genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8069574--8069713	56	2.5	57	82	9	171	33	30	3	32	1.75
8069582--8069717	28	4.8	28	75	16	104	34	29	4	31	1.77
8069696--8070001	143	2.1	145	89	2	465	32	23	7	36	1.83
8074864--8074913	6	8.5	6	85	10	68	86	14	0	0	0.58
8074864--8074913	11	4.2	12	87	10	68	86	14	0	0	0.58
8074874--8074913	13	3.2	13	92	3	64	85	15	0	0	0.61
8075445--8075608	63	2.5	64	88	8	235	39	0	2	57	1.16
8075445--8075629	67	2.9	65	85	9	238	43	0	2	54	1.16
8077216--8077263	13	3.8	12	81	10	51	79	6	12	2	1.01
8077203--8077262	31	1.9	31	83	12	79	78	5	15	1	1.00
8077472--8077505	16	2.1	16	100	0	68	11	26	17	44	1.83
8077827--8078175	98	3.5	98	93	1	574	22	22	13	41	1.88
8078794--8079056	101	2.6	101	87	1	375	39	21	26	13	1.90
8078746--8079047	50	6.0	51	70	9	217	39	21	26	12	1.90
8079109--8079335	40	5.1	40	67	26	134	30	14	20	35	1.92
8079051--8079335	92	3.1	92	96	1	509	31	14	19	34	1.92
8079231--8079383	51	3.0	50	70	19	152	30	15	20	33	1.93
8079231--8079426	103	1.9	103	84	4	261	31	15	20	32	1.94
8079494--8079590	39	2.5	38	85	5	122	18	28	26	25	1.98
8080009--8080062	17	3.2	17	76	10	58	33	0	9	57	1.31
8080037--8080091	16	3.4	16	76	14	58	40	0	3	56	1.17
8080008--8080073	27	2.4	28	80	12	75	31	0	9	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8080014--8080091	33	2.4	33	84	2	95	38	0	6	55	1.26
8080032--8080099	33	2.1	33	85	0	91	35	0	7	57	1.27
8080861--8080912	24	2.2	24	82	0	59	48	5	9	36	1.60
8082058--8082161	30	3.5	29	81	13	122	36	23	4	35	1.76
8082053--8082161	29	3.7	28	81	11	119	35	24	4	34	1.76
8082053--8082199	60	2.5	59	81	10	151	33	25	4	36	1.75
8082057--8082199	29	4.8	29	76	14	98	34	24	4	37	1.75
8082204--8082517	145	2.2	145	84	5	402	31	23	7	36	1.84
8082215--8082556	145	2.4	145	82	4	361	30	23	8	37	1.85
8082752--8082943	96	2.0	96	83	4	244	28	18	14	38	1.90
8088789--8088837	14	3.5	14	94	0	80	32	24	8	34	1.85
8096165--8096198	17	1.9	17	88	5	50	26	5	2	64	1.30
8099309--8099378	22	3.2	22	81	0	77	65	7	11	15	1.45
8102279--8102344	30	2.2	30	100	0	132	33	7	9	50	1.62
8104860--8104919	29	2.0	31	90	6	97	46	5	8	40	1.56
8110921--8110959	11	3.7	11	83	13	55	71	0	0	28	0.86
8110911--8110959	20	2.5	20	90	3	73	69	2	0	28	1.00
8110950--8110982	17	2.0	17	88	5	50	51	0	3	45	1.16
8118507--8118540	17	2.1	16	88	5	50	50	0	0	50	1.00
8120712--8120786	35	2.2	35	83	7	91	38	8	1	52	1.40
8132653--8132692	17	2.3	18	83	12	57	50	0	10	40	1.36
8133688--8133722	11	3.0	12	83	8	54	48	14	17	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8134584--8134636	15	3.7	14	75	12	54	67	11	0	20	1.21
8134894--8134960	22	3.1	22	71	2	64	28	2	0	68	1.04
8135014--8135056	15	2.9	15	75	0	50	18	0	11	69	1.17
8135108--8135159	27	1.9	27	100	0	104	17	34	30	17	1.93
8139447--8139494	17	2.9	16	75	6	51	4	39	0	56	1.19
8140506--8140624	40	2.8	43	71	15	113	29	15	21	33	1.94
8141723--8141817	46	2.1	46	97	0	181	36	6	6	50	1.53
8143133--8143185	11	4.7	11	90	4	79	41	0	0	58	0.98
8143138--8143182	6	7.8	6	87	9	67	37	0	0	62	0.96
8143138--8143185	17	2.8	17	84	12	71	39	0	0	60	0.97
8143127--8143201	16	4.5	16	79	11	71	45	0	0	54	0.99
8143117--8143202	23	3.8	23	80	9	88	41	1	1	55	1.14
8143130--8143184	6	9.7	6	88	9	53	41	0	0	58	0.98
8144283--8144444	30	5.6	29	77	5	121	33	23	6	36	1.80
8144315--8144445	29	4.5	28	81	9	138	33	23	5	37	1.78
8151639--8151674	18	2.0	18	88	0	54	61	2	30	5	1.33
8156464--8156922	92	5.0	92	96	0	848	32	16	19	31	1.94
