genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

This is table  89  of  126  ( 15035 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27460125--27460175	19	3.2	15	73	21	50	43	0	1	54	1.11
27460258--27460307	18	2.6	19	77	22	52	52	0	0	48	1.00
27461326--27461381	29	2.0	29	89	3	87	28	7	8	55	1.57
27461584--27461713	59	2.2	59	83	4	163	53	10	10	25	1.66
27464410--27464467	28	2.1	28	96	0	107	53	12	18	15	1.72
27465543--27465718	71	2.3	75	84	9	234	25	18	27	28	1.98
27466228--27466280	21	2.5	21	96	0	97	28	20	24	26	1.99
27469196--27469259	24	2.7	24	95	0	110	28	25	25	21	1.99
27478209--27478269	17	3.5	18	77	6	56	19	18	14	47	1.82
27483384--27483428	18	2.4	18	88	3	63	24	24	22	28	1.99
27485779--27485951	18	9.5	19	79	9	175	28	23	20	27	1.99
27485779--27485951	36	4.8	36	83	2	204	28	23	20	27	1.99
27485784--27485931	54	2.7	55	87	4	203	28	24	21	25	1.99
27492568--27492593	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
27495309--27495356	24	2.0	24	84	8	62	52	0	0	47	1.00
27495312--27495354	18	2.4	19	88	11	65	53	0	0	46	1.00
27495324--27495350	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
27500352--27500436	30	2.9	30	92	5	138	23	31	16	28	1.96
27504072--27504185	29	3.9	30	88	3	151	24	29	15	29	1.96
27507313--27507348	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
27519273--27519312	19	2.2	18	86	4	53	5	20	5	70	1.26
27521225--27521265	19	2.2	19	86	0	55	19	19	31	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27536782--27536965	50	3.6	51	86	5	248	29	23	14	32	1.94
27543142--27543181	4	10.0	4	100	0	80	25	0	75	0	0.81
27544677--27544703	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
27546273--27546325	25	2.2	24	83	10	63	41	0	5	52	1.25
27548023--27549009	327	3.0	327	98	0	1902	32	21	9	36	1.86
27549176--27549238	27	2.4	28	78	10	78	30	23	23	22	1.99
27551952--27552006	24	2.3	24	90	0	83	25	14	10	49	1.76
27553940--27553994	24	2.3	24	83	0	74	25	12	10	50	1.73
27557615--27557663	17	2.9	17	84	6	55	46	2	2	48	1.25
27557892--27557942	18	2.8	18	73	8	50	50	0	1	47	1.12
27561938--27561992	20	2.8	20	94	0	92	16	9	16	58	1.62
27565173--27565227	27	2.0	28	82	10	69	52	0	10	36	1.37
27569693--27569933	29	8.3	30	73	10	146	31	16	20	31	1.94
27569693--27569888	58	3.4	57	80	8	200	30	15	20	33	1.94
27569902--27570091	28	6.8	28	63	7	89	29	16	24	30	1.96
27569883--27570093	56	3.8	56	82	2	253	29	16	24	29	1.96
27569851--27570093	112	2.2	112	84	2	308	29	16	23	30	1.96
27569851--27570162	112	2.8	112	79	3	261	29	16	23	30	1.96
27583122--27583174	24	2.2	24	86	0	70	50	20	11	16	1.76
27583139--27583208	24	3.0	24	85	2	88	42	17	15	24	1.88
27583171--27583224	23	2.3	23	84	6	65	42	16	16	24	1.88
27584667--27584904	111	2.2	110	80	6	275	28	13	22	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27584684--27584901	56	3.9	55	75	5	190	29	12	22	34	1.92
27584689--27584976	27	10.4	27	68	15	110	29	12	22	35	1.91
27589370--27589404	16	2.3	15	90	5	52	60	0	2	37	1.12
27609241--27609292	3	17.3	3	77	15	54	73	0	26	0	0.84
27609241--27609292	12	4.3	13	83	11	67	73	0	26	0	0.84
27609241--27609292	21	2.5	21	90	6	79	73	0	26	0	0.84
27611148--27611183	18	2.0	18	88	0	54	47	8	30	13	1.73
27612940--27612980	20	2.0	20	85	4	55	39	24	0	36	1.56
27616191--27616243	21	2.5	21	75	6	54	43	26	5	24	1.76
27616847--27616898	24	2.2	24	92	0	86	28	26	21	23	1.99
27616847--27616909	24	2.6	24	87	0	72	31	22	20	25	1.98
27619494--27619521	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
27619789--27619813	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
27619835--27619883	24	2.0	24	84	7	64	36	14	12	36	1.83
