genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  43  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12713920--12713982	27	2.3	28	91	8	112	46	14	0	39	1.45
12715831--12715855	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
12728155--12728190	18	2.1	18	89	5	56	36	19	5	38	1.75
12738231--12738291	30	2.1	30	84	3	79	8	21	9	60	1.54
12742919--12742956	20	1.9	20	88	0	58	42	15	21	21	1.89
12745820--12746004	51	3.6	50	88	2	271	28	23	16	31	1.96
12753084--12753266	51	3.6	51	79	10	212	28	22	14	33	1.94
12755460--12755484	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
12757085--12757196	50	2.3	49	93	1	188	33	31	12	22	1.91
12760369--12760432	29	2.3	27	79	10	74	43	3	18	34	1.66
12760382--12760438	29	2.0	29	92	0	96	40	1	22	35	1.65
12760403--12760472	36	1.9	36	94	0	122	38	2	22	35	1.69
12761070--12761120	18	2.6	20	78	15	61	60	0	0	39	0.97
12761133--12761184	21	2.5	21	87	0	77	48	15	0	36	1.45
12761880--12761904	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
12762170--12762237	17	4.1	17	78	1	75	42	1	2	52	1.25
12763825--12764163	162	2.1	162	90	0	534	26	19	13	41	1.88
12764266--12764490	29	7.7	30	71	13	148	36	26	0	36	1.63
12764234--12764548	59	5.4	58	86	5	404	35	27	1	34	1.65
12764234--12764549	117	2.7	117	86	4	440	35	28	1	34	1.66
12764236--12764585	176	2.0	176	83	5	449	35	28	2	33	1.70
12776558--12777026	149	3.1	148	89	4	701	32	15	18	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12776558--12777026	75	6.2	75	90	3	694	32	15	18	33	1.93
12776551--12777026	38	12.7	38	63	18	192	32	15	18	32	1.93
12777527--12777594	17	4.1	17	78	1	75	42	1	2	52	1.25
12779149--12779484	162	2.1	162	91	1	539	26	19	12	41	1.87
12779559--12779919	59	6.3	59	85	5	447	34	27	2	36	1.70
12779559--12779919	117	3.1	118	87	5	492	34	27	2	36	1.70
12783200--12783392	51	3.8	51	87	0	278	33	16	22	26	1.95
12792439--12792503	32	2.0	32	100	0	130	44	18	18	18	1.87
12794927--12795016	45	2.0	45	95	0	162	36	14	18	30	1.91
12795662--12795711	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
12796211--12796245	6	6.0	6	86	6	54	37	28	0	34	1.58
12797167--12797257	17	5.4	17	89	0	137	38	0	5	56	1.23
12797182--12797263	11	7.1	12	75	10	73	39	0	4	56	1.21
12797167--12797258	34	2.7	34	94	0	157	38	0	6	55	1.26
12797167--12797275	51	2.1	50	80	6	121	38	0	6	54	1.33
12797182--12797263	6	14.2	6	75	11	73	39	0	4	56	1.21
12798922--12799292	29	12.5	30	75	10	187	35	25	3	35	1.74
12799006--12799234	122	1.9	122	83	5	302	33	27	4	34	1.77
12799232--12799292	28	2.1	29	82	8	72	32	26	1	39	1.66
12799559--12799738	97	1.9	97	90	0	288	26	18	16	39	1.91
12811316--12811840	117	4.5	117	74	8	393	24	29	20	26	1.99
12811358--12811814	78	5.8	79	81	5	428	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12811238--12811853	39	15.7	39	70	10	337	24	28	20	26	1.99
12812264--12812332	17	4.1	17	90	0	102	40	0	4	55	1.20
12812279--12812345	11	5.9	11	78	13	73	40	0	1	58	1.07
12812279--12812365	6	15.2	6	73	13	76	41	1	1	56	1.14
12812264--12812332	34	2.0	34	94	0	120	40	0	4	55	1.20
12812279--12812346	23	3.0	23	77	14	86	41	0	1	57	1.08
12812264--12812365	17	6.3	16	74	21	88	41	0	2	54	1.22
12812279--12812365	23	4.0	22	72	22	78	41	1	1	56	1.14
12813989--12814218	30	7.8	30	75	10	118	35	24	4	35	1.76
12814049--12814213	30	5.7	29	80	9	160	35	25	4	35	1.76
12814049--12814172	58	2.1	59	86	4	171	37	25	3	33	1.72
12814072--12814213	58	2.5	56	81	5	158	34	26	4	34	1.78
12814029--12814238	30	7.2	29	75	11	153	34	23	4	37	1.75
12814521--12814808	97	3.0	97	91	0	459	27	19	17	36	1.94
12818945--12818971	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
12821160--12821229	21	3.3	21	80	7	79	32	24	10	32	1.88
