genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

This is table  1  of  126  ( 15035 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4--454	7	63.4	7	91	3	282	25	52	20	0	1.52
456--840	7	55.6	7	86	4	136	34	50	9	5	1.58
786--845	15	4.1	15	87	6	88	41	46	1	10	1.47
713--840	27	4.6	29	77	6	104	33	58	3	3	1.35
847--878	13	2.5	13	94	0	55	31	46	0	21	1.52
5632--5674	14	3.1	14	75	0	50	39	48	0	11	1.40
5757--5799	21	2.0	21	86	0	59	46	32	0	20	1.51
5973--6023	21	2.5	21	73	17	54	39	33	1	25	1.67
6056--6103	14	3.4	14	79	0	60	31	50	6	12	1.65
11961--11991	15	2.1	15	100	0	62	35	19	25	19	1.95
22862--22953	22	4.2	22	91	0	148	42	25	20	11	1.86
26665--26743	23	3.4	23	83	0	113	10	22	21	45	1.81
28347--28403	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
29082--29765	59	11.5	59	77	7	598	27	18	16	37	1.93
29082--29765	119	5.7	117	77	9	614	27	18	16	37	1.93
30535--30617	6	12.7	6	71	18	51	63	4	3	27	1.31
30535--30617	13	6.3	12	69	21	51	63	4	3	27	1.31
30520--30617	30	3.3	30	85	0	115	62	5	5	27	1.38
31878--32251	59	6.3	60	71	14	204	39	16	18	26	1.91
31878--32255	60	6.4	59	71	12	222	39	16	17	26	1.91
32847--32891	21	2.1	21	83	0	54	22	42	0	35	1.54
34126--34176	21	2.4	21	80	9	59	52	0	3	43	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34146--34175	15	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
36289--36329	18	2.3	18	86	0	64	58	0	0	41	0.98
41823--41877	8	7.7	7	78	17	60	80	0	20	0	0.72
41791--41836	18	2.5	19	78	7	58	76	0	8	15	1.02
41822--41877	21	2.7	21	86	5	78	80	0	19	0	0.71
41823--41876	27	1.9	27	88	7	81	79	0	20	0	0.73
42762--42944	98	1.9	98	85	4	253	33	17	27	20	1.95
42794--42964	49	3.5	49	69	6	132	33	16	28	21	1.95
43262--44803	40	39.1	39	75	7	892	32	24	16	26	1.96
43306--44777	39	37.3	38	73	8	572	32	24	16	26	1.96
43307--44799	118	12.6	115	74	10	804	32	23	17	26	1.96
43263--44577	236	5.6	235	79	7	1152	32	23	16	26	1.96
43263--44417	79	14.7	79	76	7	875	32	23	16	27	1.96
43263--44657	79	17.7	79	75	9	858	32	24	16	26	1.96
44424--44747	158	2.0	160	82	1	391	32	25	17	24	1.97
44845--44948	40	2.6	39	80	3	127	30	22	16	30	1.95
45470--45499	11	2.6	12	94	5	53	26	0	0	73	0.84
49727--49763	14	2.8	13	88	8	56	45	0	2	51	1.15
49730--49757	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
51323--51490	59	2.8	59	78	7	196	32	16	15	35	1.90
51451--51656	61	3.4	60	78	11	181	33	14	12	39	1.84
51344--51660	59	5.2	62	77	11	248	30	16	14	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51498--51660	61	2.7	60	83	7	202	31	14	11	42	1.81
55501--55544	22	2.0	22	82	13	54	47	2	2	47	1.27
55631--55754	59	2.1	60	81	4	144	36	10	6	46	1.64
55697--56046	85	4.1	85	93	1	578	43	4	4	47	1.44
56141--56201	22	2.8	22	87	0	95	40	34	8	16	1.78
58404--58465	27	2.2	29	82	8	74	30	4	3	61	1.33
59427--59573	61	2.4	61	85	7	203	37	14	16	31	1.88
62215--62241	6	4.5	6	100	0	54	0	81	0	18	0.69
90738--91187	62	7.5	62	74	10	325	28	18	16	36	1.93
98089--98145	30	1.9	30	89	7	89	49	3	5	42	1.42
107627--107672	23	2.0	23	100	0	92	17	30	13	39	1.87
134298--134607	114	2.9	105	83	8	344	48	11	9	31	1.71
134420--134607	101	1.9	101	91	0	313	50	9	7	32	1.64
147897--147957	11	5.5	11	73	11	61	49	3	0	47	1.18
149278--149408	63	2.1	63	82	5	158	41	22	7	27	1.81
158130--158182	27	2.0	26	85	3	70	47	0	1	50	1.12
167982--168022	15	2.6	17	81	11	52	46	0	0	53	1.00
