genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25235665--25235836	41	4.2	40	87	8	233	23	23	11	41	1.86
25248201--25248225	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25267508--25267547	13	2.9	13	88	7	53	50	10	0	40	1.36
25269155--25269426	40	6.8	40	85	2	332	31	27	16	24	1.97
25271592--25271655	30	2.2	29	83	8	76	23	9	3	64	1.38
25271738--25271783	6	8.0	6	90	4	60	21	0	0	78	0.76
25271742--25271784	5	8.0	5	89	7	50	23	0	0	76	0.78
25271742--25271783	11	3.8	11	90	0	66	21	0	0	78	0.75
25288922--25288952	6	5.2	6	92	0	53	16	12	51	19	1.76
25291293--25291359	27	2.5	27	87	2	91	20	31	16	31	1.95
25293361--25293429	36	1.9	36	100	0	138	43	5	36	14	1.70
25295918--25296115	50	4.0	50	68	15	140	33	17	20	28	1.96
25301879--25301918	18	2.2	18	86	0	53	42	25	15	17	1.88
25306478--25306657	52	3.5	50	84	6	209	30	14	24	30	1.95
25313945--25313984	18	2.2	18	86	0	53	25	25	2	47	1.64
25315127--25315286	81	2.0	83	93	2	279	29	18	13	39	1.88
25316119--25316303	50	3.8	49	82	6	223	35	21	23	19	1.96
25316498--25316579	42	2.0	42	87	4	121	34	26	14	24	1.94
25318228--25318265	17	2.2	17	100	0	76	47	21	0	31	1.51
25318248--25318483	30	7.8	30	84	6	264	38	25	4	31	1.76
25318277--25318482	91	2.3	92	81	7	267	38	25	4	31	1.77
25326116--25326182	30	2.2	30	91	0	107	37	4	1	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25330004--25330099	41	2.3	41	94	0	165	37	27	6	29	1.81
25333104--25333166	31	2.0	31	100	0	126	26	9	12	50	1.71
25333532--25333601	30	2.3	31	85	7	90	22	14	15	47	1.82
25333843--25334231	192	2.0	194	93	2	674	41	12	17	28	1.86
25341572--25341612	20	2.0	20	86	9	57	39	7	4	48	1.52
25343440--25343475	18	2.0	18	88	0	54	30	13	30	25	1.94
25345222--25345283	30	2.1	30	96	0	115	25	29	9	35	1.88
25348344--25348427	7	12.1	7	83	2	89	27	25	27	20	1.99
25355411--25355469	20	2.9	20	87	5	82	28	23	22	25	1.99
25355412--25355478	21	3.2	21	89	2	100	31	25	19	23	1.98
25355411--25355479	7	10.0	7	74	3	59	30	24	21	23	1.99
25359515--25359598	18	4.6	18	86	1	96	29	26	19	25	1.98
25362081--25362119	21	1.9	21	89	5	62	58	5	7	28	1.47
25362656--25362717	26	2.9	19	70	28	52	70	0	0	29	0.87
25366668--25366791	49	2.5	49	76	7	126	26	19	25	29	1.98
25368144--25368174	12	2.6	12	100	0	62	38	0	16	45	1.47
25370275--25370326	28	1.9	26	84	7	68	38	9	7	44	1.66
25370506--25370579	20	3.4	22	78	17	75	21	1	6	70	1.18
25370514--25370567	17	3.4	16	80	14	58	20	0	7	72	1.08
25385674--25385780	36	2.9	36	85	2	142	38	15	26	19	1.92
25391688--25391922	51	4.6	51	84	1	281	29	15	23	31	1.96
25398917--25399056	51	2.8	51	81	3	158	30	15	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25400141--25400188	24	2.0	24	91	0	78	22	22	27	27	1.99
25403222--25403563	52	6.6	52	90	0	524	25	14	23	36	1.92
25410195--25410486	52	5.6	52	88	2	417	26	13	24	35	1.92
25410195--25410486	156	1.9	156	89	1	460	26	13	24	35	1.92
25411240--25411314	21	3.6	21	78	10	73	30	13	26	29	1.94
25414357--25414406	24	2.1	23	85	3	64	26	20	26	28	1.99
25415435--25415488	21	2.5	22	77	11	60	33	25	11	29	1.91
25417889--25417933	14	3.2	14	100	0	90	6	28	37	26	1.82
25427653--25427756	36	2.9	36	91	1	154	35	14	27	22	1.93
25428920--25428967	21	2.3	21	77	0	51	39	18	14	27	1.90
25431142--25431745	49	12.4	49	72	7	320	41	15	22	21	1.90
25431176--25431538	98	3.7	99	81	5	400	41	15	21	21	1.89
25431417--25431684	146	1.8	146	85	3	378	39	16	23	19	1.91
25431142--25431597	195	2.3	194	74	9	469	41	15	23	20	1.90
25431518--25431794	98	2.8	98	78	3	247	41	15	22	20	1.90
25431319--25431865	244	2.2	243	79	5	559	41	16	21	21	1.90
25431822--25431925	52	2.0	52	83	3	129	46	14	18	21	1.84
