genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  46  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13798449--13798483	10	3.5	10	88	0	52	60	5	14	20	1.54
13803773--13803854	41	2.0	40	93	4	139	31	3	14	50	1.61
13809043--13809146	23	4.5	21	74	13	73	10	25	20	44	1.83
13815237--13815282	16	2.8	17	81	15	53	28	2	19	50	1.60
13815237--13815282	17	2.8	17	78	21	53	28	2	19	50	1.60
13817420--13817478	27	2.2	27	78	6	66	54	13	8	23	1.66
13818071--13818109	13	2.9	14	80	3	53	43	23	17	15	1.87
13818065--13818107	13	3.1	14	76	10	52	41	23	16	18	1.89
13819878--13819957	28	2.8	29	79	12	101	41	20	6	32	1.77
13819916--13820137	29	7.7	28	72	15	107	32	26	4	36	1.75
13819942--13820195	58	4.4	58	79	8	277	32	27	3	36	1.74
13819940--13820190	29	8.6	30	72	20	137	32	26	3	37	1.74
13819942--13820226	58	4.9	57	77	9	265	32	28	3	35	1.75
13832335--13833051	200	3.6	200	91	1	1163	35	22	23	18	1.96
13833499--13833546	13	3.7	12	81	10	51	39	25	20	14	1.91
13833498--13833539	14	3.1	14	82	3	59	45	21	16	16	1.86
13833490--13833563	27	2.7	27	84	12	98	37	24	16	21	1.93
13835339--13835433	29	3.2	30	79	10	106	41	23	3	32	1.70
13835372--13835713	29	11.7	29	66	17	86	34	28	2	35	1.69
13835396--13835609	29	7.3	28	69	21	111	33	29	1	35	1.69
13835401--13835682	59	4.8	57	78	13	261	33	28	2	35	1.69
13835401--13835714	59	5.3	61	77	11	239	33	28	1	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13837035--13837149	54	2.1	54	87	3	169	53	8	11	26	1.66
13843017--13843046	15	1.9	16	93	6	53	56	6	3	33	1.42
13843756--13843786	16	1.9	16	93	0	53	54	16	0	29	1.42
13844337--13844364	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
13845661--13845692	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
13852116--13852162	20	2.5	18	93	6	76	61	0	2	36	1.08
13852497--13853049	201	2.8	201	90	0	829	23	23	17	34	1.96
13852974--13853095	48	2.5	48	95	0	226	21	30	12	36	1.90
13852777--13853285	242	2.1	245	88	3	747	22	24	16	35	1.94
13853410--13853800	39	10.0	39	65	11	147	28	20	25	24	1.99
13853397--13853811	78	5.3	78	85	3	530	28	20	26	24	1.99
13853394--13853806	157	2.6	155	86	2	567	28	20	26	24	1.99
13854044--13854213	50	3.4	49	70	9	137	17	25	18	37	1.93
13855531--13855579	13	3.7	13	83	5	62	4	22	0	73	1.00
13861342--13861387	6	7.8	6	80	4	58	56	0	2	41	1.11
13861343--13861387	17	2.6	18	92	3	74	57	0	2	40	1.11
13880641--13880686	22	2.1	22	87	0	65	50	2	0	47	1.13
13882003--13882059	30	1.9	30	100	0	114	28	19	24	28	1.98
13887622--13887659	16	2.5	15	87	8	51	21	0	5	73	1.02
13902450--13902476	9	3.0	9	100	0	54	0	11	0	88	0.50
13903536--13903608	23	3.1	23	86	2	92	17	2	32	46	1.63
13904198--13904235	20	1.9	20	88	0	58	50	2	0	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13912492--13912527	15	2.2	17	90	9	58	16	8	0	75	1.04
13912492--13912535	16	2.7	15	82	10	52	13	9	0	77	0.99
13912772--13912824	18	2.8	19	82	5	72	30	5	0	64	1.17
13916006--13916051	17	2.6	17	89	6	65	56	0	8	34	1.30
13916321--13916498	98	1.8	98	82	4	234	38	16	15	29	1.89
13917677--13917716	16	2.4	16	87	8	53	57	7	22	12	1.60
13919256--13919302	24	1.9	24	82	4	58	10	10	6	72	1.28
13924538--13924596	31	1.9	31	85	0	82	23	16	11	47	1.80
13924810--13924931	62	2.0	62	85	0	163	53	13	9	23	1.69
13924805--13924910	30	3.5	29	70	14	88	50	14	9	25	1.72
13924825--13924943	62	1.9	62	84	0	148	52	12	10	24	1.69
13934682--13934772	42	2.2	41	81	13	105	29	0	19	50	1.48
13934718--13934850	57	2.3	58	83	7	173	33	0	15	51	1.43
13934743--13934863	58	2.1	57	83	10	149	35	0	14	49	1.44
13936552--13936604	22	2.3	24	87	6	74	28	1	7	62	1.33
13939248--13939323	11	7.0	11	72	3	64	17	28	30	23	1.97
