genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  1  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--69	7	9.9	7	100	0	138	28	43	14	13	1.83
65--561	7	71.9	7	90	5	493	21	56	21	0	1.47
67--658	21	28.5	21	82	8	326	23	55	18	2	1.53
600--838	7	34.4	7	85	3	106	33	51	7	7	1.60
649--882	21	11.6	21	72	13	125	31	50	13	5	1.63
844--880	7	5.4	7	96	3	67	24	48	27	0	1.51
837--880	14	3.2	15	90	9	60	22	50	27	0	1.50
878--910	8	4.2	8	92	7	59	24	63	12	0	1.28
878--910	15	2.1	16	94	5	59	24	63	12	0	1.28
917--1045	7	19.0	7	77	13	85	48	45	0	5	1.31
918--1045	14	9.5	13	78	14	109	47	46	0	5	1.31
918--1045	6	19.0	6	80	14	94	47	46	0	5	1.31
934--1039	15	7.2	15	72	18	71	46	47	0	5	1.32
2443--2472	14	2.1	14	100	0	60	36	23	0	40	1.55
3299--3336	12	3.2	12	100	0	76	60	0	23	15	1.35
4045--4088	19	2.2	20	88	4	72	31	13	15	38	1.87
7311--7344	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
8107--8139	16	2.0	17	94	5	59	42	0	0	57	0.98
8131--8158	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9347--9591	122	2.0	123	98	0	474	28	20	11	39	1.88
10016--10045	6	5.0	6	100	0	60	16	0	16	66	1.25
10124--10199	26	2.8	26	78	4	71	56	10	1	31	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11350--11441	21	4.5	21	75	11	66	40	36	0	22	1.55
11284--11414	7	18.6	7	69	12	72	40	33	1	24	1.65
11487--11515	7	4.1	7	100	0	58	27	44	13	13	1.82
12409--12469	23	2.7	23	70	14	54	11	32	13	42	1.79
13535--13595	20	3.0	20	88	7	88	31	14	11	42	1.81
25045--25078	18	1.9	18	88	5	52	41	11	5	41	1.66
25548--26184	211	3.0	211	91	1	1044	30	19	15	33	1.93
30551--30741	95	2.0	95	93	3	332	35	10	6	47	1.64
34098--34143	22	2.1	22	91	0	74	28	17	4	50	1.65
35691--36327	211	3.0	210	90	1	1022	34	16	19	30	1.93
37480--37510	12	2.6	12	100	0	62	64	6	22	6	1.40
39519--39558	21	1.9	21	89	0	62	32	22	2	42	1.67
39515--39567	21	2.5	21	78	0	61	32	16	1	49	1.57
55247--55294	14	3.3	14	72	11	51	41	0	0	58	0.98
55249--55315	32	2.2	32	91	5	111	49	0	1	49	1.10
55249--55322	31	2.4	31	88	6	98	47	0	1	51	1.09
56390--56458	9	8.2	9	73	23	62	50	0	0	49	1.00
56368--56448	20	3.5	21	72	26	65	50	1	0	48	1.08
56356--56466	49	2.2	51	92	4	183	48	1	0	49	1.11
56388--56428	20	2.0	20	100	0	82	51	0	0	48	1.00
58588--58642	24	2.3	23	79	11	58	72	5	1	20	1.13
59059--59097	7	5.6	7	100	0	78	58	0	28	12	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59186--59213	6	4.7	6	100	0	56	0	17	67	14	1.22
64976--65012	6	6.2	6	100	0	74	32	16	0	51	1.45
71353--71379	12	2.2	12	100	0	54	7	18	59	14	1.58
71370--71511	36	4.0	36	96	0	250	14	19	45	21	1.86
79909--79950	11	3.8	12	84	12	54	47	0	0	52	1.00
80194--80249	29	2.0	29	85	3	78	51	7	12	28	1.65
80323--80363	15	2.7	16	81	11	50	41	0	4	53	1.22
88912--88966	27	2.1	26	93	3	92	20	38	0	41	1.52
90437--90503	31	2.2	31	84	7	84	23	13	17	44	1.85
90548--91724	637	1.8	637	96	0	2192	36	11	11	40	1.77
97250--97582	164	2.0	164	100	0	666	30	16	15	37	1.90
99687--99730	23	1.9	23	85	0	61	40	6	6	45	1.57
100255--100337	41	2.0	41	95	0	148	36	13	13	37	1.83
110963--111004	21	2.0	21	100	0	84	52	4	9	33	1.55
115599--115627	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
120528--120585	31	1.9	31	92	3	100	27	10	10	51	1.68
120520--120585	31	2.1	31	88	5	98	28	12	10	48	1.74
123042--123134	45	2.1	45	95	0	168	19	12	30	37	1.89
126995--127019	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
