genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20969456--20969634	95	1.9	96	83	8	240	36	14	18	30	1.91
20969850--20969914	28	2.3	27	81	7	67	32	9	30	27	1.88
20970053--20970208	29	5.4	29	75	9	95	36	2	25	35	1.70
20970025--20970227	58	3.5	57	76	13	182	35	3	23	36	1.74
20970162--20970217	28	2.0	29	85	3	78	35	1	21	41	1.64
20971337--20971379	16	2.7	15	80	19	52	30	2	4	62	1.28
20972484--20972638	50	3.1	51	72	17	160	16	28	18	36	1.92
20975968--20976387	210	2.0	210	99	0	822	24	28	15	31	1.95
20977595--20977635	18	2.2	19	86	4	57	4	31	2	60	1.30
20984605--20984704	29	3.5	29	72	14	91	29	4	30	37	1.76
20984663--20984742	30	2.7	29	76	14	74	35	2	26	36	1.70
20986728--20986771	17	2.6	17	88	0	61	54	0	4	40	1.21
20986704--20986756	6	9.0	6	75	4	54	50	0	3	45	1.19
20990282--20990338	28	2.0	29	90	10	91	45	0	0	54	0.99
20991068--20991112	15	3.0	15	83	0	63	6	0	31	62	1.21
20995348--20995434	9	9.6	9	76	18	74	51	0	0	48	1.00
20995348--20995443	37	2.6	35	76	18	90	50	0	1	48	1.07
20995376--20995431	19	3.0	20	79	10	73	48	0	0	51	1.00
20995384--20995443	28	2.1	29	79	14	72	46	0	1	51	1.10
20995554--20995752	99	2.0	100	91	2	321	23	33	7	35	1.83
20996192--20996241	16	3.3	16	72	16	61	42	0	0	58	0.98
20996186--20996265	29	2.7	30	96	1	144	47	1	1	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21006388--21006450	30	2.1	31	82	8	76	28	7	7	55	1.57
21006845--21006873	10	2.9	10	100	0	58	31	37	10	20	1.86
21009781--21009825	3	15.3	3	95	4	83	31	0	0	68	0.89
21011797--21011835	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
21020142--21020175	14	2.4	14	95	0	59	23	0	5	70	1.09
21020412--21020759	188	1.8	189	86	0	500	38	15	14	31	1.88
21022600--21022649	16	3.1	16	75	13	57	30	6	4	60	1.39
21031388--21031434	25	1.9	24	86	4	67	27	38	17	17	1.91
21031443--21031480	7	5.7	7	87	12	62	26	26	15	31	1.96
21031443--21031482	19	2.1	19	100	0	80	25	25	15	35	1.94
21031447--21031505	20	3.0	20	87	2	75	20	23	13	42	1.88
21037215--21037260	25	1.9	23	86	8	65	34	4	4	56	1.39
21052326--21052422	48	2.0	48	88	7	144	39	17	15	27	1.90
21058637--21058737	51	2.0	51	100	0	202	32	15	9	41	1.81
21072348--21072378	5	6.2	5	100	0	62	19	0	19	61	1.35
21073016--21073085	9	8.2	8	82	4	52	61	2	2	32	1.25
21073041--21073082	3	14.3	3	95	5	77	69	0	0	30	0.89
21074139--21074188	7	7.4	7	73	8	50	36	16	22	26	1.94
21080742--21080792	26	2.0	26	84	0	66	41	19	17	21	1.91
21082624--21082749	23	5.5	23	80	9	89	11	24	23	40	1.87
21082636--21082773	46	3.0	45	73	14	138	10	23	23	41	1.86
21089781--21089813	18	1.9	17	88	11	50	60	3	0	36	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21091221--21091279	19	3.1	20	78	9	70	42	23	16	16	1.89
21091222--21091287	26	2.5	26	71	11	64	39	25	18	16	1.91
21110067--21110134	9	7.6	9	77	0	73	38	29	4	27	1.76
21110059--21110137	18	4.4	18	90	0	113	40	26	5	27	1.77
21112499--21112587	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
21112499--21112567	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
21126766--21126816	27	1.9	27	84	4	68	72	1	9	15	1.19
21128461--21128584	64	1.9	64	91	3	205	29	24	12	34	1.91
21128575--21129184	99	6.4	98	69	12	376	27	22	16	33	1.96
21128304--21128776	256	1.8	259	81	4	589	26	23	15	33	1.95
21128568--21129184	192	3.2	192	85	3	841	27	22	16	33	1.96
21129391--21129628	49	4.9	49	79	3	237	24	27	12	35	1.92
21130601--21130664	6	10.8	6	83	9	71	3	17	0	79	0.85
21130614--21130667	28	2.0	27	85	10	74	3	14	0	81	0.82
21135233--21136313	192	5.6	192	90	1	1551	25	22	17	34	1.96
21136393--21136508	42	2.8	43	85	10	152	17	26	15	40	1.89
21136393--21136453	21	2.9	21	68	15	54	16	24	18	40	1.90
