genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  23  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7564545--7564585	21	1.9	22	95	5	75	26	36	0	36	1.57
7574103--7574148	24	1.9	24	81	0	56	39	4	4	52	1.41
7574191--7574228	18	2.1	18	85	9	51	13	7	10	68	1.39
7580224--7580404	92	2.0	90	80	4	202	32	14	11	41	1.81
7581512--7581606	45	2.1	46	82	9	115	32	4	8	54	1.50
7581615--7581689	38	2.0	38	81	5	89	29	2	16	52	1.57
7581630--7581701	20	3.7	20	76	14	78	26	4	12	56	1.54
7583836--7583860	13	1.9	13	100	0	50	64	4	24	8	1.38
7591847--7591890	23	2.0	22	90	4	70	36	2	2	59	1.23
7594969--7595001	17	1.9	17	88	11	50	36	0	3	60	1.12
7595421--7595464	22	2.0	23	81	4	54	50	2	4	43	1.35
7595767--7595812	11	4.2	11	85	0	56	23	2	4	69	1.17
7599244--7599339	44	2.2	45	86	3	133	32	9	21	36	1.86
7601911--7601992	14	5.6	14	68	23	53	63	7	2	26	1.33
7624566--7624616	16	3.2	16	97	0	93	52	13	11	21	1.72
7626237--7626266	15	2.0	15	100	0	60	66	0	13	20	1.24
7628305--7628409	26	3.9	25	72	16	70	61	5	0	32	1.19
7635713--7635768	27	2.1	27	100	0	112	23	3	28	44	1.70
7636848--7636891	17	2.6	18	85	10	65	36	0	4	59	1.18
7636894--7636940	17	2.9	15	84	15	58	48	2	0	48	1.13
7636894--7636922	6	5.0	6	91	8	51	48	0	0	51	1.00
7638608--7638948	161	2.1	161	90	1	549	27	16	13	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7639051--7639512	58	7.9	59	84	5	548	31	29	4	34	1.78
7639097--7639475	29	13.0	29	66	21	154	32	29	3	34	1.76
7646489--7646531	13	3.3	13	84	9	52	69	2	27	0	1.00
7646489--7646532	18	2.6	16	82	13	52	70	2	27	0	0.99
7651346--7652147	76	10.9	75	88	4	1017	34	14	18	32	1.92
7651480--7651592	31	3.4	31	70	15	109	35	14	22	28	1.93
7651366--7652147	220	3.5	222	87	6	1064	34	14	19	32	1.92
7652456--7652499	17	2.6	18	85	10	65	36	0	4	59	1.18
7652465--7652530	11	5.8	12	77	12	59	40	1	1	56	1.18
7652496--7652548	17	3.1	17	84	12	65	49	3	0	47	1.19
7652465--7652530	6	11.7	6	78	12	59	40	1	1	56	1.18
7654221--7654559	162	2.1	162	90	0	534	26	16	13	42	1.86
7654662--7655031	59	6.3	59	86	4	473	32	28	3	34	1.75
7654662--7655029	117	3.2	115	85	5	472	32	28	3	34	1.75
7663774--7663798	6	4.2	6	100	0	50	16	20	32	32	1.94
7665388--7665504	58	2.0	58	100	0	234	29	11	13	44	1.80
7684870--7684939	35	2.0	35	100	0	140	45	0	5	48	1.26
7685271--7685327	17	3.4	16	74	11	51	63	0	7	29	1.21
7691458--7691483	6	4.3	6	100	0	52	19	0	46	34	1.50
7692201--7692246	23	2.0	23	86	0	65	47	8	8	34	1.65
7694907--7694945	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
7695380--7695410	6	5.2	6	92	0	53	29	16	0	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7697286--7697338	7	7.6	7	100	0	106	30	15	39	15	1.87
7699347--7699397	15	3.4	15	78	10	59	72	5	0	21	1.05
7699345--7699403	14	4.1	14	79	16	66	72	6	0	20	1.06
7699373--7699403	7	4.4	7	95	0	53	77	9	0	12	0.99
7699393--7699433	19	2.2	19	86	4	57	60	7	0	31	1.24
7700908--7701005	34	2.9	34	86	4	119	36	8	15	39	1.77
7702230--7702517	29	9.2	34	79	17	213	23	30	12	33	1.92
7702230--7702320	39	2.3	39	92	0	146	20	34	10	34	1.88
7702485--7702613	24	5.4	21	82	17	91	23	28	12	35	1.91
7702905--7703043	24	5.9	20	92	1	80	28	28	15	28	1.96
7702267--7703033	29	27.5	29	88	5	949	22	29	14	33	1.93
7703058--7703138	36	2.3	36	95	2	146	51	12	9	25	1.70
7703093--7703499	224	1.8	222	91	3	674	42	18	10	28	1.82
7715846--7715908	30	2.1	31	85	8	85	55	9	1	33	1.42
7715866--7715924	29	2.0	30	86	3	84	52	11	3	32	1.54
7717569--7717607	19	2.0	20	95	5	71	53	5	5	35	1.45
