genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28155068--28155506	150	2.9	147	79	5	470	16	30	16	36	1.92
28156430--28156496	1	67.0	1	72	0	53	1	11	0	86	0.64
28156418--28156496	30	2.7	28	84	13	97	1	13	1	83	0.77
28156430--28156496	20	3.3	19	84	12	80	1	11	0	86	0.64
28156418--28156496	35	2.2	35	86	8	106	1	13	1	83	0.77
28156432--28156497	26	2.4	27	85	5	89	1	13	0	84	0.68
28156430--28156497	14	5.0	13	79	15	75	1	13	0	85	0.67
28161637--28161844	28	7.3	29	76	7	135	29	6	28	34	1.83
28161651--28161816	28	5.8	28	77	9	149	31	7	28	31	1.84
28161679--28161816	56	2.4	56	83	10	165	31	7	28	31	1.86
28161834--28161907	29	2.5	28	80	8	76	36	2	22	37	1.69
28161857--28161941	29	3.0	27	83	10	89	37	1	23	37	1.63
28163707--28163797	23	4.2	23	74	17	86	57	4	0	38	1.19
28163688--28163797	6	18.8	6	78	9	102	56	3	0	39	1.23
28163689--28163808	17	6.6	17	79	13	123	58	3	0	37	1.21
28164796--28164839	20	2.2	20	83	4	52	40	9	2	47	1.48
28182153--28182189	11	3.3	12	85	14	53	29	0	0	70	0.88
28183985--28184010	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
28186952--28187032	31	2.7	29	84	5	99	34	1	9	54	1.42
28186952--28187043	30	3.1	29	78	10	96	33	1	9	55	1.40
28188456--28188518	6	10.2	6	78	11	65	42	3	1	52	1.27
28188480--28188544	26	2.5	26	82	7	69	50	6	1	41	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28189283--28189329	24	2.0	24	82	0	58	61	0	4	34	1.15
28190134--28190472	162	2.1	162	94	0	588	25	17	14	42	1.87
28190573--28190912	29	11.6	28	65	16	104	34	30	2	32	1.70
28190565--28190942	59	6.5	59	83	3	446	33	30	2	33	1.70
28190573--28190941	175	2.1	174	85	5	487	33	30	2	33	1.70
28203044--28203652	76	8.0	76	91	2	956	33	16	18	32	1.93
28203044--28203652	228	2.7	228	93	0	1065	33	16	18	32	1.93
28203065--28203647	38	15.3	38	67	22	210	33	15	18	32	1.92
28204005--28204034	13	2.3	13	100	0	60	36	0	6	56	1.26
28204005--28204101	6	16.2	6	75	15	76	41	3	2	53	1.28
28204017--28204098	17	5.1	16	75	11	78	41	3	1	53	1.26
28204863--28204909	24	2.0	24	82	0	58	61	0	4	34	1.15
28205712--28206051	163	2.1	162	93	0	572	24	17	14	42	1.87
28206125--28206403	29	9.6	28	67	19	121	33	31	2	31	1.73
28206138--28206404	58	4.6	59	83	5	330	33	32	2	31	1.72
28206144--28206404	117	2.2	116	85	5	350	33	31	2	32	1.71
28206138--28206439	58	5.2	58	81	6	256	32	32	3	31	1.76
28209036--28209457	211	2.0	211	97	0	799	36	15	7	40	1.75
28210124--28210177	25	2.2	24	87	6	74	55	7	9	27	1.58
28211112--28211154	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
28218494--28218534	18	2.3	17	87	8	55	56	0	0	43	0.99
28220137--28220299	82	2.0	82	91	0	263	32	14	15	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28226302--28226341	18	2.2	18	86	0	53	47	2	0	50	1.14
28226355--28226407	20	2.7	21	88	8	76	33	0	7	58	1.26
28226732--28226792	27	2.3	27	77	5	70	65	1	6	26	1.26
28233605--28233657	23	2.3	23	87	6	72	24	0	1	73	0.93
28233583--28233657	17	4.4	17	73	20	59	22	2	2	72	1.11
28233584--28233642	27	2.2	27	81	6	66	20	3	3	72	1.13
28233621--28233712	12	7.8	12	75	11	73	25	8	1	65	1.28
28233636--28233687	6	8.7	6	89	0	50	28	9	1	59	1.40
28233627--28233712	18	4.8	19	78	12	67	25	9	1	63	1.31
28241782--28241851	8	8.9	8	73	21	51	75	2	21	0	0.93
28241771--28241849	15	4.9	16	72	20	58	78	2	17	1	0.93
28243088--28243620	100	5.4	100	78	8	446	39	22	24	13	1.90
28243137--28243342	50	4.1	48	70	10	128	36	20	28	14	1.92
28243088--28243620	51	10.7	49	76	7	382	39	22	24	13	1.90
28243186--28243621	201	2.2	198	82	4	513	39	22	25	13	1.90
28244004--28244130	39	3.3	39	72	18	129	21	29	22	27	1.99
28243987--28244167	77	2.3	78	88	0	265	24	30	19	25	1.98