13939279--13939332	22	2.5	22	81	0	63	18	29	31	20	1.96
13941248--13941351	36	2.9	37	88	4	158	22	25	16	35	1.94
13944078--13944160	30	2.8	29	78	5	87	57	2	2	37	1.25
13944135--13944173	19	2.0	20	90	5	62	66	2	2	28	1.18
13944372--13944453	20	4.2	20	75	16	73	29	7	2	60	1.36
13944353--13944455	19	5.4	19	73	14	95	29	6	2	61	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13944353--13944464	20	5.9	19	71	15	65	29	7	2	60	1.37
13944505--13944688	92	2.0	92	83	4	230	36	7	16	39	1.77
13945324--13945360	18	2.0	18	89	5	56	40	0	0	59	0.97
13945326--13945375	18	2.7	18	81	3	55	42	2	2	54	1.23
13948018--13948066	25	2.0	25	84	8	64	26	8	6	59	1.50
13955193--13955252	26	2.4	25	85	2	75	5	23	0	71	1.05
13962091--13962116	12	2.2	12	100	0	52	53	30	7	7	1.57
13965398--13965465	30	2.3	30	82	5	84	61	5	4	27	1.38
13966306--13966397	47	2.0	47	95	0	166	27	28	23	20	1.99
13966918--13966972	25	2.2	25	83	6	67	67	3	3	25	1.23
13966961--13967048	13	6.8	13	69	10	56	71	5	3	19	1.20
13967349--13967399	26	2.0	26	84	7	68	29	5	11	52	1.61
13967429--13967472	23	1.9	23	90	0	70	45	27	4	22	1.72
13967665--13967715	22	2.3	22	83	10	59	49	3	7	39	1.51
13967672--13967715	22	1.9	24	86	9	65	45	4	9	40	1.56
13977879--13978096	36	6.1	36	75	12	139	24	17	14	43	1.87
13977883--13978097	72	3.0	72	79	6	240	23	17	15	43	1.87
13979863--13980193	165	2.0	165	100	0	662	44	9	15	30	1.79
13980376--13980523	29	4.8	30	77	17	110	35	2	29	32	1.69
13980377--13980651	61	4.5	60	78	8	218	35	2	27	34	1.69
13980376--13980643	30	8.8	30	80	12	212	35	1	27	34	1.68
13982464--13982494	10	3.1	10	95	0	53	58	6	0	35	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13982481--13982594	17	6.6	17	79	4	138	53	3	1	41	1.28
13982510--13982600	11	7.9	11	72	10	58	54	4	1	39	1.27
13982481--13982594	35	3.3	34	83	3	147	53	3	1	41	1.28
13982446--13982586	6	25.0	6	65	17	70	52	4	2	41	1.33
13982481--13982594	52	2.2	52	80	3	140	53	3	1	41	1.28
13982967--13983740	209	3.7	209	85	0	1028	22	22	18	37	1.94
13983643--13983815	75	2.3	75	98	0	337	18	18	21	41	1.91
13983980--13984068	39	2.3	39	82	7	101	32	21	24	21	1.98
13984354--13984549	100	2.0	100	85	2	270	16	33	18	31	1.94
13984352--13984549	50	4.0	50	79	5	215	17	32	18	31	1.94
13985452--13985494	7	5.9	7	84	10	59	0	16	0	83	0.64
13985450--13985508	23	2.5	22	81	10	64	3	13	0	83	0.78
13990459--13990578	28	4.2	29	75	12	104	30	8	27	34	1.86
13990474--13990578	28	3.7	28	82	3	113	30	8	29	31	1.87
13990507--13990934	58	7.3	55	72	13	236	33	5	25	34	1.79
13990536--13990934	29	13.7	29	70	17	131	34	4	26	35	1.77
13990777--13991012	91	2.6	91	77	13	220	37	2	22	37	1.67
13990736--13991012	30	9.3	30	78	10	171	36	2	24	36	1.69
13992132--13992204	16	4.6	16	67	6	51	35	1	2	60	1.20
13992137--13992181	9	4.8	9	83	5	54	37	0	2	60	1.09
13992136--13992181	19	2.4	19	82	10	58	36	0	2	60	1.09
13992671--13992714	23	1.9	23	85	0	61	11	11	27	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13992736--13992883	16	9.2	16	74	10	90	52	4	2	41	1.34
13992752--13992877	6	22.3	6	66	15	72	52	5	0	41	1.30
13992801--13992853	11	4.7	11	79	4	61	54	3	0	41	1.18
13992772--13992883	17	6.6	17	79	3	109	52	4	0	41	1.27
13992772--13992883	34	3.3	34	83	2	127	52	4	0	41	1.27
13999415--13999504	31	2.9	31	88	0	126	22	3	22	52	1.62
14001135--14001505	45	8.4	45	81	7	404	44	16	4	34	1.68
14001141--14001505	134	2.8	134	87	5	496	44	16	4	33	1.68
14001186--14001554	134	2.8	126	82	4	306	43	17	4	34	1.69
14001999--14002514	28	18.0	28	76	10	368	50	12	16	21	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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