genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1818103--1818153	16	3.3	15	76	15	50	74	3	1	19	1.07
1829466--1829620	76	2.0	76	92	0	256	33	12	21	31	1.92
1840897--1840952	28	2.0	27	82	3	67	5	19	3	71	1.21
1840909--1840988	26	3.0	26	83	12	83	3	21	1	73	1.06
1840944--1840994	11	4.8	10	73	21	50	1	23	0	74	0.92
1840946--1840996	14	3.6	14	78	19	52	1	25	0	72	0.95
1843435--1843551	57	2.1	57	80	9	132	59	0	2	36	1.17
1843961--1843985	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
1860908--1860962	24	2.4	22	76	8	56	49	1	0	49	1.11
1874056--1874091	19	1.9	19	88	5	56	27	13	27	30	1.94
1876833--1876870	19	2.0	19	94	0	67	42	2	0	55	1.14
1877014--1877069	26	2.2	26	83	0	67	48	3	5	42	1.43
1882355--1882409	16	3.4	16	70	5	56	49	7	3	40	1.48
1882345--1882419	33	2.3	33	93	2	125	53	5	6	34	1.50
1886150--1886587	197	2.2	198	92	2	727	38	20	12	27	1.89
1898082--1898114	2	17.0	2	93	6	59	48	51	0	0	1.00
1898872--1899262	197	2.0	197	87	1	568	26	13	20	39	1.90
1910964--1911049	23	3.7	23	75	6	93	32	9	15	43	1.78
1913867--1913936	31	2.3	31	82	7	81	25	7	21	45	1.77
1913813--1914097	153	1.9	153	82	3	367	30	14	18	36	1.91
1915062--1915095	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1930160--1930193	16	2.1	16	100	0	68	50	11	5	32	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1948145--1948175	14	2.2	14	94	0	53	64	0	0	35	0.94
1952612--1952658	24	2.0	24	100	0	94	29	8	29	31	1.87
1955340--1955380	21	1.9	22	85	5	57	48	2	2	46	1.28
1963108--1963134	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1963134--1963170	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
1963931--1963976	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
1965815--1965863	23	2.2	23	85	3	64	36	4	0	59	1.17
1966636--1966661	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1968163--1968200	20	2.0	20	84	5	51	68	13	2	15	1.32
1972082--1972144	22	2.9	21	79	9	63	47	0	1	50	1.10
1982900--1983212	158	2.0	158	88	0	464	27	23	24	23	2.00
1984033--1984071	20	2.0	20	85	10	53	17	10	0	71	1.12
1986262--1986363	43	2.3	43	84	1	132	25	15	28	30	1.96
1988143--1988241	43	2.3	43	85	0	126	24	17	25	33	1.96
1990028--1990126	43	2.3	43	85	0	126	24	17	25	33	1.96
1991915--1992013	43	2.3	43	85	0	126	24	17	25	33	1.96
1993684--1993724	16	2.6	16	75	24	50	36	0	0	63	0.95
1993675--1993828	82	1.8	85	85	9	219	46	1	1	50	1.20
1995799--1995843	16	3.0	16	79	20	53	48	2	4	44	1.35
1996600--1996806	43	4.8	43	74	6	143	38	21	17	23	1.93
1998467--1998511	23	2.0	23	86	8	65	24	13	8	53	1.68
1999535--1999561	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999707--1999773	30	2.2	29	80	12	73	55	2	0	41	1.15
1999675--1999834	82	2.0	82	81	7	191	53	2	0	44	1.14
2015557--2015599	18	2.4	17	85	11	59	55	0	2	41	1.12
2019414--2019463	14	3.5	14	74	15	57	52	8	2	38	1.43
2027508--2027570	32	2.0	32	93	0	108	25	17	11	46	1.81
2031807--2031832	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
2034499--2034774	143	1.9	142	81	7	326	21	11	28	39	1.87
2038359--2038407	22	2.3	20	80	20	55	38	4	4	53	1.39
2045436--2045474	21	1.9	20	84	5	51	64	15	5	15	1.46
2048146--2048183	10	3.8	10	92	0	58	7	34	0	57	1.28
2060246--2060283	18	2.2	17	86	9	51	23	2	10	63	1.39
2068485--2068584	52	1.9	51	82	9	123	35	15	8	42	1.76
2072965--2073017	6	8.8	6	100	0	106	33	0	66	0	0.92
2084167--2084191	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2088396--2088421	12	2.2	12	100	0	52	42	7	34	15	1.75
2097669--2097702	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
