genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  67  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19525319--19525636	127	2.5	126	87	5	434	27	27	9	36	1.88
19527961--19528125	30	5.6	27	74	12	114	36	29	4	29	1.76
19527961--19528165	29	7.0	28	75	9	151	34	28	4	32	1.79
19528016--19528182	90	1.9	88	81	8	203	32	28	4	33	1.78
19546400--19546453	21	2.6	21	72	0	54	31	24	12	31	1.93
19547067--19547421	42	8.4	42	83	2	424	25	25	11	37	1.89
19547057--19547416	127	2.8	127	87	2	519	26	25	11	36	1.90
19547057--19547415	169	2.1	170	86	2	499	25	25	11	36	1.90
19553088--19553161	30	2.5	29	76	8	78	24	21	28	25	1.99
19554622--19554660	21	1.9	21	89	5	62	25	17	15	41	1.89
19558247--19558286	21	2.0	21	90	5	64	25	15	15	45	1.84
19558411--19558488	18	4.2	18	74	20	63	53	0	1	44	1.08
19558411--19558449	18	2.2	19	90	9	64	51	0	0	48	1.00
19559208--19559255	18	2.6	18	77	12	53	60	0	2	37	1.09
19559946--19560273	162	2.1	156	89	4	496	25	18	14	42	1.87
19560347--19560893	59	9.4	59	86	3	669	32	28	4	34	1.76
19560347--19560893	117	4.7	118	87	1	726	32	28	4	34	1.76
19560347--19560882	176	3.1	175	87	3	740	33	28	3	34	1.75
19560873--19560932	28	2.1	28	84	0	75	31	30	11	26	1.92
19563396--19563559	84	2.0	84	87	0	238	40	23	12	23	1.88
19563730--19563819	39	2.3	39	84	0	108	23	18	22	35	1.96
19563756--19563875	39	3.1	39	86	0	159	23	18	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19567922--19568065	39	3.7	38	91	1	198	22	18	22	35	1.96
19567922--19568065	78	1.8	78	89	2	227	22	18	22	35	1.96
19569057--19569101	23	2.0	22	86	4	63	22	2	4	71	1.15
19573770--19573808	19	2.1	19	85	9	53	79	0	17	2	0.84
19574631--19575022	101	3.9	101	80	5	456	35	17	19	26	1.95
19574587--19575024	198	2.2	196	88	2	637	36	17	19	26	1.94
19576458--19576781	99	3.2	100	76	8	318	33	17	20	28	1.96
19577568--19577827	114	2.3	115	86	5	380	37	29	7	25	1.84
19582293--19582483	95	2.0	96	82	5	235	38	17	8	34	1.81
19584814--19584864	15	3.3	15	75	20	52	29	27	13	29	1.94
19584814--19584913	31	3.2	31	72	12	87	29	30	14	27	1.95
19585062--19585167	28	3.8	28	75	0	77	32	30	16	20	1.95
19585115--19585167	14	3.8	14	82	0	70	32	33	18	15	1.92
19585066--19585170	42	2.5	42	82	0	129	31	30	18	20	1.96
19585919--19585974	21	2.7	21	80	5	60	10	14	1	73	1.18
19585945--19585980	12	3.0	12	84	15	56	13	8	2	75	1.15
19587270--19587419	50	2.9	50	82	10	171	36	12	16	35	1.85
19587432--19587519	33	2.7	34	81	6	103	42	10	11	36	1.75
19589775--19589799	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
19589816--19589862	19	2.5	20	80	10	55	25	2	0	72	0.96
19591000--19591030	16	1.9	16	100	0	62	48	12	0	38	1.42
19597234--19597283	9	5.1	10	76	9	50	64	0	2	34	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19597453--19597499	19	2.5	19	82	6	60	25	8	2	63	1.34
19598264--19598315	14	3.7	14	76	0	50	26	25	23	25	2.00
19601122--19601244	14	8.8	14	74	0	102	27	30	21	19	1.98
19601122--19601209	42	2.1	42	84	0	113	27	30	22	19	1.98
19601669--19601711	20	2.1	21	83	12	54	46	11	13	27	1.78
19601669--19601711	21	2.1	20	86	4	59	46	11	13	27	1.78
19601924--19601953	16	1.9	15	93	6	51	73	3	23	0	0.98
19603331--19603358	13	2.2	13	100	0	56	39	0	0	60	0.97
19604316--19604499	29	6.2	30	90	1	257	40	22	3	33	1.72
19604297--19604499	88	2.3	88	86	3	264	39	21	3	35	1.71
19604680--19604733	17	3.1	18	73	10	58	24	1	7	66	1.27
19606349--19606411	20	3.2	20	76	0	54	65	3	3	28	1.24
19606524--19606566	17	2.6	16	78	7	50	72	0	4	23	1.04
19607254--19607402	74	2.0	74	100	0	298	25	17	20	36	1.94
19607581--19607666	7	12.4	7	70	11	52	18	0	33	47	1.49
19607614--19607666	20	2.5	22	84	9	74	24	0	32	43	1.55
