genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27214934--27215070	71	1.9	71	89	0	211	23	18	21	36	1.95
27231035--27231194	29	5.5	28	71	17	69	35	2	27	34	1.71
27231035--27231166	30	4.5	30	71	16	89	36	2	28	33	1.70
27231036--27231165	59	2.2	58	86	5	181	36	2	28	33	1.70
27231054--27231186	59	2.3	59	83	0	176	33	2	30	33	1.70
27231140--27231235	29	3.2	28	81	12	95	33	6	20	39	1.78
27231140--27231217	29	2.7	29	84	11	97	34	5	23	37	1.77
27233118--27233233	6	20.0	6	71	17	77	50	3	2	43	1.33
27233125--27233234	17	6.8	16	69	21	70	50	4	2	42	1.37
27233155--27233233	23	3.2	23	76	22	79	54	2	2	40	1.27
27233155--27233226	29	2.5	29	97	0	135	54	2	2	40	1.29
27233155--27233247	23	4.0	23	78	10	75	53	3	3	39	1.33
27233616--27234656	200	5.2	200	88	2	1387	20	22	20	36	1.95
27246812--27246884	29	2.5	29	73	10	69	43	1	21	32	1.61
27246866--27247062	29	6.7	29	66	28	89	35	2	28	33	1.69
27246837--27247062	59	3.8	59	83	5	287	36	2	28	32	1.70
27246880--27246973	30	3.2	31	71	24	94	34	3	28	34	1.73
27247039--27247103	29	2.2	29	84	13	80	26	3	29	41	1.71
27249068--27249151	42	2.0	42	88	4	125	52	1	3	42	1.26
27249068--27249136	6	11.7	6	76	14	72	53	0	2	43	1.15
27249032--27249136	17	6.0	17	71	18	74	48	1	2	46	1.27
27252431--27252521	29	3.1	29	64	6	67	35	5	26	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27252401--27252619	58	3.8	58	82	3	242	34	4	25	35	1.76
27252570--27252737	29	5.7	29	70	9	99	34	4	25	36	1.75
27252586--27252765	59	3.1	59	79	7	170	35	4	23	36	1.75
27252673--27252765	29	3.2	28	71	13	80	36	5	22	35	1.77
27252429--27252765	58	5.8	58	75	9	217	34	4	25	35	1.77
27254634--27254709	17	4.2	17	79	8	71	50	3	1	44	1.29
27255411--27255465	16	3.7	16	72	16	55	52	0	0	47	1.00
27255586--27255639	23	2.3	23	84	6	65	51	3	1	42	1.30
27256549--27256604	27	1.9	31	82	13	75	28	10	12	48	1.74
27256544--27256607	28	2.2	31	78	13	73	32	9	15	42	1.79
27256638--27256725	30	3.0	29	78	14	83	32	17	6	43	1.75
27256671--27256731	30	2.0	31	87	12	90	36	11	6	45	1.66
27257419--27257465	14	3.4	14	73	5	51	36	0	6	57	1.24
27257419--27257473	27	2.0	27	96	0	101	34	0	9	56	1.31
27258909--27258946	14	2.9	13	84	7	51	50	5	0	44	1.24
27261140--27261172	17	1.9	17	93	0	57	12	6	0	81	0.85
27263299--27263456	43	3.7	43	77	5	158	37	10	22	29	1.87
27286536--27286584	25	1.9	26	87	4	73	16	4	28	51	1.63
27307421--27307639	108	2.0	108	92	1	368	37	13	28	20	1.90
27308550--27309087	269	2.0	269	99	0	1067	50	8	5	36	1.54
27315591--27315615	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
27317744--27317980	112	2.1	112	94	0	420	37	20	15	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27320990--27321151	82	2.0	82	92	2	272	8	30	11	50	1.66
27341817--27341864	24	2.0	24	83	0	60	56	12	29	2	1.48
27342601--27342644	13	3.5	13	78	6	54	86	0	13	0	0.57
27346168--27346244	26	3.0	24	74	10	82	28	23	19	28	1.98
27347420--27347613	98	2.0	98	96	0	361	28	15	20	35	1.94
27349843--27349885	15	2.8	15	76	16	52	39	0	0	60	0.97
27349843--27349882	16	2.5	17	76	15	50	40	0	0	60	0.97
27350082--27350130	24	2.0	24	96	0	89	28	10	8	53	1.63
27360693--27360831	24	5.8	24	76	4	118	32	15	32	20	1.93
27360693--27360831	74	1.9	71	85	4	188	32	15	32	20	1.93
27360715--27360979	24	10.7	24	74	6	197	35	16	29	18	1.93
27360746--27360979	50	4.7	50	83	0	279	35	17	29	17	1.93
27364060--27364194	57	2.3	58	81	6	148	18	21	18	41	1.90
27367191--27367274	40	2.1	40	84	0	105	21	27	35	15	1.94
27367450--27367517	20	2.9	26	71	26	78	50	0	10	39	1.37
27367465--27367511	20	2.3	20	96	0	85	44	0	10	44	1.38
