genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21233979--21234264	52	5.6	52	87	2	368	35	22	14	27	1.93
21253477--21253693	41	5.2	41	85	2	281	24	16	28	29	1.97
21261019--21261144	41	3.1	41	89	2	191	26	18	26	29	1.98
21262180--21262220	20	2.0	21	86	9	59	21	24	21	31	1.98
21265468--21265512	21	2.0	22	83	8	56	53	0	4	42	1.21
21265489--21265537	18	2.8	16	79	11	53	44	0	6	48	1.27
21265591--21265853	139	1.9	136	92	5	440	36	13	12	37	1.82
21269262--21269343	37	2.3	36	77	10	98	28	8	15	47	1.75
21269340--21269377	18	2.1	18	85	9	51	52	15	7	23	1.69
21272512--21272581	28	2.4	29	77	11	81	37	1	1	60	1.15
21272491--21272597	28	3.7	29	72	20	73	37	0	0	60	1.09
21277394--21277429	18	2.1	16	90	10	54	52	0	16	30	1.44
21279038--21279087	22	2.3	22	96	0	91	38	20	8	34	1.82
21286027--21286060	11	3.1	11	87	12	52	35	2	47	14	1.60
21293441--21293513	36	2.0	36	84	10	96	58	13	2	24	1.48
21294077--21294141	30	2.2	30	86	2	87	49	26	15	9	1.74
21294674--21294720	23	2.0	23	95	0	85	31	8	23	36	1.85
21296924--21296949	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
21297623--21297656	17	2.1	16	88	5	50	29	2	5	61	1.34
21300704--21300728	11	2.3	11	100	0	50	36	8	36	20	1.82
21302546--21302582	8	4.3	9	80	13	51	29	2	0	67	1.04
21302528--21302578	16	3.3	15	84	10	59	29	3	0	66	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21302528--21302578	8	6.7	7	76	24	50	29	3	0	66	1.09
21302544--21302593	25	2.0	25	88	4	73	32	2	2	64	1.16
21302541--21302600	26	2.4	24	83	10	75	33	1	1	63	1.14
21303477--21303532	15	3.5	15	75	13	58	50	14	26	8	1.72
21303471--21303535	18	3.8	18	72	12	55	52	12	27	7	1.66
21306659--21306701	9	4.6	9	80	8	50	2	16	0	81	0.79
21306657--21306700	22	2.0	23	86	13	65	2	15	0	81	0.78
21322605--21322637	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
21326786--21326816	14	2.1	15	94	5	55	77	3	6	12	1.08
21327369--21327402	13	2.5	13	90	4	50	64	8	5	20	1.43
21328639--21328680	21	2.0	22	85	4	59	7	19	4	69	1.31
21335136--21335170	18	2.0	18	88	5	54	25	17	8	48	1.75
21335130--21335180	17	3.2	15	75	20	50	27	19	9	43	1.82
21336090--21336220	51	2.6	50	85	6	167	31	21	18	29	1.97
21336090--21336231	50	2.8	50	85	5	180	30	21	18	30	1.97
21339292--21339412	28	4.3	28	78	9	113	19	21	22	36	1.95
21339396--21339567	28	6.1	27	82	4	164	33	17	19	29	1.95
21339409--21339583	56	3.1	56	80	4	192	32	17	21	28	1.96
21339390--21339567	84	2.1	84	80	4	198	33	17	20	29	1.95
21340245--21340359	54	2.1	54	93	0	194	24	27	28	19	1.98
21343281--21343354	31	2.4	31	90	0	112	44	5	35	14	1.69
21344370--21344407	18	2.1	18	85	9	51	65	2	0	31	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21345145--21345191	6	7.8	6	95	0	85	0	36	0	63	0.94
21345145--21345209	12	5.8	12	89	8	84	0	40	0	60	0.97
21348997--21349031	16	2.2	16	90	5	54	34	0	0	65	0.93
21363728--21363773	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
21367821--21368071	52	4.8	52	84	0	286	27	14	23	34	1.94
21372006--21372056	23	2.2	23	85	0	66	19	11	27	41	1.86
21372004--21372062	23	2.5	22	81	5	55	20	10	23	45	1.81
21383646--21383691	24	2.0	23	83	12	58	6	17	8	67	1.39
21386555--21386597	20	2.2	20	84	16	54	25	23	9	41	1.84
21387315--21387360	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
21390295--21390340	11	4.3	11	77	5	58	69	0	6	23	1.11
21390292--21390333	22	2.0	22	90	4	68	66	0	4	28	1.12
21390359--21390422	5	11.8	5	81	14	58	20	3	3	73	1.11
21391346--21391375	12	2.5	12	94	0	51	80	3	6	10	1.01
21391355--21391389	16	2.2	16	95	5	63	80	0	8	11	0.92
21392431--21392476	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
21392850--21392887	14	2.6	15	79	8	51	28	7	10	52	1.64
