genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2702496--2702545	16	3.2	16	73	21	61	36	0	4	60	1.16
2708473--2708589	60	2.0	60	100	0	234	32	23	9	35	1.87
2716853--2716895	3	14.3	3	85	0	59	62	2	32	2	1.20
2717691--2717724	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2721072--2721102	15	2.0	16	93	6	55	32	0	0	67	0.91
2722053--2722088	17	2.1	17	89	0	54	41	22	8	27	1.82
2722355--2722391	3	12.3	3	94	0	65	62	0	2	35	1.10
2725767--2725835	35	1.9	35	85	2	93	15	17	26	40	1.89
2731712--2731886	23	7.5	23	84	7	228	10	22	22	43	1.84
2731715--2731934	71	3.1	68	82	8	239	11	24	21	42	1.85
2731711--2731886	94	1.9	92	88	6	266	10	23	22	43	1.85
2734897--2734967	35	2.0	35	97	0	133	29	8	14	47	1.73
2755528--2755577	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2761405--2761481	41	1.9	41	97	2	147	53	5	14	27	1.62
2765054--2765094	21	2.0	22	85	9	59	34	21	7	36	1.82
2767373--2767491	57	2.1	58	93	1	204	47	21	0	31	1.57
2776089--2776127	17	2.5	15	84	12	51	20	0	0	79	0.73
2776089--2776131	10	4.1	10	80	11	50	18	0	0	81	0.69
2779725--2779758	15	2.4	15	90	9	54	61	0	0	38	0.96
2788013--2788071	31	1.9	30	86	3	82	77	0	10	11	0.98
2789800--2789858	29	2.0	30	90	9	95	47	16	8	27	1.76
2789804--2789879	29	2.5	29	83	10	82	43	17	9	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2791854--2791897	9	4.6	9	78	15	52	63	0	0	36	0.95
2807847--2807893	14	3.4	14	85	5	60	40	19	2	38	1.63
2807854--2807913	14	4.1	14	77	8	57	31	20	3	45	1.67
2812491--2812544	27	2.0	27	96	0	99	48	11	5	35	1.62
2812715--2812778	2	32.5	2	84	9	78	42	0	6	51	1.27
2812715--2812779	24	2.7	24	86	9	96	41	0	7	50	1.31
2813931--2813960	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
2821318--2821371	28	2.0	27	82	10	65	29	1	3	64	1.21
2821543--2821597	22	2.5	22	80	14	60	65	3	3	27	1.26
2824345--2824799	229	2.0	229	92	0	757	36	12	15	35	1.85
2841980--2842037	29	2.0	29	83	6	73	58	3	3	34	1.32
2841980--2842049	31	2.3	31	81	13	76	58	4	2	34	1.32
2851898--2852062	86	1.9	86	86	1	233	30	10	9	49	1.69
2852431--2852693	131	2.0	132	89	2	404	23	21	18	36	1.95
2871092--2871150	11	5.2	11	88	8	91	18	8	0	72	1.09
2871078--2871115	19	1.9	19	89	5	58	23	10	2	63	1.39
2876636--2876667	14	2.4	14	94	5	57	68	0	6	25	1.12
2877763--2877808	25	1.9	23	86	8	65	54	2	4	39	1.32
2879656--2879843	92	2.1	92	88	3	283	33	11	11	43	1.78
2885883--2886111	115	2.0	115	95	1	415	49	18	12	19	1.78
2886193--2886326	24	5.6	24	91	0	205	51	8	12	27	1.68
2891256--2891312	29	1.9	29	92	3	96	35	7	3	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2893157--2893308	59	2.6	59	90	2	243	33	4	31	30	1.78
2893164--2893308	30	4.9	28	74	25	115	34	3	30	31	1.74
2894498--2894920	29	14.5	29	68	21	208	36	3	27	33	1.73
2894493--2894923	59	7.4	59	86	5	540	35	3	28	32	1.74
2895051--2895390	161	2.1	161	91	1	556	43	14	16	25	1.85
2896750--2896788	20	2.0	20	85	10	53	15	12	48	23	1.79
2896952--2897016	17	4.0	17	78	11	73	53	0	4	41	1.21
2896965--2897035	11	6.5	11	72	15	58	56	0	4	39	1.19
2896936--2897033	31	3.3	29	81	6	99	53	0	4	42	1.20
2897384--2897949	37	15.5	37	71	16	378	30	18	15	35	1.92
2897325--2897956	74	8.6	74	89	4	808	30	18	15	35	1.92
2897801--2897912	31	3.4	31	74	13	125	28	20	15	35	1.93
2906824--2907278	29	15.5	31	65	16	177	36	4	27	31	1.77
2906817--2907309	59	8.4	59	86	3	638	35	4	27	31	1.78
2907281--2907409	30	4.4	29	80	10	111	34	3	25	36	1.74
2909005--2909123	6	20.2	6	75	12	95	48	2	0	48	1.14
2909037--2909123	17	5.4	17	78	13	85	54	3	0	42	1.17
