genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21892275--21892360	29	3.0	30	80	10	81	34	3	19	41	1.69
21892275--21892331	30	1.9	29	85	3	78	33	3	21	42	1.70
21893314--21893355	17	2.4	18	80	15	52	73	0	0	26	0.83
21897535--21897570	18	1.9	19	88	5	56	52	0	0	47	1.00
21897532--21897582	27	2.0	25	84	7	66	54	1	0	43	1.11
21899289--21899360	26	2.8	26	81	10	76	33	19	6	40	1.78
21900376--21900510	30	4.5	30	75	4	130	34	5	22	37	1.77
21904349--21904398	21	2.5	20	80	9	57	38	12	14	36	1.83
21904500--21904534	18	1.9	18	94	0	61	48	22	8	20	1.76
21913733--21913836	41	2.5	41	95	1	181	35	12	24	27	1.91
21915011--21915109	28	3.5	28	71	11	87	52	13	14	20	1.74
21918915--21919017	14	7.3	14	72	13	68	44	29	1	24	1.64
21918919--21919058	21	6.6	21	74	7	70	43	28	2	25	1.69
21918952--21919058	7	15.3	7	70	3	54	42	30	1	24	1.65
21919098--21919143	21	2.2	21	88	0	65	30	4	28	36	1.76
21923116--21923153	19	2.0	19	89	0	58	13	18	0	68	1.21
21926553--21926589	17	2.1	18	90	5	58	27	10	32	29	1.90
21927505--21927535	9	3.4	9	90	0	53	22	12	22	41	1.88
21932600--21932639	21	1.9	21	85	10	55	42	7	0	50	1.30
21933844--21934135	86	3.5	83	86	5	342	33	28	16	21	1.95
21933916--21934135	86	2.6	86	91	0	359	34	28	16	20	1.95
21936436--21936467	16	2.0	16	93	0	55	15	25	25	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21936399--21936700	38	8.0	38	78	4	202	16	21	27	34	1.95
21936411--21936700	76	3.9	76	80	2	291	16	22	26	34	1.95
21936411--21936694	114	2.5	113	79	7	288	16	22	26	34	1.95
21937227--21937254	12	2.3	12	100	0	56	35	21	28	14	1.92
21939772--21939820	20	2.7	18	82	14	64	22	4	6	67	1.30
21940267--21940327	27	2.3	27	91	0	95	40	11	0	47	1.40
21948753--21949259	274	1.8	275	82	6	643	43	6	5	44	1.52
21949478--21949569	47	1.9	48	95	2	168	39	5	6	48	1.52
21956009--21956155	42	3.5	42	80	0	168	21	31	20	26	1.98
21956006--21956165	84	1.9	84	84	0	212	23	32	18	25	1.97
21968346--21968384	20	1.9	21	94	5	71	61	15	10	12	1.56
21970295--21970649	190	1.9	190	93	0	620	22	21	19	36	1.95
21973273--21974613	101	13.3	102	84	3	1502	35	18	18	26	1.94
21973273--21974631	504	2.7	501	83	5	1709	35	18	18	26	1.95
21986581--21986619	17	2.4	17	86	4	53	20	10	12	56	1.65
22000302--22000334	17	1.9	17	93	0	57	42	12	0	45	1.41
22000344--22000378	18	1.9	18	94	0	61	42	20	0	37	1.52
22000552--22000757	82	2.5	82	84	0	270	29	23	17	28	1.97
22002240--22002286	17	2.7	18	83	6	60	53	10	17	19	1.72
22002240--22002293	18	3.1	18	83	5	65	53	11	16	18	1.72
22013472--22013514	10	4.8	9	94	5	54	11	9	0	79	0.95
22013468--22013508	10	4.3	10	93	6	68	14	12	0	73	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22014579--22015010	215	2.0	216	91	2	697	27	16	28	27	1.97
22016291--22016328	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
22017848--22018027	42	4.3	42	87	4	229	37	9	27	25	1.87
22022600--22022895	52	5.7	52	90	0	439	25	14	25	34	1.94
22024612--22024691	42	1.9	42	92	5	135	22	13	21	42	1.88
22027314--22027378	26	2.5	26	84	0	94	27	16	24	30	1.97
22027392--22027430	19	2.1	19	95	0	69	28	15	28	28	1.96
22027442--22027514	35	2.0	37	84	5	96	34	13	26	26	1.93
22035321--22035655	165	2.0	165	88	2	494	38	17	18	26	1.92
22061843--22061890	20	2.3	21	80	16	55	60	2	0	37	1.09
22062389--22062457	29	2.4	28	75	15	68	59	8	0	31	1.28
22062392--22062452	29	2.0	29	84	6	77	57	8	0	34	1.29
22066033--22066066	11	3.1	11	95	0	59	29	26	32	11	1.92
22069359--22069468	30	3.7	30	75	2	96	36	1	23	38	1.66
22070952--22071591	38	16.5	37	73	7	416	24	17	26	30	1.97
22070932--22071591	78	8.5	78	81	4	622	24	18	26	30	1.98
