genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7846937--7847107	80	2.1	80	82	0	198	36	19	16	27	1.93
7846939--7847107	40	4.2	40	83	3	124	36	20	15	27	1.93
7849201--7849485	97	2.9	97	90	1	417	39	15	17	28	1.89
7849797--7850150	30	12.1	29	69	15	158	40	2	22	34	1.67
7849797--7850138	58	5.8	59	78	9	310	40	2	21	34	1.66
7849797--7850130	117	2.9	117	83	5	399	41	2	21	35	1.66
7849797--7850151	29	12.1	28	66	17	116	40	2	22	34	1.67
7849821--7850170	59	6.0	59	78	10	294	40	2	21	35	1.68
7851258--7851315	13	4.5	13	84	4	55	32	5	1	60	1.29
7852045--7852131	12	7.4	12	74	13	65	57	2	0	40	1.11
7852022--7852149	18	7.4	17	77	8	125	53	3	0	42	1.22
7852045--7852121	6	13.0	6	77	8	77	55	2	0	41	1.13
7852566--7853149	49	11.9	49	75	11	391	17	26	18	37	1.93
7852700--7853035	98	3.4	97	89	1	510	18	26	18	36	1.94
7852861--7853156	146	2.0	147	92	1	488	18	28	16	36	1.93
7853331--7853375	21	2.1	21	100	0	90	8	20	22	48	1.76
7853575--7853630	29	1.9	29	96	0	103	44	3	26	25	1.70
7864464--7864712	97	2.6	97	86	3	324	42	13	15	28	1.85
7864978--7865063	29	3.0	29	70	10	77	39	4	20	34	1.74
7865016--7865120	29	3.7	28	74	14	90	38	1	23	36	1.66
7866270--7866349	22	3.3	22	74	17	70	33	2	2	61	1.23
7866266--7866348	38	2.2	38	84	4	105	32	2	2	62	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7866935--7866975	17	2.4	18	84	12	59	53	2	0	43	1.13
7868654--7868698	23	2.0	23	82	8	56	44	4	13	37	1.64
7874458--7874523	33	2.0	32	85	2	87	30	18	16	34	1.93
7885525--7885559	17	1.9	19	88	11	56	51	2	20	25	1.61
7891758--7891802	21	2.2	21	84	7	58	46	2	4	46	1.35
7902112--7902149	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
7903934--7904195	30	8.8	30	81	7	252	35	3	22	38	1.71
7903937--7904195	59	4.3	60	85	4	321	35	3	22	39	1.71
7906111--7906180	29	2.4	29	80	4	70	51	2	4	41	1.36
7906127--7906178	12	4.4	12	80	4	61	53	1	1	42	1.23
7906516--7906635	38	3.1	37	71	14	109	35	15	15	34	1.89
7906519--7906635	39	3.0	39	69	16	116	35	15	15	34	1.89
7906572--7906700	64	2.0	65	93	1	224	34	18	14	32	1.91
7906656--7907078	38	11.4	37	67	20	181	31	18	16	34	1.93
7906637--7907214	76	7.7	76	86	6	752	32	18	16	33	1.93
7906637--7907214	219	2.6	223	83	8	742	32	18	16	33	1.93
7906637--7907200	295	1.9	298	88	3	852	31	18	16	33	1.93
7906990--7907193	38	5.4	38	71	17	181	31	19	14	34	1.92
7919012--7919197	30	6.2	30	87	3	241	36	3	21	38	1.72
7918969--7919197	90	2.5	90	86	4	266	36	3	24	35	1.71
7920742--7920770	12	2.3	13	94	5	51	51	0	6	41	1.28
7920753--7920800	17	2.8	17	90	0	69	56	0	2	41	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7922742--7922795	20	2.7	21	80	13	60	24	16	18	40	1.90
7939650--7939787	69	2.0	71	94	4	244	49	1	18	31	1.56
7941391--7941417	12	2.2	12	100	0	54	48	7	18	25	1.74
7944789--7944852	30	2.0	33	82	8	80	50	9	1	39	1.44
7945400--7945463	22	2.9	23	72	9	69	59	4	0	35	1.18
7946683--7946729	24	2.0	24	83	8	60	38	0	17	44	1.48
7946830--7946859	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
7948056--7948125	31	2.2	31	82	5	77	51	10	2	35	1.50
7949342--7949385	18	2.4	18	85	7	54	38	11	9	40	1.73
7952055--7952090	7	5.1	7	96	0	63	13	55	0	30	1.39
7953020--7953069	25	2.0	25	84	7	66	50	0	4	46	1.20
7953098--7953163	23	2.7	25	86	6	82	42	0	3	54	1.15
7956383--7956425	18	2.4	17	84	7	50	23	0	6	69	1.12
7956382--7956433	19	2.8	18	80	11	52	23	0	7	69	1.14
7960335--7960376	18	2.3	19	87	4	59	30	4	0	64	1.14
7960631--7960807	30	6.0	29	74	9	128	33	23	4	38	1.75
7960631--7960807	29	6.0	30	74	13	136	33	23	4	38	1.75