19607691--19607776	14	6.1	14	77	0	64	27	29	22	20	1.99
19607691--19607837	28	5.2	28	72	0	87	27	26	20	25	1.99
19607799--19607832	14	2.4	14	85	0	50	26	26	20	26	1.99
19612190--19612224	18	1.9	18	94	0	61	68	5	0	25	1.11
19612211--19612237	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
19612189--19612224	9	4.0	9	85	0	54	66	5	0	27	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19613839--19613880	19	2.2	19	83	8	50	14	9	7	69	1.37
19616881--19617030	80	1.9	80	94	0	264	30	15	19	35	1.92
19616992--19617150	80	2.0	78	91	2	255	29	14	17	38	1.89
19617572--19617699	48	2.6	48	93	3	213	51	14	10	23	1.73
19621027--19621182	80	2.0	78	87	7	226	28	15	17	38	1.90
19621606--19621722	48	2.4	49	87	5	166	52	13	8	24	1.68
19622324--19622408	28	3.0	28	71	6	73	25	31	21	21	1.98
19623256--19623315	27	2.2	27	84	0	84	16	0	31	51	1.45
19639903--19639945	18	2.3	18	88	4	59	13	18	11	55	1.68
19642067--19642096	7	4.3	7	100	0	60	43	43	0	13	1.43
19642119--19642148	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
19648161--19648308	42	3.5	42	85	0	161	23	18	22	35	1.96
19648500--19648536	19	2.1	18	90	10	58	21	24	18	35	1.96
19656007--19656038	16	1.9	17	93	6	57	62	12	12	12	1.55
19658428--19658526	46	2.2	46	98	0	189	52	13	17	17	1.75
19661306--19661347	17	2.4	18	88	7	61	61	2	4	30	1.29
19661310--19661375	16	4.3	15	79	14	64	59	3	9	28	1.43
19668210--19668248	21	1.9	21	89	5	62	66	7	12	12	1.43
19680211--19680251	19	2.0	21	86	9	59	39	4	4	51	1.45
19681903--19681942	20	2.0	21	95	5	73	17	10	0	72	1.11
19682721--19682912	30	6.5	30	71	12	128	31	21	7	39	1.82
19682763--19682919	58	2.6	59	78	13	162	29	25	7	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19686579--19686629	24	2.2	23	82	10	59	52	7	11	27	1.65
19688298--19688454	30	5.2	30	80	6	183	36	25	5	32	1.78
19688295--19688461	60	2.8	61	82	6	207	35	24	5	34	1.78
19692776--19693026	138	1.8	139	96	0	468	25	7	23	43	1.80
19693029--19693079	2	25.5	2	95	0	93	49	1	0	49	1.12
19694255--19694558	158	1.9	157	87	2	439	20	24	25	28	1.99
19711362--19711409	18	2.7	19	78	12	57	50	4	6	39	1.47
19717033--19717064	13	2.4	14	94	5	57	28	6	6	59	1.46
19726040--19726072	13	2.5	14	90	9	52	84	0	15	0	0.61
19726042--19726082	11	3.6	11	83	6	55	87	0	9	2	0.62
19726040--19726082	23	1.9	22	90	4	68	86	0	11	2	0.67
19726697--19726732	18	2.0	18	89	10	56	47	11	27	13	1.77
19726887--19726920	14	2.4	14	90	9	52	23	5	8	61	1.47
19726939--19726992	26	2.1	26	96	0	99	35	9	7	48	1.63
19730606--19730673	26	2.6	26	95	0	118	32	20	22	25	1.98
19744436--19744497	32	1.9	33	87	9	92	24	8	11	56	1.61
19747967--19747999	15	2.2	15	94	0	57	51	0	0	48	1.00
19748079--19748117	16	2.5	16	87	4	53	35	0	0	64	0.94
19748441--19748490	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
19749205--19749238	16	2.2	16	89	5	52	20	0	2	76	0.92
19754404--19754455	5	10.4	5	78	0	59	38	19	5	36	1.76
19758711--19758828	41	2.9	42	80	7	127	31	26	24	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19765943--19766521	49	11.8	49	69	10	281	18	26	17	37	1.93
19766003--19766325	147	2.2	147	84	2	398	18	26	16	38	1.92
19766170--19766523	97	3.6	98	85	1	478	18	25	17	38	1.92
19781822--19782041	42	5.3	42	79	6	225	25	27	9	38	1.87
19783795--19783825	15	2.1	15	100	0	62	19	22	25	32	1.97
19788512--19788664	42	3.6	42	84	3	209	28	23	9	38	1.86
19789546--19789589	20	2.2	20	83	4	52	34	15	2	47	1.58
19791194--19791235	16	2.7	16	81	3	50	30	23	7	38	1.82
19791347--19791375	15	2.0	15	93	6	51	48	13	0	37	1.43
19793278--19793548	23	11.8	23	86	0	353	34	5	14	46	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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