22076393--22076440	25	2.0	24	84	12	62	16	37	2	43	1.60
22082480--22082597	59	2.0	61	84	3	159	27	22	12	36	1.91
22082546--22082734	52	3.6	51	81	2	216	30	23	13	32	1.93
22083442--22083519	38	2.1	38	100	0	156	43	19	12	24	1.86
22086383--22086519	30	4.6	30	80	8	93	43	5	19	31	1.75
22086420--22086533	60	1.9	60	83	3	149	44	5	17	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22086422--22086533	30	3.8	29	85	4	134	44	5	16	33	1.71
22087211--22087244	7	4.6	7	86	13	50	0	26	14	58	1.36
22087211--22087244	16	2.2	16	90	10	54	0	26	14	58	1.36
22088760--22088790	16	2.0	16	93	6	55	64	6	0	29	1.18
22091831--22091875	16	2.6	17	86	6	56	13	2	8	75	1.13
22092021--22092065	13	3.2	14	84	9	65	26	11	2	60	1.42
22092098--22092138	21	2.0	21	90	9	66	17	2	7	73	1.17
22093438--22093498	32	1.9	32	86	6	88	31	24	18	26	1.97
22093616--22093660	15	2.9	16	80	6	56	33	0	8	57	1.30
22093820--22093881	30	2.0	31	87	3	90	48	12	1	37	1.51
22093994--22094090	29	3.4	29	77	8	117	37	6	22	34	1.79
22093992--22094073	28	2.9	28	76	8	94	40	6	21	31	1.78
22094716--22094741	13	2.0	13	100	0	52	7	15	23	53	1.67
22097501--22097556	22	2.5	24	80	16	75	62	0	0	37	0.95
22097736--22097788	21	2.5	22	84	3	72	47	20	1	30	1.61
22100248--22100290	21	2.0	21	90	0	68	30	27	11	30	1.92
22101705--22101895	52	3.7	52	84	0	238	27	14	24	34	1.94
22101705--22101944	52	4.6	51	82	2	201	25	14	25	35	1.94
22101705--22101944	104	2.3	104	80	0	255	25	14	25	35	1.94
22111935--22112180	52	4.7	52	87	0	339	28	15	23	32	1.95
22114688--22114741	20	2.7	20	82	0	63	27	11	31	29	1.91
22117509--22117558	20	2.5	20	80	6	57	28	12	22	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22117782--22117820	20	2.0	20	84	0	51	25	12	28	33	1.93
22132341--22132375	17	2.1	17	100	0	70	34	45	5	14	1.68
22136432--22136530	26	3.8	26	85	1	119	35	11	10	43	1.74
22155693--22155938	52	4.8	52	91	1	388	30	13	21	34	1.92
22178361--22178404	22	2.0	23	91	8	74	0	31	0	68	0.90
22180168--22180215	24	2.0	25	84	12	64	75	6	4	14	1.16
22189462--22189513	21	2.5	21	81	6	61	46	34	9	9	1.69
22196677--22196721	19	2.4	19	96	0	81	24	11	31	33	1.90
22200340--22200685	52	6.7	52	89	2	480	30	13	21	34	1.92
22206582--22206633	21	2.5	21	75	6	52	26	13	26	32	1.94
22207645--22207683	13	2.8	13	88	7	51	38	2	10	48	1.51
22216193--22216217	9	2.8	9	100	0	50	0	12	32	56	1.36
22230956--22231065	52	2.1	53	86	1	150	29	10	9	51	1.66
22234769--22235415	146	4.4	146	89	3	879	45	9	3	42	1.53
22235082--22235298	52	4.3	52	66	16	134	46	8	3	42	1.50
22234769--22235415	147	4.4	150	89	3	895	45	9	3	42	1.53
22237923--22237953	15	2.1	15	100	0	62	54	12	12	19	1.70
22238306--22238444	46	3.0	46	95	2	251	31	0	22	46	1.52
22238896--22238970	20	3.8	20	75	8	66	60	1	1	37	1.14
22248270--22248327	21	2.8	21	76	5	55	48	29	10	12	1.73
22255936--22256176	52	4.7	51	91	2	374	30	14	21	34	1.93
22275725--22275776	21	2.5	21	81	6	61	9	9	34	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22284842--22284889	24	2.0	25	87	4	71	14	4	4	77	1.08
22302256--22302496	52	4.7	52	92	0	376	34	21	14	30	1.92
22316188--22316226	21	1.9	20	85	15	53	56	17	5	20	1.60
22316550--22316593	7	6.1	7	82	12	54	81	0	2	15	0.78
22316557--22316586	13	2.3	13	94	0	51	83	0	0	16	0.65
22316550--22316594	21	2.2	21	92	4	74	80	0	2	17	0.82
22321594--22321653	29	2.0	30	83	3	77	40	20	5	35	1.74
22325228--22325268	14	2.9	14	77	0	55	2	39	2	56	1.26
22335398--22335636	51	4.7	51	86	4	324	33	14	21	29	1.93
22335398--22335636	98	2.4	100	85	3	320	33	14	21	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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