genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  66  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19281772--19281808	19	1.9	19	94	0	65	21	18	18	40	1.91
19281791--19281977	41	4.6	40	78	4	142	17	27	21	33	1.96
19281932--19282021	40	2.2	40	86	2	126	16	22	20	41	1.90
19287609--19287702	39	2.6	33	76	19	107	51	12	0	36	1.40
19287629--19287718	39	2.3	39	94	1	153	50	8	0	41	1.34
19287695--19287758	5	13.6	5	70	23	50	40	0	0	59	0.97
19287708--19287863	8	19.5	8	68	18	67	44	1	0	52	1.16
19287708--19287753	10	5.1	9	89	10	60	36	0	0	63	0.95
19287659--19287843	80	2.3	82	77	10	193	48	3	0	47	1.24
19293172--19293201	12	2.5	12	88	0	51	33	0	0	66	0.92
19293472--19293563	44	2.1	44	81	2	105	31	10	23	33	1.90
19293792--19293869	38	2.1	37	83	9	97	56	2	29	11	1.48
19297141--19297178	13	2.9	14	80	11	53	44	0	0	55	0.99
19297141--19297263	26	4.3	29	70	18	89	50	3	0	46	1.17
19297152--19297277	55	2.2	57	81	8	141	50	3	0	46	1.17
19298209--19298242	11	3.1	11	86	0	50	50	0	26	23	1.50
19298364--19298466	34	3.0	34	89	1	161	44	1	35	17	1.60
19298366--19298468	17	6.2	17	73	14	90	42	1	35	19	1.62
19300533--19300687	30	5.2	28	81	9	150	36	2	23	37	1.69
19301774--19301822	19	2.6	19	90	0	71	38	4	4	53	1.39
19302506--19302578	6	12.5	6	69	16	55	49	1	1	47	1.18
19302516--19302578	17	3.6	17	81	10	74	50	1	1	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19302899--19303701	206	3.9	204	86	2	1067	22	22	19	35	1.96
19302976--19303765	407	1.9	406	89	1	1233	22	22	20	34	1.97
19313381--19313433	11	4.7	11	76	4	52	39	3	1	54	1.29
19313376--19313438	6	10.8	6	73	11	51	44	3	3	49	1.34
19313362--19313449	17	5.1	17	81	4	97	40	3	3	52	1.35
19314133--19314189	22	2.5	23	88	5	80	52	1	3	42	1.28
19314197--19314238	20	2.1	20	90	0	66	45	2	2	50	1.27
19315305--19315467	29	5.7	29	78	6	145	35	25	4	34	1.76
19315303--19315483	57	3.1	58	76	16	180	35	25	4	33	1.78
19315568--19315627	28	2.1	28	90	0	93	40	26	5	28	1.77
19315449--19315760	146	2.1	146	81	4	371	32	25	5	36	1.80
19327895--19328910	92	11.0	92	90	3	1574	33	15	18	32	1.93
19329193--19329293	17	5.5	17	73	21	62	42	2	2	51	1.32
19329230--19329293	17	3.7	17	80	15	78	42	1	3	53	1.26
19329214--19329292	35	2.3	33	83	12	97	41	2	2	53	1.28
19329169--19329278	6	18.5	6	68	8	64	41	2	5	50	1.40
19331229--19331407	29	6.1	29	78	7	139	32	25	4	36	1.76
19331233--19331411	58	3.1	58	77	8	175	34	24	4	36	1.76
19331456--19331726	146	1.9	147	87	3	404	30	22	6	40	1.79
19335243--19335315	29	2.5	29	80	12	71	32	5	28	32	1.80
19335369--19335457	28	3.1	28	76	12	83	31	3	26	38	1.73
19335383--19335471	28	3.1	27	73	17	65	33	2	28	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19336577--19336630	19	2.8	19	85	0	81	38	5	5	50	1.49
19341931--19342033	34	3.0	34	81	7	136	48	1	31	18	1.59
19341940--19342035	17	5.8	17	72	23	64	46	2	31	19	1.62
19342861--19342917	17	3.0	20	78	17	68	50	1	3	43	1.29
19346081--19346135	24	2.3	24	100	0	110	23	5	16	54	1.63
19352596--19352867	84	3.3	80	80	11	293	31	23	20	24	1.98
19352587--19352833	82	3.0	83	80	8	268	31	23	20	24	1.98
19352840--19352895	28	2.0	28	96	0	103	21	30	23	25	1.99
19360413--19360707	82	3.6	82	80	8	284	30	22	19	27	1.98
19367395--19367459	32	2.0	32	93	0	112	52	3	23	21	1.61
19372597--19372666	36	1.9	36	88	5	106	27	31	4	37	1.76
19377441--19377494	21	2.6	21	82	5	65	27	12	27	31	1.93
19390660--19390722	33	1.9	32	84	9	83	38	17	6	38	1.75
19391926--19391969	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
19395217--19395268	21	2.5	21	84	3	61	36	11	21	30	1.89
19395233--19395274	21	2.0	21	100	0	84	33	9	19	38	1.84
19396647--19396705	27	2.1	27	82	14	68	69	6	6	16	1.33