28244204--28244654	206	2.2	204	85	3	586	34	19	23	22	1.96
28244945--28245051	17	6.3	17	80	4	108	41	2	3	52	1.34
28244977--28245023	6	8.2	6	81	9	62	44	0	2	53	1.12
28244977--28245023	11	4.1	12	81	10	62	44	0	2	53	1.12
28244945--28245023	35	2.3	34	84	2	95	37	1	5	55	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28245721--28245750	6	4.8	6	95	4	51	53	0	0	46	1.00
28245710--28245808	36	2.8	35	77	11	94	52	2	4	41	1.32
28246782--28247159	30	12.9	29	70	14	194	34	25	3	37	1.72
28246790--28247159	29	12.7	28	70	14	205	34	25	3	37	1.72
28246821--28247222	58	6.9	60	84	6	377	34	26	2	36	1.72
28246782--28247154	117	3.2	116	84	6	414	34	24	2	37	1.71
28252955--28252991	5	7.6	5	88	11	51	37	0	0	62	0.96
28252952--28252996	15	3.2	14	82	17	58	37	0	0	62	0.96
28254207--28254252	20	2.3	20	88	0	65	30	8	34	26	1.86
28256068--28256105	18	2.1	18	100	0	76	0	15	5	78	0.91
28258327--28258376	23	2.3	23	86	6	68	34	2	6	58	1.34
28259641--28259683	16	2.7	16	82	10	61	39	0	2	58	1.11
28265641--28265672	15	2.1	15	100	0	64	28	15	25	31	1.96
28267861--28267906	23	2.0	23	87	8	67	10	17	21	50	1.77
28274257--28275325	536	2.0	536	97	0	2005	28	15	24	30	1.96
28293417--28293740	30	10.9	30	73	11	197	38	3	24	34	1.71
28293425--28293717	59	4.9	59	78	7	265	37	3	24	34	1.71
28295542--28295701	85	1.9	85	86	0	230	23	24	14	38	1.92
28295421--28296664	208	6.0	208	86	1	1573	23	22	16	37	1.93
28295761--28295917	85	1.8	85	84	0	215	24	24	14	35	1.93
28295959--28296125	85	2.0	85	83	4	212	25	20	15	38	1.92
28296422--28296493	37	1.9	37	85	0	99	26	20	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28296374--28296541	85	2.0	85	85	4	232	23	22	15	38	1.92
28296459--28296747	123	2.3	124	86	6	415	22	22	17	37	1.94
28296746--28297066	43	7.2	44	86	5	416	26	19	23	30	1.98
28303580--28303622	13	3.2	13	84	12	52	6	0	11	81	0.87
28303587--28303622	12	2.9	12	91	4	54	2	0	13	83	0.76
28308729--28308839	50	2.2	50	78	9	120	39	4	6	49	1.48
28309923--28309964	11	3.6	11	81	12	57	59	2	0	38	1.10
28310331--28310371	20	2.0	20	86	9	57	24	0	2	73	0.96
28317025--28317068	19	2.3	19	80	7	54	36	0	4	59	1.18
28326109--28326167	27	2.2	27	96	3	111	25	0	28	45	1.54
28328346--28328380	14	2.4	15	95	4	63	77	0	22	0	0.78
28329034--28329096	27	2.3	27	83	0	63	49	11	15	23	1.77
28330336--28330398	21	3.0	21	90	0	99	34	25	14	25	1.94
28330302--28330398	42	2.3	41	82	5	106	35	21	18	24	1.96
28331063--28331131	36	1.9	36	84	0	93	21	24	14	39	1.91
28334453--28334487	15	2.3	15	90	0	52	40	37	5	17	1.73
28335112--28335215	45	2.3	45	86	0	145	53	13	4	27	1.59
28335249--28335282	11	3.1	11	84	16	52	64	8	8	17	1.47
28336686--28336768	26	3.3	25	68	13	71	37	15	25	21	1.93
28336669--28336799	50	2.6	50	86	4	176	33	15	28	22	1.94
28336708--28336790	24	3.4	24	72	9	78	33	15	30	20	1.94
28347439--28347500	24	2.7	24	85	5	83	33	12	30	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28355048--28355145	49	2.0	49	97	0	187	43	12	13	30	1.80
28355559--28355618	30	2.0	30	90	9	97	66	0	6	26	1.16
28356789--28356837	22	2.2	23	82	10	57	14	12	2	71	1.23
28364348--28364399	21	2.5	20	84	12	61	34	26	13	25	1.93
28368070--28368162	36	2.6	36	89	3	134	13	29	16	40	1.87
28370534--28370578	3	15.0	3	95	0	81	64	0	0	35	0.94
28370839--28370887	24	2.0	24	84	8	62	65	4	10	20	1.39
28381604--28381667	24	2.7	23	75	2	65	26	10	17	45	1.81
28390325--28390435	36	3.1	36	83	3	127	38	12	26	22	1.90
28391170--28391200	12	2.6	12	100	0	62	22	0	22	54	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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