25432456--25432522	20	3.5	19	70	15	57	22	2	17	56	1.54
25432515--25432584	25	2.8	24	82	4	77	35	10	7	47	1.65
25432530--25432584	25	2.2	26	87	6	78	36	12	5	45	1.66
25432821--25432860	15	2.7	15	88	0	62	22	5	2	70	1.19
25432960--25433064	41	2.6	40	73	19	103	19	5	4	70	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25432964--25433056	41	2.3	42	82	12	106	19	5	5	69	1.27
25433103--25433143	21	2.0	21	85	9	57	31	2	4	60	1.30
25438868--25438895	14	2.0	14	100	0	56	21	28	7	42	1.79
25449670--25449699	12	2.4	12	94	5	51	30	10	16	43	1.81
25451515--25451540	7	3.7	7	100	0	52	42	42	0	15	1.47
25454515--25454554	21	1.9	21	84	0	53	40	10	12	37	1.77
25460145--25460174	3	10.0	3	100	0	60	66	33	0	0	0.92
25484906--25484956	21	2.4	21	83	0	66	25	1	27	45	1.64
25485088--25485197	46	2.4	46	96	0	202	36	9	26	28	1.87
25485966--25486013	23	2.2	22	85	7	62	12	10	6	70	1.32
25486593--25486649	17	3.3	17	73	11	62	77	0	21	1	0.86
25486593--25486648	11	5.0	11	86	6	60	76	0	21	1	0.87
25486596--25486649	5	9.8	5	77	18	54	77	0	20	1	0.86
25494083--25494117	15	2.4	15	90	4	54	14	14	5	65	1.44
25497095--25497134	11	3.6	11	87	9	55	75	0	22	2	0.93
25497080--25497134	23	2.2	25	84	15	71	72	0	23	3	1.00
25509910--25510045	69	2.0	70	92	1	229	38	20	8	33	1.82
25514181--25514218	20	1.9	20	84	10	51	55	0	26	18	1.43
25517623--25517758	50	2.7	50	83	3	166	31	21	18	28	1.97
25517623--25517763	25	5.6	25	76	2	122	32	21	17	27	1.96
25519020--25519085	3	23.0	3	77	14	68	3	30	0	66	1.06
25520851--25520896	24	1.9	24	82	8	58	73	4	6	15	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25525134--25525179	18	2.6	18	96	0	83	13	21	26	39	1.90
25526458--25526491	18	1.9	17	88	5	50	55	8	11	23	1.63
25532479--25532526	17	2.8	17	83	0	60	50	12	16	20	1.78
25541758--25541874	25	4.6	25	74	3	92	35	28	14	22	1.93
25542591--25542639	25	2.0	25	87	0	71	34	24	20	20	1.96
25548731--25548761	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
25549551--25549609	26	2.3	26	82	2	66	30	23	15	30	1.95
25550339--25550392	21	2.6	21	84	0	63	31	24	14	29	1.95
25551068--25551151	25	3.2	25	77	5	87	38	26	15	20	1.92
25551077--25551162	27	3.3	27	71	9	70	40	24	12	22	1.89
25555056--25555095	19	2.1	19	95	0	71	40	15	25	20	1.90
25556605--25556635	16	2.0	15	93	6	53	51	0	0	48	1.00
25557967--25558110	47	3.0	46	78	13	148	30	2	35	31	1.70
25562637--25562672	15	2.6	13	84	16	54	38	5	16	38	1.72
25562643--25562674	15	2.1	15	100	0	64	40	6	12	40	1.68
25565612--25565665	24	2.2	24	100	0	108	18	27	24	29	1.98
25567952--25567988	14	2.6	14	100	0	74	29	35	10	24	1.89
25573979--25574077	19	5.3	18	71	10	74	38	0	3	58	1.14
25576162--25576276	51	2.3	49	82	7	126	34	23	16	25	1.95
25576162--25576296	49	2.7	51	78	5	143	34	21	17	27	1.95
25577922--25577970	20	2.3	22	83	13	59	14	6	4	75	1.14
25590056--25590088	17	1.9	17	93	0	57	18	18	12	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25604456--25604499	11	4.0	11	90	0	70	2	29	0	68	1.02
25605036--25605083	7	7.3	7	81	13	57	14	25	27	33	1.94
25606115--25606172	19	2.8	20	80	12	57	32	0	5	62	1.18
25611739--25611836	36	2.7	36	93	0	169	35	15	28	20	1.93
25614187--25614221	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
25614238--25614281	18	2.6	17	78	7	54	13	6	4	75	1.17
25624686--25624725	17	2.4	17	82	0	53	20	20	12	47	1.81
25627195--25627224	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
25627191--25627246	22	2.6	22	88	8	80	17	12	0	69	1.18
25637994--25638058	16	4.6	14	75	16	62	64	6	6	23	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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