19396714--19396784	7	9.9	7	76	19	58	76	2	0	21	0.92
19396714--19396783	4	18.2	4	70	24	53	75	2	0	21	0.93
19396717--19396783	23	2.8	24	86	8	93	76	2	0	20	0.92
19396727--19396782	19	3.1	18	82	14	71	75	1	0	23	0.90
19396726--19396783	27	2.1	27	84	9	73	75	1	0	22	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19396875--19396933	30	2.0	30	83	6	75	67	5	5	22	1.30
19397024--19397092	31	2.3	31	84	2	86	69	4	8	17	1.31
19398276--19398328	18	2.9	19	72	10	58	28	9	20	41	1.83
19401135--19401223	31	2.8	32	76	11	92	34	3	15	46	1.63
19401089--19401222	67	2.0	66	84	7	173	33	3	16	46	1.65
19402562--19403103	276	2.0	274	97	0	1012	38	16	14	30	1.89
19403136--19403251	34	3.4	32	77	12	108	35	33	14	16	1.89
19405137--19405178	17	2.5	17	88	0	57	30	11	11	45	1.77
19418320--19418544	110	2.0	110	91	6	362	42	4	9	43	1.59
19427830--19428152	158	2.0	158	86	2	452	23	21	24	30	1.99
19430114--19430148	18	1.9	18	88	0	52	31	37	22	8	1.85
19432879--19432912	15	2.4	15	90	9	54	0	20	0	79	0.73
19444973--19445027	24	2.3	24	80	0	65	23	14	14	47	1.81
19446937--19446999	24	2.6	24	84	0	81	25	14	11	49	1.76
19447862--19447909	19	2.3	21	76	23	57	50	0	6	43	1.27
19451511--19451556	20	2.2	21	84	3	58	60	8	8	21	1.53
19451928--19451971	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
19458908--19459003	49	2.0	49	87	6	142	21	10	14	53	1.71
19458956--19459069	59	1.9	59	87	7	169	24	12	14	48	1.79
19460198--19460288	25	3.8	23	72	9	67	68	5	10	15	1.37
19464414--19464635	80	2.8	80	86	2	284	32	28	17	22	1.96
19466282--19466635	30	12.0	30	81	5	391	37	24	0	37	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19466279--19466635	59	6.0	59	81	7	377	36	25	0	36	1.62
19466282--19466635	89	4.0	85	81	7	368	37	24	0	37	1.62
19469088--19469492	41	9.9	41	83	0	416	31	18	30	19	1.95
19471286--19471328	12	3.5	12	76	17	52	41	11	4	41	1.62
19475464--19476136	50	13.6	50	77	5	517	32	16	32	18	1.93
19475423--19476026	198	3.0	199	82	5	672	32	16	31	19	1.93
19475423--19476169	99	7.5	99	79	6	530	33	16	31	18	1.93
19476822--19476851	16	1.9	16	93	6	53	46	3	6	43	1.46
19478342--19478837	30	16.8	30	77	8	315	36	23	2	37	1.67
19478361--19478650	89	3.3	88	82	4	309	36	24	2	37	1.67
19478342--19478856	59	8.7	59	75	9	288	36	23	2	37	1.67
19478430--19478856	89	4.8	86	80	7	331	37	24	1	37	1.65
19481083--19481112	14	2.1	14	93	0	51	70	3	6	20	1.25
19486669--19486707	20	2.0	20	94	0	69	17	25	17	38	1.92
19487639--19487671	13	2.6	13	90	4	50	60	6	0	33	1.21
19489845--19489877	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
19490059--19490156	50	2.0	49	82	9	121	38	14	11	35	1.82
19490072--19490192	50	2.4	50	83	4	145	36	15	11	36	1.84
19494489--19494549	15	3.9	16	73	14	56	37	3	1	57	1.25
19495182--19495223	19	2.3	19	84	12	52	47	7	4	40	1.52
19497258--19497308	22	2.4	21	90	6	84	21	19	11	47	1.81
19497366--19497537	29	5.9	29	77	6	143	25	22	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19497438--19497537	15	6.8	15	86	4	141	26	24	23	27	2.00
19497438--19497537	44	2.3	44	85	3	139	26	24	23	27	2.00
19497438--19497551	29	3.9	29	91	1	174	24	25	22	27	2.00
19499787--19499928	30	4.8	30	80	1	160	35	4	26	33	1.76
19501360--19501400	17	2.4	17	83	0	55	48	0	2	48	1.14
19515984--19516110	23	5.4	23	78	5	112	44	21	21	13	1.86
19515938--19516110	46	3.7	46	71	11	111	44	19	21	15	1.86
19518065--19518126	18	3.2	18	75	16	61	45	1	17	35	1.59
19522579--19522603	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
19525319--19525667	42	8.4	42	78	6	311	26	26	10	36	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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