genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18960990--18961047	22	2.6	22	88	0	80	10	31	18	39	1.85
18962287--18962345	31	1.9	31	82	0	73	40	1	16	40	1.59
18964546--18964590	16	2.9	16	84	12	58	48	6	0	44	1.29
18966177--18966336	85	1.9	85	85	0	221	25	17	16	40	1.90
18969734--18969764	4	7.8	4	100	0	62	25	22	0	51	1.48
18970033--18970085	20	2.7	20	90	0	88	5	30	26	37	1.79
18973485--18973542	16	3.6	16	92	2	89	46	20	1	31	1.61
18974405--18974483	33	2.4	33	80	4	88	27	1	45	25	1.61
18974428--18974558	33	4.0	33	72	16	92	28	3	45	22	1.67
18974596--18974705	51	2.2	51	84	0	148	31	8	26	33	1.86
18975917--18976052	52	2.6	53	89	1	193	32	25	15	26	1.95
18983101--18983227	52	2.4	53	80	3	141	34	23	14	27	1.93
18986405--18986555	40	3.8	40	88	1	223	22	19	25	32	1.97
18986413--18986594	80	2.3	80	80	5	208	23	18	28	30	1.97
18993857--18993909	7	7.6	7	91	0	70	18	3	35	41	1.69
18998990--18999036	3	15.7	3	95	0	85	36	0	29	34	1.58
19000988--19001074	41	2.2	40	95	2	156	34	11	6	47	1.67
19005223--19005269	21	2.2	21	92	0	76	57	12	29	0	1.36
19005389--19005454	34	1.9	34	81	6	80	19	18	13	48	1.81
19009472--19009638	84	2.0	85	84	1	219	25	14	19	40	1.90
19012263--19012300	20	1.9	20	100	0	76	39	18	10	31	1.85
19021230--19021284	27	2.0	27	92	0	92	32	25	9	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19022604--19022655	22	2.4	22	96	3	97	5	48	13	32	1.66
19035477--19035505	12	2.4	12	100	0	58	65	0	34	0	0.93
19036548--19036593	20	2.3	20	85	7	58	73	2	15	8	1.16
19045695--19045888	95	2.0	95	90	2	300	30	12	11	45	1.78
19050256--19050296	18	2.3	18	91	0	64	31	26	19	21	1.97
19068028--19068090	12	5.2	12	76	14	58	63	0	34	1	1.04
19068025--19068090	24	2.7	23	79	9	69	62	0	36	1	1.05
19072818--19072874	24	2.3	25	87	3	80	24	21	24	29	1.99
19072818--19072882	25	2.7	24	87	2	85	26	20	24	29	1.99
19074059--19074207	37	4.0	36	85	3	172	33	32	20	13	1.92
19074064--19074207	74	1.9	74	85	0	198	33	31	21	13	1.93
19077235--19077267	17	1.9	17	93	0	57	18	27	15	39	1.90
19090371--19090458	44	2.0	45	88	2	133	20	14	34	30	1.93
19090602--19091074	189	2.5	189	85	2	635	25	26	16	31	1.97
19090752--19091078	94	3.5	93	71	6	282	25	27	15	30	1.96
19091209--19092120	49	18.7	49	80	2	850	20	26	16	36	1.94
19092568--19092772	112	1.8	112	88	0	311	39	11	19	30	1.86
19093082--19093142	7	8.6	7	77	10	52	1	16	1	80	0.88
19093076--19093135	22	2.8	21	80	5	66	1	20	1	76	0.96
19094772--19094820	21	2.5	19	80	9	55	69	0	10	20	1.17
19095820--19095861	14	2.9	14	82	3	57	0	11	14	73	1.09
19100260--19100355	12	7.9	13	67	26	50	56	2	3	38	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19100276--19100368	37	2.5	37	80	16	104	55	1	2	40	1.19
19100269--19100353	17	5.1	17	69	26	58	55	1	2	41	1.20
19115265--19115301	18	2.0	19	89	5	58	48	13	5	32	1.65
19116164--19116198	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
19122900--19122935	18	1.9	19	88	5	56	8	2	52	36	1.46
19123495--19123557	30	2.1	31	90	3	101	47	3	0	49	1.17
19126708--19126741	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19131512--19131612	36	2.8	36	87	3	132	38	15	23	21	1.92
19144548--19144605	17	3.4	17	72	25	50	13	20	10	55	1.68
19145429--19145467	21	1.9	21	89	5	62	25	17	15	41	1.89
19152386--19152460	36	2.1	36	97	0	141	44	4	29	22	1.71
19152787--19152862	37	2.1	37	89	0	116	22	18	31	27	1.97
19153809--19153857	17	2.9	17	81	0	53	44	14	24	16	1.84
19154536--19154560	12	2.1	12	100	0	50	8	28	0	64	1.22
19157600--19157675	37	2.1	37	82	9	93	26	14	25	34	1.94
19157651--19157722	37	1.9	37	97	0	135	22	16	30	30	1.96
19160904--19160969	22	3.0	22	100	0	132	27	18	13	40	1.88