21401229--21401267	18	2.2	18	100	0	78	61	17	0	20	1.34
21409684--21409721	7	5.4	7	100	0	76	13	0	44	42	1.43
21412242--21412281	21	1.9	21	84	0	53	2	37	7	52	1.43
21428749--21428799	21	2.5	19	79	17	57	27	17	25	29	1.98
21440428--21440476	20	2.5	20	79	0	62	8	24	22	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21445295--21445477	94	2.0	95	92	3	309	39	9	9	40	1.72
21445407--21445775	123	3.0	122	88	5	553	43	7	10	38	1.68
21451274--21451320	17	2.9	16	79	14	53	4	12	2	80	0.94
21465743--21465799	23	2.5	23	85	2	80	45	17	5	31	1.71
21467746--21471430	215	17.3	216	79	7	3524	28	17	13	40	1.87
21470126--21470729	193	3.0	194	79	9	504	27	17	14	40	1.89
21474084--21474118	15	2.2	16	90	5	54	68	5	2	22	1.24
21475007--21475046	20	2.0	20	90	0	62	37	20	10	32	1.85
21478355--21478567	17	12.0	18	70	16	79	60	1	8	29	1.36
21478366--21478460	49	1.9	49	91	0	154	60	2	7	30	1.36
21478415--21478571	37	4.2	37	93	1	253	59	0	9	30	1.29
21478357--21478567	18	11.9	18	70	16	120	60	0	9	29	1.34
21480511--21480545	12	2.9	12	91	0	52	77	0	5	17	0.96
21480511--21480545	17	2.1	17	89	10	54	77	0	5	17	0.96
21493112--21493150	12	3.2	12	79	13	53	74	2	17	5	1.12
21493106--21493161	24	2.3	24	93	0	94	69	5	19	5	1.28
21495162--21495200	17	2.2	18	90	4	62	33	0	15	51	1.44
21500415--21500453	17	2.3	17	100	0	78	0	30	23	46	1.53
21512018--21512974	323	3.0	323	97	0	1799	31	21	14	32	1.93
21514341--21514478	50	2.7	51	79	11	158	36	11	16	34	1.85
21514298--21514463	50	3.3	50	74	10	142	37	12	16	33	1.87
21515999--21516052	21	2.6	21	82	5	56	7	25	1	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21516079--21516112	18	1.9	17	88	5	50	5	26	2	64	1.30
21516129--21516189	21	2.7	22	80	12	54	8	26	0	65	1.20
21518407--21518528	50	2.4	50	83	5	147	36	13	14	35	1.85
21518730--21518762	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
21542022--21542053	2	17.0	2	87	12	50	46	0	0	53	1.00
21542022--21542053	13	2.5	13	100	0	64	46	0	0	53	1.00
21542022--21542053	7	4.2	8	84	15	50	46	0	0	53	1.00
21549629--21549661	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
21549866--21550001	50	2.7	50	79	8	159	35	15	12	36	1.85
21551187--21551236	20	2.5	19	87	9	73	76	2	8	14	1.10
21551188--21551236	19	2.5	19	86	6	71	77	2	6	14	1.05
21551199--21551241	21	2.0	21	90	0	68	76	0	6	16	0.99
21551189--21551288	21	4.7	20	70	23	60	69	3	11	17	1.31
21552275--21552308	18	1.9	17	88	5	50	64	2	26	5	1.30
21552335--21552388	21	2.6	21	82	5	56	62	1	27	7	1.32
21553681--21553713	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
21553805--21553869	33	1.9	34	87	3	96	32	13	9	44	1.76
21553926--21554039	50	2.2	50	80	6	122	37	14	10	36	1.81
21557732--21557860	18	7.1	18	89	0	159	29	26	20	23	1.99
21558573--21558615	20	2.1	21	86	4	61	58	2	27	11	1.46
21568835--21568918	27	2.8	28	70	20	71	47	0	1	51	1.08
21569019--21569069	21	2.3	23	77	16	63	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21576960--21577010	27	1.9	27	88	4	77	29	37	19	13	1.90
21589807--21589860	24	2.2	26	75	24	64	59	0	37	3	1.15
21591212--21591236	13	1.9	13	100	0	50	28	16	8	48	1.74
21593543--21593605	32	2.0	32	90	0	99	38	17	11	33	1.85
21593658--21593748	39	2.3	39	96	0	164	54	15	5	24	1.62
21596898--21596972	20	3.3	21	71	21	55	6	25	1	66	1.24
21599835--21599864	10	3.0	10	95	0	51	33	10	36	20	1.86
21600160--21600222	32	2.0	32	90	0	99	38	19	9	33	1.84
21600268--21600366	39	2.5	39	93	0	171	51	16	6	26	1.67
21601510--21601545	16	2.2	16	95	0	63	22	5	13	58	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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