genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21602506--21602584	40	2.0	40	82	5	97	29	30	15	25	1.96
21607679--21608046	123	3.0	122	91	2	558	39	10	7	43	1.67
21608060--21608088	7	4.1	7	100	0	58	58	0	0	41	0.98
21607859--21608306	121	3.8	118	79	12	432	41	8	6	42	1.62
21608074--21608318	107	2.3	106	89	0	355	43	8	5	42	1.58
21608096--21608318	106	2.1	107	90	0	349	43	8	5	43	1.58
21609217--21611212	215	9.4	214	78	8	1840	40	13	17	28	1.87
21610153--21611212	431	2.5	429	85	5	1437	41	13	17	27	1.87
21611267--21611292	13	2.0	13	100	0	52	23	30	7	38	1.83
21611566--21611607	9	4.7	9	80	11	50	14	11	0	73	1.09
21611528--21611608	38	2.2	37	81	2	99	14	12	1	71	1.20
21612886--21612942	18	3.1	18	75	5	60	42	12	12	33	1.80
21615605--21615657	22	2.3	23	87	9	72	18	11	1	67	1.30
21615619--21615663	22	2.1	21	88	12	65	22	11	0	66	1.22
21615671--21615703	10	3.5	10	92	8	52	9	6	0	84	0.76
21615671--21615712	18	2.3	19	88	12	61	9	9	0	80	0.89
21615670--21615712	8	4.8	9	83	16	54	11	9	0	79	0.95
21616908--21617063	50	3.1	50	78	10	156	35	11	16	35	1.85
21617259--21617291	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
21617438--21618138	214	3.3	209	80	7	743	27	18	12	41	1.87
21617438--21618138	213	3.3	216	81	6	770	27	18	12	41	1.87
21617970--21618273	166	1.8	167	86	0	439	26	17	12	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21618136--21689216	216	329.6	215	75	9	45756	27	19	13	39	1.89
21618136--21639210	428	49.0	427	78	7	19914	27	19	13	39	1.89
21623398--21623803	200	2.0	199	84	4	523	25	19	13	41	1.89
21623598--21639210	215	72.5	216	78	6	14458	26	19	13	39	1.89
21639699--21639733	18	1.9	18	88	11	54	68	5	0	25	1.11
21641375--21641523	50	2.9	50	77	11	169	36	12	16	35	1.85
21641567--21641593	11	2.5	11	100	0	54	29	18	14	37	1.91
21641725--21641757	17	1.9	17	88	11	50	66	3	0	30	1.06
21643156--21643212	27	2.2	26	80	17	66	17	10	3	68	1.33
21643196--21643229	9	3.8	9	100	0	68	11	8	0	79	0.94
21644442--21644590	50	2.9	50	78	11	169	36	12	16	34	1.86
21644964--21645638	214	3.2	216	81	5	707	28	18	12	39	1.88
21645496--21645834	165	2.0	166	85	2	448	27	17	12	42	1.85
21618136--21689561	861	83.1	850	79	8	46950	27	19	13	39	1.89
21689895--21692213	216	10.9	213	79	7	2219	40	13	18	27	1.88
21689938--21692213	429	5.3	426	78	8	2236	40	13	18	27	1.88
21689936--21692723	645	4.4	639	78	7	2579	40	13	18	28	1.87
21692266--21692655	215	1.8	215	83	4	518	41	11	17	30	1.84
21692721--21695292	215	12.0	214	80	5	2557	40	13	18	27	1.88
21692721--21697146	644	6.9	640	80	6	4322	40	13	18	27	1.88
21695122--21695478	182	1.9	183	92	1	590	42	12	19	25	1.87
21695303--21697146	216	8.6	214	84	3	2122	40	13	18	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21697440--21700508	215	14.3	214	81	5	3145	40	13	18	28	1.88
21702220--21702255	19	1.9	19	88	5	56	8	13	2	75	1.15
21704039--21704561	216	2.4	214	85	3	685	42	12	18	26	1.86
21705513--21705639	32	4.0	32	93	0	218	37	21	11	29	1.89
21708505--21708576	29	2.6	26	82	12	81	68	0	15	16	1.22
21708503--21708581	30	2.7	29	80	7	88	67	0	15	17	1.24
21708503--21708576	27	2.6	28	82	6	87	67	0	16	16	1.23
21709491--21709554	21	3.1	21	74	17	62	64	0	25	10	1.26
21709935--21712910	216	13.9	215	81	5	3091	41	14	17	26	1.88
21710746--21714593	216	18.0	213	78	8	3460	41	14	17	27	1.88
21709940--21714607	430	11.0	430	80	6	4998	41	14	17	27	1.88
21712909--21714607	215	7.9	216	83	4	1902	41	14	17	27	1.88
21718831--21718869	14	2.9	13	85	7	51	2	28	0	69	1.02
21718853--21718909	31	1.9	28	86	10	78	5	28	0	66	1.13
21720920--21720956	15	2.5	15	95	0	65	18	10	2	67	1.32
21720920--21720958	14	2.7	15	92	4	62	20	12	2	64	1.40
21721988--21722116	69	1.9	69	95	1	233	38	19	12	29	1.88
