genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24640015--24640203	98	1.9	98	86	0	270	27	16	12	43	1.83
24640107--24642628	216	11.7	214	78	5	2338	28	17	13	39	1.88
24642541--24642718	90	2.0	89	86	9	247	25	19	13	41	1.88
24642638--24643383	216	3.5	214	86	3	924	27	19	14	38	1.90
24643398--24643464	30	2.2	30	94	0	116	29	17	8	43	1.80
24643110--24643727	322	1.9	321	87	2	909	27	20	13	38	1.90
24643430--24655970	216	58.2	216	83	3	13358	28	18	13	38	1.89
24642893--24643929	538	1.9	537	93	0	1772	27	19	13	39	1.89
24655883--24656060	90	2.0	89	81	9	211	24	17	14	43	1.86
24655980--24656804	216	3.8	216	84	1	990	26	19	14	39	1.90
24656682--24656924	120	2.0	120	84	0	315	27	20	13	38	1.90
24656464--24657140	336	2.0	336	83	1	838	28	18	13	38	1.89
24656800--24661702	216	22.9	215	79	6	4413	28	17	13	40	1.88
24656248--24657356	552	2.0	553	83	2	1375	28	18	13	39	1.89
24656030--24657572	768	2.0	769	84	2	1997	28	18	13	39	1.89
24661754--24663711	215	9.1	215	77	6	1757	29	17	14	39	1.89
24664353--24664413	32	2.0	30	84	12	79	34	3	1	60	1.23
24665468--24665822	30	11.9	30	78	7	287	34	23	3	38	1.71
24665468--24665763	90	3.3	90	84	5	325	34	23	2	39	1.67
24665712--24665823	59	1.9	59	81	7	138	34	22	6	36	1.79
24671097--24671153	18	3.4	17	83	14	73	77	0	21	1	0.86
24671097--24671143	8	5.8	8	79	20	53	76	0	23	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24671097--24671166	21	3.3	20	79	13	77	77	0	20	2	0.90
24671097--24671169	10	6.9	10	79	14	76	75	0	21	2	0.93
24672024--24672067	8	5.4	8	78	5	52	79	0	4	15	0.89
24675658--24675700	19	2.3	19	84	8	52	58	2	0	39	1.11
24676533--24677185	98	6.6	99	81	5	616	32	16	32	17	1.93
24676533--24677169	50	13.0	49	76	7	531	32	17	32	17	1.93
24676533--24677169	147	4.3	148	82	4	664	32	17	32	17	1.93
24677239--24677595	59	6.1	58	77	10	289	33	24	3	38	1.73
24677239--24677596	89	4.0	89	80	6	343	33	24	3	38	1.73
24677239--24677620	30	12.9	30	77	7	282	33	23	3	38	1.73
24678506--24679597	216	5.1	214	80	6	1046	28	16	14	40	1.88
24680219--24680346	49	2.5	50	80	13	147	37	11	15	35	1.84
24680193--24680346	50	3.0	50	74	16	147	37	11	14	35	1.83
24680541--24680573	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
24682952--24683013	27	2.5	23	78	17	61	16	12	4	66	1.41
24684241--24684378	50	2.7	51	80	9	156	37	10	16	34	1.84
24685009--24685323	161	2.0	162	87	0	452	29	15	13	41	1.85
24685171--24686237	214	5.0	215	82	4	1143	27	18	13	39	1.89
24686131--24686322	105	1.8	104	86	3	278	27	16	15	41	1.88
24685700--24686768	531	2.0	533	87	2	1533	28	17	13	40	1.87
24686235--24688708	216	11.5	216	81	4	2431	28	18	13	39	1.88
24685269--24687121	961	1.9	963	83	4	2392	28	18	13	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24686235--24688704	430	5.7	427	82	3	2537	28	18	13	39	1.88
24686235--24694323	646	12.4	643	74	11	4159	28	17	13	40	1.88
24688602--24688813	105	2.0	104	81	4	248	30	15	13	40	1.85
24688171--24689244	535	2.0	534	86	3	1489	28	17	12	41	1.86
24688706--24694404	215	26.6	215	75	8	3874	28	17	13	40	1.88
24694329--24694502	90	1.9	89	82	3	215	21	21	13	43	1.87
24693698--24695148	735	2.0	735	81	5	1729	26	18	13	41	1.88
24694423--24696223	215	8.3	216	81	5	1915	27	17	13	40	1.88
24694423--24696223	432	4.2	433	86	4	2171	27	17	13	40	1.88
24696233--24700791	431	10.4	432	72	11	2564	28	17	13	40	1.88
24696232--24700791	216	20.8	216	72	11	2284	28	17	13	40	1.88
24698388--24698552	90	1.8	90	83	7	219	22	16	15	45	1.85
24698478--24700791	216	10.8	216	81	4	2473	28	17	14	39	1.89
24700854--24703936	216	14.3	216	77	6	2671	28	16	13	40	1.87
24700854--24703936	431	7.2	427	78	7	2574	28	16	13	40	1.87
24705539--24705648	23	4.7	23	79	7	80	14	22	19	43	1.87