27624731--27624853	42	2.9	42	89	2	185	26	27	15	30	1.96
27627568--27627596	14	2.1	14	100	0	58	27	6	20	44	1.77
27632440--27632466	14	1.9	14	100	0	54	33	14	7	44	1.73
27634723--27634762	21	1.9	21	94	0	71	22	7	10	60	1.54
27636788--27636830	21	2.0	21	95	0	77	44	20	16	18	1.87
27650892--27650925	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
27652359--27652408	20	2.5	20	93	0	82	32	16	20	32	1.94
27653277--27653341	32	2.0	33	84	3	87	36	23	6	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27655999--27656126	57	2.2	57	92	0	211	29	17	22	30	1.96
27660736--27660761	11	2.4	11	100	0	52	0	0	7	92	0.39
27662340--27662380	14	2.8	15	85	7	57	17	0	4	78	0.93
27668097--27668139	18	2.4	18	100	0	86	18	32	39	9	1.83
27670574--27670621	23	2.1	23	84	7	62	27	2	0	70	0.98
27672885--27673123	51	4.6	51	84	3	282	32	14	23	29	1.94
27673072--27673189	59	2.0	61	88	3	177	36	14	21	27	1.92
27674296--27675031	376	2.0	372	79	8	816	34	12	21	31	1.91
27675242--27675331	41	2.2	41	82	7	121	7	5	21	65	1.39
27675252--27675321	20	3.5	20	84	9	97	2	7	24	65	1.31
27675371--27675436	12	5.8	12	78	10	59	9	6	15	69	1.34
27675336--27675413	24	3.2	23	80	8	75	11	6	11	70	1.33
27675403--27675457	9	5.6	9	76	19	56	9	3	16	70	1.27
27675398--27675474	20	3.8	20	84	3	100	9	2	18	70	1.26
27675391--27675474	41	2.0	41	88	0	123	8	3	19	69	1.30
27675398--27675460	10	5.9	11	73	19	62	7	3	17	71	1.23
27675439--27675483	20	2.2	20	84	4	54	8	2	24	64	1.34
27676957--27676992	13	2.7	13	91	4	54	36	0	36	27	1.57
27679964--27680008	23	2.0	23	95	0	81	35	15	24	24	1.94
27688930--27689049	41	2.9	41	82	0	150	39	15	18	26	1.91
27693179--27693391	43	5.0	43	79	6	164	26	16	24	31	1.96
27693223--27693387	86	1.9	86	85	2	224	26	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27697799--27697853	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
27708005--27708035	7	4.4	7	100	0	62	41	16	0	41	1.48
27715784--27715814	7	4.4	7	100	0	62	41	16	0	41	1.48
27716144--27716204	18	3.4	18	77	13	72	29	8	0	62	1.24
27732696--27732778	40	2.1	39	88	6	123	32	25	9	32	1.88
27732754--27732937	42	4.4	42	76	7	158	26	26	11	35	1.91
27732791--27732856	21	3.2	21	66	31	52	19	24	15	40	1.90
27739839--27739921	40	2.1	39	86	2	112	32	22	10	33	1.89
27739897--27740050	42	3.6	43	84	4	170	27	24	12	35	1.92
27742239--27742298	24	2.7	21	70	22	50	45	11	21	21	1.84
27742239--27742324	45	1.9	45	83	4	111	40	12	20	25	1.88
27743097--27743163	23	2.9	23	84	6	82	47	7	22	22	1.76
27743121--27743173	23	2.3	23	90	0	88	56	5	18	18	1.61
27748604--27748642	18	2.1	19	86	13	55	56	2	2	38	1.27
27748993--27749037	23	2.0	23	95	0	81	48	6	22	22	1.73
27748999--27749048	23	2.2	23	85	0	64	56	4	18	22	1.58
27751688--27751732	3	15.3	3	95	4	83	68	0	0	31	0.89
27752789--27752891	20	4.8	20	69	23	66	33	20	27	19	1.97
27752783--27752880	27	3.9	27	76	17	120	32	21	26	19	1.97
27752783--27752881	47	2.1	47	94	0	171	33	21	26	19	1.97
27753450--27753482	17	1.9	17	93	0	57	84	0	15	0	0.61
27758916--27758945	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27760002--27760097	7	14.3	7	68	8	56	32	21	27	18	1.97
27760002--27760074	34	2.1	34	92	0	119	31	23	27	17	1.97
27759999--27760097	13	7.9	13	69	17	75	34	21	26	18	1.96
27760029--27760097	20	3.5	20	73	15	70	33	20	26	20	1.97
27760002--27760087	27	3.2	27	78	3	75	32	22	26	18	1.97
27760144--27760189	21	2.1	22	92	4	76	21	0	34	43	1.53
27760655--27760690	10	3.7	10	92	7	65	80	0	19	0	0.71
27765370--27765399	14	2.1	15	93	6	53	16	0	0	83	0.65
27766919--27766973	15	3.6	15	72	18	51	30	0	5	63	1.17
27766915--27766975	31	1.9	32	87	9	90	29	0	6	63	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126