genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27767047--27767147	10	9.8	10	76	15	55	35	0	1	61	1.14
27767070--27767108	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
27767051--27767126	8	9.6	8	78	8	57	39	0	2	57	1.12
27768144--27768170	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27795822--27795997	70	2.5	70	95	0	307	35	7	11	45	1.69
27796268--27796322	25	2.2	26	83	9	69	38	0	1	60	1.08
27796300--27796342	21	2.1	21	87	8	63	41	2	0	55	1.12
27796335--27796399	18	3.5	19	74	17	55	40	3	3	53	1.32
27798243--27798276	16	2.1	16	94	0	59	52	32	5	8	1.56
27802054--27802130	34	2.2	35	90	2	120	29	20	0	49	1.49
27806311--27806344	17	2.0	17	88	0	50	47	5	11	35	1.65
27806579--27806647	22	3.1	22	85	2	84	14	27	20	37	1.91
27808835--27808878	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
27808839--27808881	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
27810734--27810841	26	4.2	26	80	8	112	27	29	18	24	1.98
27810904--27810930	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
27812951--27813026	28	2.6	29	83	8	91	56	10	5	27	1.54
27834598--27834641	21	2.0	20	83	12	52	54	6	2	36	1.40
27840459--27840487	13	2.3	13	94	5	51	13	3	13	68	1.33
27856836--27856864	14	2.1	14	100	0	58	51	20	13	13	1.75
27857198--27857249	22	2.3	22	84	12	70	53	0	5	40	1.25
27858868--27858946	29	2.7	29	80	11	97	29	15	10	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27858810--27858999	88	2.1	90	83	5	235	25	15	12	46	1.81
27859145--27859309	59	2.7	59	82	4	188	48	12	13	25	1.77
27861116--27861256	53	2.8	51	78	9	146	43	2	3	51	1.31
27861168--27861219	23	2.3	23	86	6	70	46	1	3	48	1.31
27861236--27861286	5	11.0	5	79	12	56	33	0	1	64	1.05
27861236--27861286	13	3.7	14	79	10	61	33	0	1	64	1.05
27862188--27862266	30	2.6	30	78	7	88	21	11	25	41	1.86
27876903--27877084	40	4.6	40	79	1	159	28	26	19	25	1.99
27876922--27877079	80	2.0	80	80	0	181	28	25	19	26	1.99
27877002--27877094	40	2.3	40	83	0	105	32	23	18	25	1.97
27883829--27883873	18	2.6	18	82	6	58	31	22	13	33	1.92
27886150--27886303	40	3.8	40	80	5	132	28	27	19	24	1.99
27894390--27894431	21	1.9	22	85	9	59	23	4	7	64	1.38
27894404--27894445	16	2.6	16	80	3	57	26	4	2	66	1.23
27894978--27895035	22	2.7	23	82	15	70	25	1	6	65	1.27
27898033--27898082	25	2.0	25	96	0	91	22	20	34	24	1.97
27902932--27903101	53	3.2	53	81	1	169	28	21	13	35	1.92
27902991--27903102	26	4.2	26	80	7	127	27	21	15	35	1.93
27904446--27904569	30	4.1	30	81	12	121	22	18	33	25	1.96
27904904--27904949	22	2.1	22	84	8	58	58	21	4	15	1.54
27905406--27905494	27	3.3	26	78	6	90	39	7	21	31	1.82
27905406--27905535	54	2.4	55	80	2	138	33	13	21	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27937459--27937515	15	3.9	14	81	6	60	28	12	1	57	1.44
27954044--27954103	21	2.8	22	80	7	70	31	25	18	25	1.97
27965533--27965832	53	5.6	53	92	0	483	35	23	15	26	1.94
27967323--27967424	51	2.0	50	94	1	177	50	18	19	10	1.75
27968203--27968405	49	4.1	49	82	2	246	37	14	25	22	1.92
27968204--27968405	99	2.1	98	91	0	323	37	14	25	22	1.92
27968360--27968449	35	2.6	35	92	0	153	36	21	21	21	1.95
27973206--27973253	19	2.4	20	77	19	55	14	8	2	75	1.13
27976488--27976540	21	2.5	21	87	0	79	16	20	33	28	1.95
27978995--27979030	19	1.9	19	88	5	56	25	25	5	44	1.75
27994734--27994773	20	2.0	20	95	0	71	37	30	15	17	1.90
27998325--27998367	21	2.0	21	95	0	77	39	2	18	39	1.64
27998999--27999070	32	2.2	32	95	4	128	37	29	11	22	1.88
28005699--28005867	26	6.5	26	79	6	200	30	18	29	21	1.97
28005699--28005867	52	3.2	52	93	0	284	30	18	29	21	1.97
28009073--28009249	45	3.9	45	79	0	183	42	16	19	20	1.89