7960643--7960757	59	2.0	58	86	5	160	33	21	5	40	1.76
7962449--7962483	16	2.2	16	89	0	52	60	0	5	34	1.21
7965488--7965598	48	2.3	48	100	0	222	46	15	3	34	1.63
7966389--7966447	19	3.2	18	83	9	66	27	10	1	61	1.38
7970155--7970187	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7973408--7973462	27	2.0	27	89	0	83	40	0	5	54	1.23
7973426--7973525	6	16.8	6	73	13	73	47	3	1	49	1.23
7973426--7973499	17	4.6	17	85	11	84	40	2	1	55	1.22
7975051--7975228	23	7.7	23	86	5	209	42	23	24	10	1.84
7977140--7977171	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
7978009--7978325	160	2.0	161	90	1	503	26	17	13	42	1.86
7978335--7978416	29	2.8	30	74	23	84	35	28	1	35	1.65
7978335--7978457	58	2.1	59	81	4	142	30	31	5	32	1.81
7982488--7982540	26	2.0	26	92	0	88	28	22	11	37	1.89
7982415--7982606	99	1.9	99	96	0	357	26	23	11	39	1.88
7983105--7983385	49	5.7	49	72	6	226	34	16	30	17	1.92
7983105--7983343	99	2.4	99	80	2	248	34	16	30	17	1.93
7984430--7984482	26	2.0	26	88	0	79	30	22	9	37	1.86
7984357--7984548	99	1.9	99	95	0	348	26	23	10	39	1.88
7985069--7985272	50	4.1	50	70	9	150	33	17	30	18	1.94
7985047--7985327	49	5.7	49	72	9	194	34	16	30	17	1.92
7985047--7985244	99	2.0	99	80	2	218	34	17	30	17	1.93
7986374--7986426	26	2.0	26	92	0	88	28	22	11	37	1.89
7986301--7986492	99	1.9	99	96	0	357	26	23	11	39	1.88
7986991--7987271	49	5.7	49	73	7	219	34	16	31	17	1.93
7986991--7987216	99	2.3	98	80	4	238	34	16	31	17	1.92
7990625--7990670	2	23.0	2	90	0	74	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7993412--7993437	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7993603--7993705	33	3.2	33	63	15	90	33	6	5	54	1.51
7993598--7993726	62	2.1	63	98	1	251	37	6	6	49	1.55
7994624--7994665	20	2.1	20	86	0	57	26	2	7	64	1.32
7994662--7994694	15	2.2	15	89	10	50	30	3	3	63	1.24
8001401--8001452	26	2.1	25	85	7	70	63	3	3	28	1.30
8002764--8003023	126	2.1	126	100	0	520	36	23	5	34	1.79
8004122--8004156	15	2.3	15	90	0	52	25	0	0	74	0.82
8005070--8005109	17	2.3	17	82	4	53	22	10	5	62	1.46
8008945--8008995	26	2.0	26	92	0	84	50	7	3	37	1.50
8009679--8009729	22	2.3	22	80	6	59	31	1	0	66	1.03
8009695--8009733	19	2.1	19	90	0	60	35	0	0	64	0.94
8010713--8010756	17	2.5	18	85	10	56	56	2	4	36	1.32
8014944--8014974	12	2.6	12	100	0	62	77	0	0	22	0.77
8015214--8015244	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8016149--8016180	16	2.0	16	100	0	64	25	25	12	37	1.91
8030172--8030227	26	2.1	26	80	9	60	32	12	14	41	1.83
8033178--8033312	41	3.3	41	90	3	200	25	23	10	40	1.86
8037494--8037553	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
8048146--8048183	3	12.7	3	83	10	51	34	2	2	60	1.24
8054254--8054306	23	2.4	22	76	17	56	39	3	0	56	1.17
8054347--8054380	17	2.1	16	88	5	50	52	0	2	44	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8055297--8055638	90	3.8	88	83	6	395	35	10	17	36	1.84
8057918--8057951	5	6.8	5	100	0	68	0	20	0	79	0.73
8062978--8063010	18	1.9	17	88	11	50	48	9	6	36	1.60
8064366--8064418	26	2.1	25	82	3	61	60	5	13	20	1.53
8067497--8067549	16	3.2	16	78	5	61	43	0	5	50	1.25
8067461--8067531	27	2.5	28	77	8	74	33	0	9	56	1.32
8069491--8069652	29	5.5	30	74	14	119	33	24	4	36	1.77
8069492--8069652	28	5.5	29	74	13	127	34	24	4	36	1.77
8069503--8069684	56	3.2	57	83	9	194	32	28	3	35	1.75
8069582--8069708	29	4.4	29	75	16	113	33	28	3	33	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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