genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20669572--20669620	21	2.3	21	79	10	55	65	2	0	32	1.04
20669742--20669811	29	2.4	30	83	9	99	31	1	1	65	1.10
20670346--20670400	26	2.0	28	83	13	71	58	3	0	38	1.16
20670655--20670791	20	7.2	20	66	17	78	35	1	1	61	1.14
20670655--20670746	40	2.3	39	86	1	121	35	2	2	59	1.21
20670664--20670791	9	13.7	9	69	12	71	35	1	1	60	1.15
20670655--20670791	40	3.6	36	80	14	116	35	1	1	61	1.14
20677842--20677900	25	2.3	27	77	14	70	50	11	18	18	1.76
20679494--20679587	26	3.6	26	79	11	79	14	28	24	31	1.95
20679546--20679611	26	2.5	26	90	0	96	13	34	22	28	1.92
20679626--20679687	28	2.3	27	80	5	72	14	25	22	37	1.92
20684268--20684591	30	10.9	29	74	9	251	34	23	2	39	1.69
20696952--20697111	84	1.9	84	85	2	223	39	13	23	24	1.90
20696916--20697743	208	3.9	209	87	4	1137	37	17	21	23	1.93
20697368--20697529	85	1.9	86	83	7	211	37	16	21	24	1.94
20701819--20702153	168	2.0	168	93	2	575	37	14	10	37	1.81
20703519--20703662	50	2.9	49	74	6	146	34	15	33	16	1.91
20703691--20704054	41	8.6	40	81	8	345	33	22	15	28	1.95
20703691--20704000	80	3.7	81	85	7	372	33	22	15	29	1.94
20704870--20704925	30	1.9	30	88	3	87	21	35	17	25	1.95
20707874--20707939	25	2.6	25	95	4	116	50	15	15	19	1.79
20710240--20710309	31	2.3	31	84	0	86	42	10	20	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20727871--20727895	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
20728330--20728412	25	3.4	24	85	6	105	38	2	1	57	1.19
20734357--20734391	14	2.4	14	90	4	52	54	8	22	14	1.67
20734393--20734431	18	2.2	18	85	0	51	66	0	20	12	1.24
20736611--20736875	98	2.7	98	90	0	422	19	25	18	36	1.94
20736596--20736851	49	5.2	49	73	10	245	18	26	17	37	1.93
20738876--20738915	15	2.5	17	84	12	57	0	22	0	77	0.77
20738891--20738925	5	6.8	5	93	6	61	0	20	0	80	0.72
20738876--20738926	21	2.4	21	83	6	68	0	21	0	78	0.75
20738876--20738926	16	3.2	16	81	15	61	0	21	0	78	0.75
20743265--20743299	14	2.4	14	90	4	52	54	8	22	14	1.67
20746219--20746251	3	11.0	3	93	0	57	0	30	0	69	0.88
20755041--20755235	108	1.8	108	90	2	320	32	10	22	34	1.88
20755049--20755235	36	5.2	36	90	0	284	32	10	21	34	1.88
20755628--20755695	23	3.0	23	95	0	118	32	4	14	48	1.64
20772064--20772166	20	5.1	20	71	5	73	47	10	6	34	1.65
20778100--20778127	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20778326--20778393	20	3.4	20	84	8	77	44	11	10	33	1.75
20780443--20780489	20	2.3	21	75	10	53	46	10	6	36	1.64
20784134--20784181	21	2.3	21	88	0	69	25	20	45	8	1.79
20784801--20784967	30	5.8	29	78	9	135	34	28	4	32	1.78
20784801--20785035	29	8.2	26	75	13	110	34	28	4	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20784810--20784967	86	1.8	86	81	5	194	34	28	5	32	1.79
20784802--20785018	30	7.5	30	75	13	113	34	28	4	32	1.78
20794563--20794589	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
20796813--20797314	78	6.4	78	81	5	496	24	32	19	22	1.97
20796891--20797310	117	3.6	115	75	10	372	24	32	19	22	1.97
20796813--20797314	156	3.2	156	83	2	591	24	32	19	22	1.97
20796813--20797310	39	12.8	38	75	5	307	24	32	19	22	1.97
20796857--20797332	117	4.1	117	74	7	367	25	32	18	23	1.97
20799469--20799952	29	16.7	29	76	9	368	35	26	3	33	1.74
20799470--20799928	59	7.9	57	82	6	367	36	26	3	33	1.74
20812990--20813376	193	2.0	193	98	1	749	25	15	14	44	1.84
20819526--20819590	27	2.5	24	76	18	60	72	3	15	9	1.23
20824795--20824829	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
20826307--20826381	38	2.0	38	83	0	96	17	22	29	30	1.97
20828469--20828509	16	2.5	16	88	4	55	0	19	0	80	0.71
20829075--20829122	17	2.8	17	87	6	71	54	12	18	14	1.71
