genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22983203--22983246	17	2.7	16	85	3	61	54	6	0	38	1.27
22993867--22993926	21	2.9	21	87	2	95	45	16	6	31	1.74
22998070--22998098	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
22999275--22999325	23	2.3	23	83	12	63	43	1	3	50	1.31
23002479--23002536	31	1.9	29	86	13	82	51	5	3	39	1.41
23002520--23002573	12	5.0	11	74	19	51	55	1	1	40	1.21
23002521--23002590	32	2.3	30	85	11	97	55	2	1	40	1.23
23011145--23011169	11	2.3	11	100	0	50	40	28	0	32	1.57
23018841--23018905	26	2.5	26	80	11	71	30	27	13	27	1.94
23018890--23019038	51	2.9	51	87	1	217	30	26	17	25	1.97
23018893--23019038	26	5.7	26	84	7	183	30	26	17	25	1.97
23018893--23019049	77	2.1	76	85	3	208	31	26	15	26	1.96
23024997--23025058	32	1.9	32	86	0	88	41	27	11	19	1.85
23031601--23031628	11	2.5	11	100	0	56	14	21	25	39	1.91
23033513--23033559	21	2.2	21	96	0	85	42	31	8	17	1.79
23040799--23040882	38	2.2	38	82	4	98	32	25	20	22	1.98
23046968--23047034	32	2.1	32	83	5	82	52	1	10	35	1.45
23047055--23047105	23	2.2	23	82	6	59	60	0	1	37	1.08
23048190--23048420	72	3.2	72	80	1	239	21	27	15	36	1.93
23048217--23048440	72	3.1	72	80	1	252	20	26	15	37	1.92
23048219--23048404	48	3.9	48	87	0	273	19	27	16	36	1.93
23048217--23048440	24	9.3	24	75	1	189	20	26	15	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23057514--23057705	18	10.4	18	82	6	143	23	19	26	30	1.98
23057514--23057705	36	5.2	36	80	3	186	23	19	26	30	1.98
23057514--23057705	54	3.5	54	81	5	170	23	19	26	30	1.98
23057624--23057714	19	4.8	19	82	10	114	24	19	29	26	1.98
23061429--23061466	20	1.9	20	84	10	51	21	2	5	71	1.19
23065703--23065834	68	1.9	68	98	0	255	37	20	4	37	1.73
23065746--23065784	10	3.8	10	82	3	51	35	20	2	41	1.66
23065774--23065890	49	2.4	49	89	1	173	39	18	4	37	1.71
23065710--23065864	23	6.7	22	70	20	95	36	20	5	38	1.75
23065972--23066107	66	2.1	66	90	2	211	43	25	13	17	1.85
23066337--23066449	36	3.1	35	83	5	145	35	24	9	30	1.88
23067833--23067942	35	3.2	35	79	3	98	21	22	21	33	1.97
23067890--23068095	109	1.9	109	87	0	304	20	20	23	34	1.96
23072133--23072191	17	3.5	17	79	9	59	61	10	13	15	1.57
23072579--23072615	18	2.1	18	90	10	58	0	29	0	70	0.88
23077162--23077204	10	4.3	10	80	8	52	34	18	2	44	1.63
23077202--23077290	39	2.3	39	90	0	133	41	19	4	34	1.71
23077382--23077518	66	2.1	66	90	0	211	43	27	11	18	1.84
23077765--23077923	36	4.4	36	83	0	192	34	23	10	31	1.88
23088463--23088496	17	1.9	18	88	5	52	44	23	2	29	1.68
23091539--23091666	64	2.0	64	95	0	229	32	31	13	23	1.93
23092494--23092546	21	2.5	21	78	0	61	33	22	15	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23094775--23094821	24	2.0	24	95	0	85	27	21	21	29	1.98
23097252--23097295	20	2.2	20	83	4	52	34	15	2	47	1.58
23102177--23102213	18	2.0	19	89	5	58	43	5	0	51	1.24
23102287--23102330	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
23117464--23117520	30	1.9	30	89	7	89	43	12	29	14	1.81
23124988--23125012	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
23129854--23129895	15	2.7	16	74	7	50	73	14	7	4	1.21
23135198--23135295	50	2.0	49	82	11	119	27	21	19	31	1.97
23137324--23137610	76	3.9	74	76	6	253	25	21	21	30	1.98
23137405--23137606	70	2.8	74	79	7	236	25	21	22	30	1.99
23137400--23137606	36	5.7	36	66	10	107	24	21	23	29	1.99
23141490--23141514	13	1.9	13	100	0	50	0	32	36	32	1.58
23144494--23144547	25	2.1	26	82	3	65	57	5	1	35	1.33
23147861--23147922	31	2.1	30	84	6	81	33	9	14	41	1.79
23147858--23147926	29	2.4	29	74	11	70	34	11	13	40	1.80
23155890--23155952	29	2.2	30	82	8	85	46	28	6	19	1.74