130838--130862	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
143130--143157	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
144130--144177	15	3.3	14	78	16	53	60	2	2	35	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144128--144194	13	5.0	13	74	13	55	59	2	1	35	1.22
144133--144187	29	2.0	29	85	7	78	61	1	1	34	1.17
144995--145201	110	1.9	110	96	0	387	40	7	18	33	1.79
145277--145306	16	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
145823--145870	21	2.3	20	89	7	69	83	6	10	0	0.81
145823--145870	7	6.9	7	79	15	55	83	6	10	0	0.81
151128--151290	58	2.9	56	77	9	145	30	17	9	42	1.80
151158--151291	56	2.4	57	83	7	166	28	20	8	42	1.82
151573--151665	39	2.4	39	82	10	102	58	2	1	38	1.17
151776--152079	56	5.4	57	80	8	257	45	9	15	29	1.78
151780--152037	113	2.3	114	79	11	280	45	8	15	29	1.76
158597--158649	11	4.7	11	77	13	54	56	0	5	37	1.23
158604--158647	21	2.0	22	83	12	56	56	0	6	36	1.26
164581--164665	41	2.1	41	100	0	170	25	24	14	35	1.93
181548--181578	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
190232--190263	13	2.5	13	95	5	57	6	6	31	56	1.49
192619--192653	11	3.3	11	88	8	54	85	5	8	0	0.73
200471--200512	20	2.2	18	91	8	66	64	2	0	33	1.07
203051--203098	6	8.2	6	81	4	62	16	0	29	54	1.43
215411--215435	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
215436--215461	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
215868--215894	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223969--224013	23	1.9	24	90	4	74	42	0	0	57	0.98
223971--224028	23	2.5	24	80	8	66	44	0	0	55	0.99
230522--230572	16	3.1	16	80	8	50	23	1	3	70	1.14
231473--231529	29	2.0	29	96	0	105	42	1	17	38	1.60
238267--238316	24	2.1	23	82	14	57	50	4	10	36	1.55
239155--239347	53	3.6	53	85	2	262	29	17	19	33	1.95
239155--239347	106	1.8	106	87	2	289	29	17	19	33	1.95
240005--240051	21	2.2	21	85	7	60	31	10	25	31	1.90
240015--240072	21	2.8	21	86	0	71	29	15	22	32	1.95
252914--253029	29	3.9	28	77	11	99	26	14	18	39	1.90
252898--253031	60	2.2	59	81	6	162	24	16	20	38	1.93
255335--255404	29	2.4	29	97	2	133	37	5	21	35	1.77
255814--255857	18	2.5	18	85	3	63	38	11	0	50	1.39
262612--262696	29	2.8	30	81	10	93	36	9	12	41	1.76
264045--264107	31	2.0	31	100	0	126	12	22	12	52	1.73
266792--266842	17	2.9	18	82	8	61	27	1	3	66	1.20
268641--268697	22	2.6	21	80	8	60	42	0	1	56	1.10
269192--269219	3	9.3	3	100	0	56	0	32	67	0	0.91
269962--270056	42	2.3	42	96	1	174	41	5	22	31	1.76
302748--302786	18	2.2	17	86	4	51	58	0	2	38	1.12
304304--304366	31	2.0	31	87	6	92	36	11	12	39	1.79
305629--305657	14	2.1	14	100	0	58	27	13	0	58	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306792--306832	19	2.2	20	82	8	50	4	7	19	68	1.32
317301--317480	56	3.1	57	78	9	195	25	16	14	43	1.86
317579--317718	60	2.3	60	86	1	192	37	12	16	32	1.87
317727--318040	59	5.3	58	76	9	273	42	16	16	24	1.87
317826--318040	117	1.8	117	85	5	301	41	16	17	25	1.89
320250--320288	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
320576--320642	33	2.0	33	97	0	125	20	7	22	49	1.74
321019--321102	9	9.8	9	70	27	67	55	0	0	44	0.99
321017--321059	21	2.0	22	90	4	70	48	0	0	51	1.00
321044--321103	16	3.4	16	76	24	66	61	0	0	38	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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