genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  6  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079894--2079974	37	2.2	35	82	12	92	30	0	1	67	0.98
2079962--2080034	24	3.5	20	82	12	69	42	0	4	53	1.20
2079984--2080034	19	2.6	19	84	9	59	39	0	5	54	1.24
2085688--2085730	2	21.5	2	100	0	86	51	48	0	0	1.00
2091803--2091843	18	2.2	19	86	4	57	39	0	2	58	1.11
2099858--2099922	31	2.1	32	82	2	78	56	4	15	23	1.57
2103587--2103655	28	2.4	28	75	2	84	50	8	2	37	1.48
2104153--2104213	27	2.4	26	81	10	72	60	0	1	37	1.07
2104167--2104221	29	1.9	29	85	3	76	67	0	1	30	1.01
2105320--2105374	29	1.9	28	85	3	74	60	5	7	27	1.46
2105318--2105396	29	2.7	28	76	9	70	54	6	8	30	1.56
2108697--2108730	13	2.5	14	85	9	52	32	14	8	44	1.76
2113546--2113625	6	13.8	6	92	7	139	0	48	0	51	1.00
2124364--2124405	21	2.0	21	81	9	50	42	19	4	33	1.72
2128875--2129070	31	6.5	30	72	19	124	45	13	15	25	1.82
2128875--2129047	31	5.7	32	73	20	133	46	13	16	23	1.82
2128877--2129070	92	2.1	90	83	5	230	46	13	15	24	1.82
2131718--2131894	29	6.1	28	76	16	157	35	3	26	35	1.73
2131611--2131865	116	2.2	116	80	8	286	36	3	28	31	1.74
2131621--2131867	58	4.3	58	79	8	252	37	2	27	32	1.72
2131645--2131894	58	4.3	57	79	10	226	36	2	27	33	1.72
2131819--2131925	29	3.7	29	78	12	94	34	3	23	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131645--2131902	115	2.2	115	80	8	267	36	3	27	33	1.73
2133403--2133482	26	3.1	25	70	16	72	32	7	22	37	1.82
2133410--2133493	26	3.2	25	69	22	66	28	8	23	39	1.84
2133765--2133803	13	2.9	13	81	7	51	12	15	20	51	1.76
2133745--2133811	27	2.5	28	87	7	102	14	13	23	47	1.80
2133746--2133797	14	3.7	14	82	7	70	13	15	25	46	1.82
2133819--2133898	17	4.5	17	75	16	72	50	1	0	48	1.08
2134342--2134410	30	2.4	30	80	9	81	53	4	5	36	1.45
2141890--2142163	139	2.0	139	89	2	426	36	17	22	22	1.94
2148995--2149032	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
2151202--2151257	29	1.9	29	85	7	78	37	10	8	42	1.71
2152667--2152718	16	3.2	16	78	5	52	50	17	5	26	1.69
2154541--2154566	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
2155166--2155233	30	2.2	30	82	7	75	25	1	5	67	1.21
2158396--2158618	111	2.0	113	87	1	324	21	11	23	43	1.85
2163613--2164148	161	3.3	161	84	4	652	22	17	12	46	1.82
2163878--2163928	26	1.9	27	96	4	95	11	19	11	56	1.65
2165558--2165696	68	2.0	69	97	1	262	43	12	12	30	1.81
2168471--2168501	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
2171242--2171280	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2172406--2172466	32	1.9	31	86	3	86	49	4	3	42	1.40
2173076--2173103	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2174750--2174784	17	1.9	17	88	11	52	71	0	0	28	0.86
2180903--2180975	38	1.9	38	100	0	146	35	10	8	45	1.69
2188909--2188944	18	2.0	18	94	0	63	41	0	13	44	1.44
2189321--2189682	182	2.0	183	96	1	674	25	17	19	38	1.93
2189846--2189873	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
2193429--2193636	91	2.3	91	80	4	215	42	15	17	24	1.87
2197934--2197987	22	2.4	22	82	17	67	61	1	0	37	1.07
2199393--2199428	19	2.0	19	89	10	58	25	2	11	61	1.43
2205318--2205765	195	2.3	194	78	7	420	28	19	25	26	1.98
2206517--2206568	21	2.5	21	84	6	70	26	15	28	28	1.96
2220855--2220933	31	2.6	31	84	7	92	21	7	10	60	1.53
2222013--2222071	29	2.0	29	86	3	82	30	8	13	47	1.73
2224003--2224028	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
2224386--2224429	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
2229050--2229128	41	1.9	41	84	7	106	37	5	0	56	1.21
2229510--2229539	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2232407--2232499	29	3.1	29	82	8	98	46	18	13	21	1.84
