genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22336266--22336322	21	2.5	24	86	8	75	28	5	28	38	1.78
22342022--22342258	51	4.6	51	91	0	375	32	14	24	29	1.94
22351890--22351941	3	17.7	3	77	18	56	0	30	0	69	0.89
22353710--22353758	25	2.0	25	84	8	64	77	4	4	14	1.06
22362811--22362862	21	2.5	21	81	6	61	46	34	9	9	1.69
22373601--22373893	52	5.6	52	92	0	451	30	13	21	34	1.92
22378885--22379074	52	3.7	52	93	0	308	28	13	23	34	1.93
22379858--22379909	21	2.5	21	75	6	52	25	11	28	34	1.91
22380933--22380971	13	2.8	13	88	7	51	38	2	10	48	1.51
22383203--22383248	24	2.0	24	83	12	60	10	4	28	56	1.53
22386690--22386714	10	2.5	10	100	0	50	20	24	20	36	1.95
22403498--22403607	52	2.1	53	86	1	150	29	10	9	51	1.66
22407635--22407846	51	4.3	51	67	18	133	46	7	2	42	1.46
22407320--22407925	147	4.1	147	88	4	801	44	9	3	42	1.54
22410768--22410906	46	3.0	46	95	2	251	31	0	22	46	1.52
22417034--22417072	18	2.1	19	86	13	55	56	2	2	38	1.27
22417307--22417350	24	1.9	23	86	9	63	52	4	25	18	1.64
22422838--22422880	16	2.8	15	82	6	50	51	2	4	41	1.35
22422853--22422881	8	3.6	8	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22424061--22424092	16	1.9	17	93	6	57	65	0	3	31	1.08
22426219--22426309	25	3.6	25	75	5	92	38	8	27	25	1.85
22433107--22433150	22	2.0	22	100	0	88	27	0	31	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22433578--22433714	29	4.7	30	83	3	156	21	11	24	43	1.85
22433796--22433871	28	2.7	28	76	8	91	14	17	22	46	1.84
22435079--22435108	15	1.9	16	93	6	53	50	0	3	46	1.18
22437001--22437050	21	2.5	20	78	12	57	62	4	4	30	1.32
22452969--22452997	13	2.2	13	100	0	58	48	6	10	34	1.64
22455657--22455708	18	2.9	18	80	13	63	63	0	3	32	1.12
22456201--22456240	19	2.2	19	86	4	55	30	2	0	67	1.04
22456211--22456281	10	7.6	10	74	12	62	35	1	0	63	1.03
22456264--22456315	27	1.9	27	88	0	77	36	1	1	59	1.19
22465700--22465726	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
22467024--22467048	12	2.1	12	100	0	50	40	12	0	48	1.40
22467721--22467826	48	2.2	48	88	5	153	35	25	11	27	1.90
22470296--22470537	51	4.7	51	90	2	342	28	14	25	31	1.94
22475253--22475442	102	1.9	101	89	1	299	26	14	25	33	1.94
22475220--22475460	52	4.7	52	89	2	326	27	13	25	33	1.94
22481163--22481247	27	3.2	26	74	22	70	36	22	16	24	1.94
22481206--22481368	28	5.9	28	79	7	172	33	22	17	27	1.96
22481212--22481377	84	2.0	83	84	8	221	32	21	16	28	1.96
22485819--22485961	71	2.0	71	98	0	277	29	27	11	31	1.91
22494772--22494828	21	2.7	21	78	8	62	36	28	7	28	1.83
22494888--22494968	24	3.5	24	68	21	64	46	27	7	18	1.75
22494904--22494977	24	3.2	24	65	29	61	45	25	6	21	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22494888--22494990	45	2.3	45	89	1	163	46	26	6	20	1.75
22495514--22495734	41	5.3	41	77	6	212	25	24	11	38	1.89
22501256--22501445	53	3.6	53	82	0	191	28	12	23	35	1.91
22501351--22501492	53	2.7	53	79	3	144	28	15	21	34	1.94
22503912--22504151	53	4.6	53	84	3	297	28	16	21	34	1.95
22511542--22512040	248	2.0	246	97	1	946	36	25	11	26	1.91
22513085--22513175	23	4.0	22	92	1	119	48	13	3	35	1.58
22521272--22521352	34	2.3	34	82	8	90	32	22	14	30	1.94
22523948--22523978	16	1.9	16	93	0	53	48	3	6	41	1.45
22527666--22527758	7	13.3	7	69	18	52	17	3	27	51	1.60
22527666--22527762	14	6.9	14	76	12	83	17	3	29	49	1.62
22528630--22528666	8	4.8	8	90	6	58	45	27	0	27	1.54
22528630--22528673	7	5.9	7	84	12	52	45	29	0	25	1.54
22528630--22528673	15	2.9	15	93	3	70	45	29	0	25	1.54
22528670--22528748	26	3.0	26	96	0	140	59	10	0	30	1.30
22534534--22534573	21	1.9	21	89	0	62	35	22	17	25	1.95
22535355--22535648	52	5.6	52	88	1	383	34	23	14	27	1.94
