genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28111761--28112068	165	1.9	165	82	4	397	42	12	12	32	1.80
28115104--28115270	87	1.9	86	89	6	257	32	23	16	26	1.96
28115111--28115293	87	2.1	86	83	9	221	32	23	15	28	1.95
28127674--28127779	29	3.7	29	80	2	115	21	9	23	45	1.81
28127851--28127951	26	3.9	26	84	0	121	23	20	18	36	1.95
28127850--28127949	52	1.9	52	87	0	146	24	20	19	37	1.94
28135935--28136050	61	1.9	62	85	1	162	39	6	4	49	1.49
28136066--28136129	22	3.0	21	84	11	76	54	4	0	40	1.21
28144087--28144150	28	2.2	29	81	10	78	26	9	28	35	1.87
28144129--28144217	29	3.0	29	68	20	76	37	5	26	30	1.80
28144142--28144227	30	2.9	31	69	20	74	40	5	23	30	1.78
28144129--28144265	59	2.3	59	82	2	150	36	6	26	30	1.82
28144252--28144382	58	2.2	59	85	5	167	32	2	26	38	1.69
28144281--28144391	29	3.7	30	85	4	145	34	0	27	37	1.63
28144402--28144828	205	2.1	205	94	0	746	20	22	20	36	1.96
28144831--28144923	8	12.1	8	78	8	70	4	11	3	80	0.97
28149109--28149331	58	3.8	58	81	8	211	34	4	27	34	1.77
28149163--28149331	30	5.7	30	80	8	177	34	3	26	34	1.74
28149156--28149331	60	3.0	57	82	9	210	34	3	26	35	1.75
28158381--28158414	13	2.7	13	95	4	61	58	0	0	41	0.98
28158382--28158417	14	2.5	14	90	4	54	55	0	0	44	0.99
28168447--28168482	18	2.0	18	88	0	54	27	5	11	55	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28168575--28168605	16	2.0	15	93	6	53	64	6	6	22	1.40
28168612--28168909	61	5.2	57	81	11	349	27	22	17	31	1.97
28168612--28168910	117	2.6	117	91	3	480	27	23	17	31	1.97
28172626--28172673	12	3.7	12	77	20	51	47	0	10	41	1.37
28172681--28172733	22	2.4	22	75	6	54	47	3	1	47	1.31
28172804--28173124	89	3.8	81	81	10	340	38	5	4	51	1.47
28172889--28173044	45	3.5	46	68	17	139	36	5	5	53	1.45
28172884--28173176	89	3.3	88	89	8	472	38	5	3	52	1.42
28172804--28173176	174	2.2	173	89	4	565	38	5	4	51	1.45
28173340--28173381	10	4.2	10	81	0	57	11	35	28	23	1.91
28174244--28174278	18	1.9	18	88	0	52	28	8	0	62	1.24
28175603--28175694	30	3.1	30	83	9	91	25	6	5	63	1.40
28181678--28181713	18	2.0	18	100	0	72	22	16	16	44	1.86
28182344--28182382	18	2.2	18	86	9	53	33	2	10	53	1.48
28183833--28183878	24	1.9	24	82	8	58	69	8	4	17	1.31
28184909--28184951	17	2.5	18	85	7	54	55	11	0	32	1.36
28185103--28185138	14	2.6	14	90	0	54	47	2	16	33	1.61
28185529--28185580	15	3.2	15	75	19	59	42	0	1	55	1.10
28189453--28189726	26	10.5	26	81	4	279	35	18	20	25	1.96
28196731--28197058	26	12.7	26	83	3	335	34	19	21	24	1.96
28198314--28198479	52	3.2	51	82	3	197	25	16	24	33	1.96
28205162--28205348	52	3.6	52	84	0	257	25	14	25	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28211825--28212052	40	5.7	38	81	6	197	25	23	21	29	1.99
28211825--28212057	80	2.9	78	80	4	259	24	24	20	30	1.99
28211818--28212052	120	2.0	119	82	7	289	25	23	20	30	1.99
28213955--28214233	40	6.9	40	77	5	210	24	24	20	30	1.98
28213965--28214233	80	3.4	80	80	5	249	24	23	21	30	1.99
28213974--28214238	120	2.2	120	79	2	291	24	24	20	31	1.98
28224932--28225041	47	2.3	47	88	0	166	34	21	13	30	1.92
28233630--28233740	30	3.7	29	75	10	98	50	1	0	46	1.18
28233630--28233740	31	3.7	29	74	12	100	50	1	0	46	1.18
28233692--28233749	20	3.0	20	72	22	52	50	1	1	46	1.22
28235302--28236542	655	1.9	657	88	2	1897	38	8	29	23	1.85
28246952--28247017	24	2.8	24	85	0	87	22	21	16	39	1.92
28258956--28258996	21	1.9	21	85	5	55	24	17	31	26	1.97
28259107--28259304	95	2.1	94	80	4	211	33	12	25	28	1.92
28259157--28259372	94	2.3	94	77	8	222	34	12	23	29	1.92
28265758--28265815	27	2.0	29	83	9	75	63	3	5	27	1.31
28266079--28266150	30	2.4	29	84	9	90	51	1	1	45	1.18
