genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24918570--24918805	36	6.6	36	78	4	235	37	24	15	22	1.93
24918570--24918805	108	2.2	108	83	1	303	37	24	15	22	1.93
24920313--24920433	37	3.3	37	95	0	206	28	28	19	23	1.98
24920327--24920457	37	3.5	37	90	0	118	31	29	16	22	1.96
24920313--24920471	74	2.1	74	82	0	192	28	28	19	23	1.98
24921368--24921398	16	1.9	16	93	0	53	19	12	3	64	1.41
24924943--24925053	56	2.0	56	83	3	143	25	23	18	32	1.97
24928038--24928224	41	4.5	41	91	1	284	37	11	24	26	1.90
24928038--24928253	41	5.2	40	87	5	247	38	10	24	26	1.88
24934919--24935010	46	2.0	46	100	0	184	32	8	17	41	1.80
24941096--24941170	33	2.3	33	81	4	89	5	8	22	64	1.41
24941109--24941185	22	3.6	22	79	5	88	6	6	20	66	1.38
24941232--24941280	22	2.3	22	76	16	57	10	0	18	71	1.13
24941235--24941279	21	2.1	21	84	8	56	11	0	17	71	1.14
24948786--24948836	23	2.3	23	86	6	70	31	19	0	49	1.49
24948818--24948852	9	3.8	9	85	7	52	45	17	0	37	1.48
24948854--24948898	14	3.2	14	75	12	56	28	0	0	71	0.87
24948856--24948947	28	3.5	28	71	19	99	31	1	1	66	1.06
24948858--24948963	49	2.2	48	94	1	185	33	0	0	64	1.07
24948869--24948949	23	3.4	23	68	15	65	30	1	1	66	1.07
24948858--24948963	10	10.9	10	65	17	53	33	0	0	64	1.07
24952493--24952579	28	3.0	29	70	8	70	34	25	3	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24952707--24952759	22	2.5	22	80	17	67	45	26	0	28	1.54
24953148--24953213	33	2.0	33	100	0	132	48	15	12	24	1.78
24954562--24954596	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
24955072--24955107	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
24959504--24959543	21	1.9	21	84	0	53	2	37	5	55	1.35
24983704--24983895	36	5.3	35	83	3	188	26	13	23	36	1.92
24994742--24994874	40	3.2	40	84	5	133	42	10	24	22	1.84
24994778--24994874	40	2.4	39	90	8	151	42	9	22	25	1.83
24995426--24995503	21	3.5	24	80	14	80	15	7	34	42	1.75
25007069--25007201	66	2.0	66	94	2	232	29	20	18	31	1.96
25007475--25007512	13	2.7	15	88	8	53	50	10	2	36	1.51
25012210--25012243	17	2.1	17	88	5	52	35	0	14	50	1.44
25022499--25022740	83	2.9	82	86	4	317	39	10	19	30	1.86
25024474--25024509	18	2.0	18	100	0	72	22	22	11	44	1.84
25024736--25024766	16	1.9	16	93	0	53	25	12	0	61	1.32
25024736--25024778	16	2.6	17	85	3	52	18	11	0	69	1.17
25034683--25035050	125	3.0	123	88	3	562	43	7	10	38	1.67
25039973--25040275	127	2.4	123	86	4	444	37	12	7	42	1.70
25043575--25043619	18	2.4	19	81	7	56	71	6	13	8	1.31
25049058--25049110	27	2.0	27	85	7	72	77	5	5	11	1.11
25052181--25052220	15	2.7	15	80	0	53	55	32	10	2	1.47
25055084--25055136	27	2.0	28	82	13	69	64	13	3	18	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25063044--25063175	52	2.5	53	80	9	142	26	15	17	40	1.90
25063223--25063254	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
25066309--25066578	86	3.4	75	75	14	218	54	0	8	35	1.37
25066371--25066428	23	2.6	23	86	2	82	58	0	3	37	1.15
25066360--25066409	16	3.0	17	83	11	59	60	0	6	34	1.21
25066469--25066588	23	5.5	23	63	22	78	52	0	7	39	1.36
25066539--25066602	23	2.7	23	77	20	78	50	1	4	43	1.32
25066585--25066781	6	34.5	6	76	17	79	54	1	11	32	1.43
25066570--25066766	70	2.9	70	87	9	273	53	0	11	35	1.37
25066434--25066664	86	2.6	86	85	9	306	52	0	9	37	1.40
25066672--25066781	16	6.7	16	80	5	112	56	1	13	28	1.48
25066672--25066771	50	2.0	49	92	5	166	56	1	14	29	1.45
25070467--25070500	18	1.9	17	88	5	50	23	11	8	55	1.63
25076155--25076202	24	2.0	25	84	12	64	14	8	6	70	1.31
25078831--25078881	21	2.5	20	78	9	57	27	19	25	27	1.99
25080820--25080857	17	2.2	17	90	0	58	23	13	13	50	1.76