24705539--24705603	23	2.8	24	84	13	82	12	26	21	40	1.88
24706245--24708680	217	11.4	216	78	7	2228	27	16	14	40	1.88
24706245--24708680	433	5.7	432	79	6	2263	27	16	14	40	1.88
24708739--24709905	216	5.5	215	75	9	787	28	16	14	40	1.87
24708194--24709239	559	1.9	547	81	5	1278	29	16	13	40	1.87
24708935--24709758	412	2.0	411	80	5	941	28	16	14	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24709346--24709892	214	2.5	215	81	3	618	29	16	13	40	1.87
24709868--24710031	90	1.8	88	85	7	233	21	18	16	43	1.88
24709956--24715636	216	26.4	215	79	5	5492	28	17	14	40	1.88
24709958--24715636	430	13.2	430	80	5	5499	28	17	14	40	1.88
24715699--24717388	216	7.8	215	82	5	1734	28	16	14	40	1.88
24715700--24717829	863	2.4	873	84	5	2581	28	16	14	40	1.88
24717382--24717829	216	2.1	214	84	5	571	29	15	13	40	1.87
24724745--24725081	183	1.8	183	94	0	593	25	9	21	43	1.83
24741329--24741375	20	2.3	21	85	3	60	10	10	4	74	1.20
24743495--24743545	18	2.7	18	87	9	66	68	7	23	0	1.15
24743495--24743548	19	2.8	20	86	11	76	68	7	24	0	1.15
24746786--24746828	17	2.5	16	85	11	50	67	0	23	9	1.19
24747607--24747634	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24751133--24751175	20	2.2	20	91	0	68	55	13	11	18	1.68
24754132--24754180	25	1.9	26	84	12	66	28	26	8	36	1.85
24756108--24756188	29	2.7	30	80	3	101	44	23	13	18	1.85
24758042--24758066	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
24774117--24774154	20	1.9	20	84	10	51	21	7	13	57	1.60
24778195--24778232	13	2.7	15	88	8	53	50	10	2	36	1.51
24786836--24786908	27	2.8	26	81	10	87	15	10	28	45	1.80
24788680--24788717	13	2.7	15	88	8	53	50	10	2	36	1.51
24792177--24792438	142	1.8	142	91	0	434	36	24	13	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24798961--24799332	108	3.4	107	85	2	469	24	20	19	35	1.96
24799474--24799512	19	2.0	20	85	5	53	25	2	23	48	1.63
24799468--24799518	20	2.5	20	76	20	52	25	1	23	49	1.61
24813247--24813282	16	2.2	17	90	5	56	58	11	5	25	1.54
24819966--24820005	20	2.0	21	90	5	64	10	20	0	70	1.16
24819964--24820016	10	5.1	11	75	11	58	11	18	0	69	1.17
24828971--24828998	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
24835540--24835642	20	5.1	20	70	10	66	46	11	7	33	1.69
24835819--24835863	18	2.5	18	88	0	63	40	17	11	31	1.85
24835678--24835963	141	2.0	141	97	0	545	37	19	10	32	1.87
24838719--24838892	50	3.5	49	77	6	172	46	12	12	28	1.78
24839348--24839406	31	2.0	29	86	6	82	54	6	0	38	1.27
24839662--24839688	14	1.9	14	100	0	54	29	0	59	11	1.32
24853622--24853671	21	2.4	20	77	9	55	30	0	0	70	0.88
24853601--24853661	30	2.0	31	84	9	81	29	1	0	68	0.99
24855401--24855445	18	2.5	18	88	0	72	22	46	4	26	1.70
24855710--24855929	59	3.7	58	87	5	298	33	5	8	53	1.52
24859481--24859567	29	2.9	31	81	8	110	36	17	4	41	1.70
24859519--24859566	15	3.2	15	75	0	51	39	12	2	45	1.54
24859588--24859632	24	1.9	23	81	4	54	57	20	0	22	1.40
24860935--24860983	26	1.9	26	83	4	64	26	12	16	44	1.82
24861854--24861893	20	2.0	20	85	14	55	70	12	15	2	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24870712--24870885	51	3.5	50	85	7	237	36	12	13	37	1.82
24875333--24875390	17	3.4	17	78	2	53	46	17	18	17	1.84
24881377--24881414	18	2.1	18	90	0	58	23	15	28	31	1.96
24886547--24886606	24	2.5	23	76	12	59	15	10	3	71	1.25
24887594--24887788	50	3.8	49	85	7	257	37	12	12	36	1.82
24887570--24887801	101	2.3	103	85	8	323	37	12	12	37	1.81
24898789--24898831	18	2.4	18	88	7	61	25	20	23	30	1.99
24907329--24907446	18	6.6	18	91	0	182	22	21	26	29	1.99
24911502--24911735	108	2.2	108	83	1	290	36	23	16	23	1.94
24911502--24911735	36	6.5	36	75	4	186	36	23	16	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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