genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

This is table  3  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691281--691324	12	3.8	11	83	16	54	11	13	0	75	1.06
691281--691324	24	1.9	22	86	9	61	11	13	0	75	1.06
691305--691342	17	2.4	16	84	16	53	5	10	2	81	0.94
692274--692327	6	9.3	6	83	4	67	77	0	5	16	0.94
692273--692327	28	2.0	28	89	7	85	76	0	5	18	0.97
692276--692326	16	2.9	18	88	11	79	76	0	5	17	0.98
692273--692327	22	2.4	22	87	6	74	76	0	5	18	0.97
692337--692381	10	4.6	10	86	5	65	15	2	6	75	1.11
692338--692381	9	4.7	9	81	10	52	15	2	6	75	1.12
696292--696337	23	1.9	23	86	8	65	56	4	2	36	1.31
698281--698328	11	4.2	12	80	17	50	70	0	6	22	1.09
698279--698321	21	2.0	22	86	4	61	72	0	4	23	1.04
698302--698331	12	2.6	11	90	10	51	73	0	10	16	1.09
703856--704015	30	5.4	30	84	6	157	33	3	25	38	1.72
703875--704015	59	2.4	58	84	7	169	35	2	24	38	1.67
703875--704015	30	4.8	28	84	6	165	35	2	24	38	1.67
704334--704371	20	1.9	20	100	0	76	44	23	5	26	1.74
704395--704469	37	2.0	37	100	0	150	32	20	18	29	1.96
705821--705892	6	12.2	6	71	19	53	52	4	0	43	1.20
705824--705879	24	2.3	24	84	0	67	50	5	0	44	1.25
705861--705909	18	2.7	17	90	9	71	53	0	2	44	1.12
705842--705892	24	2.1	24	96	0	93	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721484--721513	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
724856--727060	883	2.5	882	91	1	3513	34	18	13	34	1.89
727782--728219	213	2.1	213	88	1	644	28	26	15	29	1.96
733026--733071	23	1.9	23	86	8	65	56	4	2	36	1.31
735014--735062	21	2.3	21	89	0	71	73	0	2	24	0.94
735019--735060	16	2.6	16	85	14	59	76	0	2	21	0.90
735824--735865	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
740437--740574	61	2.3	58	80	6	150	39	4	23	31	1.75
740530--740748	30	7.6	29	70	17	120	35	3	25	36	1.74
740570--740757	30	6.4	30	73	11	149	34	2	24	38	1.70
740531--740757	57	3.9	56	76	13	185	35	3	25	36	1.73
745979--746421	213	2.1	213	88	1	665	26	27	16	30	1.97
745990--746482	213	2.3	213	85	4	629	25	27	17	30	1.97
750687--751124	213	2.1	213	88	1	664	26	27	16	29	1.97
750693--751185	213	2.3	213	85	4	629	25	27	17	30	1.97
755385--755827	213	2.1	213	88	1	665	26	27	16	30	1.97
755396--755888	213	2.3	213	85	4	629	25	27	17	30	1.97
760088--760530	213	2.1	213	88	1	665	26	27	16	30	1.97
760099--760591	213	2.3	213	85	4	629	25	27	17	30	1.97
764791--765233	213	2.1	213	88	1	665	26	27	16	30	1.97
764802--765294	213	2.3	213	85	4	629	25	27	17	30	1.97
768392--768526	40	3.4	38	73	12	96	30	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768424--768527	37	2.7	38	76	5	93	31	26	19	22	1.97
769319--769370	25	2.1	24	86	10	70	5	17	1	75	1.10
774516--774650	40	3.4	38	73	12	96	30	28	20	21	1.98
774548--774651	37	2.7	38	76	5	93	31	26	19	22	1.97
777905--778347	213	2.1	213	87	1	647	26	27	16	29	1.97
777916--778408	213	2.3	213	84	4	611	25	27	16	30	1.97
782608--783050	213	2.1	213	88	1	656	26	27	16	30	1.97
782619--783111	213	2.3	213	85	4	620	25	27	16	30	1.97
784053--784080	10	2.8	10	100	0	56	0	10	17	71	1.14
788679--788759	30	2.7	30	77	16	87	49	0	2	48	1.14
788679--788774	33	3.1	31	75	15	83	50	1	2	46	1.20
789648--789730	34	2.4	34	87	0	112	39	9	10	39	1.73
792608--792667	30	2.0	30	96	0	111	26	16	18	38	1.92
801496--801853	121	2.9	120	86	4	455	25	15	24	34	1.94
803587--803660	29	2.4	29	83	16	89	51	6	5	36	1.51
827139--827175	5	7.2	5	93	6	65	0	0	56	43	0.99