20829075--20829130	17	3.3	16	85	5	67	55	12	17	14	1.69
20836106--20836353	36	6.9	36	89	1	372	29	9	24	36	1.87
20836762--20836950	23	8.3	23	89	3	276	37	3	12	47	1.59
20836758--20836950	90	2.1	89	89	4	296	36	3	12	47	1.60
20847265--20847304	17	2.2	18	86	8	55	55	5	2	37	1.35
20849076--20849213	39	3.5	39	81	3	170	38	18	18	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20849061--20849323	78	3.4	78	81	3	262	37	19	19	24	1.94
20849061--20849364	39	7.8	39	72	6	152	36	19	18	24	1.94
20849874--20849917	22	2.0	22	90	0	70	29	11	4	54	1.56
20850501--20850540	20	2.0	20	90	9	64	70	0	2	27	1.01
20851280--20851321	20	2.0	21	86	13	61	73	2	0	23	0.94
20852423--20852464	22	1.9	22	90	0	66	45	9	7	38	1.64
20858961--20859072	6	19.7	6	66	15	60	41	3	2	52	1.33
20858964--20859041	16	5.0	16	75	19	67	38	1	2	57	1.20
20858937--20859026	29	3.1	29	84	9	112	35	2	4	57	1.31
20858937--20859041	29	3.8	28	82	9	108	36	1	4	57	1.31
20858961--20859026	28	2.3	29	92	7	109	37	1	1	59	1.16
20860946--20861356	30	13.9	30	79	6	396	37	23	2	36	1.68
20860946--20861356	59	6.9	60	83	5	441	37	23	2	36	1.68
20861280--20861452	29	5.8	29	66	12	109	30	24	4	41	1.73
20860949--20861456	59	8.6	59	82	7	419	36	23	3	37	1.71
20861255--20861456	60	3.4	58	81	11	225	32	24	4	38	1.75
20871016--20871073	28	2.1	28	81	12	66	60	6	6	25	1.48
20871510--20871548	19	2.1	19	90	0	60	33	23	10	33	1.88
20873859--20873980	29	4.2	30	77	7	126	29	9	27	33	1.87
20873859--20873980	58	2.1	58	83	6	149	29	9	27	33	1.87
20873845--20874057	87	2.4	86	81	9	227	33	8	27	30	1.86
20873909--20874188	29	9.6	29	75	9	196	35	5	25	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20876059--20876114	29	1.9	29	85	7	78	53	3	3	39	1.36
20876106--20876148	17	2.5	18	81	11	54	55	2	2	39	1.25
20876757--20877275	203	2.5	204	89	3	774	21	23	19	35	1.96
20876918--20877655	379	2.0	377	86	2	1045	22	22	17	36	1.95
20877120--20877484	171	2.1	171	92	0	604	21	22	18	37	1.94
20877291--20878065	208	3.8	209	79	8	851	21	22	18	37	1.94
20877607--20877991	193	2.0	193	87	1	547	21	22	19	36	1.95
20887403--20887471	28	2.4	29	78	9	79	36	10	21	31	1.87
20887514--20887588	28	2.6	29	78	15	84	30	4	26	38	1.75
20887514--20887588	29	2.6	28	80	12	82	30	4	26	38	1.75
20893765--20893811	21	2.2	21	88	0	67	34	23	21	21	1.97
20895624--20895648	12	2.1	12	100	0	50	32	0	48	20	1.50
20896418--20896474	21	2.6	23	81	13	66	42	28	7	22	1.80
20897052--20897297	52	4.7	52	85	0	321	32	22	17	27	1.96
20903124--20903171	25	1.9	25	91	0	78	39	16	6	37	1.74
20904970--20905071	45	2.3	45	100	0	204	39	13	11	35	1.82
20915390--20915467	20	4.1	19	77	14	70	60	0	1	38	1.05
20917307--20917405	36	2.8	36	92	3	164	30	10	22	37	1.87
20917665--20917800	66	2.1	66	87	0	191	17	11	28	42	1.83
20917880--20917938	23	2.6	23	91	0	91	33	5	13	47	1.65
20917872--20917973	23	4.5	23	77	9	68	33	3	16	46	1.66
20917941--20917999	10	5.8	10	89	2	91	37	1	20	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20917933--20917998	20	3.3	19	87	8	96	36	3	21	39	1.69
20917933--20917999	30	2.2	30	89	5	100	35	2	20	40	1.68
20917964--20918123	68	2.3	68	92	1	257	36	4	21	37	1.73
20917974--20918140	68	2.7	58	75	17	172	35	4	20	38	1.74
20918039--20918164	58	2.2	58	85	2	164	34	4	20	40	1.74
20922168--20922240	26	2.8	26	85	2	76	39	8	20	31	1.82
20945606--20945633	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
20952684--20952733	18	3.0	16	80	16	57	12	46	2	40	1.52
20962089--20962208	58	2.1	58	91	0	195	47	20	0	31	1.51
20968605--20968740	61	2.2	61	80	5	150	32	19	17	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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