genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  111  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33225728--33225782	28	2.0	26	83	16	67	67	7	0	25	1.16
33226414--33226476	21	3.0	21	77	9	58	69	0	0	30	0.88
33229891--33229939	25	2.0	25	100	0	98	53	0	0	46	1.00
33229958--33229989	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
33230103--33230211	44	2.5	43	87	3	146	44	18	0	36	1.50
33232001--33232060	27	2.1	29	84	6	79	33	0	15	51	1.43
33232149--33232184	7	5.0	7	93	6	63	58	0	0	41	0.98
33232156--33232665	241	2.2	236	78	9	538	46	7	8	37	1.64
33232618--33232653	10	3.6	10	84	0	54	63	2	0	33	1.08
33236280--33236348	30	2.3	31	82	5	79	42	4	8	44	1.55
33243395--33243448	18	2.9	19	89	5	67	38	9	11	40	1.73
33245196--33245367	67	2.7	61	82	14	208	52	2	0	44	1.18
33245196--33245365	63	2.7	63	85	10	231	51	2	0	45	1.18
33245218--33245371	67	2.3	65	88	8	215	57	2	0	39	1.17
33245899--33246472	80	7.2	80	93	1	938	25	18	24	31	1.98
33246558--33246703	50	2.9	50	84	2	168	21	23	18	35	1.95
33246588--33246703	50	2.3	50	89	2	180	21	24	19	34	1.96
33247628--33247686	6	9.0	6	75	17	55	0	18	1	79	0.81
33247629--33247687	7	8.7	7	80	12	54	0	16	1	81	0.78
33247628--33247685	20	2.8	20	85	10	82	0	18	1	79	0.82
33247630--33247685	26	2.2	26	90	0	85	0	17	1	80	0.80
33247629--33247688	14	4.4	14	77	10	70	0	16	1	81	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33247635--33247706	8	8.6	8	71	19	58	4	13	1	80	0.92
33247630--33247709	26	3.2	25	82	10	74	3	13	1	81	0.89
33247635--33247706	33	2.2	33	82	12	85	4	13	1	80	0.92
33247629--33247709	16	5.2	14	75	17	63	3	13	1	81	0.89
33252678--33252846	67	2.8	60	83	14	197	55	2	0	42	1.17
33252692--33252849	63	2.4	63	88	7	228	58	2	0	37	1.16
33261795--33261874	27	3.0	27	79	0	88	31	17	23	27	1.97
33262825--33262875	20	2.4	24	75	24	60	39	0	15	45	1.47
33267818--33267898	33	2.5	32	88	6	126	33	51	7	7	1.58
33270912--33270958	17	2.8	17	81	9	53	78	8	2	10	1.04
33272556--33272621	30	2.3	27	84	7	78	27	15	1	56	1.48
33272556--33272636	27	2.9	28	81	5	83	28	12	2	56	1.48
33276129--33276178	15	3.3	15	83	10	59	80	0	16	4	0.87
33276123--33276162	21	1.9	21	84	0	53	82	5	12	0	0.82
33276831--33276876	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
33277938--33277992	20	2.9	18	81	5	56	23	3	1	70	1.12
33277965--33278006	13	3.2	13	83	9	50	23	2	0	73	0.94
33277965--33277994	13	2.4	13	94	5	53	26	3	0	70	1.03
33279409--33279793	42	9.4	42	79	7	371	30	26	16	26	1.97
33279409--33279793	81	4.7	81	78	8	334	30	26	16	26	1.97
33279444--33279793	123	2.8	122	79	5	375	31	26	16	26	1.96
33279439--33279832	123	3.2	118	73	11	346	31	25	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33279776--33279870	39	2.4	40	80	7	113	35	25	13	25	1.93
33279761--33279949	45	4.5	42	74	10	129	34	24	16	23	1.95
33282297--33282497	109	1.8	110	86	3	289	28	12	16	42	1.85
33285095--33285218	57	2.2	57	85	1	160	22	21	1	54	1.54
33290889--33290938	23	2.2	23	100	0	100	30	24	12	34	1.91
33291829--33291858	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
33291829--33291861	12	2.8	12	95	0	57	54	0	45	0	0.99
33293181--33293213	15	2.3	15	94	5	59	42	18	6	33	1.75
33299783--33299817	17	2.1	17	89	10	54	37	2	14	45	1.59
33300420--33300486	32	2.1	33	94	2	118	29	2	10	56	1.48
33301231--33301263	15	2.1	17	88	11	52	42	12	9	36	1.74
33310274--33310897	147	4.2	149	86	3	851	52	12	15	20	1.73
33311459--33311523	31	2.1	31	91	0	103	47	7	6	38	1.57
33313931--33313968	20	2.0	20	89	5	60	50	2	2	44	1.30
33315263--33315297	18	1.9	18	94	0	61	54	0	0	45	0.99