19180263--19180313	24	2.1	24	92	0	84	31	21	21	25	1.98
19184594--19184647	26	2.1	26	89	0	81	29	22	22	25	1.99
19184651--19184722	38	1.9	38	85	2	101	33	11	23	31	1.90
19188664--19188718	26	2.1	26	93	0	92	29	23	21	25	1.99
19188829--19188899	36	2.0	36	85	0	97	28	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19199194--19199227	15	2.3	15	89	0	50	64	2	29	2	1.22
19199641--19199681	17	2.4	18	80	19	52	17	21	14	46	1.84
19203494--19203832	53	6.5	52	85	3	387	27	14	20	37	1.92
19203494--19203832	103	3.2	104	84	3	371	27	14	20	37	1.92
19204570--19204618	21	2.3	20	82	6	53	32	12	24	30	1.92
19205487--19205812	23	14.4	23	82	6	398	46	13	4	34	1.64
19205650--19205810	85	1.9	85	88	0	241	47	13	5	34	1.66
19205676--19205800	62	2.0	62	88	0	187	48	14	4	32	1.64
19205696--19205777	39	2.1	39	88	0	119	48	15	6	29	1.69
19215033--19215078	24	1.9	23	86	8	65	56	6	2	34	1.37
19216832--19216875	18	2.4	19	81	14	56	22	2	11	63	1.38
19217435--19217516	16	4.7	18	70	11	55	19	2	31	46	1.63
19218546--19218607	31	2.0	31	93	0	106	32	14	30	22	1.94
19219834--19219998	85	1.9	86	87	3	244	36	23	19	21	1.95
19221790--19221816	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
19223075--19223114	20	2.0	20	90	0	62	37	15	0	47	1.45
19223810--19223989	72	2.5	71	83	3	209	32	25	18	22	1.97
19225695--19225729	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
19225695--19225727	17	1.9	17	100	0	66	48	0	0	51	1.00
19229517--19229566	18	2.8	18	76	11	57	44	16	8	32	1.76
19231110--19231159	14	3.8	13	87	10	66	48	2	8	42	1.44
19235640--19235700	30	2.0	30	100	0	122	22	16	6	54	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19236434--19236527	35	2.7	35	91	0	143	26	15	17	40	1.89
19238955--19238984	15	2.0	15	93	0	51	23	6	30	40	1.80
19239263--19239321	27	2.2	27	87	0	82	35	20	15	28	1.93
19239272--19239342	27	2.6	27	86	0	97	28	23	16	30	1.97
19240461--19240497	19	1.9	19	94	0	65	35	24	2	37	1.70
19241983--19242044	29	2.1	30	87	3	90	40	9	24	25	1.85
19246657--19246709	26	2.0	26	100	0	106	15	33	18	32	1.92
19249536--19249597	30	2.1	30	87	6	90	45	6	19	29	1.75
19250426--19250492	28	2.3	31	79	10	77	25	7	13	53	1.65
19250613--19250658	16	2.8	16	80	3	56	63	0	0	36	0.95
19250806--19250863	8	6.9	8	79	14	55	67	1	3	27	1.17
19250806--19250863	17	3.4	16	83	11	55	67	1	3	27	1.17
19251900--19251951	27	2.0	27	84	3	70	53	5	1	38	1.36
19257380--19257418	14	2.8	14	84	0	51	7	25	2	64	1.33
19257557--19257850	136	2.2	135	85	4	380	17	15	17	50	1.79
19259199--19259249	24	2.1	24	88	0	75	27	21	21	29	1.99
19259232--19259281	25	2.0	26	88	4	75	24	16	26	34	1.95
19259962--19260021	21	2.8	21	74	2	66	25	20	23	31	1.98
19262291--19262323	13	2.4	14	95	5	59	18	3	6	72	1.18
19268336--19268396	23	2.7	22	75	5	59	44	4	1	49	1.33
19269324--19269557	41	5.7	41	78	8	233	38	14	24	21	1.92
19269320--19269557	83	2.9	81	80	9	257	38	15	24	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19269299--19269566	124	2.2	124	84	4	353	37	16	23	22	1.93
19270102--19270271	42	4.0	42	75	9	166	26	25	18	29	1.98
19276392--19276503	36	3.3	34	69	21	99	41	0	13	43	1.50
19276559--19276755	92	2.2	90	89	3	297	43	1	5	50	1.33
19276651--19276956	120	2.6	120	91	1	490	44	1	4	50	1.29
19276474--19276875	211	1.9	208	88	3	601	43	1	5	49	1.35
19276809--19276847	16	2.4	16	82	0	51	53	2	0	43	1.14
19277015--19277090	28	2.6	28	93	4	125	42	1	3	52	1.28
19278982--19279024	23	1.9	22	95	4	77	20	4	37	37	1.74
19279036--19279145	50	2.2	50	91	0	175	28	1	46	23	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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