2909035--2909123	11	7.8	11	77	15	83	53	3	0	42	1.17
2909399--2910126	68	10.5	68	92	5	1185	27	21	17	33	1.96
2909416--2910126	209	3.4	210	95	2	1251	27	21	18	33	1.96
2909399--2910106	277	2.5	279	93	4	1188	27	21	17	33	1.96
2922047--2922536	59	8.4	59	87	2	648	34	5	28	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2922047--2922536	117	4.2	117	87	2	662	34	5	28	31	1.79
2922195--2922477	29	9.7	29	67	11	157	36	4	27	31	1.78
2922495--2922591	30	3.3	29	78	5	97	36	2	24	37	1.68
2922047--2922594	59	9.4	56	81	9	446	35	5	27	32	1.79
2922692--2923005	162	1.9	162	88	2	470	45	13	15	25	1.82
2922738--2923088	162	2.2	161	80	5	395	48	13	15	22	1.80
2924175--2924230	15	3.8	15	77	20	64	12	10	55	21	1.67
2924376--2924495	6	20.2	6	73	13	88	48	2	0	49	1.14
2924408--2924495	17	5.4	17	78	10	85	53	3	0	43	1.17
2928901--2929389	58	8.4	58	87	5	600	36	3	27	32	1.73
2928899--2929386	29	16.7	29	69	19	232	36	3	27	32	1.74
2928901--2929389	117	4.2	118	87	5	658	36	3	27	32	1.73
2928906--2929389	176	2.8	176	91	3	773	36	3	27	33	1.72
2929520--2929858	162	2.1	162	89	0	516	44	12	15	26	1.83
2930727--2930756	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2931424--2931490	17	4.1	17	77	11	68	53	0	4	41	1.21
2931583--2931685	31	3.5	29	69	15	86	37	1	26	33	1.68
2931555--2931893	59	5.7	59	87	7	456	34	2	28	35	1.69
2931555--2931893	122	2.9	118	86	7	456	34	2	28	35	1.69
2931582--2931893	30	10.5	30	66	17	150	34	1	28	35	1.67
2933885--2933975	11	8.5	11	75	9	62	50	1	3	45	1.25
2933877--2933965	6	15.0	6	74	18	71	49	0	3	47	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2933894--2933965	31	2.2	32	90	4	110	54	0	4	41	1.20
2933894--2933965	17	4.5	17	84	11	98	54	0	4	41	1.20
2935542--2935570	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2935673--2935870	76	2.7	75	88	6	289	31	19	15	34	1.92
2953979--2954441	59	7.9	59	92	0	730	34	5	28	31	1.80
2954427--2954530	30	3.5	27	75	17	82	35	2	24	37	1.70
2954623--2954950	161	2.0	162	85	5	450	46	13	14	25	1.82
2954674--2955023	161	2.2	160	81	6	404	49	13	14	22	1.78
2955719--2955768	25	2.0	25	88	0	73	52	2	2	44	1.24
2956236--2956275	20	2.0	21	90	5	64	17	17	45	20	1.86
2956435--2956548	6	19.2	6	72	14	76	48	2	0	49	1.15
2956469--2956552	11	7.2	12	72	20	63	55	4	0	39	1.21
2956471--2956520	25	2.0	25	88	0	73	54	4	0	42	1.19
2956464--2956527	31	2.1	31	91	5	103	53	3	0	43	1.16
2956465--2956535	17	4.4	16	79	16	85	54	2	0	42	1.14
2957933--2957994	28	2.2	27	83	11	72	27	8	30	33	1.86
2957976--2958136	30	5.5	30	71	23	137	34	3	30	31	1.75
2958005--2958170	30	5.7	29	66	22	89	33	3	30	33	1.73
2957974--2958171	59	3.4	59	90	3	319	33	3	29	33	1.73
2958581--2958623	21	2.0	21	86	0	59	76	18	0	4	0.95
2958826--2958945	58	2.1	58	89	6	181	34	0	19	45	1.56
2959161--2959205	23	2.0	23	86	0	63	35	20	13	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2962059--2962108	15	3.2	15	80	8	55	34	2	0	64	1.05
2966652--2967025	59	6.3	58	88	2	507	34	2	29	33	1.70
2966933--2967029	29	3.3	29	68	13	81	34	2	29	34	1.69
2968886--2968961	17	4.5	17	71	22	61	50	5	2	42	1.39
2972806--2972848	23	1.9	23	90	4	70	44	11	0	44	1.40
2974989--2975014	12	2.2	12	100	0	52	38	15	7	38	1.76
2977198--2977262	31	2.2	31	82	15	84	21	18	10	49	1.78
2977347--2977412	20	3.2	21	68	23	68	65	4	16	13	1.43
2977342--2977422	40	2.0	40	100	0	162	62	4	14	17	1.48
2977345--2977413	19	3.5	20	73	23	74	65	4	17	13	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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