genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  93  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28750537--28750577	14	3.1	14	76	16	52	14	7	7	70	1.31
28751365--28751407	21	2.0	22	95	4	79	13	9	4	72	1.26
28759647--28759839	103	1.9	102	82	7	248	35	12	25	26	1.92
28760424--28760464	14	3.1	14	76	16	52	14	7	7	70	1.31
28763279--28763352	30	2.5	30	82	4	87	40	14	32	12	1.83
28764065--28764116	24	2.2	24	85	0	68	53	5	5	34	1.49
28765411--28765474	30	2.1	30	97	0	119	32	14	14	39	1.85
28773547--28773708	80	2.0	80	100	0	324	17	19	13	50	1.79
28773579--28773832	39	6.3	39	71	14	212	19	18	12	48	1.80
28773579--28773835	122	2.1	119	96	2	469	19	19	12	48	1.80
28775398--28775457	27	2.2	27	88	5	86	51	15	16	16	1.76
28775585--28775653	30	2.3	30	82	0	84	33	23	10	33	1.88
28777402--28777468	9	7.7	9	71	18	52	26	0	1	71	0.94
28777411--28777468	19	3.3	18	83	7	75	25	0	1	72	0.94
28778607--28778631	11	2.3	11	100	0	50	8	0	16	76	1.02
28781568--28781639	21	3.5	19	75	7	54	12	8	6	72	1.28
28781583--28781649	32	2.1	31	89	8	100	11	8	7	71	1.30
28781632--28781674	21	2.0	22	86	4	61	23	6	9	60	1.51
28781569--28781671	32	3.2	32	81	6	86	15	7	8	67	1.39
28781811--28781840	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
28781805--28781845	15	2.5	17	76	19	50	53	0	0	46	1.00
28798338--28798376	21	1.9	21	89	5	62	12	12	7	66	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28815800--28816057	28	9.3	28	79	7	213	36	23	13	26	1.92
28815735--28816048	84	3.7	83	77	8	237	35	22	15	26	1.94
28815816--28816114	28	10.8	28	72	16	142	36	21	14	27	1.92
28815816--28816115	83	3.6	83	79	6	263	37	21	14	27	1.92
28815901--28816114	111	1.9	111	81	5	254	37	18	14	29	1.90
28819043--28819086	15	2.9	15	79	0	52	20	22	9	47	1.78
28824197--28824227	12	2.7	11	90	9	53	0	19	0	80	0.71
28827173--28827206	15	2.3	15	94	0	59	64	5	17	11	1.45
28834747--28834803	2	28.5	2	100	0	114	0	50	0	49	1.00
28836035--28836138	38	2.8	38	85	1	129	58	3	1	35	1.27
28836236--28836284	21	2.3	22	86	10	66	48	0	0	51	1.00
28836236--28836303	22	3.1	21	82	14	68	45	0	1	52	1.09
28837497--28837573	35	2.3	35	84	8	108	42	1	2	53	1.23
28837513--28837578	19	3.6	19	67	30	54	42	0	3	54	1.15
28837527--28837619	47	1.9	47	84	6	123	43	2	3	51	1.29
28840140--28840172	15	2.2	15	100	0	66	30	15	0	54	1.41
28840176--28840221	20	2.3	20	82	14	60	19	6	4	69	1.28
28840212--28840280	28	2.5	26	79	6	75	27	1	2	68	1.13
28840805--28840836	13	2.4	13	94	5	55	62	12	0	25	1.30
28844315--28844385	30	2.3	30	85	7	90	52	18	9	19	1.73
28845178--28845249	30	2.4	31	83	6	94	19	11	19	50	1.77
28847001--28847031	14	2.2	14	100	0	62	29	12	19	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28847246--28847329	42	2.0	42	86	9	118	47	19	1	32	1.57
28848084--28848163	30	2.6	32	75	15	78	51	0	2	46	1.14
28848137--28848172	19	1.9	19	88	5	56	63	0	0	36	0.94
28851063--28851272	41	5.1	41	87	2	296	26	23	10	39	1.87
28851063--28851285	123	1.8	124	87	2	333	26	24	10	38	1.88
28854039--28854078	21	1.9	21	84	0	53	32	25	17	25	1.97
28860910--28860965	23	2.5	22	75	18	60	41	10	8	39	1.71
28861108--28861161	10	5.7	10	72	12	51	53	1	0	44	1.11
28861064--28861161	38	2.6	38	77	9	92	52	3	1	43	1.23
28861112--28861176	19	3.4	19	78	4	60	50	1	0	47	1.10
28862864--28863165	59	5.1	57	78	11	252	29	18	15	35	1.92
28863232--28863409	60	3.0	56	80	12	180	38	14	19	27	1.91
28864688--28864751	25	2.5	26	89	5	94	53	0	1	45	1.10
28864927--28864976	16	3.2	16	71	21	52	60	6	0	34	1.21
28865904--28865930	6	4.5	6	100	0	54	85	14	0	0	0.61
28875656--28875680	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