25090129--25090300	88	2.0	88	90	2	274	23	16	27	32	1.96
25096394--25096421	7	4.0	7	100	0	56	14	0	42	42	1.45
25097859--25097892	13	2.5	14	85	4	52	0	14	0	85	0.60
25097861--25097894	8	4.1	8	85	7	50	0	17	0	82	0.67
25097860--25097894	17	2.1	17	88	0	52	0	17	0	82	0.66
25098590--25098615	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25110273--25110334	21	3.0	20	83	4	61	27	20	22	29	1.99
25120228--25120275	21	2.3	21	89	7	71	60	0	37	2	1.09
25120711--25120748	18	2.2	18	85	4	51	23	15	5	55	1.61
25135800--25135829	12	2.6	11	90	10	51	53	33	0	13	1.40
25137553--25137590	19	2.1	19	85	5	51	55	7	36	0	1.29
25145948--25146527	294	2.0	287	91	3	946	43	10	13	32	1.78
25148850--25148884	17	2.1	17	88	0	52	31	2	5	60	1.35
25149872--25149899	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
25153635--25153714	6	13.7	6	71	10	67	41	3	0	55	1.18
25153611--25153703	24	3.7	24	74	19	73	40	3	2	53	1.29
25153623--25153710	41	2.1	41	82	0	104	42	3	1	53	1.25
25153635--25153679	17	2.6	18	85	3	65	42	4	0	53	1.21
25153654--25153724	11	6.7	11	73	15	51	38	4	1	56	1.28
25153635--25153714	41	2.0	41	89	0	124	41	3	0	55	1.18
25153634--25153729	18	5.4	18	73	12	74	39	4	2	54	1.32
25154745--25154778	15	2.3	15	89	0	50	61	0	8	29	1.26
25155633--25155830	58	3.4	58	84	5	238	29	30	5	34	1.79
25155636--25155728	29	3.2	29	76	11	118	35	30	1	33	1.65
25155721--25155807	29	3.0	28	74	14	95	26	28	6	37	1.82
25170500--25170891	76	5.0	76	89	5	545	35	15	17	31	1.90
25171201--25171271	11	6.7	11	73	15	60	39	2	1	56	1.23
25171196--25171297	6	17.7	6	72	11	70	47	1	1	49	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25171196--25171297	17	5.9	18	74	12	70	47	1	1	49	1.24
25171191--25171270	41	2.0	40	87	2	115	41	3	1	53	1.27
25172291--25172324	15	2.3	15	89	0	50	61	0	8	29	1.26
25173173--25173432	59	4.4	59	87	0	317	31	28	4	35	1.78
25173233--25173385	30	5.2	29	68	25	106	35	26	1	35	1.68
25173235--25173400	29	5.6	28	69	25	94	32	27	2	37	1.70
25173173--25173432	118	2.2	118	86	1	351	31	28	4	35	1.78
25175884--25175923	15	2.7	15	92	0	62	50	0	17	32	1.47
25178241--25179574	686	1.9	686	94	1	2352	35	16	19	28	1.94
25179537--25179603	29	2.3	29	100	0	134	35	2	38	22	1.70
25188686--25188878	52	3.7	52	85	1	260	23	13	26	35	1.93
25191244--25191299	25	2.2	24	84	12	69	39	1	25	33	1.66
25192998--25193027	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
25192946--25193076	67	2.0	67	93	0	226	25	16	22	35	1.94
25193013--25193216	52	3.9	52	95	2	356	23	15	26	34	1.95
25194456--25194696	52	4.6	52	88	3	358	25	15	23	35	1.94
25194456--25194696	105	2.3	104	90	0	374	25	15	23	35	1.94
25198392--25198438	18	2.6	18	81	15	53	36	0	2	61	1.08
25198744--25198794	23	2.2	24	82	3	59	9	23	13	52	1.70
25199112--25199166	26	2.2	25	83	9	67	21	3	3	70	1.18
25201504--25201542	16	2.4	17	84	16	55	66	10	0	23	1.22
25202274--25202387	58	2.0	58	84	3	149	37	10	9	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25202362--25202434	28	2.6	28	80	6	85	53	6	1	38	1.36
25203538--25203584	21	2.3	20	86	13	62	42	4	2	51	1.33
25203538--25203591	20	2.7	19	76	20	56	42	5	3	48	1.44
25203637--25203699	20	3.2	20	75	4	65	42	14	3	39	1.61
25205354--25205424	17	4.4	17	71	16	60	54	1	0	43	1.08
25205354--25205411	12	5.5	11	75	19	52	56	1	0	41	1.09
25213948--25214172	102	2.2	102	87	0	342	27	21	24	27	1.99
25226413--25226453	20	2.0	20	86	9	57	70	2	0	26	0.99
25226513--25226570	30	2.0	30	86	3	82	44	1	22	31	1.63
25235043--25235122	23	3.5	23	86	5	110	45	28	8	17	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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