--24046873	81	2.7	81	85	2	282	38	14	20	26	1.91
24047029--24047073	17	2.6	17	78	0	54	22	33	8	35	1.85
24050032--24050225	58	3.4	57	70	14	166	47	5	2	44	1.40
24056228--24056337	55	2.0	56	85	1	150	29	20	27	23	1.99
24057201--24057285	3	29.0	3	84	2	102	32	5	0	61	1.20
24063424--24063841	23	18.2	23	82	2	482	46	14	6	32	1.69
24079831--24079881	25	2.0	25	100	0	102	31	13	27	27	1.94
24101327--24101483	49	3.2	49	67	8	120	33	19	31	15	1.93
24101343--24101895	99	5.6	98	79	3	450	35	16	29	18	1.93
24101354--24101508	50	3.1	50	74	5	170	33	20	32	14	1.92
24101343--24101769	198	2.2	198	81	1	505	35	16	29	18	1.93
24104228--24104272	23	2.0	23	100	0	90	26	6	13	53	1.64
24104401--24104438	17	2.2	18	86	13	53	23	5	5	65	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24107091--24107165	35	2.1	35	100	0	150	38	9	18	33	1.83
24110938--24110983	25	1.9	23	86	8	65	36	4	4	54	1.40
24116406--24116485	31	2.6	31	97	0	151	43	7	18	30	1.78
24141555--24141595	20	2.0	20	86	9	57	31	31	4	31	1.79
24143075--24143116	18	2.3	18	80	12	50	50	2	33	14	1.56
24156697--24156748	21	2.5	21	81	6	61	28	28	13	28	1.94
24166678--24166714	11	3.5	11	89	10	51	83	0	16	0	0.64
24169420--24169489	28	2.5	28	78	2	77	44	25	17	12	1.84
24179364--24179411	15	3.4	14	80	5	53	14	0	20	64	1.28
24180609--24180971	124	3.0	123	90	2	541	42	7	10	38	1.69
24186202--24186440	124	1.9	123	87	6	351	40	10	10	39	1.72
24188387--24188418	16	1.9	17	93	6	57	34	0	6	59	1.23
24191100--24191569	234	2.0	235	91	1	773	31	14	18	36	1.91
24198732--24198779	20	2.4	20	92	0	78	56	12	6	25	1.59
24231748--24231821	37	2.0	37	94	0	130	25	31	20	22	1.98
24237403--24237450	16	2.9	17	75	6	53	10	29	20	39	1.86
24237932--24238000	30	2.3	30	87	2	95	46	1	1	50	1.19
24255052--24255085	18	1.9	17	88	5	50	23	11	8	55	1.63
24256388--24256422	18	1.9	18	88	0	52	40	20	17	22	1.92
24266112--24266165	26	2.1	26	92	0	90	29	18	20	31	1.96
24266218--24266355	67	2.1	67	98	0	267	36	18	14	30	1.91
24269148--24269191	22	2.0	22	95	0	79	25	11	9	54	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24269802--24269836	11	3.3	10	92	8	52	80	0	20	0	0.72
24269802--24269836	5	6.6	5	87	12	52	80	0	20	0	0.72
24269802--24269836	16	2.2	16	90	10	54	80	0	20	0	0.72
24270280--24270350	37	1.9	37	88	0	106	28	30	18	22	1.97
24270389--24270472	37	2.2	38	80	2	98	28	23	16	30	1.96
24271167--24271377	34	6.1	34	80	7	198	45	14	1	37	1.56
24271172--24271366	69	2.8	65	77	8	192	44	14	2	38	1.57
24303761--24303998	52	4.6	52	86	2	300	26	13	24	35	1.92
24313322--24313519	101	2.0	101	90	4	319	25	27	13	33	1.94
24317233--24317279	16	2.9	16	87	6	60	70	4	6	19	1.26
24317592--24317888	147	2.0	147	89	6	460	40	9	3	46	1.53
24317658--24317893	51	4.8	48	68	15	117	41	8	3	47	1.51
24318073--24318109	13	2.8	14	84	12	51	56	8	16	18	1.64
24322293--24322332	17	2.3	18	87	12	66	52	12	15	20	1.74
24322749--24322796	9	5.3	9	85	9	53	0	27	2	70	0.98
24322759--24322796	19	2.1	18	90	5	58	0	28	0	71	0.87
24331580--24331674	32	3.0	32	96	0	172	30	11	20	37	1.88
24334864--24334901	20	1.9	20	88	0	58	71	2	18	7	1.23
24334885--24334941	31	1.9	30	86	10	82	66	1	26	5	1.22
24353790--24354453	330	2.0	330	100	0	1328	32	21	16	28	1.96
24358187--24358370	72	2.6	72	91	2	291	23	5	15	55	1.61