28266137--28266175	15	2.4	17	83	12	55	64	0	2	33	1.08
28273568--28273616	21	2.4	21	86	10	66	51	0	2	46	1.12
28273576--28273651	32	2.5	31	89	10	120	51	0	2	46	1.15
28274511--28274585	31	2.4	31	91	4	116	48	1	0	50	1.09
28274545--28274588	23	2.0	22	86	4	61	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28282307--28282458	68	2.3	64	85	4	187	38	13	31	16	1.87
28285647--28285695	18	2.7	18	96	0	89	24	20	14	40	1.89
28288566--28288619	26	2.1	26	89	0	81	27	20	20	31	1.97
28288609--28288706	38	2.6	38	80	7	128	28	16	26	28	1.97
28290327--28290359	7	4.7	7	88	11	50	33	0	12	54	1.37
28290322--28290359	14	2.7	14	84	12	51	31	0	13	55	1.38
28292243--28292375	44	3.0	44	85	2	187	39	15	23	21	1.92
28298481--28298726	123	2.0	123	95	0	447	28	16	24	30	1.96
28303998--28304035	17	2.2	17	90	0	58	21	10	7	60	1.54
28304613--28304649	19	1.9	19	94	0	65	70	5	24	0	1.08
28307618--28307684	34	2.0	34	93	0	116	46	8	23	20	1.79
28316282--28316379	29	3.4	29	83	5	126	42	22	16	18	1.88
28316282--28316391	58	1.9	58	90	0	175	40	23	17	18	1.90
28316301--28316391	29	3.1	29	90	0	146	41	26	14	17	1.88
28316375--28316533	28	5.7	28	80	6	171	38	23	14	22	1.91
28320238--28320275	20	2.0	20	94	5	69	34	2	0	63	1.09
28320594--28320630	19	1.9	19	100	0	74	32	27	10	29	1.90
28322373--28322447	23	3.3	23	84	1	89	34	16	16	33	1.90
28322414--28322460	22	2.1	22	96	0	85	34	25	12	27	1.92
28333903--28333963	31	2.0	30	90	3	95	37	13	14	34	1.85
28337181--28337251	22	3.2	22	74	7	72	15	21	21	42	1.89
28337147--28337256	44	2.5	44	83	0	121	18	25	16	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28354460--28354533	21	3.5	21	81	7	71	28	13	28	29	1.94
28355180--28355218	15	2.6	15	88	8	53	17	48	15	17	1.81
28356564--28356622	30	1.9	31	86	3	84	38	22	3	35	1.71
28356583--28356672	45	2.0	46	82	6	112	42	25	2	30	1.67
28356630--28356764	30	4.5	30	79	0	117	37	26	2	32	1.72
28356698--28356772	30	2.5	29	78	6	78	33	22	5	38	1.77
28371839--28372102	134	2.0	133	93	0	456	39	16	18	25	1.91
28372154--28372240	24	3.6	24	84	4	104	24	25	14	35	1.94
28378493--28378521	9	3.2	9	100	0	58	0	10	0	89	0.48
28379018--28379065	17	2.8	17	81	6	62	52	12	20	14	1.74
28379017--28379073	17	3.4	16	76	11	60	50	12	22	14	1.75
28394580--28394623	15	2.9	15	82	0	52	13	29	9	47	1.74
28396452--28396570	55	2.2	55	81	3	141	31	19	21	27	1.97
28396593--28396675	38	2.2	38	93	0	148	26	20	22	30	1.98
28397836--28397882	22	2.2	22	88	3	69	65	10	6	17	1.43
28403751--28403795	17	2.8	16	81	18	58	0	22	0	77	0.76
28403751--28403796	10	4.3	11	86	8	60	0	21	0	78	0.76
28404316--28404361	18	2.6	18	82	3	58	60	13	8	17	1.56
28404337--28404382	21	2.0	23	84	12	60	58	13	6	21	1.57
28407768--28407809	21	2.0	22	85	4	59	16	14	4	64	1.45
28408402--28408435	9	3.8	9	84	0	50	79	8	2	8	1.03
28412480--28412520	17	2.5	16	85	14	57	2	17	0	80	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28413511--28413550	21	1.9	21	85	10	55	2	37	0	60	1.11
28431053--28431692	147	4.3	148	86	5	859	43	10	2	42	1.54
28431408--28431449	19	2.2	19	91	0	66	50	0	2	47	1.14
28431053--28431714	292	2.2	299	85	6	900	43	10	3	42	1.54
28435714--28435755	21	2.0	21	90	0	66	28	26	11	33	1.92
28439382--28439554	36	4.8	36	84	0	202	26	14	21	36	1.92
28439395--28439584	36	5.3	36	79	3	159	27	13	21	37	1.90
28439382--28439616	108	2.2	108	77	4	242	26	13	22	37	1.91
28448607--28448653	24	2.0	24	91	8	78	14	6	14	63	1.49
28450345--28450383	11	3.5	11	96	3	69	15	38	7	38	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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