27367556--27367634	37	2.1	37	83	2	95	55	1	5	37	1.30
27367652--27367686	14	2.5	14	90	0	52	60	2	5	31	1.35
27368071--27368111	20	2.0	20	90	0	64	31	34	12	21	1.91
27379653--27379696	21	2.1	21	83	8	54	34	20	20	25	1.97
27380385--27380529	26	5.7	26	68	9	75	21	28	14	35	1.93
27380374--27380535	50	3.2	49	83	1	207	22	29	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27395236--27395264	14	2.0	15	93	6	51	34	13	13	37	1.85
27395881--27396058	43	4.1	43	88	0	239	37	9	22	30	1.86
27405816--27405851	13	2.8	13	84	16	56	83	0	16	0	0.65
27410499--27410753	87	2.9	85	83	2	312	35	10	23	30	1.88
27410499--27410749	43	5.8	43	84	1	313	35	10	23	30	1.88
27410499--27410759	130	2.0	130	90	0	416	36	9	22	31	1.87
27412503--27412604	50	2.0	50	94	0	177	38	25	8	27	1.85
27413104--27413146	20	2.2	20	86	0	59	69	0	4	25	1.07
27413172--27413257	29	3.0	27	80	14	84	67	1	4	26	1.17
27413928--27414022	19	4.7	19	75	15	84	29	5	1	64	1.22
27413957--27414094	10	13.8	10	69	20	58	32	3	0	63	1.11
27413927--27414021	20	4.7	21	72	19	69	29	6	1	63	1.26
27414015--27414065	22	2.3	22	79	0	57	33	3	0	62	1.13
27414052--27414091	17	2.3	17	86	4	53	27	0	0	72	0.85
27413928--27414093	9	16.8	9	68	19	64	30	4	0	64	1.17
27413947--27414115	92	1.8	92	81	11	211	30	4	0	64	1.18
27415390--27415454	30	2.1	32	83	11	82	47	4	1	46	1.32
27416403--27416515	12	9.8	12	70	17	80	69	19	4	7	1.30
27416427--27416489	15	4.3	15	71	15	60	68	17	6	7	1.36
27416389--27416526	43	3.1	44	80	8	147	68	18	4	7	1.31
27416509--27416597	20	4.4	19	75	9	79	67	20	6	5	1.35
27416509--27416603	19	4.7	20	72	13	68	67	18	6	7	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27416932--27416991	31	2.0	31	81	12	72	36	0	8	55	1.30
27417207--27417264	18	3.1	17	77	20	53	50	3	1	44	1.29
27417207--27417262	22	2.8	19	82	15	69	50	3	1	44	1.29
27417206--27417274	19	3.4	18	77	16	57	50	2	1	44	1.25
27420825--27420889	17	3.9	16	71	17	53	56	1	3	38	1.24
27421604--27421661	7	8.1	7	96	1	98	43	0	1	55	1.10
27424592--27424671	40	2.0	40	90	4	126	41	20	15	23	1.89
27424672--27424798	41	3.1	40	82	2	137	26	24	18	29	1.98
27424687--27424857	41	4.2	41	81	3	166	28	22	21	26	1.99
27426584--27426647	26	2.6	23	77	15	65	54	0	4	40	1.21
27426767--27426805	20	2.0	20	94	0	69	23	17	30	28	1.97
27426973--27427009	19	1.9	19	88	0	56	29	27	2	40	1.70
27433202--27433234	15	2.2	15	94	0	57	18	0	33	48	1.48
27434294--27434368	21	3.6	21	76	7	89	57	1	0	41	1.07
27434291--27434367	10	7.4	10	70	11	57	57	1	0	41	1.07
27434291--27434384	42	2.2	43	92	1	154	54	3	0	42	1.16
27434381--27434425	15	3.0	15	80	0	54	46	0	0	53	1.00
27434374--27434452	30	2.9	26	75	15	72	45	0	1	53	1.08
27434387--27434452	29	2.4	27	82	9	82	45	0	1	53	1.09
27434410--27434465	12	4.8	12	72	10	53	44	0	1	53	1.11
27435344--27435376	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
27435376--27435410	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27435681--27435773	39	2.4	39	79	10	102	55	4	0	39	1.19
27436690--27436759	18	3.9	18	75	3	61	67	2	0	30	1.05
27436698--27436760	27	2.4	26	81	2	72	65	3	0	31	1.09
27436734--27436798	19	3.4	19	79	6	71	60	9	3	27	1.43
27438722--27438813	45	2.0	45	91	4	150	43	17	15	23	1.87
27441418--27441442	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
27447278--27447336	24	2.5	24	78	10	75	23	18	23	33	1.97
27449194--27449240	18	2.7	18	84	15	55	57	0	2	40	1.11
27454627--27454679	23	2.3	23	74	3	54	50	1	7	39	1.41
27458945--27458977	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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