genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  49  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14493634--14493694	3	20.7	3	81	9	72	67	0	32	0	0.91
14493634--14493695	31	2.0	31	87	6	90	67	0	32	0	0.91
14493741--14494064	141	2.3	141	90	5	503	36	0	12	50	1.46
14497401--14497435	16	2.2	16	94	0	61	57	8	2	31	1.44
14497848--14497919	27	2.7	27	86	2	92	29	30	16	23	1.96
14499856--14499888	17	1.9	17	88	11	50	48	3	0	48	1.17
14499860--14499910	25	2.0	27	84	7	70	54	3	0	41	1.19
14500029--14500064	17	2.1	17	89	5	54	80	5	0	13	0.88
14500618--14500754	9	14.6	9	70	15	59	63	0	4	31	1.19
14500615--14500763	10	15.6	10	70	15	61	64	0	4	30	1.17
14500586--14500669	29	2.9	30	84	8	102	61	0	0	38	0.96
14500588--14500686	29	3.4	29	75	9	78	61	0	1	37	1.03
14502458--14502483	8	3.2	8	100	0	52	23	0	23	53	1.46
14508945--14508982	14	2.8	14	88	4	51	52	0	0	47	1.00
14510554--14510594	18	2.3	18	91	0	64	51	9	29	9	1.67
14531976--14532014	20	2.0	20	85	5	53	53	0	2	43	1.14
14534224--14534261	18	2.1	19	85	5	51	44	0	13	42	1.43
14537999--14538044	22	2.0	22	87	8	65	23	8	0	67	1.18
14547050--14547150	50	2.0	50	100	0	202	25	27	19	26	1.99
14551467--14551615	55	2.7	55	75	0	154	22	22	28	26	1.99
14561475--14561612	36	3.9	36	77	7	156	23	25	17	34	1.96
14572446--14572972	146	3.7	142	81	10	624	43	11	3	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14572476--14572972	151	3.5	139	83	10	585	43	11	2	42	1.55
14572732--14572990	135	1.9	137	83	7	332	42	11	3	42	1.57
14576738--14576780	15	2.8	15	89	3	59	0	32	0	67	0.91
14576740--14576787	18	2.6	19	87	6	64	0	35	0	64	0.94
14576744--14576787	9	4.9	9	81	10	54	0	36	0	63	0.95
14579838--14579881	22	2.0	22	100	0	88	31	13	18	36	1.90
14595160--14595266	12	9.2	12	68	18	59	40	0	4	54	1.28
14599444--14599861	68	6.1	69	76	1	356	33	24	19	21	1.97
14599444--14599837	137	2.9	138	81	4	449	34	24	19	21	1.97
14599882--14599926	23	2.0	23	90	0	72	33	15	6	44	1.73
14603188--14603253	34	1.9	34	93	0	114	34	25	12	27	1.91
14619182--14619219	17	2.3	17	86	4	51	7	0	31	60	1.25
14620315--14620357	21	2.0	21	82	8	52	39	18	0	41	1.51
14627918--14628931	507	2.0	507	98	0	1956	40	11	14	32	1.82
14632813--14632846	11	2.9	12	86	8	52	79	2	0	17	0.86
14632761--14632888	67	1.9	65	81	9	150	54	3	2	39	1.29
14633410--14633925	80	6.4	80	91	2	795	25	18	23	32	1.97
14634034--14634179	50	2.9	50	79	6	161	20	23	18	37	1.94
14635103--14635174	6	12.0	6	85	14	96	0	15	0	84	0.62
14635103--14635174	20	3.6	20	80	17	87	0	15	0	84	0.62
14635103--14635173	26	2.6	27	91	4	108	0	15	0	84	0.62
14635104--14635175	23	3.0	24	86	13	105	0	13	0	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14635104--14635175	1	72.0	1	71	0	54	0	13	0	86	0.58
14640235--14640385	67	2.3	65	85	7	200	56	2	1	39	1.25
14645837--14645891	21	2.6	21	97	0	101	30	27	21	20	1.98
14648677--14648728	19	2.7	19	81	0	59	26	15	28	28	1.96
14652429--14652559	26	5.0	26	90	0	181	23	16	24	35	1.95
14659383--14659438	27	2.1	27	86	6	78	39	0	5	55	1.23
14659384--14659444	20	3.1	19	77	17	63	39	0	4	55	1.21
14659402--14659451	19	2.4	21	83	12	68	40	0	4	56	1.18
14660687--14660744	20	3.0	20	87	7	84	43	0	1	55	1.10
14660687--14660744	19	3.0	19	87	7	82	43	0	1	55	1.10
14675847--14675873	14	1.9	14	100	0	54	59	7	22	11	1.56
14681579--14681605	13	2.1	13	100	0	54	92	0	7	0	0.38
14700230--14700288	27	2.2	26	82	8	73	59	0	37	3	1.14
14700248--14700291	12	3.4	12	82	17	61	59	0	38	2	1.10
14701989--14702200	106	2.0	106	94	0	370	34	22	23	18	1.96
14707066--14707112	20	2.3	21	85	10	62	12	10	2	74	1.16
14714541--14714591	26	2.0	26	84	0	66	64	3	5	25	1.33