2097734--2097759	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2099539--2099589	24	2.2	24	85	3	68	56	0	0	43	0.99
2104862--2104892	15	2.0	16	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2111749--2111775	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2119552--2119587	18	2.0	18	100	0	72	33	0	11	55	1.35
2119554--2119594	18	2.2	18	91	4	64	34	0	14	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2119972--2120033	32	1.9	32	93	0	106	37	11	0	51	1.38
2120241--2120318	14	5.3	15	71	18	58	33	0	2	64	1.08
2120241--2120321	29	2.9	29	85	10	107	34	0	2	62	1.08
2120249--2120303	13	3.9	14	75	15	51	34	0	1	63	1.05
2125625--2125712	34	2.5	34	83	3	104	21	13	7	56	1.62
2126958--2127004	21	2.2	21	88	3	67	14	6	2	76	1.08
2126944--2127004	22	2.8	22	82	7	72	14	9	1	73	1.16
2127262--2127316	19	2.9	19	86	10	69	54	5	1	38	1.34
2128859--2128913	25	2.2	26	84	9	71	36	1	7	54	1.39
2142646--2142678	16	2.1	17	88	11	52	42	9	18	30	1.81
2144958--2144982	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2152669--2152693	5	5.0	5	100	0	50	0	0	80	20	0.72
2153626--2153668	16	2.8	15	74	19	52	48	0	0	51	1.00
2153672--2153742	28	2.4	30	82	15	78	57	7	1	33	1.34
2158824--2158911	45	2.0	45	93	0	149	40	10	18	30	1.83
2159056--2159099	19	2.3	19	84	7	54	61	4	2	31	1.28
2161461--2161518	30	1.9	30	85	0	80	37	5	1	55	1.33
2175569--2175628	29	2.1	29	81	12	70	58	6	0	35	1.24
2176649--2176683	16	2.2	16	100	0	70	68	5	0	25	1.11
2180603--2180886	139	2.0	138	81	7	326	51	11	12	24	1.72
2191573--2191639	13	5.2	13	71	15	50	44	0	1	53	1.09
2193831--2193889	22	2.7	23	71	7	59	22	10	11	55	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2194419--2194510	45	2.0	45	95	0	166	34	11	14	39	1.82
2194722--2194763	2	21.0	2	90	0	66	54	0	0	45	0.99
2205467--2205521	21	2.6	22	80	8	62	47	0	0	52	1.00
2205882--2205907	12	2.2	12	100	0	52	0	23	0	76	0.78
2214762--2214790	13	2.2	13	100	0	58	31	6	24	37	1.82
2221793--2221859	31	2.2	31	88	0	98	29	8	8	52	1.63
2221896--2221931	17	2.1	18	89	5	56	30	0	0	69	0.89
2222994--2223042	22	2.3	21	82	10	55	63	2	2	32	1.17
2223886--2223927	21	2.0	21	81	9	50	66	11	0	21	1.23
2224802--2224832	9	3.3	9	91	8	53	67	0	0	32	0.91
2224942--2224984	16	2.8	15	74	19	52	48	2	0	48	1.14
2225017--2225045	15	1.9	15	100	0	58	62	0	0	37	0.96
2235190--2235554	99	3.6	99	79	2	408	27	11	18	41	1.86
2235503--2235610	56	1.9	56	88	0	162	25	12	20	42	1.86
2254553--2254619	12	5.6	12	72	0	53	34	14	38	11	1.84
2254550--2254614	21	3.1	21	77	0	67	36	12	38	12	1.80
2254544--2254635	48	1.9	48	82	4	114	36	10	41	10	1.75
2254694--2254790	24	4.0	25	72	7	69	34	17	40	8	1.79
2254721--2254771	15	3.4	15	77	0	57	29	23	41	5	1.78
2255533--2255572	12	3.3	12	85	0	53	52	2	37	7	1.43
2255807--2255842	3	12.0	3	93	0	63	33	2	33	30	1.72
2258014--2258049	16	2.2	16	90	5	54	36	5	2	55	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2261477--2261507	15	2.1	15	93	0	53	51	19	3	25	1.62
2263041--2263106	30	2.2	30	86	5	89	40	13	7	37	1.73
2263048--2263115	30	2.3	30	84	5	84	41	11	10	36	1.76
2263607--2263638	8	3.9	8	95	4	55	50	0	0	50	1.00
2269429--2269454	7	3.7	7	100	0	52	42	26	0	30	1.56
2271296--2271356	15	3.9	15	76	8	59	73	0	1	24	0.92
2271311--2271376	30	2.4	29	82	12	77	71	1	1	25	1.04
2271488--2271513	13	2.0	13	100	0	52	15	0	15	69	1.20
2280872--2280917	21	2.3	21	88	7	69	36	2	2	58	1.22
2281073--2281107	17	2.1	17	100	0	70	28	42	0	28	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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