genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24232353--24232540	86	2.2	86	94	0	322	35	20	25	19	1.96
24232432--24233148	200	3.6	200	88	0	1085	35	20	23	19	1.96
24233515--24233557	17	2.4	18	88	3	61	44	2	2	51	1.27
24233530--24233579	23	2.2	23	85	7	66	40	2	4	54	1.31
24233530--24233561	6	5.5	6	92	7	57	43	0	0	56	0.99
24234309--24234354	19	2.5	19	96	3	85	50	0	4	45	1.21
24234303--24234380	21	3.5	24	75	20	78	51	0	5	43	1.24
24234295--24234321	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
24235425--24235707	29	9.7	29	68	22	150	35	29	1	33	1.67
24235451--24235735	59	4.9	59	87	2	396	34	31	1	32	1.67
24258050--24258090	20	2.0	20	95	0	73	31	19	24	24	1.98
24261606--24261656	26	2.0	26	84	0	66	29	19	23	27	1.98
24270108--24270468	199	1.8	200	87	1	537	27	17	21	32	1.96
24285841--24285880	14	2.8	14	84	3	53	65	0	15	20	1.28
24287390--24288484	560	2.0	560	98	0	2100	28	19	19	33	1.96
24324264--24324450	104	1.8	99	87	7	277	30	10	13	44	1.78
24324363--24324512	57	2.6	58	86	5	187	29	11	16	43	1.82
24324688--24324753	30	2.1	31	83	11	80	45	1	13	39	1.53
24325574--24325730	69	2.3	69	84	0	197	26	24	21	26	1.99
24327132--24327183	21	2.5	21	87	0	77	9	9	36	44	1.70
24333156--24333215	7	8.7	7	77	1	59	36	26	18	18	1.94
24333161--24333224	7	9.1	7	77	0	56	34	26	21	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24333147--24333222	21	3.7	21	80	1	82	38	25	18	18	1.93
24333218--24333266	22	2.2	22	81	0	62	26	24	28	20	1.99
24333281--24333332	21	2.5	21	87	0	77	9	9	36	44	1.70
24334211--24334235	9	2.8	9	100	0	50	20	20	0	60	1.37
24341244--24341304	25	2.5	25	81	2	79	26	21	0	52	1.47
24344801--24344833	17	1.9	17	93	0	57	48	0	30	21	1.50
24350277--24350321	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
24351456--24351633	62	2.8	62	89	4	250	55	12	17	15	1.70
24353919--24353957	18	2.2	18	86	9	53	46	17	7	28	1.76
24354750--24354778	6	4.8	6	100	0	58	0	17	17	65	1.27
24366553--24367951	282	5.0	282	94	1	2395	23	22	19	34	1.96
24366553--24367950	556	2.5	556	93	2	2325	23	22	19	34	1.96
24368853--24368977	62	2.0	62	92	0	205	33	24	14	27	1.94
24371557--24371591	18	1.9	18	88	0	52	42	22	14	20	1.88
24377167--24377200	18	1.9	17	88	5	50	58	8	32	0	1.29
24379704--24380059	123	2.9	123	90	1	561	39	10	8	41	1.69
24379989--24380209	106	2.1	107	87	3	311	40	9	7	42	1.65
24412721--24412764	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
24417409--24417459	17	3.0	17	82	0	66	60	9	11	17	1.57
24417401--24417459	23	2.7	23	75	15	61	57	11	11	18	1.64
24419721--24419752	11	2.8	11	95	4	55	81	0	3	15	0.82
24433378--24433415	16	2.4	16	91	4	60	44	13	0	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24445096--24445155	21	2.9	21	84	0	75	31	23	15	30	1.95
24445849--24446125	61	4.6	61	86	2	387	35	19	11	33	1.88
24445849--24446125	122	2.3	122	90	0	439	35	19	11	33	1.88
24446447--24446484	18	2.1	18	100	0	76	21	18	5	55	1.62
24450553--24450591	17	2.3	17	86	0	51	23	17	7	51	1.71
24455370--24455484	60	1.9	60	85	5	162	42	1	4	51	1.32
24455596--24455644	25	2.0	25	91	0	80	36	12	10	40	1.77
24463152--24463255	27	3.8	27	84	1	127	23	21	22	33	1.97
24463237--24463389	24	6.4	24	88	3	229	25	22	24	27	2.00
24473306--24473350	24	1.9	23	82	13	56	6	44	0	48	1.29
24475633--24475717	37	2.3	37	79	0	98	34	14	22	29	1.93
24475714--24475784	37	1.9	37	82	5	90	23	14	28	33	1.94
24480591--24480642	26	2.0	26	92	0	86	19	19	23	38	1.93
24482755--24482927	41	4.2	41	86	6	226	35	10	27	25	1.90
24487407--24487452	23	2.0	24	87	12	69	43	0	50	6	1.28
24487409--24487463	23	2.3	24	78	9	60	47	0	43	9	1.35
24497194--24497272	23	3.5	22	91	3	113	37	27	21	12	1.90
24502105--24502143	17	2.3	17	86	0	51	48	12	17	20	1.80