828538--828580	21	2.2	20	83	8	52	69	0	6	23	1.12
842577--842607	12	2.6	12	94	0	53	25	3	0	70	1.02
857136--857174	20	2.0	20	84	0	51	43	2	0	53	1.14
858486--858557	35	2.1	35	91	0	117	38	15	11	34	1.83
875841--875870	12	2.5	12	100	0	60	30	6	20	43	1.77
877829--877863	3	11.7	3	93	0	61	0	62	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877896--878130	78	3.0	78	89	0	362	31	24	21	22	1.98
885638--885688	18	2.8	17	80	19	50	66	1	3	27	1.20
887081--887460	122	3.2	121	82	10	460	20	15	22	41	1.90
891190--891243	6	9.0	6	97	0	81	33	11	50	5	1.61
891818--891846	6	4.8	6	100	0	58	0	17	51	31	1.45
891524--891895	180	2.0	182	93	4	642	15	20	30	34	1.93
894451--894488	20	1.9	20	84	10	51	23	15	18	42	1.89
901019--901078	29	2.1	29	87	0	84	41	0	1	56	1.09
912141--912173	15	2.2	15	89	10	50	54	0	3	42	1.15
917554--917585	6	5.3	6	100	0	64	84	0	15	0	0.63
926235--926268	3	11.0	3	93	6	59	2	32	0	64	1.08
926181--926357	88	2.0	90	94	2	313	36	22	4	36	1.75
928497--928700	92	2.2	91	80	6	216	23	12	18	46	1.82
935559--935593	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
943490--943523	17	1.9	17	88	5	50	32	0	5	61	1.20
944321--944400	31	2.6	30	78	9	90	50	11	7	31	1.66
954639--954687	22	2.1	24	85	14	68	67	4	18	10	1.36
954655--954687	16	2.0	17	88	5	50	72	0	18	9	1.10
961185--961219	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
961491--961636	74	2.0	73	91	2	240	37	10	7	44	1.67
962266--962296	15	2.1	15	100	0	62	25	12	48	12	1.77
964296--964366	34	2.1	34	89	0	106	56	5	4	33	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
974976--975022	18	2.7	18	75	18	55	38	0	4	57	1.18
977421--977524	42	2.6	38	81	11	136	49	10	11	28	1.72
977464--977522	19	3.0	20	68	9	59	52	10	8	28	1.64
980654--980687	17	1.9	18	88	5	52	73	8	2	14	1.19
984788--984825	15	2.6	15	87	4	51	42	0	21	36	1.53
985060--985159	38	2.5	41	73	11	100	22	19	28	31	1.97
988651--988724	35	2.1	35	84	0	94	41	18	16	22	1.89
989290--989325	14	2.6	13	87	12	54	13	5	36	44	1.68
989370--989411	15	2.9	15	80	16	52	19	0	28	52	1.46
989401--989437	19	1.9	19	94	0	65	8	0	40	51	1.32
989719--990251	126	4.0	126	77	12	459	31	22	19	26	1.97
989893--990270	139	2.7	140	81	7	446	32	23	19	25	1.98
993980--994018	17	2.3	17	90	0	60	20	12	20	46	1.83
994008--994103	41	2.3	41	92	0	156	30	7	27	35	1.84
997657--997690	16	2.0	18	88	11	54	32	5	0	61	1.20
1001371--1001634	87	3.0	87	88	3	388	29	20	28	21	1.98
1004686--1005161	59	8.1	59	88	4	653	35	3	28	33	1.73
1004974--1005134	29	5.4	29	68	19	109	36	1	27	34	1.68
1005137--1005217	28	2.9	28	75	17	71	34	8	22	34	1.85
1005897--1005939	22	1.9	23	90	4	70	2	16	4	76	1.05
1006938--1007012	31	2.5	28	89	8	105	52	0	4	44	1.20
1006907--1007012	6	17.2	6	76	14	92	46	0	4	49	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1006954--1007004	11	4.8	11	76	9	52	52	0	5	41	1.25
1006948--1007021	17	4.6	17	83	11	93	54	1	4	40	1.28
1006941--1007014	37	2.0	37	86	5	105	52	0	4	43	1.20
1007308--1007992	76	9.0	76	95	0	1147	31	18	15	34	1.93
1007637--1008334	342	2.0	342	100	0	1396	30	18	16	34	1.92
1007979--1008393	76	5.5	76	94	0	690	31	18	15	34	1.92
1007714--1008296	266	2.2	265	92	3	949	31	18	15	35	1.92
1020469--1020798	29	11.3	28	64	19	104	34	3	28	33	1.73
1020466--1020824	59	6.2	58	86	4	467	33	2	29	33	1.72
1020486--1020824	117	2.9	117	88	3	495	34	2	29	33	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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