genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032244.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38174113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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This is table  28  of  126  ( 15035 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8710803--8710835	15	2.1	16	88	5	50	57	6	3	33	1.38
8729218--8729553	167	2.0	165	93	1	573	23	25	8	43	1.81
8738331--8738378	22	2.1	23	85	11	64	62	2	0	35	1.07
8738322--8738380	11	5.3	11	76	13	50	59	1	0	38	1.08
8738331--8738380	23	2.2	23	82	13	59	62	2	0	36	1.07
8741121--8741179	26	2.2	27	87	6	84	32	1	25	40	1.66
8741121--8741179	28	2.2	26	87	6	82	32	1	25	40	1.66
8741466--8741594	30	4.3	30	75	3	100	39	21	4	34	1.74
8745841--8746006	82	2.0	82	98	0	323	30	18	24	26	1.98
8753089--8753216	50	2.6	50	85	0	175	35	17	25	20	1.95
8753268--8753398	40	3.3	40	80	4	165	30	26	16	25	1.97
8753268--8753419	80	1.9	80	91	0	250	28	26	19	25	1.98
8753291--8753419	40	3.2	40	82	4	170	28	25	21	24	1.99
8753268--8753441	80	2.2	79	87	3	242	29	26	16	27	1.97
8753887--8753940	6	9.5	6	86	8	69	40	0	3	55	1.17
8753891--8753959	17	4.1	16	81	10	77	42	0	5	52	1.25
8753891--8753936	5	8.4	5	88	11	56	43	0	4	52	1.21
8753870--8753936	22	3.0	22	86	2	80	43	1	2	52	1.25
8755863--8756072	59	3.6	58	86	3	305	31	29	4	34	1.77
8755863--8756097	29	8.1	28	68	21	130	32	29	4	33	1.77
8767816--8768066	114	2.2	114	94	0	448	39	21	19	19	1.93
8767621--8768266	314	2.1	309	87	2	916	37	21	20	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8767930--8768419	200	2.4	200	88	1	721	36	22	22	18	1.95
8768330--8768476	67	2.2	67	88	2	215	34	29	18	17	1.94
8768839--8768906	17	4.0	17	82	3	75	41	2	4	51	1.37
8768864--8768906	6	7.5	6	82	10	54	39	0	4	55	1.20
8769920--8770074	23	6.7	23	82	6	154	41	22	24	10	1.86
8773458--8773663	59	3.5	59	85	1	288	33	28	1	35	1.68
8773496--8773689	29	6.7	29	69	17	125	35	26	2	35	1.71
8775660--8775716	25	2.1	28	84	9	75	35	1	21	42	1.63
8776013--8776103	30	3.0	30	78	7	96	40	16	5	37	1.72
8791073--8791187	61	1.9	59	85	7	160	40	2	5	52	1.38
8791866--8791962	22	4.3	22	74	10	79	7	3	14	75	1.14
8791865--8791988	23	5.3	23	72	18	80	6	4	15	74	1.18
8791865--8791962	35	2.9	34	79	13	112	7	3	14	75	1.13
8791865--8791984	35	3.5	31	76	15	87	6	4	15	74	1.18
8791898--8791991	12	7.9	12	72	19	56	5	4	17	73	1.18
8802198--8802245	11	4.0	11	80	19	60	45	0	0	54	0.99
8802201--8802263	26	2.4	26	100	0	126	46	0	0	53	1.00
8802208--8802260	15	3.9	15	79	20	71	47	0	0	52	1.00
8802602--8802652	15	3.3	15	74	15	50	54	3	1	39	1.30
8807043--8807068	5	5.2	5	100	0	52	19	42	38	0	1.51
8807078--8807104	7	3.9	7	100	0	54	55	0	29	14	1.40
8810216--8810241	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8813147--8813256	29	3.8	28	73	17	98	30	2	33	32	1.72
8813146--8813342	59	3.4	57	85	4	250	32	3	29	34	1.73
8813153--8813375	30	7.6	28	68	19	102	34	2	27	35	1.70
8813336--8813433	29	3.3	29	83	7	126	34	5	21	38	1.76
8814218--8814259	22	2.0	21	86	13	59	7	14	2	76	1.10
8815338--8815428	17	5.4	16	77	16	78	51	2	3	42	1.30
8815355--8815426	6	12.7	6	74	14	64	52	1	4	41	1.29
8815354--8815416	11	5.5	11	83	5	81	52	1	4	41	1.32
8815731--8815962	31	7.7	31	65	17	141	27	20	15	36	1.93
8815719--8815950	56	3.9	56	84	9	284	27	21	14	37	1.92
8815832--8816435	68	8.4	67	85	8	650	27	20	18	33	1.96
8815943--8816435	38	13.4	38	87	8	727	27	20	18	32	1.96
8815875--8816431	106	5.1	110	84	8	666	28	20	17	33	1.96
8815875--8816435	144	3.9	148	90	6	732	28	20	18	32	1.96
8815907--8816445	181	3.0	175	84	8	740	27	20	18	32	1.96