24519572--24519616	14	3.3	13	81	9	54	17	6	0	75	1.01
24519571--24519615	23	2.0	22	86	4	63	15	6	0	77	0.96
24519575--24519624	23	2.2	23	81	0	55	22	6	0	72	1.07
24528208--24528265	17	3.4	16	75	15	55	24	13	12	50	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24540224--24540360	67	2.0	67	98	0	265	27	13	21	37	1.90
24542761--24542822	31	2.0	31	100	0	124	22	29	16	32	1.95
24545368--24545419	18	2.9	18	79	0	59	5	15	3	75	1.14
24545368--24545419	24	2.2	24	92	0	86	5	15	3	75	1.14
24549529--24549561	17	1.9	17	88	11	50	27	21	6	45	1.75
24549656--24549754	39	2.5	39	93	0	171	25	5	16	53	1.63
24556688--24556725	17	2.2	17	86	9	51	5	18	2	73	1.14
24557753--24557778	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
24558672--24558802	48	2.7	48	89	1	181	54	12	7	25	1.65
24559177--24559563	189	2.0	192	82	2	465	40	14	18	26	1.90
24559366--24563905	216	21.1	216	82	4	5102	41	14	17	27	1.87
24559366--24563905	645	7.0	644	82	4	5065	41	14	17	27	1.87
24564912--24565002	39	2.3	39	86	0	137	24	8	15	51	1.71
24566028--24569775	216	17.5	216	83	4	4349	40	14	17	26	1.88
24566028--24570862	857	5.7	857	81	6	5125	41	14	17	26	1.88
24569776--24570843	213	5.0	216	83	4	1248	42	13	17	26	1.87
24574444--24574489	24	1.9	24	82	8	58	39	15	21	23	1.92
24577074--24577116	9	4.9	8	86	13	50	0	32	4	62	1.15
24578547--24578593	24	2.0	23	84	8	60	53	8	19	19	1.70
24581395--24582220	411	2.0	411	96	0	1526	23	23	17	35	1.95
24583046--24583076	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
24583854--24583911	26	2.3	26	84	3	73	32	22	17	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24584000--24584096	37	2.6	37	86	1	133	22	15	32	28	1.95
24586766--24586811	24	1.9	24	82	8	58	39	15	21	23	1.92
24590463--24590560	30	3.3	30	85	0	124	22	27	22	27	1.99
24590466--24590547	15	5.5	15	70	11	69	23	28	20	28	1.99
24590463--24590575	60	1.9	60	81	3	138	22	29	21	27	1.99
24598483--24598516	17	2.1	17	88	5	52	35	0	14	50	1.44
24605039--24605084	21	2.2	20	81	11	58	71	2	15	10	1.23
24612052--24612128	30	2.6	30	73	8	75	27	23	25	23	2.00
24613320--24616005	216	12.5	215	80	5	2708	29	17	13	40	1.88
24613320--24616006	648	4.2	646	86	3	3274	29	17	13	40	1.87
24616345--24616657	159	2.0	159	86	1	439	31	15	11	41	1.83
24616135--24616874	375	2.0	369	82	6	915	30	17	12	39	1.87
24616612--24617172	210	2.6	211	78	8	557	29	17	12	41	1.86
24617176--24618314	216	5.4	215	79	9	1120	28	17	14	39	1.89
24617555--24617918	199	1.8	199	85	2	516	29	17	12	41	1.85
24617754--24618309	215	2.6	212	79	9	599	28	16	14	40	1.87
24618326--24621990	216	17.1	215	80	5	3471	29	16	13	40	1.87
24618357--24621688	859	3.9	859	84	4	3924	29	17	13	39	1.88
24633409--24634309	216	4.2	214	81	4	1026	29	17	13	39	1.89
24633408--24634302	433	2.1	430	83	5	1128	29	17	14	39	1.89
24634189--24634434	129	1.9	129	86	1	350	30	13	14	41	1.85
24634408--24634799	194	2.0	192	85	3	518	28	18	15	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24634595--24635535	215	4.4	215	76	8	899	29	16	14	40	1.87
24635461--24635626	90	1.9	89	83	3	217	22	22	13	40	1.89
24635685--24636078	218	1.8	218	88	2	603	28	21	12	38	1.89
24636086--24636712	214	2.9	214	78	6	601	29	16	13	40	1.87
24636675--24636843	90	1.9	89	83	3	223	21	18	14	44	1.85
24636764--24639856	216	14.4	216	79	5	2979	28	17	13	40	1.88
24636256--24637274	521	2.0	518	81	3	1188	27	17	14	40	1.88
24636764--24663711	432	61.9	430	73	10	14815	28	18	13	39	1.89
24636764--24639847	647	4.8	645	80	5	3053	28	17	13	40	1.88
24639769--24639937	90	1.9	89	82	3	214	24	20	13	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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