28009075--28009293	45	4.9	45	76	6	167	40	15	22	21	1.91
28010489--28010527	4	9.8	4	88	0	51	41	0	7	51	1.31
28010489--28010527	6	6.5	6	90	0	51	41	0	7	51	1.31
28010489--28010527	10	3.9	10	89	0	51	41	0	7	51	1.31
28025760--28025786	14	1.9	14	100	0	54	37	7	18	37	1.79
28029933--28030226	108	2.7	108	82	5	358	27	15	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28035339--28035397	31	1.9	31	92	0	100	45	11	10	32	1.74
28039477--28039513	18	2.0	19	89	5	58	21	64	8	5	1.40
28042273--28042306	16	2.1	16	94	0	59	14	11	2	70	1.27
28046674--28046716	6	7.0	6	89	5	68	16	0	2	81	0.79
28046665--28046725	27	2.3	27	86	11	81	18	0	1	80	0.80
28046668--28046732	8	9.3	7	74	25	50	16	1	1	80	0.88
28046669--28046732	20	3.2	20	75	22	62	17	1	1	79	0.89
28051656--28051688	16	2.1	16	100	0	66	24	24	24	27	2.00
28052924--28052964	13	3.1	13	82	6	55	19	21	19	39	1.93
28053568--28053601	17	1.9	18	88	5	52	32	5	26	35	1.81
28054141--28054169	12	2.3	13	94	5	51	34	0	0	65	0.93
28059981--28060040	7	8.9	7	80	7	61	16	21	25	36	1.94
28059976--28060019	13	3.1	14	83	9	54	18	22	25	34	1.96
28059981--28060040	13	4.4	14	81	8	61	16	21	25	36	1.94
28059989--28060043	20	2.8	20	88	5	76	14	20	23	41	1.89
28061218--28061252	6	5.7	6	93	6	61	34	0	0	65	0.93
28063528--28063679	80	1.9	80	93	2	261	24	23	23	29	1.99
28069241--28069315	23	3.2	24	89	10	113	14	21	24	40	1.90
28070883--28070922	16	2.6	16	88	4	55	75	0	10	15	1.05
28070889--28070929	22	1.9	21	90	5	64	73	0	12	14	1.11
28073002--28073214	52	4.1	52	88	0	311	37	25	11	26	1.89
28073925--28073972	19	2.7	18	77	6	53	31	2	12	54	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28073821--28074463	141	4.5	146	84	8	700	41	3	9	46	1.52
28073821--28074459	148	4.4	145	84	9	699	41	3	9	45	1.52
28074379--28074414	18	2.0	18	88	0	54	44	5	0	50	1.25
28075462--28075767	162	1.9	161	92	2	515	37	5	13	43	1.68
28087853--28088300	42	10.9	42	82	5	522	21	18	23	36	1.95
28088750--28088792	3	14.3	3	90	0	68	34	4	0	60	1.17
28089217--28089860	150	4.4	148	85	7	827	41	3	10	44	1.55
28089429--28089796	51	7.5	50	67	18	173	43	2	8	44	1.51
28096818--28097056	52	4.6	52	87	2	354	35	23	14	26	1.94
28106745--28106769	13	1.9	13	100	0	50	84	8	0	8	0.79
28110785--28110825	19	2.1	19	86	4	55	43	19	0	36	1.51
28111430--28111456	9	3.0	9	100	0	54	11	0	0	88	0.50
28113698--28113782	28	2.9	28	87	5	107	29	1	2	67	1.11
28118045--28118085	18	2.3	18	87	8	57	56	4	31	7	1.48
28122016--28122040	12	2.1	12	100	0	50	0	24	16	60	1.36
28134206--28134300	45	2.3	43	85	10	126	50	4	4	41	1.41
28134240--28134301	17	3.4	17	70	20	52	53	3	4	38	1.39
28134546--28134571	11	2.4	11	100	0	52	34	0	7	57	1.27
28134512--28134687	94	1.9	93	83	11	229	46	2	5	46	1.40
28138532--28138580	17	2.9	17	78	0	53	28	26	16	28	1.97
28138536--28138612	33	2.3	34	84	10	97	27	28	16	27	1.97
28153178--28153270	6	15.8	6	72	16	52	53	5	2	38	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28153179--28153246	18	3.8	18	82	3	93	54	2	2	39	1.31
28153178--28153245	35	1.9	35	96	0	127	52	2	2	41	1.31
28153178--28153263	35	2.4	34	88	7	111	53	4	2	39	1.34
28153213--28153270	23	2.5	24	88	2	82	53	6	1	37	1.38
28153179--28153276	18	5.3	17	75	17	88	55	5	2	37	1.34
28153575--28154653	208	5.2	208	88	1	1439	22	22	17	36	1.95
28153575--28154653	417	2.6	416	87	2	1493	22	22	17	36	1.95
28154665--28154754	39	2.3	38	80	1	108	25	23	26	24	2.00
28155099--28155469	50	7.5	49	84	2	370	15	30	16	36	1.90
28155076--28155506	100	4.3	99	79	2	436	16	30	17	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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