2238113--2238140	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
2239650--2239702	25	2.1	25	89	0	79	28	7	7	56	1.54
2260668--2260839	89	1.9	90	85	1	238	29	16	20	33	1.95
2262188--2262257	22	3.2	21	73	11	77	31	14	14	40	1.86
2262192--2262273	23	3.6	23	74	9	87	32	14	14	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2262179--2262269	45	2.0	45	100	0	182	32	13	15	38	1.86
2263474--2263529	29	1.9	29	96	0	103	46	12	8	32	1.73
2266850--2266875	7	3.7	7	100	0	52	61	0	0	38	0.96
2271626--2271665	21	1.9	21	94	0	71	25	10	7	57	1.57
2271647--2273022	636	2.2	636	95	0	2439	35	11	15	36	1.84
2273992--2274020	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
2276398--2276435	18	2.1	18	90	0	58	52	13	7	26	1.67
2280997--2281044	20	2.4	19	76	10	51	45	2	2	50	1.25
2283308--2283350	18	2.4	18	84	0	50	58	2	0	39	1.11
2286036--2286070	17	1.9	19	88	11	56	60	2	0	37	1.12
2287992--2288080	39	2.3	38	86	5	117	30	21	13	34	1.92
2292890--2292966	39	2.0	40	97	2	147	29	23	15	31	1.95
2292891--2292976	39	2.2	38	89	6	129	29	24	12	33	1.92
2302097--2302161	30	2.2	29	83	8	78	23	7	10	58	1.57
2303401--2303438	20	1.9	20	94	0	67	13	0	36	50	1.42
2311695--2311719	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2316221--2316291	31	2.3	32	80	7	83	50	9	12	26	1.71
2316234--2316299	31	2.1	31	88	0	96	48	9	15	27	1.74
2317241--2317279	18	2.0	20	85	9	55	46	15	2	35	1.60
2320154--2320186	3	11.0	3	93	0	57	0	30	33	36	1.58
2327918--2327959	16	2.6	16	96	0	75	23	21	19	35	1.96
2335280--2335330	27	2.0	26	88	7	77	52	9	1	35	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2337057--2337108	21	2.6	21	77	19	58	17	3	9	69	1.31
2337058--2337108	19	2.6	19	79	11	59	17	3	9	68	1.33
2340643--2340667	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2343342--2343392	12	4.1	14	74	25	53	68	0	0	31	0.90
2344889--2344922	16	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
2346690--2346714	12	2.1	12	100	0	50	32	24	0	44	1.54
2347771--2347805	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2351725--2351779	29	1.9	28	88	3	83	50	10	14	23	1.74
2351718--2351796	29	2.6	30	73	13	81	49	7	16	26	1.72
2354234--2354306	23	3.2	23	62	14	60	31	4	6	57	1.44
2354223--2354318	46	2.1	46	100	0	192	38	4	6	51	1.47
2354343--2354388	23	2.1	21	84	8	56	36	6	6	50	1.54
2355373--2355462	44	2.0	44	100	0	180	35	8	20	35	1.84
2358898--2359213	164	1.9	164	82	2	393	34	15	13	36	1.87
2361686--2361755	28	2.7	26	76	14	72	37	1	2	58	1.22
2364215--2364269	27	2.0	27	83	13	69	45	1	1	50	1.22
2381735--2381796	30	2.3	26	77	20	65	33	4	4	56	1.42
2385752--2385805	22	2.6	20	80	8	63	12	27	22	37	1.91
2397247--2397272	5	5.2	5	100	0	52	38	42	19	0	1.51
2420973--2421008	18	2.1	18	89	5	56	47	0	19	33	1.50
2421341--2421443	37	2.7	38	72	6	91	23	19	26	31	1.98
2424164--2424190	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2424690--2424715	12	2.2	12	100	0	52	11	15	0	73	1.11
2429993--2430099	42	2.5	42	96	3	198	49	7	10	32	1.65
2430858--2430888	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
2433886--2433992	52	2.1	52	98	0	205	28	7	21	42	1.80
2437485--2437542	30	1.9	30	82	10	73	60	15	3	20	1.49
2450991--2451054	33	1.9	34	81	15	80	45	1	4	48	1.32
2465847--2465893	4	11.8	4	100	0	94	25	0	23	51	1.49
2466343--2466386	16	2.8	16	89	3	63	20	22	36	20	1.95
2467023--2467064	22	1.9	22	95	0	75	16	11	9	61	1.55
2473898--2473956	23	2.6	23	88	0	82	22	20	16	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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