23155901--23155959	29	2.0	29	100	0	118	37	28	6	27	1.82
23168896--23169029	51	2.7	51	96	2	245	35	1	1	61	1.15
23169243--23169277	16	2.1	17	89	5	54	60	5	5	28	1.43
23176933--23177177	52	4.7	51	87	2	328	27	15	24	32	1.95
23195325--23195421	26	3.6	26	73	15	90	34	0	21	44	1.53
23195322--23195427	53	2.0	53	100	0	212	32	0	22	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23195336--23195421	26	3.2	28	74	15	108	32	0	22	45	1.53
23202536--23202703	79	2.1	79	92	0	282	33	23	17	25	1.96
23202660--23203048	53	7.3	53	89	2	591	34	20	15	29	1.93
23202660--23203048	107	3.6	107	91	1	602	34	20	15	29	1.93
23202660--23203048	160	2.4	161	91	1	622	34	20	15	29	1.93
23206726--23206824	51	1.9	51	100	0	198	38	14	16	31	1.88
23218520--23218569	24	2.1	24	92	0	82	6	20	4	70	1.25
23218526--23218575	24	2.1	24	92	0	82	6	18	6	70	1.29
23222006--23222030	5	5.0	5	100	0	50	20	20	40	20	1.92
23226881--23226926	18	2.6	17	82	3	56	21	8	2	67	1.29
23227827--23228195	182	2.0	182	98	0	711	27	27	16	28	1.97
23239559--23239714	50	3.1	50	77	8	163	35	15	12	36	1.85
23243218--23246030	216	13.0	214	78	8	2743	41	13	17	28	1.87
23243218--23246030	431	6.5	430	79	7	2956	41	13	17	28	1.87
23243406--23245859	871	2.8	871	84	5	2727	41	13	17	28	1.86
23246506--23246547	21	2.0	21	81	9	50	64	0	26	9	1.24
23246543--23246620	39	2.0	39	100	0	156	38	20	23	17	1.93
23247214--23247276	32	2.0	32	93	0	108	31	11	19	38	1.86
23247569--23247601	10	3.3	10	95	0	57	18	39	9	33	1.82
23250476--23250562	31	2.8	31	77	17	92	70	0	27	2	1.00
23250497--23250562	18	3.7	18	74	24	59	69	0	28	1	0.97
23250499--23250540	13	3.5	12	87	12	68	73	0	26	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23253653--23253760	38	2.8	38	82	0	135	30	25	18	25	1.98
23257212--23257291	38	2.1	38	88	4	117	36	21	17	25	1.95
23274752--23274958	70	3.0	70	94	1	353	33	10	18	37	1.85
23305941--23305997	11	4.9	12	83	16	52	28	1	3	66	1.18
23313968--23314027	16	3.8	15	75	18	59	0	28	0	71	0.86
23313972--23314031	3	22.0	3	75	21	53	0	30	0	70	0.88
23313972--23314027	10	5.5	10	77	8	51	0	28	0	71	0.86
23320146--23320181	18	2.0	18	88	0	54	19	13	25	41	1.88
23321473--23321526	26	2.1	25	83	10	65	61	5	14	18	1.52
23326687--23326792	48	2.2	48	81	1	122	39	16	26	17	1.90
23326687--23327293	147	4.1	147	78	2	565	40	16	22	20	1.91
23326686--23327316	49	12.9	49	74	1	350	40	16	21	20	1.91
23329129--23329179	11	4.3	11	77	22	50	29	0	3	66	1.09
23331282--23331447	55	3.0	55	87	3	244	25	19	27	27	1.99
23340683--23340725	21	2.0	21	86	0	59	11	20	2	65	1.36
23340692--23340749	22	2.7	22	81	2	64	10	17	1	70	1.23
23349777--23349801	12	2.1	12	100	0	50	0	40	0	60	0.97
23370950--23371022	31	2.4	30	86	13	98	16	31	31	20	1.95
23375654--23375678	13	1.9	13	100	0	50	40	8	24	28	1.83
23376570--23376613	17	2.5	17	88	3	61	47	9	20	22	1.78
23376570--23376626	17	3.3	17	82	2	60	49	8	19	22	1.76
23377077--23377110	12	2.8	12	86	0	50	0	35	2	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23378069--23378115	20	2.3	20	85	0	67	34	4	10	51	1.56
23378072--23378143	20	3.5	20	75	5	63	33	5	9	51	1.58
23378811--23378845	18	1.9	18	88	0	52	8	31	5	54	1.54
23381539--23381614	11	6.8	11	70	24	52	55	2	1	40	1.22
23381539--23381614	37	2.1	36	85	11	102	55	2	1	40	1.22
23389142--23389183	17	2.5	17	85	11	52	80	2	7	9	0.97
23393717--23394076	177	2.0	178	88	2	535	33	17	21	26	1.96
23395766--23395816	26	2.0	26	92	0	84	56	11	3	27	1.52
23396183--23396242	27	2.2	27	85	5	77	28	26	20	25	1.99
23398286--23398320	17	2.1	17	88	0	52	68	8	2	20	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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