12835691--12835740	22	2.4	21	86	6	66	36	0	0	64	0.94
12843687--12843775	36	2.4	36	92	1	142	34	15	25	23	1.95
12843686--12843787	36	2.8	36	87	1	141	38	14	24	22	1.92
12848140--12848257	61	2.0	61	84	1	157	37	5	15	42	1.69
12851627--12851658	15	2.1	15	94	0	55	28	0	0	71	0.86
12857985--12858023	6	6.7	6	88	5	62	28	0	2	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12857986--12858022	17	2.2	17	95	0	65	29	0	2	67	1.04
12857984--12858035	23	2.3	23	83	12	72	30	0	1	67	1.02
12862180--12862322	41	3.5	42	82	7	134	41	11	24	22	1.87
12862222--12862342	40	3.0	40	85	4	145	40	11	23	23	1.88
12863042--12863088	21	2.2	21	96	0	85	27	17	21	34	1.95
12873679--12873725	18	2.6	18	82	0	67	25	12	23	38	1.90
12875282--12875313	15	2.1	15	100	0	64	46	0	18	34	1.49
12877650--12877702	21	2.5	21	81	6	63	16	18	26	37	1.93
12880125--12880154	15	1.9	16	93	6	53	6	6	16	70	1.31
12885031--12885087	23	2.4	24	82	8	73	15	24	19	40	1.90
12889168--12889262	39	2.4	39	100	0	190	32	18	11	36	1.87
12893058--12893325	49	5.5	48	71	12	172	16	25	19	38	1.92
12893045--12893310	96	2.7	97	86	4	349	17	26	19	36	1.93
12906511--12906586	37	2.0	38	94	2	136	11	23	9	55	1.65
12910597--12910673	21	3.7	21	82	0	91	24	14	28	32	1.94
12916518--12916553	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
12924506--12924730	116	1.9	116	84	3	301	30	9	27	33	1.88
12931866--12932082	116	1.9	117	84	0	292	35	9	22	32	1.86
12935380--12935413	18	2.0	16	88	11	50	47	8	5	38	1.59
12941995--12942062	34	2.0	34	100	0	136	38	0	29	32	1.58
12949825--12949850	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
12957604--12957644	3	13.7	3	94	0	73	65	2	0	31	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12959904--12960335	238	1.8	229	83	5	569	32	22	13	32	1.92
12970235--12970295	28	2.2	28	81	0	68	24	32	16	26	1.96
12987652--12987694	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
12988289--12988493	109	1.9	111	83	7	274	23	24	12	39	1.89
12992003--12992045	21	2.0	21	90	4	68	72	2	9	16	1.21
12993144--12993177	14	2.4	14	100	0	68	58	20	14	5	1.57
12997711--12997761	24	2.1	24	92	0	84	31	21	19	27	1.97
13013191--13013250	30	2.0	30	93	0	102	41	20	6	31	1.78
13014061--13014135	39	1.9	39	97	0	141	38	9	12	40	1.75
13023436--13023593	66	2.4	66	81	7	171	25	24	15	34	1.95
13030604--13030708	9	11.4	9	70	15	72	60	3	1	33	1.25
13030636--13030708	19	3.8	19	84	13	80	57	4	0	38	1.18
13036893--13037013	23	5.2	23	85	7	163	11	24	23	40	1.88
13036893--13037013	48	2.6	46	84	7	163	11	24	23	40	1.88
13036978--13037052	39	1.9	39	94	0	132	12	21	21	45	1.84
13037012--13037105	23	4.0	23	76	11	84	11	24	19	44	1.84
13040159--13040210	18	2.9	18	85	0	77	32	26	19	21	1.97
13045223--13045383	83	1.9	84	82	3	200	38	15	16	29	1.90
13045738--13045775	3	12.7	3	83	10	51	65	2	28	2	1.19
13046833--13046899	31	2.2	32	81	10	86	61	7	1	29	1.32
13058652--13058787	68	2.0	68	89	0	209	47	12	11	28	1.75
13059445--13059689	122	2.0	122	100	0	490	41	22	13	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13064016--13064140	59	2.1	60	91	4	200	22	17	14	45	1.84
13064688--13064776	43	2.1	43	97	0	169	24	13	11	50	1.74
13076521--13076557	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
13077500--13077541	19	2.2	19	91	0	66	26	4	26	42	1.75
13077507--13077546	19	2.1	19	90	0	62	27	5	25	42	1.75
13079013--13079069	29	1.9	30	89	3	89	57	7	1	33	1.36
13082029--13082073	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
13083169--13083215	17	2.7	17	83	9	51	68	4	0	27	1.08
13084289--13084346	25	2.2	24	80	14	62	48	0	3	48	1.18
13093116--13093163	25	1.9	25	83	8	62	47	2	4	45	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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