21722553--21724894	216	10.9	216	84	3	2763	40	14	17	27	1.88
21722552--21724885	647	3.6	646	86	3	2966	40	13	17	27	1.88
21729925--21729972	19	2.6	17	84	15	60	8	12	2	77	1.08
21730095--21732542	216	11.3	215	83	4	2739	40	13	17	27	1.88
21730095--21733048	433	6.9	430	83	5	3101	40	13	17	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21730095--21733047	649	4.6	641	81	5	3214	40	13	17	28	1.88
21732538--21733048	217	2.4	215	80	8	553	40	12	17	29	1.86
21734490--21734534	18	2.6	17	80	16	56	11	13	2	73	1.19
21736353--21736382	15	2.0	15	93	0	51	30	0	16	53	1.44
21737585--21737686	27	3.8	27	79	13	104	25	16	20	37	1.93
21738842--21738867	8	3.2	8	100	0	52	42	23	11	23	1.86
21741577--21741623	20	2.2	23	85	11	64	19	0	10	70	1.16
21742388--21742457	27	2.5	28	79	9	79	44	10	5	40	1.62
21742731--21742759	13	2.2	13	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21742712--21742797	37	2.3	37	86	6	111	52	3	1	43	1.26
21742746--21742811	31	2.1	31	83	10	82	46	3	1	48	1.26
21745248--21745272	4	6.2	4	100	0	50	0	0	48	52	1.00
21747843--21747899	21	2.7	23	76	20	61	36	5	3	54	1.40
21752277--21752301	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
21752910--21752983	28	2.6	28	77	10	69	63	4	1	31	1.21
21752897--21753011	24	5.1	22	66	20	60	65	4	0	29	1.18
21753379--21753447	33	2.2	33	94	5	124	40	5	2	50	1.41
21753653--21753699	18	2.4	18	86	10	58	40	0	2	57	1.11
21756052--21756257	34	5.9	34	67	15	118	30	22	23	23	1.99
21756017--21756214	108	1.8	109	90	1	317	31	23	21	23	1.98
21760185--21760240	24	2.3	24	90	0	85	5	21	5	67	1.31
21761870--21761908	20	2.0	20	90	5	62	12	12	0	74	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21764842--21764897	24	2.3	24	90	0	85	5	17	5	71	1.24
21779163--21779206	19	2.5	18	89	10	65	15	20	11	52	1.74
21780757--21780871	25	4.6	25	84	1	158	22	18	26	32	1.97
21780757--21780927	25	6.7	25	78	6	128	24	18	25	31	1.97
21789817--21789859	21	2.0	22	82	13	54	48	4	16	30	1.66
21805082--21805130	25	2.0	25	88	8	73	30	6	10	53	1.59
21807634--21807687	21	2.5	20	80	11	63	44	9	18	27	1.80
21813018--21813054	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
21820106--21820141	18	2.1	18	89	5	56	44	0	25	30	1.54
21820441--21820477	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
21823646--21823673	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
21838767--21838831	28	2.2	30	86	8	89	44	0	0	55	0.99
21838827--21838897	25	2.9	25	66	24	60	50	4	2	42	1.36
21838882--21838934	19	3.2	17	78	17	58	54	1	0	43	1.11
21840150--21840203	21	2.6	21	85	5	65	22	22	16	38	1.93
21841991--21842178	51	3.6	51	83	5	225	31	14	25	28	1.94
21849209--21849396	51	3.6	51	82	5	216	31	13	25	29	1.94
21851316--21851421	56	1.9	56	88	0	158	31	23	16	28	1.97
21862093--21862146	24	2.2	25	78	15	60	44	1	11	42	1.50
21865877--21865923	21	2.3	20	82	10	60	63	8	4	23	1.40
21865993--21866129	61	2.3	60	83	5	168	29	2	29	38	1.69
21865947--21866129	30	6.1	30	73	3	134	31	3	27	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21867452--21867511	30	2.0	30	90	0	93	20	20	15	45	1.86
21867564--21867710	39	3.7	40	78	11	178	26	14	25	33	1.95
21867803--21867933	50	2.6	50	81	0	145	22	23	19	33	1.97
21870575--21870751	52	3.4	52	84	3	230	32	24	15	28	1.95
21878214--21878555	52	6.7	52	80	6	353	30	23	17	27	1.97
21882825--21882893	31	2.2	31	82	7	86	46	10	17	26	1.79
21884359--21884396	20	1.9	20	94	0	67	23	42	21	13	1.88
21884860--21884927	13	5.2	13	82	8	66	20	22	17	39	1.92
21890674--21890708	5	6.6	5	90	9	52	20	0	2	77	0.90
21892160--21892229	35	2.0	35	100	0	140	51	5	14	28	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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