genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  22  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7438772--7438863	41	2.2	41	90	0	139	29	4	26	40	1.75
7450211--7450245	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
7450796--7450822	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7451148--7451183	18	2.1	17	89	5	54	88	0	11	0	0.50
7451149--7451179	7	4.4	7	95	0	53	90	0	9	0	0.46
7452237--7452284	25	1.9	25	95	0	87	39	6	20	33	1.78
7455570--7455627	28	2.1	28	83	6	73	32	1	15	50	1.55
7455619--7455668	26	1.9	26	87	0	73	30	0	12	58	1.34
7458240--7458317	34	2.3	35	91	6	124	42	0	0	57	0.98
7458252--7458340	35	2.6	34	82	8	83	39	3	2	55	1.29
7458813--7458846	17	2.0	17	94	0	59	52	2	0	44	1.16
7471314--7471481	43	3.9	43	82	6	153	21	18	23	36	1.95
7491364--7491573	108	1.9	108	91	0	339	30	17	16	35	1.92
7500258--7500354	49	2.0	49	85	4	133	36	17	19	26	1.94
7507357--7507388	2	16.0	2	93	0	55	3	0	46	50	1.17
7514509--7514593	42	2.0	42	95	0	152	28	25	5	40	1.79
7522252--7522296	15	3.0	15	86	0	54	55	0	0	44	0.99
7523404--7523458	18	2.8	19	82	17	76	47	7	0	45	1.30
7523404--7523469	22	3.2	20	83	14	82	48	7	0	43	1.31
7526922--7526978	31	1.9	29	86	10	80	47	12	1	38	1.51
7528513--7528542	14	2.1	14	93	0	51	43	3	0	53	1.17
7528610--7528648	21	1.9	20	85	15	53	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7528610--7528731	28	4.4	27	72	20	90	63	2	1	32	1.18
7528610--7528729	55	2.3	52	81	12	138	63	2	1	32	1.18
7540618--7540673	12	4.9	11	75	12	51	30	1	3	64	1.21
7555095--7555139	15	3.0	15	90	6	65	26	6	15	51	1.68
7562119--7562282	82	2.0	82	97	0	310	25	28	21	25	1.99
7562342--7562408	34	2.0	32	83	11	82	50	4	1	43	1.31
7562710--7562785	31	2.5	30	87	8	100	47	10	3	38	1.57
7598639--7598680	16	2.6	17	77	11	52	54	14	0	30	1.40
7603188--7603255	29	2.3	29	80	14	86	33	7	8	50	1.61
7603850--7603901	20	2.7	19	74	11	52	46	0	1	51	1.12
7604723--7604766	19	2.3	20	88	7	65	47	2	4	45	1.35
7604725--7604767	20	2.2	19	87	4	59	51	2	2	44	1.27
7613734--7613789	25	2.2	25	90	0	94	41	0	8	50	1.34
7622428--7622462	18	1.9	18	88	0	52	42	2	31	22	1.68
7622610--7622634	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
7631691--7631724	14	2.4	14	100	0	68	58	5	23	11	1.55
7633952--7634049	6	16.8	6	73	14	89	40	2	3	54	1.28
7633933--7634018	29	3.0	29	87	0	100	36	0	5	58	1.22
7633964--7634048	23	3.7	23	75	12	93	41	2	3	52	1.31
7633952--7634049	17	5.6	18	80	13	89	40	2	3	54	1.28
7633932--7634037	17	6.9	15	72	25	71	36	0	6	55	1.32
7634735--7634783	15	3.2	15	80	11	55	57	0	6	36	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7635909--7636157	29	8.6	28	77	15	208	32	24	3	38	1.73
7635918--7636211	145	2.0	148	81	7	343	31	24	4	39	1.74
7636140--7636220	29	2.8	30	80	12	89	35	25	4	33	1.78
7643801--7643924	59	2.1	59	86	0	176	42	11	3	42	1.56
7643820--7643911	29	3.1	28	75	18	89	40	9	2	47	1.49
7646478--7646528	25	2.0	25	92	0	84	23	13	21	41	1.89
7651281--7651313	14	2.3	15	89	5	50	84	3	12	0	0.72
7654908--7654941	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
7655156--7655184	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
7655778--7655983	28	7.4	27	77	8	139	33	25	13	28	1.93
7655800--7656131	28	11.7	28	74	9	244	36	22	12	28	1.90
7655803--7656132	57	5.8	57	83	4	332	36	23	11	28	1.90
7655836--7656135	114	2.6	114	82	3	390	37	23	11	28	1.89
7667353--7667390	20	2.0	20	89	5	60	47	0	2	50	1.15
7668022--7668060	9	4.1	9	81	12	51	48	5	2	43	1.38