8816329--8816445	39	3.0	39	93	1	191	25	20	19	34	1.96
8828405--8828539	29	4.6	29	68	19	75	34	1	28	36	1.66
8828343--8828537	59	3.3	57	84	5	246	33	3	29	33	1.73
8828428--8828595	30	5.7	30	71	16	102	34	2	27	35	1.70
8828348--8828570	117	1.9	115	83	9	290	34	2	27	34	1.71
8829368--8829429	22	2.8	21	77	18	56	4	17	4	72	1.20
8830502--8830589	17	5.2	16	80	14	81	53	2	3	40	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8830519--8830573	6	9.7	6	76	11	62	50	1	3	43	1.30
8830518--8830589	11	6.5	11	81	7	83	54	1	4	40	1.28
8831029--8831102	29	2.7	27	78	10	78	28	0	4	67	1.09
8833436--8833497	23	2.7	22	80	9	72	62	0	1	35	1.05
8833443--8833497	22	2.4	23	82	8	69	65	0	1	32	1.03
8833586--8833631	20	2.2	21	92	3	76	47	26	0	26	1.52
8833595--8833640	20	2.3	20	85	10	60	54	19	0	26	1.44
8834617--8834664	20	2.4	19	80	10	51	66	10	4	18	1.37
8848480--8848545	33	2.0	33	100	0	132	30	15	3	51	1.58
8849478--8849546	34	2.0	34	91	0	111	55	4	7	33	1.47
8852269--8852348	40	2.0	40	82	4	99	10	7	16	66	1.43
8852272--8852359	20	4.3	19	77	11	77	9	7	17	65	1.44
8852273--8852359	41	2.1	41	80	4	95	9	8	17	65	1.45
8852374--8852433	12	5.1	12	73	4	50	10	5	16	68	1.35
8852374--8852433	23	2.5	24	78	2	68	10	5	16	68	1.35
8855755--8855847	19	5.2	18	71	20	79	53	5	0	40	1.24
8855784--8855844	33	1.9	32	90	6	97	52	3	0	44	1.17
8858975--8859128	74	2.1	74	100	0	308	25	12	6	54	1.62
8865732--8865787	22	2.6	21	77	8	58	37	1	3	57	1.27
8877775--8878013	52	4.6	51	82	5	284	29	24	15	30	1.95
8877828--8878013	103	1.8	103	89	2	293	29	24	14	31	1.95
8884733--8884765	10	3.3	10	87	12	50	63	9	0	27	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8884895--8884990	37	2.7	35	77	13	108	67	14	5	12	1.38
8884997--8885057	27	2.2	29	85	5	81	72	11	4	11	1.27
8884987--8885061	20	3.9	18	70	19	55	73	10	5	10	1.24
8886791--8886834	22	2.0	22	86	8	63	47	0	6	45	1.29
8886817--8886895	32	2.8	27	77	13	79	40	1	6	51	1.35
8887010--8887189	90	2.0	91	98	1	353	31	12	5	50	1.63
8894800--8894838	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
8899759--8899809	15	3.5	14	76	15	50	60	3	1	33	1.26
8904063--8904224	79	2.1	79	86	6	222	41	11	7	39	1.69
8909346--8909380	13	2.5	13	90	9	52	31	0	0	68	0.90
8911400--8911431	6	5.3	6	96	0	55	12	0	18	68	1.20
8914666--8914715	25	2.0	25	84	0	64	54	6	20	20	1.65
8915737--8915775	19	2.1	19	100	0	78	30	38	0	30	1.58
8917207--8917249	17	2.6	18	85	10	56	37	13	0	48	1.43
8918159--8918200	13	3.1	14	86	6	52	2	11	7	78	1.04
8922216--8922280	13	5.0	13	84	0	85	33	6	23	36	1.80
8922803--8922851	19	2.4	21	78	18	59	77	6	14	2	1.05
8923997--8924559	282	2.0	282	99	0	1108	33	16	14	34	1.90
8924801--8924886	44	2.0	44	92	0	145	22	10	15	52	1.72
8928165--8928226	27	2.2	27	85	5	79	50	3	12	33	1.57
8928442--8928474	17	1.9	17	88	11	50	0	42	3	54	1.15
8937575--8937629	21	2.5	22	80	8	60	38	21	16	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8937981--8938026	24	2.0	23	82	4	56	47	8	10	32	1.69
8940411--8940497	43	2.0	43	100	0	174	54	6	4	34	1.48
8952592--8952617	13	2.0	13	100	0	52	15	0	15	69	1.20
8953201--8953273	25	2.9	25	82	9	87	23	6	8	61	1.48
8964878--8964936	31	1.9	30	86	3	82	55	10	1	32	1.43
8969344--8969641	146	2.0	145	96	0	551	32	19	12	35	1.89
8978402--8978705	58	5.2	59	79	8	286	37	3	27	31	1.75
8978402--8978705	117	2.6	116	82	5	357	37	3	27	31	1.75
8978484--8978713	29	7.9	29	68	21	106	36	3	29	30	1.76
8978659--8978765	29	3.6	28	78	9	97	35	4	25	34	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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