genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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This is table  64  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18687933--18687999	26	2.6	25	81	4	71	35	11	20	31	1.89
18693447--18693498	18	3.0	18	81	10	56	51	0	1	46	1.12
18696043--18696103	30	2.0	30	84	12	81	50	0	0	49	1.00
18696030--18696091	27	2.3	27	73	13	65	56	0	0	43	0.99
18698787--18698830	21	2.0	22	82	4	54	22	27	31	18	1.97
18699582--18699654	26	2.7	28	79	14	82	34	10	1	53	1.45
18702140--18702178	20	1.9	21	84	5	53	46	12	30	10	1.75
18702661--18702750	41	2.2	41	82	4	101	23	20	25	31	1.98
18705906--18705987	19	4.3	18	78	17	78	56	3	3	36	1.35
18705851--18705990	47	3.2	42	82	13	160	54	3	5	37	1.40
18712850--18712914	29	2.2	29	86	5	87	52	24	12	10	1.71
18713380--18713423	18	2.3	19	88	7	63	18	22	36	22	1.95
18717614--18717703	39	2.3	40	88	1	128	12	27	24	35	1.91
18717617--18717832	20	10.9	20	73	4	127	10	26	22	40	1.85
18719551--18719597	4	11.8	4	95	0	85	74	0	0	25	0.82
18731159--18731223	28	2.3	28	94	0	112	23	21	1	53	1.54
18749441--18749481	21	2.0	21	85	9	57	65	2	29	2	1.18
18749882--18749951	34	2.1	34	86	0	95	24	18	8	48	1.76
18750520--18750582	24	2.6	23	80	12	72	47	7	15	28	1.74
18756634--18756679	10	4.6	10	86	0	56	26	13	28	32	1.93
18756778--18756847	9	7.7	9	72	16	56	24	4	1	70	1.14
18756795--18756851	24	2.5	23	78	16	73	29	1	0	68	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18756800--18756850	15	3.5	15	76	17	63	27	1	0	70	0.98
18756793--18756846	28	2.0	28	89	10	85	27	1	0	70	0.98
18756803--18756872	31	2.2	32	82	7	81	27	1	1	70	1.05
18761977--18762008	16	2.0	16	100	0	64	50	18	18	12	1.78
18764538--18764584	19	2.3	20	78	7	60	21	14	14	48	1.80
18765320--18765645	48	6.7	49	72	4	223	40	16	23	19	1.91
18765326--18765634	97	3.2	95	76	8	266	40	16	23	19	1.91
18765287--18765820	49	11.0	49	71	8	214	40	18	21	19	1.91
18765287--18765743	145	3.1	147	77	8	382	40	17	22	19	1.91
18765326--18765685	97	3.7	97	76	7	252	40	16	23	20	1.91
18765960--18766271	81	3.9	81	88	4	479	31	28	16	23	1.96
18765960--18766268	161	1.9	161	90	3	489	31	28	15	23	1.96
18766940--18766975	10	3.6	10	88	0	54	22	16	27	33	1.95
18767182--18767230	23	2.2	23	82	7	57	26	6	8	59	1.50
18767372--18767436	29	2.2	30	81	13	82	29	4	6	60	1.41
18772345--18772560	41	5.3	41	71	11	158	17	18	27	36	1.93
18772345--18772611	80	3.3	78	78	6	232	17	18	28	35	1.94
18777562--18777628	33	2.0	34	85	8	93	35	22	7	34	1.82
18780225--18780336	20	5.7	20	78	12	133	24	8	25	41	1.84
18780220--18780340	39	3.1	39	100	0	242	22	11	24	41	1.87
18785000--18785108	26	4.2	26	71	11	89	21	15	24	38	1.92
18784987--18785097	26	4.3	26	77	6	109	19	17	24	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18785499--18785531	17	2.0	17	94	5	59	57	24	0	18	1.40
18786471--18786669	30	6.6	30	78	10	142	37	22	5	35	1.76
18786501--18786669	60	2.8	59	75	12	182	37	22	4	35	1.75
18791526--18791951	49	8.7	49	76	2	311	35	16	27	20	1.94
18791526--18791943	98	4.3	98	81	2	473	35	16	27	19	1.94
18791562--18791947	147	2.6	146	78	2	351	34	16	27	20	1.94
18791526--18791950	196	2.2	196	89	2	640	35	16	27	20	1.94
18792321--18793330	40	25.4	39	72	11	581	31	25	17	25	1.97
18792382--18793291	79	11.4	79	75	9	375	31	25	17	25	1.97
18792543--18792709	90	1.9	90	84	2	228	29	28	16	25	1.97
18792449--18792781	169	2.0	170	81	3	402	31	25	17	25	1.97
18792850--18793196	118	3.0	117	82	8	393	30	24	18	26	1.98
18792869--18793291	117	3.6	116	81	9	387	30	26	17	25	1.97
18792771--18793330	79	7.1	79	79	7	489	31	26	17	25	1.97
18792771--18793331	39	14.3	39	72	8	343	31	26	17	25	1.97