28876807--28876926	57	2.1	58	80	10	131	31	5	4	58	1.41
28876877--28876935	28	2.1	28	83	3	73	32	5	5	57	1.42
28877071--28877181	28	3.9	28	76	11	109	57	8	2	31	1.42
28877679--28877727	16	3.1	15	77	8	53	63	0	0	36	0.95
28877667--28877727	29	2.0	31	84	6	81	63	0	1	34	1.04
28877828--28877984	80	2.0	80	89	0	242	30	9	14	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28881195--28881245	24	2.1	24	96	0	93	56	9	11	21	1.63
28883434--28883469	17	2.2	17	95	5	65	44	16	5	33	1.71
28883711--28884595	443	2.0	443	96	0	1635	31	14	12	41	1.84
28886214--28886267	20	2.7	20	88	0	72	29	9	33	27	1.88
28899046--28899097	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
28905166--28905215	9	5.4	9	79	11	57	82	0	18	0	0.68
28905169--28905212	20	2.1	21	84	12	56	79	0	20	0	0.73
28905166--28905222	14	4.0	13	75	20	60	80	0	19	0	0.71
28905166--28905224	23	2.8	19	77	22	64	79	0	20	0	0.73
28906180--28906771	49	12.1	49	80	4	624	35	17	26	20	1.95
28906885--28907484	189	3.2	189	83	3	751	32	17	23	25	1.97
28906938--28907259	95	3.4	95	68	12	257	30	17	27	25	1.97
28907267--28907733	233	2.0	233	93	0	801	35	17	20	26	1.95
28909267--28909301	17	2.1	17	88	0	52	31	5	0	62	1.18
28912980--28913042	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
28913042--28913071	3	10.0	3	92	0	51	36	0	63	0	0.95
28913500--28913621	61	2.0	61	98	0	235	46	11	16	25	1.80
28925574--28925600	14	1.9	14	100	0	54	22	11	7	59	1.56
28925799--28925849	21	2.4	21	90	6	77	37	17	17	27	1.93
28926593--28926826	52	4.6	52	84	3	312	34	23	16	25	1.95
28926631--28926826	101	1.9	101	90	0	311	34	22	17	25	1.96
28931470--28931532	24	2.6	24	87	0	90	50	9	14	25	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28933141--28933205	24	2.6	26	77	22	77	69	1	1	27	1.07
28933141--28933205	13	5.2	12	75	17	62	69	1	1	27	1.07
28933145--28933211	25	2.6	26	79	11	84	68	1	1	28	1.07
28936381--28936414	12	2.8	12	81	0	50	67	0	2	29	1.05
28941573--28941614	22	1.9	22	95	0	75	40	2	30	26	1.69
28941751--28941829	38	2.1	38	81	9	90	51	2	0	45	1.14
28941926--28941958	15	2.2	15	89	10	50	39	18	27	15	1.90
28943646--28943700	25	2.2	25	81	15	60	61	1	7	29	1.33
28945482--28945580	37	2.7	37	84	7	114	24	17	28	30	1.97
28946271--28946299	4	7.5	4	92	7	51	24	48	0	27	1.51
28951534--28951571	18	2.1	18	95	0	67	31	26	15	26	1.96
28955134--28955188	28	2.0	28	92	0	92	23	16	12	47	1.81
28971204--28971282	33	2.4	33	81	8	106	34	10	12	43	1.76
28972414--28972444	15	2.1	15	93	0	53	35	0	16	48	1.46
28975237--28975300	30	2.1	31	94	2	112	21	18	20	39	1.93
28976925--28976957	18	1.9	18	88	11	52	21	15	9	54	1.68
28981579--28981613	17	2.1	16	89	10	52	60	5	0	34	1.21
28981579--28981626	18	2.7	18	87	6	62	62	6	0	31	1.20
28983476--28983500	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28989385--28989558	23	7.8	23	75	13	166	44	20	22	12	1.85
28989399--28989473	39	1.9	39	94	0	132	42	21	22	13	1.87
28989438--28989558	48	2.6	46	84	7	154	42	21	23	11	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28998355--28998449	42	2.3	42	90	1	147	27	6	26	40	1.80
29000619--29000675	30	2.0	28	86	6	78	50	5	3	40	1.42
29006340--29006379	18	2.2	18	95	0	71	42	17	2	37	1.63
29007397--29007434	17	2.2	17	86	9	51	18	5	5	71	1.25
29014334--29014390	29	2.1	27	87	9	80	59	5	7	28	1.45
29015890--29015930	15	2.7	15	84	0	55	56	2	0	41	1.13
29017021--29017045	12	2.1	12	100	0	50	24	40	16	20	1.91
29019209--29019241	16	2.1	16	94	0	57	27	0	6	66	1.15
29022775--29022816	17	2.5	17	84	7	59	21	0	2	76	0.90
29022783--29022834	24	2.2	24	86	3	70	25	3	1	69	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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