22541375--22541522	71	2.1	71	84	2	190	22	20	18	37	1.95
22553540--22553578	18	2.2	18	86	4	53	53	12	15	17	1.72
22559500--22559726	42	5.4	42	86	1	337	26	19	23	29	1.98
22559500--22559725	85	2.7	85	90	2	375	26	19	23	30	1.98
22559500--22559738	127	1.9	127	89	0	370	26	18	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22559989--22560040	21	2.5	21	87	6	70	32	28	13	25	1.93
22562496--22562526	16	1.9	16	93	0	53	22	22	0	54	1.44
22562850--22563002	42	3.6	42	82	5	180	26	15	28	29	1.96
22562875--22562999	45	2.9	43	84	8	155	22	18	28	31	1.97
22574051--22574240	52	3.7	52	81	8	235	27	16	21	33	1.95
22574042--22574236	104	1.9	104	86	4	277	28	16	22	32	1.96
22574991--22575048	21	2.8	21	80	12	75	36	10	24	29	1.88
22577493--22577714	109	2.0	109	97	0	417	31	14	20	33	1.93
22592236--22592324	26	3.1	27	75	18	74	64	1	0	34	1.01
22614961--22614999	6	6.5	6	82	11	53	2	17	0	79	0.84
22614961--22614999	13	3.2	12	86	10	53	2	17	0	79	0.84
22623408--22623847	220	2.0	220	99	0	871	32	26	10	29	1.90
22628150--22628207	16	3.4	16	76	19	64	32	1	0	65	1.03
22641020--22641071	20	2.5	22	82	14	58	44	0	13	42	1.44
22649323--22649536	93	2.3	94	89	3	317	28	23	26	21	1.99
22653295--22653326	7	4.6	7	96	0	55	0	50	0	50	1.00
22657364--22657393	15	1.9	16	93	6	53	56	0	3	40	1.16
22657381--22657460	22	3.6	22	66	15	58	51	1	2	45	1.22
22669042--22669088	17	3.1	15	82	14	60	21	0	6	72	1.07
22669060--22669124	34	1.9	33	85	14	89	13	1	10	73	1.16
22669050--22669127	10	7.3	10	72	23	54	14	1	10	74	1.13
22670881--22670945	28	2.3	28	75	2	67	32	35	16	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22671312--22671336	7	3.6	7	100	0	50	16	12	28	44	1.83
22695055--22695260	106	1.9	106	87	1	297	38	12	16	32	1.86
22698016--22698054	20	1.9	21	89	5	62	38	0	2	58	1.12
22699825--22699892	27	2.5	27	85	4	84	27	14	29	27	1.95
22700280--22700336	26	2.1	28	93	6	100	26	0	10	63	1.27
22700330--22700370	21	1.9	21	90	5	64	12	0	31	56	1.36
22700345--22700391	14	3.4	14	85	11	53	17	2	27	53	1.55
22700330--22700380	21	2.4	21	83	9	59	15	0	31	52	1.43
22701276--22701318	15	2.8	15	89	3	59	46	30	0	23	1.52
22701315--22701393	26	3.0	26	86	0	122	59	8	0	31	1.28
22703840--22703896	21	2.7	21	83	0	69	35	22	15	26	1.94
22704583--22704876	52	5.6	52	90	1	410	34	24	15	25	1.94
22704636--22704876	52	4.6	52	95	0	428	34	26	15	24	1.95
22710615--22710755	71	2.0	71	88	0	210	24	21	17	36	1.95
22712929--22712954	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
22716428--22716496	27	2.6	27	92	0	111	26	23	11	39	1.88
22717698--22717732	3	11.7	3	93	0	61	34	28	0	37	1.58
22717779--22717808	12	2.5	12	94	0	51	10	33	13	43	1.77
22719401--22719535	71	1.9	71	90	0	216	22	19	21	37	1.95
22722260--22722303	18	2.4	18	81	7	54	4	52	0	43	1.22
22723931--22723987	8	6.8	8	81	16	62	70	5	0	24	1.08
22723921--22723972	24	2.1	24	83	16	63	69	5	0	25	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22727591--22727620	14	2.1	14	93	0	51	63	6	3	26	1.35
22730608--22730641	14	2.3	15	90	5	52	32	0	17	50	1.47
22732254--22732304	24	2.1	24	85	0	66	27	15	23	33	1.95
22737045--22737095	24	2.1	24	88	0	75	27	17	23	31	1.97
22737769--22737815	21	2.2	21	80	0	58	31	12	29	25	1.93
22740836--22740886	24	2.1	24	85	0	66	25	17	25	31	1.97
22741550--22741602	20	2.6	21	75	6	54	30	11	32	26	1.91
22741584--22741623	21	1.9	21	84	0	53	27	17	25	30	1.97
22741947--22741992	21	2.2	21	92	0	74	32	28	13	26	1.93
22742132--22742193	16	3.6	16	70	19	52	30	25	0	43	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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