18793950--18793981	16	1.9	17	93	6	57	75	3	3	18	1.08
18794053--18794086	16	2.1	17	88	5	52	52	29	0	17	1.45
18795064--18795200	60	2.3	60	85	2	177	37	15	6	40	1.73
18795069--18795196	30	4.2	30	83	1	148	37	14	7	40	1.74
18795064--18795207	30	4.8	30	81	3	137	36	17	6	39	1.77
18795209--18795295	29	3.0	28	76	17	72	25	3	5	65	1.31
18800302--18800397	26	3.7	26	79	8	115	27	12	16	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18800287--18800398	51	2.2	52	85	4	147	25	14	18	41	1.89
18801522--18801567	21	2.2	21	84	7	58	23	23	36	15	1.93
18804811--18804850	21	1.9	21	94	0	71	50	12	10	27	1.72
18804809--18804860	21	2.5	20	81	9	68	50	13	9	26	1.72
18813188--18813245	18	3.2	18	78	9	64	29	10	15	44	1.79
18821345--18821417	14	5.2	14	66	11	51	36	5	20	36	1.76
18821329--18821417	28	3.1	28	90	4	135	39	5	20	34	1.76
18830522--18830712	69	2.8	69	81	0	220	29	23	21	24	1.99
18831757--18831901	59	2.4	59	83	1	182	43	12	13	31	1.80
18831926--18832041	52	2.1	54	84	6	146	39	12	13	33	1.83
18833495--18833587	37	2.5	36	82	8	114	65	7	1	25	1.25
18835144--18835705	49	11.5	49	78	1	455	20	24	16	39	1.92
18835144--18835705	98	5.7	98	82	2	583	20	24	16	39	1.92
18835136--18835705	147	3.9	146	76	4	549	19	24	16	39	1.92
18844693--18844812	18	6.7	18	83	0	132	25	20	22	31	1.98
18846291--18846378	44	2.0	44	100	0	176	36	11	25	27	1.90
18850856--18850935	18	4.6	18	79	6	83	22	18	23	35	1.96
18850838--18850935	34	2.8	34	81	3	106	24	18	23	33	1.97
18850856--18850952	18	5.4	18	77	10	74	22	20	20	36	1.96
18855387--18855618	52	4.5	52	87	0	331	32	25	15	26	1.96
18859061--18859109	21	2.3	22	75	25	52	22	4	28	44	1.71
18860270--18860324	18	3.1	18	86	5	76	34	14	7	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18870041--18870116	34	2.2	35	92	2	127	47	9	2	40	1.49
18877290--18877400	43	2.6	43	75	16	113	51	16	19	12	1.76
18879456--18879748	160	1.8	163	82	9	386	26	30	0	42	1.60
18879614--18879653	18	2.1	20	86	9	57	25	25	0	50	1.50
18883219--18883311	46	2.0	46	100	0	186	36	6	17	39	1.75
18891929--18891962	17	1.9	18	94	5	61	38	2	17	41	1.65
18897229--18897323	44	2.2	44	94	0	163	35	20	11	32	1.88
18901101--18901337	115	2.1	115	94	0	411	21	23	26	29	1.99
18920849--18921110	132	2.0	132	88	0	389	23	22	23	30	1.99
18920964--18921304	158	2.2	158	86	0	457	22	21	24	30	1.99
18925017--18925051	18	1.9	18	88	0	52	22	2	2	71	1.13
18927249--18927287	19	2.0	21	85	10	55	25	0	5	69	1.09
18934741--18934773	17	1.9	17	100	0	66	69	0	0	30	0.88
18934758--18934820	30	2.1	30	82	5	74	52	7	0	39	1.31
18947799--18948042	108	2.3	109	85	8	358	47	21	7	23	1.77
18948568--18948621	18	2.9	19	81	10	67	64	3	0	31	1.11
18952133--18952187	27	2.0	27	85	0	74	30	25	10	32	1.90
18954176--18954248	34	2.1	34	92	0	119	15	36	1	46	1.54
18955752--18955794	12	3.7	12	78	6	52	30	25	0	44	1.55
18955744--18955789	23	2.0	22	91	4	74	30	23	0	45	1.53
18955921--18956040	18	7.1	17	71	24	60	29	0	0	69	1.00
18955933--18955975	14	3.2	13	80	9	50	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18955990--18956040	10	5.5	10	82	15	56	25	0	0	74	0.82
18955998--18956037	9	4.4	9	84	9	55	22	0	0	77	0.77
18955979--18956040	27	2.2	28	85	5	81	27	0	1	70	0.96
18956779--18956808	13	2.4	12	94	5	51	43	0	3	53	1.17
18957713--18957755	18	2.4	18	92	0	68	25	39	6	27	1.81
18957726--18957764	18	2.2	18	86	9	53	23	48	7	20	1.75
18957941--18957977	11	3.1	12	88	11	58	35	0	0	64	0.94
18958086--18958150	30	2.2	30	97	2	123	58	15	3	23	1.51
18958948--18958972	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18959245--18959285	21	2.0	21	85	9	57	48	19	0	31	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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