7669073--7669183	30	3.7	30	83	8	136	39	22	1	36	1.65
7669175--7669269	29	3.3	28	66	21	70	33	25	9	31	1.88
7669143--7669279	58	2.3	59	88	1	204	31	24	9	34	1.88
7669234--7669325	30	3.1	29	70	22	75	29	21	11	36	1.89
7669349--7669411	28	2.2	28	86	5	83	34	25	9	30	1.88
7678152--7678195	13	3.5	13	81	3	54	15	18	0	65	1.27
7681100--7681139	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7684243--7684272	7	4.3	7	91	0	51	0	70	0	30	0.88
7684730--7684774	18	2.5	18	96	0	81	57	4	28	8	1.48
7684894--7684927	15	2.3	15	94	0	59	47	2	41	8	1.50
7686463--7686608	41	3.5	42	78	5	147	30	25	8	36	1.85
7686494--7686632	43	3.3	43	83	7	160	28	26	10	35	1.89
7687957--7688081	24	5.5	24	73	18	131	42	27	4	25	1.75
7687978--7688102	21	5.7	21	73	17	110	41	26	5	26	1.77
7687957--7688103	45	3.3	45	99	0	285	42	27	5	25	1.77
7692546--7692602	24	2.4	24	96	0	105	29	28	19	22	1.98
7699541--7699598	16	3.3	18	76	11	66	62	0	0	37	0.96
7700813--7700852	17	2.4	17	84	12	55	60	0	5	35	1.19
7700854--7700894	22	1.9	21	85	5	55	46	9	0	43	1.36
7708526--7708738	23	9.5	23	72	15	142	42	21	23	11	1.86
7708618--7708738	48	2.6	46	85	7	163	40	23	24	11	1.88
7712603--7712661	28	2.1	27	84	3	73	62	8	1	27	1.33
7712668--7712725	22	3.0	18	75	18	62	46	0	31	22	1.52
7712685--7712727	22	2.0	22	95	0	77	48	0	30	20	1.50
7733006--7733179	61	3.2	53	73	16	174	32	14	15	37	1.88
7733066--7733230	61	2.8	61	81	11	198	26	16	14	42	1.87
7733066--7733221	58	2.6	60	85	8	178	25	16	15	42	1.87
7735796--7736821	95	11.0	95	87	4	1392	42	5	4	47	1.48
7735796--7736821	284	3.7	280	87	4	1439	42	5	4	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7736889--7736937	22	2.2	22	89	7	73	30	46	4	18	1.67
7739440--7739478	14	2.7	15	88	11	64	82	0	0	17	0.68
7739442--7739478	19	1.9	19	89	10	58	83	0	0	16	0.64
7739440--7739490	21	2.3	22	86	6	68	80	1	1	15	0.89
7741087--7741139	20	2.6	21	84	3	63	33	5	3	56	1.41
7741110--7741151	20	2.1	20	90	0	66	33	7	4	54	1.49
7741229--7741299	36	1.9	37	88	2	108	35	5	4	54	1.43
7742381--7742515	29	4.6	30	95	1	229	27	2	4	65	1.26
7742399--7742520	17	7.9	17	66	25	76	27	3	4	64	1.29
7742381--7742515	59	2.3	58	93	2	225	27	2	4	65	1.26
7743339--7743921	58	9.8	58	77	12	504	43	14	14	27	1.85
7743343--7743931	118	5.0	117	81	9	599	42	14	14	27	1.85
7748542--7748601	22	2.8	22	79	2	68	45	5	5	45	1.47
7780931--7780987	31	2.0	26	81	18	62	40	19	8	31	1.82
7784365--7784399	13	2.7	13	90	0	52	51	2	0	45	1.16
7786413--7786596	51	3.6	50	85	4	217	34	13	22	30	1.92
7786414--7786600	102	1.8	102	85	4	261	33	13	21	31	1.92
7787396--7787455	21	2.8	22	80	7	70	36	8	20	35	1.82
7796694--7796897	51	4.0	52	85	3	270	32	17	22	27	1.96
7799114--7799387	20	13.6	20	80	3	291	12	18	32	36	1.89
7799375--7799418	16	2.8	16	85	0	61	13	22	31	31	1.93
7806315--7806341	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7807380--7807413	16	2.1	16	89	10	52	64	0	11	23	1.26
7812201--7812250	27	1.9	27	84	8	68	28	16	34	22	1.95
7812237--7812456	29	7.5	28	72	19	157	34	2	30	32	1.72
7812231--7812486	58	4.4	59	88	4	360	33	3	30	32	1.74
7812261--7812492	29	8.0	27	73	18	175	34	2	30	33	1.70
7812584--7812902	162	2.0	161	90	1	505	43	12	18	25	1.85
7813642--7813684	14	3.1	14	80	3	52	39	0	0	60	0.97
7813647--7813692	20	2.3	21	85	7	60	43	0	0	56	0.99
7813687--7813734	25	2.0	24	84	12	62	37	6	4	52	1.46
7814418--7814476	6	9.8	6	73	14	50	54	1	5	38	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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