21136512--21136770	49	5.3	49	77	4	236	23	25	15	35	1.94
21137217--21137425	113	1.9	112	90	1	337	40	11	19	28	1.86
21137739--21137804	6	10.8	6	80	13	73	1	15	0	83	0.72
21137741--21137804	27	2.6	23	83	13	83	1	15	0	82	0.74
21137739--21137804	19	3.5	19	76	15	75	1	15	0	83	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21138481--21138520	6	7.0	6	83	11	57	0	17	2	80	0.83
21138481--21138520	11	3.5	11	83	16	55	0	17	2	80	0.83
21138481--21138519	17	2.3	17	95	0	69	0	17	2	79	0.84
21143300--21143352	24	2.2	25	83	10	65	1	11	13	73	1.18
21143300--21143353	23	2.3	23	80	20	60	1	11	14	72	1.21
21143843--21144712	93	9.0	97	70	14	414	25	21	17	36	1.94
21143858--21144678	192	4.2	192	82	4	866	25	21	16	35	1.95
21144156--21144703	93	5.8	93	73	10	430	26	22	16	35	1.95
21144763--21144878	42	2.8	42	84	5	128	18	25	15	40	1.90
21144857--21145064	98	2.1	98	93	0	353	21	23	16	38	1.92
21144857--21145244	49	7.9	49	76	7	272	21	25	13	38	1.91
21144890--21145223	98	3.4	99	78	7	319	22	26	13	37	1.91
21145674--21145891	113	1.9	112	88	0	328	39	11	19	28	1.87
21146201--21146229	6	5.0	6	91	8	51	0	13	0	86	0.58
21146201--21146229	11	2.5	12	88	11	51	0	13	0	86	0.58
21148211--21148267	25	2.4	23	85	11	71	64	5	5	24	1.35
21148254--21148314	14	4.5	13	72	15	52	73	1	4	19	1.10
21152951--21153005	21	2.6	21	82	5	67	29	16	21	32	1.95
21153762--21154057	147	2.0	147	97	0	556	35	11	25	27	1.91
21164080--21164117	20	1.9	20	94	0	67	52	21	15	10	1.72
21164105--21164154	26	1.9	26	84	8	66	32	22	26	20	1.98
21165026--21165101	30	2.5	30	85	4	100	46	18	0	35	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21168546--21168574	15	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
21170332--21170360	12	2.3	13	94	5	51	34	3	10	51	1.53
21171980--21172006	12	2.2	12	100	0	54	48	25	14	11	1.77
21173477--21173627	37	4.1	37	87	2	198	16	21	29	31	1.96
21174657--21174682	8	3.2	8	100	0	52	34	0	23	42	1.54
21178810--21178856	8	5.9	8	78	9	51	29	2	0	68	1.02
21182759--21182797	13	2.8	13	88	7	51	38	2	10	48	1.51
21188124--21188210	28	3.1	27	74	12	77	33	18	24	24	1.97
21188125--21188273	58	2.6	56	87	6	210	32	18	23	26	1.97
21188174--21188264	28	3.2	28	67	11	67	36	17	24	21	1.95
21190184--21190277	47	2.0	47	100	0	188	40	29	4	25	1.75
21191159--21191194	17	2.1	17	100	0	72	27	0	19	52	1.46
21196574--21196654	38	2.1	38	95	0	144	35	24	14	24	1.94
21199057--21199089	17	1.9	17	100	0	66	12	15	18	54	1.71
21200101--21200183	38	2.2	38	86	4	114	32	25	16	25	1.96
21207166--21207207	22	1.9	22	100	0	84	26	21	33	19	1.97
21207165--21207214	22	2.3	22	89	0	82	22	18	36	24	1.95
21208010--21208065	26	2.2	26	90	0	85	28	17	17	35	1.93
21208972--21209008	18	2.0	19	89	5	58	62	0	2	35	1.10
21214071--21214118	14	3.4	14	82	0	60	12	20	27	39	1.89
21214071--21214123	28	1.9	27	84	3	70	11	22	24	41	1.86
21222869--21222930	28	2.2	28	100	0	124	32	22	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21222869--21222996	28	4.6	28	78	13	86	32	21	23	22	1.98
21222900--21223159	56	4.7	56	81	5	294	32	21	21	24	1.98
21223031--21223119	28	3.2	28	65	15	67	34	21	20	23	1.96
21226238--21226294	20	3.0	20	75	14	57	22	3	3	70	1.18
21228025--21228050	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
21230198--21230289	3	31.3	3	73	18	70	29	4	0	66	1.11
21230206--21230293	15	5.9	15	75	20	87	29	4	0	65	1.12
21230198--21230352	21	7.5	21	67	23	64	27	3	2	66	1.22
21230191--21230293	27	3.7	30	76	21	107	27	4	0	67	1.10
21230297--21230356	27	2.3	27	75	13	63	23	3	6	66	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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