14721439--14721604	24	6.9	24	90	2	237	28	25	21	24	1.99
14721586--14721693	53	2.0	54	85	3	146	37	25	14	22	1.92
14721586--14721693	27	4.0	27	86	3	146	37	25	14	22	1.92
14729964--14730002	20	2.0	20	100	0	78	35	10	33	20	1.86
14731005--14731069	29	2.2	29	86	8	87	1	12	13	72	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14731838--14731891	20	2.7	20	82	0	63	29	29	9	31	1.88
14734605--14735079	238	2.0	238	94	0	842	40	7	17	34	1.78
14745467--14745509	17	2.5	17	88	0	59	46	6	25	20	1.76
14773330--14773660	166	2.0	167	96	0	610	30	20	17	31	1.95
14776391--14776429	18	2.0	20	85	9	55	53	15	7	23	1.67
14783148--14783192	10	4.5	10	85	0	63	40	33	15	11	1.83
14788405--14788584	94	1.9	92	85	6	247	30	13	14	42	1.84
14788927--14788991	26	2.5	26	92	2	114	32	27	3	36	1.72
14793295--14793359	26	2.5	26	92	2	114	32	27	3	36	1.72
14808237--14808277	21	1.9	22	85	5	57	29	21	9	39	1.86
14809490--14809524	18	2.0	17	88	5	52	51	5	5	37	1.50
14840246--14840310	26	2.5	24	72	13	58	53	1	0	44	1.09
14841155--14841561	202	2.0	203	96	0	753	45	6	13	34	1.69
14841691--14841757	29	2.3	30	84	7	84	29	14	8	46	1.76
14842928--14843809	456	1.9	456	81	2	1072	30	21	24	23	1.99
14842897--14843808	228	4.0	228	81	2	927	30	22	23	23	1.99
14855586--14855619	10	3.4	10	95	0	59	44	11	5	38	1.65
14855625--14855649	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
14855793--14855920	28	4.7	27	75	13	95	35	17	27	18	1.94
14855821--14855919	52	1.9	52	89	0	153	36	18	28	17	1.93
14855712--14855973	80	3.3	80	83	1	310	38	16	26	19	1.92
14858774--14858938	43	3.8	43	80	5	181	34	10	24	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14864146--14864183	19	2.0	19	89	0	58	39	13	15	31	1.86
14874860--14874921	30	2.1	30	93	0	106	56	14	4	24	1.58
14880427--14880459	15	2.2	15	100	0	66	51	18	15	15	1.77
14898160--14898323	70	2.3	72	89	2	242	33	9	21	35	1.85
14898160--14898323	36	4.6	36	88	3	242	33	9	21	35	1.85
14899241--14899284	22	2.0	22	95	0	79	27	15	31	25	1.96
14900361--14900419	24	2.6	23	84	10	77	22	13	27	37	1.91
14900824--14900923	36	2.8	36	81	0	128	29	9	24	38	1.86
14901736--14901831	12	8.3	12	68	17	53	40	1	3	55	1.23
14901719--14901794	37	2.1	36	83	11	93	42	0	2	55	1.14
14901736--14901826	17	5.3	18	71	21	63	41	1	2	54	1.19
14904040--14904092	22	2.4	22	84	6	63	35	18	24	20	1.95
14904781--14904818	17	2.2	17	90	9	60	78	0	10	10	0.95
14910946--14911080	50	2.7	50	89	0	216	54	8	5	30	1.55
14917557--14917609	17	3.0	19	81	13	60	62	7	1	28	1.33
14917563--14917609	17	2.7	18	87	6	62	63	8	2	25	1.34
14919634--14919993	122	2.9	123	87	2	494	26	25	13	34	1.93
14919634--14919993	123	2.9	122	87	2	499	26	25	13	34	1.93
14920024--14920160	48	2.8	48	87	1	202	25	24	12	37	1.91
14920074--14920757	208	3.3	208	87	2	926	24	20	16	39	1.92
14920288--14920450	85	1.9	85	84	2	220	23	22	15	38	1.92
14920488--14920583	48	2.0	48	91	0	156	26	17	13	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14920815--14921084	41	6.6	40	84	6	344	31	18	20	29	1.96
14920807--14921082	123	2.2	124	86	6	391	31	18	19	29	1.96
14922242--14922470	24	9.5	24	85	0	224	30	20	21	27	1.98
14922244--14922470	48	4.7	48	86	0	247	29	20	21	27	1.98
14922244--14922470	72	3.2	72	85	1	258	29	20	21	27	1.98
14922461--14922528	27	2.5	27	92	2	109	38	23	17	20	1.93
14926164--14926208	18	2.4	18	81	3	54	4	15	6	73	1.21
14932348--14932524	24	7.1	24	81	7	183	28	18	24	28	1.98
14932370--14932453	30	3.0	30	78	16	108	27	19	25	28	1.98
14932348--14932524	72	2.4	75	85	5	243	28	18	24	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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