33315387--33315425	18	2.2	18	85	0	51	38	5	5	51	1.46
33329928--33330008	28	2.7	30	76	19	82	48	2	13	35	1.56
33330044--33330181	29	4.6	29	79	11	129	36	1	23	38	1.64
33330044--33330181	58	2.3	60	85	7	174	36	1	23	38	1.64
33330682--33330733	26	2.0	26	100	0	104	23	15	7	53	1.67
33331499--33331574	6	13.0	6	71	20	54	42	2	1	53	1.23
33331499--33331574	17	4.4	17	78	16	84	42	2	1	53	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33331612--33331650	21	2.0	20	90	10	62	46	23	5	25	1.73
33333503--33333758	30	8.6	30	77	6	225	35	25	3	35	1.73
33333488--33333756	59	4.5	59	83	3	306	35	24	4	35	1.75
33333511--33333785	59	4.7	59	83	1	293	35	25	3	36	1.72
33333768--33333846	29	2.7	29	70	14	72	27	20	11	40	1.87
33333629--33333897	58	4.6	58	75	12	164	31	23	7	37	1.82
33335014--33335052	3	13.3	3	89	5	62	33	0	0	66	0.92
33335747--33335801	6	9.5	6	78	7	60	56	3	0	40	1.17
33335748--33335783	17	2.1	17	89	0	54	52	2	0	44	1.15
33335730--33335797	23	2.9	22	80	10	73	57	2	1	38	1.23
33342689--33342745	28	2.0	29	89	3	89	19	5	12	63	1.47
33342694--33342751	28	2.1	28	87	6	82	20	3	13	62	1.46
33343402--33343430	14	2.0	15	93	6	51	17	13	13	55	1.70
33347000--33347035	1	36.0	1	94	0	63	0	2	0	97	0.18
33357538--33357694	41	3.8	41	81	3	190	27	21	31	19	1.98
33360947--33361047	43	2.3	43	88	3	141	25	15	25	32	1.96
33373308--33373340	16	2.0	17	88	5	50	48	6	0	45	1.27
33376851--33376883	16	2.1	16	88	11	50	63	3	0	33	1.10
33377200--33377239	22	1.9	20	85	10	53	32	2	7	57	1.40
33378313--33378392	19	3.9	20	75	15	65	40	0	5	55	1.22
33379989--33380016	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
33381136--33381187	22	2.5	21	77	22	56	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33381229--33381289	23	2.4	25	81	10	63	47	0	3	49	1.18
33381451--33381480	16	1.9	16	93	6	53	36	3	6	53	1.44
33385772--33386319	276	2.0	270	96	2	999	45	10	13	30	1.76
33386345--33386428	42	2.0	42	83	4	107	28	14	27	29	1.95
33388128--33388172	6	7.5	6	89	0	63	46	0	31	22	1.52
33389183--33389234	25	2.1	25	82	7	61	44	3	17	34	1.67
33391119--33391187	31	2.2	33	85	15	92	50	1	1	46	1.19
33391772--33391827	28	2.0	28	92	0	94	50	10	8	30	1.68
33391812--33391856	15	3.0	15	76	0	54	71	11	0	17	1.14
33391784--33391856	28	2.5	29	82	8	78	64	10	2	21	1.38
33391783--33391879	28	3.3	27	76	13	77	62	9	2	25	1.36
33392163--33392229	27	2.5	27	83	9	75	23	19	34	22	1.97
33395161--33395210	26	1.9	26	83	0	64	32	0	12	56	1.36
33398072--33398105	17	2.0	17	94	0	59	52	2	0	44	1.16
33401716--33401924	41	5.1	40	83	4	247	31	22	28	17	1.97
33401750--33401820	24	3.2	24	61	25	57	33	22	28	15	1.95
33401604--33401816	108	2.0	105	84	8	279	32	21	27	18	1.97
33401716--33401924	82	2.5	82	88	0	301	31	22	28	17	1.97
33406923--33407142	43	5.1	43	83	0	251	25	15	25	33	1.95
33406916--33407142	86	2.6	86	85	0	283	25	15	25	33	1.95
33407410--33407448	20	1.9	20	84	5	51	23	7	7	61	1.49
33408831--33408868	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33418499--33418562	26	2.5	26	82	5	67	67	1	20	10	1.30
33422302--33422381	39	2.1	39	100	0	160	41	12	5	41	1.65
33427569--33427608	17	2.3	17	86	4	53	40	5	0	55	1.22
33429423--33429465	18	2.4	19	88	7	63	39	6	16	37	1.75
33437258--33437289	17	1.9	17	93	6	57	68	0	6	25	1.12
33438157--33438223	33	1.9	34	85	14	93	28	0	8	62	1.25
33438323--33438377	24	2.2	24	87	9	76	18	0	9	72	1.10
33438339--33438378	12	3.4	12	86	3	55	25	0	5	70	1.08
33438423--33438452	5	5.8	5	96	4	51	20	0	0	80	0.72
33438849--33438887	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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