7723625--7723664	20	2.0	20	85	0	53	30	7	17	45	1.76
7735944--7735991	5	9.2	5	86	4	60	0	70	0	29	0.87
7735991--7736025	13	2.6	14	95	4	63	2	14	0	82	0.77
7735990--7736028	18	2.2	18	86	9	53	2	17	0	79	0.84
7736760--7736797	19	2.0	19	89	0	58	47	23	7	21	1.77
7741260--7741297	19	2.0	19	89	0	58	47	23	7	21	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7745376--7745409	4	8.0	4	87	12	50	73	0	23	2	0.97
7745376--7745426	12	4.1	12	80	14	50	72	1	23	1	1.05
7748329--7748361	13	2.3	15	90	10	52	48	6	0	45	1.27
7748330--7748369	16	2.5	16	84	8	55	47	5	0	47	1.24
7749470--7749962	59	8.4	58	83	5	514	33	28	2	35	1.71
7749431--7749630	29	7.0	29	75	18	170	36	30	2	31	1.71
7749678--7749780	30	3.5	31	72	11	99	35	25	0	37	1.63
7749470--7749961	177	2.8	173	85	7	625	33	28	2	35	1.71
7749816--7749961	30	5.0	30	68	9	113	32	26	4	36	1.76
7753244--7753298	23	2.4	23	75	3	58	76	7	0	16	1.00
7753375--7753443	22	3.1	22	70	2	66	63	8	2	24	1.37
7753426--7753455	14	2.1	14	93	0	51	63	0	6	30	1.20
7754100--7754143	14	3.1	14	90	3	70	40	0	2	56	1.11
7755358--7755382	9	2.8	9	100	0	50	44	8	0	48	1.32
7755942--7755982	14	2.9	14	77	0	55	63	4	0	31	1.15
7761885--7761964	23	3.5	22	84	3	97	37	28	21	12	1.90
7761949--7762005	23	2.4	23	88	2	78	42	17	28	12	1.85
7767052--7767081	15	2.1	15	93	6	53	56	0	0	43	0.99
7767083--7767137	27	2.2	25	81	18	62	60	5	1	32	1.30
7769979--7770021	18	2.5	17	76	3	50	34	0	2	62	1.08
7777622--7777681	22	2.7	22	87	7	86	55	8	3	33	1.47
7778913--7778964	13	3.8	14	78	12	54	51	0	1	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7784100--7784148	18	2.7	18	81	6	55	61	2	2	34	1.19
7793076--7793122	21	2.4	19	85	7	58	42	4	8	44	1.54
7795610--7795638	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7796191--7796395	105	2.0	104	82	2	250	49	4	10	35	1.57
7801768--7801875	54	2.0	54	100	0	216	25	22	20	31	1.98
7804603--7804635	15	2.2	15	94	0	57	54	0	15	30	1.41
7805941--7806139	59	3.4	56	68	12	150	37	5	27	30	1.78
7805941--7806141	58	3.4	57	69	10	156	36	4	27	30	1.78
7806114--7806349	60	3.9	58	82	6	251	35	2	22	39	1.66
7806114--7806361	90	2.8	89	86	5	322	35	2	23	39	1.68
7806114--7806349	30	7.9	30	81	8	225	35	2	22	39	1.66
7808160--7808266	6	19.0	6	71	16	86	53	2	1	42	1.26
7808162--7808214	27	2.0	27	92	7	90	54	1	1	41	1.22
7808160--7808253	17	5.7	16	79	15	95	54	2	2	41	1.24
7808178--7808231	11	4.9	11	82	15	67	55	0	3	40	1.17
7808160--7808253	33	2.8	34	81	12	113	54	2	2	41	1.24
7808173--7808226	27	2.0	27	85	0	72	55	0	3	40	1.17
7808803--7809502	69	9.9	69	86	6	884	30	19	16	34	1.94
7808586--7809516	145	6.5	144	87	3	1297	30	19	16	33	1.94
7821252--7821445	59	3.3	55	71	11	163	36	5	29	28	1.79
7821252--7821450	58	3.5	55	70	14	152	37	5	29	28	1.78
7821478--7821774	119	2.5	120	88	2	420	37	3	20	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7821420--7821774	30	11.9	30	81	3	335	36	2	21	39	1.68
7823589--7823692	6	18.0	6	71	16	69	54	1	1	41	1.22
7823589--7823682	11	8.7	11	71	9	59	54	1	2	42	1.19
7823589--7823679	17	5.7	16	82	12	107	56	1	2	40	1.19
7830195--7830235	21	2.0	21	95	0	73	53	14	14	17	1.73
7832779--7833011	113	2.1	114	95	2	425	29	17	7	45	1.76
7840630--7840675	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
7841586--7841616	16	1.9	16	93	0	53	41	0	25	32	1.56
7841754--7841853	43	2.3	43	82	3	112	17	14	22	47	1.82
7846934--7847083	40	3.8	40	88	0	210	38	19	15	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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