24360008--24360046	21	1.9	20	85	15	53	58	5	2	33	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24364577--24364633	17	3.4	16	72	11	51	50	10	22	15	1.74
24369601--24369639	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
24371180--24371223	21	2.1	21	100	0	88	13	4	18	63	1.46
24371884--24372330	195	2.3	193	81	4	488	28	19	26	25	1.99
24376656--24376696	12	3.3	13	80	19	52	0	19	0	80	0.71
24376668--24376706	17	2.3	17	86	8	53	0	20	0	79	0.73
24377432--24377478	24	2.0	24	86	0	67	6	23	8	61	1.48
24385636--24385665	14	2.2	14	94	5	53	43	10	20	26	1.83
24397282--24397370	30	3.0	29	80	6	106	28	7	25	38	1.84
24398984--24399246	123	2.1	123	85	2	350	22	19	16	41	1.90
24399153--24399294	48	3.0	47	83	4	167	23	21	13	41	1.88
24399098--24399415	171	1.9	170	91	2	530	22	21	16	38	1.92
24399324--24399415	48	1.9	47	86	2	130	20	21	17	40	1.92
24399334--24399494	84	1.9	85	84	3	218	22	22	16	39	1.92
24399520--24399611	48	1.9	48	90	0	148	21	21	15	41	1.90
24399419--24399629	109	1.9	109	85	3	291	22	19	16	40	1.91
24411475--24411717	30	8.1	29	77	7	175	31	5	24	38	1.79
24411475--24411717	60	4.1	61	80	5	248	31	5	24	38	1.79
24411470--24411702	90	2.6	90	81	4	256	31	6	24	37	1.80
24421689--24421738	17	2.9	18	73	5	50	50	12	18	20	1.78
24428983--24429013	7	4.4	7	91	0	53	19	0	41	38	1.51
24437022--24437110	37	2.4	37	86	1	126	20	17	33	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24446776--24446829	21	2.6	21	81	0	63	31	12	25	29	1.93
24451818--24452033	28	8.0	28	69	12	110	36	18	26	18	1.94
24451828--24452073	80	3.1	79	88	4	343	36	18	25	19	1.94
24451928--24452050	28	4.6	27	71	10	81	38	18	24	18	1.93
24453347--24453399	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
24454191--24454221	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
24457252--24457371	50	2.4	50	91	0	186	30	18	17	33	1.94
24461910--24462014	55	1.9	55	86	0	147	24	9	12	53	1.68
24464564--24464666	54	1.9	54	84	7	138	27	26	28	18	1.98
24470838--24470872	4	8.8	4	100	0	70	25	22	0	51	1.48
24471131--24471174	22	2.1	20	83	8	52	38	0	2	59	1.10
24471199--24471283	42	1.9	46	86	13	126	44	0	2	52	1.13
24479059--24479119	20	3.0	20	80	2	68	29	8	9	52	1.63
24484956--24485003	20	2.4	20	86	6	62	16	18	18	45	1.85
24497536--24497574	16	2.3	17	86	8	53	74	10	0	15	1.07
24503154--24503188	18	2.0	17	88	5	52	62	0	11	25	1.28
24505442--24505490	24	2.0	24	88	0	71	24	14	8	53	1.68
24507387--24507470	37	2.3	37	85	0	114	14	21	30	33	1.93
24507445--24507491	21	2.2	21	92	0	76	10	19	36	34	1.86
24507400--24507521	58	2.1	58	89	3	183	13	18	32	35	1.90
24507458--24507548	37	2.5	37	83	0	119	12	20	34	32	1.90
24509149--24509178	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24510695--24510725	16	1.9	16	93	0	53	3	22	0	74	0.96
24513526--24513564	21	1.9	21	89	5	62	66	7	12	12	1.43
24522333--24522373	11	3.7	11	84	12	57	80	0	19	0	0.71
24522334--24522370	14	2.7	13	91	8	56	81	0	18	0	0.70
24522333--24522371	19	2.0	20	90	5	62	79	0	20	0	0.73
24523897--24523927	14	2.3	14	94	5	55	29	16	9	45	1.79
24534798--24535914	565	2.0	565	92	0	1869	31	16	20	32	1.94
24537469--24537515	4	11.0	4	88	11	51	70	0	29	0	0.88
24538089--24538136	24	2.0	24	91	0	78	45	20	14	18	1.85
24540443--24540575	14	9.4	14	75	11	110	21	0	36	42	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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