170850--170887	19	2.0	19	89	0	58	73	5	13	7	1.22
173003--173097	31	3.1	31	80	6	102	33	6	10	49	1.62
194975--195284	172	1.8	172	87	2	471	42	20	11	25	1.85
195157--195591	162	2.8	151	86	6	565	41	23	12	22	1.88
195630--196309	326	2.1	332	83	5	858	44	25	11	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195630--196309	164	4.1	164	82	7	762	44	25	11	18	1.84
195951--196295	173	2.0	173	84	3	444	44	24	11	19	1.84
202779--203053	113	2.4	114	85	3	365	33	7	13	46	1.70
208265--208306	22	2.0	21	85	4	57	45	11	2	40	1.54
208682--208716	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
211042--211575	267	2.0	267	89	2	822	22	17	22	37	1.94
220975--221029	20	2.7	21	81	13	69	45	5	0	49	1.25
221099--221133	17	2.1	17	88	0	52	25	0	5	68	1.11
222689--223218	267	2.0	268	89	1	821	21	17	23	37	1.93
225690--225744	16	3.4	16	94	0	101	41	5	25	27	1.77
225914--226059	58	2.5	56	82	11	179	49	1	2	46	1.24
230610--230666	26	2.2	26	90	0	87	31	3	12	52	1.55
230870--230895	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
230907--230946	21	1.9	21	94	0	71	40	0	25	35	1.56
231912--231942	14	2.3	13	94	5	53	9	6	16	67	1.39
238030--238064	18	1.9	18	100	0	70	37	11	17	34	1.85
239604--240074	202	2.3	201	81	6	542	38	17	12	30	1.87
241880--241961	29	3.1	24	81	18	76	46	6	0	47	1.27
241906--241961	28	2.2	23	84	15	67	44	5	0	50	1.25
246510--246545	18	2.0	18	88	0	54	19	13	30	36	1.91
248368--248862	247	2.0	248	94	1	877	29	13	17	39	1.88
250052--250088	17	2.3	16	90	9	58	59	0	13	27	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250182--250214	16	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
250280--250372	46	2.0	47	93	2	161	22	20	16	40	1.91
253467--253507	20	2.0	20	95	0	73	43	2	29	24	1.67
253665--253693	10	3.0	10	95	5	51	0	27	0	72	0.85
253832--254175	133	2.6	134	82	4	408	30	20	13	35	1.91
253760--254228	135	3.5	135	78	3	437	30	20	13	36	1.90
254620--254885	133	2.0	135	85	2	367	27	19	17	35	1.94
256470--256520	25	2.1	24	89	10	77	37	0	5	56	1.23
258995--259039	14	2.9	15	81	12	56	42	0	2	55	1.12
260043--260086	23	1.9	23	85	0	61	29	0	2	68	1.02
263254--263325	36	2.0	36	91	2	119	40	5	16	37	1.72
273608--273670	22	2.8	23	87	4	92	6	6	22	65	1.39
273608--273678	22	3.3	21	86	5	72	5	7	22	64	1.39
273616--273741	12	11.2	11	71	12	69	4	7	20	67	1.33
273655--273740	24	3.6	24	79	1	93	3	5	20	69	1.24
273655--273740	36	2.4	35	84	1	109	3	5	20	69	1.24
273655--273747	12	7.8	12	78	2	80	3	5	22	68	1.24
279495--279530	16	2.2	16	100	0	72	30	19	0	50	1.48
286052--286094	16	2.6	17	85	7	54	44	2	0	53	1.13
286052--286091	17	2.5	16	84	11	55	42	2	0	55	1.13
286859--286885	1	27.0	1	100	0	54	0	100	0	0	0.00
294475--294527	27	2.0	27	85	3	72	43	5	3	47	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298003--298065	20	3.0	20	78	19	65	69	17	1	11	1.25
298126--298215	22	4.3	21	76	13	96	66	18	7	6	1.39
298137--298178	18	2.3	19	87	4	59	66	19	9	4	1.38
310736--310773	8	4.9	8	80	6	51	34	0	0	65	0.93
310738--310786	23	2.2	22	89	10	73	30	0	0	69	0.89
311647--311677	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
325581--325645	23	2.8	24	81	9	80	55	6	7	30	1.53
328833--328866	3	11.7	3	93	6	61	70	0	29	0	0.87
336477--336544	32	2.0	35	83	13	90	50	10	0	39	1.37
337355--337405	20	2.6	20	74	20	54	49	19	5	25	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126