8157188--8157239	11	4.7	11	82	0	59	38	0	1	59	1.08
8159179--8159402	28	7.8	29	83	6	206	38	23	3	34	1.72
8159179--8159373	29	6.8	28	82	6	176	40	22	3	34	1.70
8159354--8159415	28	2.1	29	91	5	99	32	24	8	35	1.85
8160781--8160992	77	2.8	77	95	3	380	39	9	17	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8166758--8166821	29	2.2	31	75	16	73	46	6	18	28	1.73
8166806--8166877	29	2.4	29	79	2	81	44	6	16	31	1.74
8166855--8166910	29	1.9	29	85	7	78	35	7	26	30	1.83
8166864--8167183	30	11.0	28	75	11	164	34	5	24	36	1.77
8166887--8167005	58	2.1	56	82	3	139	29	5	27	36	1.80
8166905--8167037	29	4.6	28	82	10	137	30	4	27	36	1.77
8166928--8167203	30	9.4	30	75	13	175	34	3	24	36	1.74
8166986--8167203	60	3.7	59	77	4	208	36	3	22	37	1.72
8166933--8167193	88	3.0	88	76	12	248	34	4	23	37	1.74
8166987--8167212	118	1.9	119	80	6	262	36	3	22	38	1.71
8169330--8169459	30	4.4	29	77	7	79	34	2	26	36	1.70
8169178--8169371	59	3.3	57	71	7	183	36	4	30	28	1.77
8169344--8169607	30	8.9	29	78	11	193	34	3	24	37	1.71
8169346--8169607	60	4.4	60	83	7	331	35	3	23	38	1.71
8169321--8169607	118	2.4	117	82	6	355	34	3	25	37	1.72
8171127--8171241	6	19.8	6	74	16	100	51	0	0	46	1.13
8171153--8171241	16	5.6	16	84	11	121	56	1	1	41	1.14
8171150--8171251	11	9.5	11	77	15	81	54	1	0	42	1.18
8171930--8171966	19	1.9	19	100	0	74	40	10	10	37	1.75
8174792--8174851	31	1.9	31	83	6	77	28	3	6	61	1.37
8176025--8176066	4	10.8	4	80	14	52	71	0	28	0	0.86
8176594--8176683	47	1.9	47	84	4	119	34	6	7	51	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8178353--8178604	29	8.7	29	68	15	139	32	4	31	31	1.77
8178360--8178607	59	4.3	58	85	7	319	32	3	31	32	1.75
8178355--8178632	29	9.6	28	67	24	118	31	4	31	32	1.77
8178353--8178604	58	4.4	57	86	6	339	32	4	31	31	1.77
8178756--8179217	160	2.9	162	90	1	750	41	12	18	27	1.86
8179667--8179723	24	2.2	25	77	20	64	5	15	10	68	1.36
8180849--8180877	13	2.3	13	94	5	51	44	0	0	55	0.99
8180860--8180934	17	4.8	16	72	15	59	52	1	1	45	1.17
8181193--8181596	76	5.3	76	88	0	612	32	18	14	34	1.91
8181500--8181702	108	1.9	107	94	1	361	29	20	15	34	1.93
8181193--8181595	152	2.6	152	98	0	779	32	18	14	34	1.91
8181348--8181855	260	2.0	259	94	1	901	32	18	14	34	1.91
8181424--8181779	184	1.9	183	86	1	498	31	19	14	35	1.92
8181608--8181988	76	5.0	76	88	1	523	34	17	13	34	1.89
8181690--8181967	38	7.4	37	70	20	175	34	17	11	36	1.86
8181196--8181987	412	1.9	410	95	0	1413	33	18	14	34	1.91
8181611--8181988	150	2.5	152	89	0	589	34	17	13	34	1.89
8186802--8186835	14	2.3	15	90	5	52	2	23	2	70	1.15
8194086--8194185	29	3.4	30	70	16	93	38	2	25	35	1.67
8194082--8194332	58	4.3	59	86	6	336	34	2	27	35	1.72
8194081--8194334	117	2.2	115	85	7	336	34	2	27	34	1.72
8194241--8194364	30	4.2	29	71	18	96	32	3	27	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8194082--8194360	58	4.8	56	81	10	181	34	2	27	35	1.72
8194200--8194364	29	5.6	30	70	19	100	35	3	25	36	1.72
8194078--8194364	117	2.5	116	79	11	277	34	3	27	35	1.73
8194314--8194374	29	2.1	29	82	11	72	27	4	27	39	1.77
8194458--8194768	162	1.9	162	89	0	487	43	12	18	26	1.85
8195202--8195267	23	2.6	25	79	13	64	7	15	7	69	1.34
8196395--8196479	17	5.7	14	72	25	52	50	1	1	47	1.16
8196405--8196479	17	4.4	17	81	9	82	52	1	1	45	1.17
8196391--8196479	6	15.5	6	71	16	64	49	1	1	48	1.16
8196391--8196479	34	2.6	35	77	12	103	49	1	1	48	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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